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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20851 | |||||||||
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タイトル | ClpA/ClpP Engaged State bound to RepA-GFP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 HslUV protease complex / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / positive regulation of programmed cell death / response to temperature stimulus / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein unfolding / proteasomal protein catabolic process / serine-type peptidase activity ...HslUV protease complex / endopeptidase Clp / endopeptidase Clp complex / positive regulation of programmed cell death / response to temperature stimulus / ATP-dependent peptidase activity / protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins / protein unfolding / proteasomal protein catabolic process / serine-type peptidase activity / response to radiation / ATPase binding / cellular response to heat / response to heat / response to oxidative stress / serine-type endopeptidase activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / ATP binding / identical protein binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / unidentified (未定義) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Lopez KL / Rizo AN / Southworth DR | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2020 タイトル: Conformational plasticity of the ClpAP AAA+ protease couples protein unfolding and proteolysis. 著者: Kyle E Lopez / Alexandrea N Rizo / Eric Tse / JiaBei Lin / Nathaniel W Scull / Aye C Thwin / Aaron L Lucius / James Shorter / Daniel R Southworth / 要旨: The ClpAP complex is a conserved bacterial protease that unfolds and degrades proteins targeted for destruction. The ClpA double-ring hexamer powers substrate unfolding and translocation into the ...The ClpAP complex is a conserved bacterial protease that unfolds and degrades proteins targeted for destruction. The ClpA double-ring hexamer powers substrate unfolding and translocation into the ClpP proteolytic chamber. Here, we determined high-resolution structures of wild-type Escherichia coli ClpAP undergoing active substrate unfolding and proteolysis. A spiral of pore loop-substrate contacts spans both ClpA AAA+ domains. Protomers at the spiral seam undergo nucleotide-specific rearrangements, supporting substrate translocation. IGL loops extend flexibly to bind the planar, heptameric ClpP surface with the empty, symmetry-mismatched IGL pocket maintained at the seam. Three different structures identify a binding-pocket switch by the IGL loop of the lowest positioned protomer, involving release and re-engagement with the clockwise pocket. This switch is coupled to a ClpA rotation and a network of conformational changes across the seam, suggesting that ClpA can rotate around the ClpP apical surface during processive steps of translocation and proteolysis. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20851.map.gz | 778.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20851-v30.xml emd-20851.xml | 13.6 KB 13.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20851.png | 188.4 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20851 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20851 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20851_validation.pdf.gz | 472.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20851_full_validation.pdf.gz | 471.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20851_validation.xml.gz | 8.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20851_validation.cif.gz | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20851 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20851 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20851.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.853 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : ClpAP
全体 | 名称: ClpAP |
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要素 |
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-超分子 #1: ClpAP
超分子 | 名称: ClpAP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
-分子 #1: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA
分子 | 名称: ATP-dependent Clp protease ATP-binding subunit ClpA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 64.204504 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MENFTTNLNQ LARVGGIDPL IGREKELERA IQVLCRRRKN NPLLVGESGV GKTAIAEGLA WRIVQGDVPE VMADCTIYSL DIGSLLAGT KYRGDFEKRF KALLKQLEQD TNSILFIDEI HTIIGAGAAS GGQVDAANLI KPLLSSGKIR VIGSTTYQEF S NIFEKDRA ...文字列: MENFTTNLNQ LARVGGIDPL IGREKELERA IQVLCRRRKN NPLLVGESGV GKTAIAEGLA WRIVQGDVPE VMADCTIYSL DIGSLLAGT KYRGDFEKRF KALLKQLEQD TNSILFIDEI HTIIGAGAAS GGQVDAANLI KPLLSSGKIR VIGSTTYQEF S NIFEKDRA LARRFQKIDI TEPSIEETVQ IINGLKPKYE AHHDVRYTAK AVRAAVELAV KYINDRHLPD KAIDVIDEAG AR ARLMPVS KRKKTVNVAD IESVVARIAR IPEKSVSQSD RDTLKNLGDR LKMLVFGQDK AIEALTEAIK MARAGLGHEH KPV GSFLFA GPTGVGKTEV TVQLSKALGI ELLRFDMSEY MERHTVSRLI GAPPGYVGFD QGGLLTDAVI KHPHAVLLLD EIEK AHPDV FNILLQVMDN GTLTDNNGRK ADFRNVVLVM TTNAGVRETE RKSIGLIHQD NSTDAMEEIK KIFTPEFRNR LDNII WFDH LSTDVIHQVV DKFIVELQVQ LDQKGVSLEV SQEARNWLAE KGYDRAMGAR PMARVIQDNL KKPLANELLF GSLVDG GQV TVALDKEKNE LTYGF |
-分子 #2: ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP
分子 | 名称: ATP-dependent Clp endopeptidase proteolytic subunit ClpP タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO / EC番号: endopeptidase Clp |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 21.472762 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: ALVPMVIEQT SRGERSFDIY SRLLKERVIF LTGQVEDHMA NLIVAQMLFL EAENPEKDIY LYINSPGGVI TAGMSIYDTM QFIKPDVST ICMGQAASMG AFLLTAGAKG KRFCLPNSRV MIHQPLGGYQ GQATDIEIHA REILKVKGRM NELMALHTGQ S LEQIERDT ...文字列: ALVPMVIEQT SRGERSFDIY SRLLKERVIF LTGQVEDHMA NLIVAQMLFL EAENPEKDIY LYINSPGGVI TAGMSIYDTM QFIKPDVST ICMGQAASMG AFLLTAGAKG KRFCLPNSRV MIHQPLGGYQ GQATDIEIHA REILKVKGRM NELMALHTGQ S LEQIERDT ERDRFLSAPE AVEYGLVDSI LTHR |
-分子 #3: RepA-GFP
分子 | 名称: RepA-GFP / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: unidentified (未定義) |
分子量 | 理論値: 783.958 Da |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-分子 #5: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: AGS |
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分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 11520 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 8184 pixel / 平均露光時間: 6.0 sec. / 平均電子線量: 69.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 倍率(補正後): 58616 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 97000 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |