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万見
- EMDB-20820: A complete structure of the ESX-3 translocon complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20820
タイトルA complete structure of the ESX-3 translocon complex
マップデータConsensus map used to generate all focused refinements. Unsharpened
試料
  • 複合体: ESX-3 translocon complex
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccE3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccD3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system ATPase EccB3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccC3
キーワードESX / secretion system / type VII secretion system / mycobacteria / complex / membrane protein / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; 酸無水物に作用 / hydrolase activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / extracellular region / ATP binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Type VII secretion system protein EccE / Putative type VII ESX secretion system translocon, EccE / Type VII secretion system membrane protein EccD / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain ...Type VII secretion system protein EccE / Putative type VII ESX secretion system translocon, EccE / Type VII secretion system membrane protein EccD / YukD-like / WXG100 protein secretion system (Wss), protein YukD / EccCa-like, Actinobacteria / EccCb-like, Actinobacteria / Type VII secretion system EccB, repeat 1 domain / Type VII secretion system EccB / Type VII secretion system EccB, repeat 3 domain / Type VII secretion system ESX-1, transport TM domain B / FtsK domain / FtsK/SpoIIIE family / FtsK domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ESX-3 secretion system ATPase EccB3 / ESX-3 secretion system protein EccC3 / ESX-3 secretion system protein EccD3 / ESX-3 secretion system protein EccE3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Poweleit N / Rosenberg OS
資金援助 米国, 5件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1RO1AI128214 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)1U19AI135990-01 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)PO1AI095208 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)5T32AI060537 米国
National Institutes of Health/Office of the Director1S10OD021741 米国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2019
タイトル: The structure of the endogenous ESX-3 secretion system.
著者: Nicole Poweleit / Nadine Czudnochowski / Rachel Nakagawa / Donovan D Trinidad / Kenan C Murphy / Christopher M Sassetti / Oren S Rosenberg /
要旨: The ESX (or Type VII) secretion systems are protein export systems in mycobacteria and many Gram-positive bacteria that mediate a broad range of functions including virulence, conjugation, and ...The ESX (or Type VII) secretion systems are protein export systems in mycobacteria and many Gram-positive bacteria that mediate a broad range of functions including virulence, conjugation, and metabolic regulation. These systems translocate folded dimers of WXG100-superfamily protein substrates across the cytoplasmic membrane. We report the cryo-electron microscopy structure of an ESX-3 system, purified using an epitope tag inserted with recombineering into the chromosome of the model organism . The structure reveals a stacked architecture that extends above and below the inner membrane of the bacterium. The ESX-3 protomer complex is assembled from a single copy of the EccB, EccC, and EccE and two copies of the EccD protein. In the structure, the protomers form a stable dimer that is consistent with assembly into a larger oligomer. The ESX-3 structure provides a framework for further study of these important bacterial transporters.
履歴
登録2019年10月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年10月23日-
マップ公開2019年10月23日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6umm
  • 表面レベル: 0.004
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6umm
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20820.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20820.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 166.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Consensus map used to generate all focused refinements. Unsharpened
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.82 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.004 / ムービー #1: 0.004
最小 - 最大0.0 - 1.0
平均 (標準偏差)0.007542188 (±0.081103444)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ352352352
Spacing352352352
セルA=B=C: 288.63998 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.820.820.82
M x/y/z440440440
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z360.800360.800360.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS440440440
D min/max/mean-0.0060.0230.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_20820_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #2

ファイルemd_20820_msk_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #3

ファイルemd_20820_msk_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #4

ファイルemd_20820_msk_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
マスク #5

ファイルemd_20820_msk_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Focused refinement of the EccC ATPase 1, 2,...

ファイルemd_20820_additional_1.map
注釈Focused refinement of the EccC ATPase 1, 2, and 3 domains. Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half1 of right protomer focused refinement.

ファイルemd_20820_additional_10.map
注釈Half1 of right protomer focused refinement.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half2 of left protomer focused refinement

ファイルemd_20820_additional_11.map
注釈Half2 of left protomer focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half1 of left protomer focused refinement

ファイルemd_20820_additional_12.map
注釈Half1 of left protomer focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Focused refinement of right protomer. Unsharpened

ファイルemd_20820_additional_13.map
注釈Focused refinement of right protomer. Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Focused refinement of symmetry expanded protomer. Unsharpened

ファイルemd_20820_additional_2.map
注釈Focused refinement of symmetry expanded protomer. Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half2 of periplasmic focused refinement

ファイルemd_20820_additional_3.map
注釈Half2 of periplasmic focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half1 of periplasmic focused refinement

ファイルemd_20820_additional_4.map
注釈Half1 of periplasmic focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement of left protomer. Unsharpened

ファイルemd_20820_additional_5.map
注釈Focused refinement of left protomer. Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Focused refinement of periplasmic domain. Unsharpened

ファイルemd_20820_additional_6.map
注釈Focused refinement of periplasmic domain. Unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half2 of symmetry expanded protomer

ファイルemd_20820_additional_7.map
注釈Half2 of symmetry expanded protomer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Half1 of symmetry expanded protomer

ファイルemd_20820_additional_8.map
注釈Half1 of symmetry expanded protomer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
追加マップ: Half2 of right protomer focused refinement

ファイルemd_20820_additional_9.map
注釈Half2 of right protomer focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Half2 of consensus map

ファイルemd_20820_half_map_1.map
注釈Half2 of consensus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

+
ハーフマップ: Half1 of consensus map

ファイルemd_20820_half_map_2.map
注釈Half1 of consensus map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : ESX-3 translocon complex

全体名称: ESX-3 translocon complex
要素
  • 複合体: ESX-3 translocon complex
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccE3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccD3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system ATPase EccB3
    • タンパク質・ペプチド: ESX-3 secretion system protein EccC3

-
超分子 #1: ESX-3 translocon complex

超分子名称: ESX-3 translocon complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 660 KDa

-
分子 #1: ESX-3 secretion system protein EccE3

分子名称: ESX-3 secretion system protein EccE3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 30.813355 KDa
配列文字列: MTARIALASL FVVAAVLAQP WQTTTQRWVL GVSIAAVIVL LAWWKGMFLT TRIGRALAMV RRNRAEDTVE TDAHRATVVL RVDPAAPAQ LPVVVGYLDR YGITCDKVRI THRDAGGTRR SWISLTVDAV DNLAALQARS ARIPLQDTTE VVGRRLADHL R EQGWTVTV ...文字列:
MTARIALASL FVVAAVLAQP WQTTTQRWVL GVSIAAVIVL LAWWKGMFLT TRIGRALAMV RRNRAEDTVE TDAHRATVVL RVDPAAPAQ LPVVVGYLDR YGITCDKVRI THRDAGGTRR SWISLTVDAV DNLAALQARS ARIPLQDTTE VVGRRLADHL R EQGWTVTV VEGVDTPLPV SGKETWRGVA DDAGVVAAYR VKVDDRLDEV LAEIGHLPAE ETWTALEFTG SPAEPLLTVC AA VRTSDRP AAKAPLAGLT PARGRHRPAL AALNPLSTER LDGTAVPL

UniProtKB: ESX-3 secretion system protein EccE3

-
分子 #2: ESX-3 secretion system protein EccD3

分子名称: ESX-3 secretion system protein EccD3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 48.29248 KDa
配列文字列: MSENTVMPIV RVAVLAAGDD GGRLTEMALP SELPLREILP AVQRIVQPAR ENDGAADPAA APNPVRLSLA PIGGAPFSLD ATLDTVGVV DGDLLALQAV PSGPPAPRIV EDIADAAVIF SEARRRQWGP THIARGAALA LIGLILVGTG LSVAHRVITG D LLGQFIVS ...文字列:
MSENTVMPIV RVAVLAAGDD GGRLTEMALP SELPLREILP AVQRIVQPAR ENDGAADPAA APNPVRLSLA PIGGAPFSLD ATLDTVGVV DGDLLALQAV PSGPPAPRIV EDIADAAVIF SEARRRQWGP THIARGAALA LIGLILVGTG LSVAHRVITG D LLGQFIVS GIALATVIAA LAVRNRSAVL ATSLAVTALV PVAAAFALGV PGDFGAPNVL LAAAGVAAWS LISMAGSPDD RG IAVFTAT AVTGVGVLLV AGAASLWVIS SDVIGCALVL LGLIVTVQAA QLSAMWARFP LPVIPAPGDP TPAARPLSVL ADL PRRVRV SQAHQTGVIA AGVLLGVAGS VALVSSANAS PWAWYIVVAA AAGAALRARV WDSAACKAWL LGHSYLLAVA LLVA FVIGD RYQAALWALA ALAVLVLVWI VAALNPKIAS PDTYSLPMRR MVGFLATGLD ASLIPVMALL VGLFSLVLDR

UniProtKB: ESX-3 secretion system protein EccD3

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分子 #3: ESX-3 secretion system ATPase EccB3

分子名称: ESX-3 secretion system ATPase EccB3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 9.145638 KDa
配列文字列:
FSSRTPVNEN PDGVQYRRGF VTRHQVSGWR FVMRRIASGV ALHDTRMLVD PLRTQSRAVL TGALILVTGL VGCFIFSLFR P

UniProtKB: ESX-3 secretion system ATPase EccB3

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分子 #4: ESX-3 secretion system protein EccC3

分子名称: ESX-3 secretion system protein EccC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycobacterium smegmatis (strain ATCC 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
株: ATCC 700084 / mc(2)155
分子量理論値: 44.898371 KDa
配列文字列: MSRLIFEHQR RLTPPTTRKG TITIEPPPQL PRVVPPSLLR RVLPFLIVIL IVGMIVALFA TGMRLISPTM LFFPFVLLLA ATALYRGGD NKMRTEEVDA ERADYLRYLS VVRDNVRAHA AEQRAALEWS HPEPEVLATI PGTRRQWERD PRDRDFLVLR A GRHDVPLD ...文字列:
MSRLIFEHQR RLTPPTTRKG TITIEPPPQL PRVVPPSLLR RVLPFLIVIL IVGMIVALFA TGMRLISPTM LFFPFVLLLA ATALYRGGD NKMRTEEVDA ERADYLRYLS VVRDNVRAHA AEQRAALEWS HPEPEVLATI PGTRRQWERD PRDRDFLVLR A GRHDVPLD AALKVKDTAD EIDLEPVAHS ALRGLLDVQR TVRDAPTGLD VAKLARITVI GEADEARAAI RAWIAQAVTW HD PTMLGVA LAAPDLESGD WSWLKWLPHV DVPNEADGVG PARYLTTSTA ELRERLAPAL ADRPLFPAES GAALKHLLVV LDD PDADPD DIARKPGLTG VTVIHRTTEL PNREQYPDPE RPILRVADGR IERWQVGGWQ PCVDVADAMS AAEAAHIARR LSRW DSN

UniProtKB: ESX-3 secretion system protein EccC3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度5.52 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMC4H11NO3Tris-HCL
150.0 mMNaClsodium chloride
0.1 %C56H92O25GDN

詳細: Solutions were made fresh and filter-sterilized before use.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 実像数: 7337 / 平均電子線量: 73.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 778149
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Initially generated by SDG
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 90479
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL
得られたモデル

PDB-6umm:
A complete structure of the ESX-3 translocon complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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