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- EMDB-20638: E. coli 50S with phazolicin (PHZ) bound in exit tunnel -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20638
タイトルE. coli 50S with phazolicin (PHZ) bound in exit tunnel
マップデータCharge density map used for real space refine, obtained as described by Wang, J. (2017)
試料
  • 複合体: E. coli ribosome with phazolicin in exit tunnel
    • 複合体: E. coli 50S
      • RNA: x 2種
      • タンパク質・ペプチド: x 29種
    • 複合体: Phazolicin
      • タンパク質・ペプチド: x 1種
キーワードribosome / phazolicin / antimicrobial protein / RIBOSOME-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome ...ribosomal large subunit assembly / large ribosomal subunit / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site ...Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L9 signature. / Ribosomal protein L9, bacteria/chloroplast / Ribosomal protein L9, C-terminal / Ribosomal protein L9, C-terminal domain / Ribosomal protein L9, C-terminal domain superfamily / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L9, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L9 / Ribosomal protein L9, N-terminal / Ribosomal protein L9, N-terminal domain / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein L9/RNase H1, N-terminal / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / Ribosomal protein L16 / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal / Ribosomal protein L21 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal L27 protein / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L19 superfamily / Ribosomal protein L19 / Ribosomal proteins 50S L24/mitochondrial 39S L24 / Ribosomal protein L21-like / L21-like superfamily / Ribosomal prokaryotic L21 protein / Ribosomal L32p protein family / Ribosomal protein L32p / Ribosomal protein L24 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L34 / Ribosomal protein L13, bacterial-type / Ribosomal protein L3, bacterial/organelle-type / Ribosomal protein L15, bacterial-type / 50S ribosomal protein uL4 / Ribosomal protein L23/L25, conserved site / Ribosomal protein L23 signature. / Ribosomal protein L30, conserved site / Ribosomal protein L30 signature. / Ribosomal protein L5, conserved site / Ribosomal protein L5 signature. / Ribosomal protein L2 signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L30 / 50S ribosomal protein L6 / : / Large ribosomal subunit protein bL36 / 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein bL27 ...Large ribosomal subunit protein uL15 / 50S ribosomal protein L30 / 50S ribosomal protein L6 / : / Large ribosomal subunit protein bL36 / 50S ribosomal protein L24 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein uL2 / 50S ribosomal protein L3 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein bL25 / 50S ribosomal protein L4 / 50S ribosomal protein L22 / 50S ribosomal protein L21 / 50S ribosomal protein L13 / 50S ribosomal protein L9 / Large ribosomal subunit protein uL29 / 50S ribosomal protein L23 / 50S ribosomal protein L11 / 50S ribosomal protein L20 / 50S ribosomal protein L35 / 50S ribosomal protein L18 / 50S ribosomal protein L16 / 50S ribosomal protein L19 / 50S ribosomal protein L33 / Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L28 / 50S ribosomal protein L5
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌) / Rhizobium sp. Pop5 (根粒菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.87 Å
データ登録者Watson ZL / Cate JHD
資金援助 米国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM R01-114454 米国
National Science Foundation (NSF, United States)1106400 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Structure of ribosome-bound azole-modified peptide phazolicin rationalizes its species-specific mode of bacterial translation inhibition.
著者: Dmitrii Y Travin / Zoe L Watson / Mikhail Metelev / Fred R Ward / Ilya A Osterman / Irina M Khven / Nelli F Khabibullina / Marina Serebryakova / Peter Mergaert / Yury S Polikanov / Jamie H D ...著者: Dmitrii Y Travin / Zoe L Watson / Mikhail Metelev / Fred R Ward / Ilya A Osterman / Irina M Khven / Nelli F Khabibullina / Marina Serebryakova / Peter Mergaert / Yury S Polikanov / Jamie H D Cate / Konstantin Severinov /
要旨: Ribosome-synthesized post-translationally modified peptides (RiPPs) represent a rapidly expanding class of natural products with various biological activities. Linear azol(in)e-containing peptides ...Ribosome-synthesized post-translationally modified peptides (RiPPs) represent a rapidly expanding class of natural products with various biological activities. Linear azol(in)e-containing peptides (LAPs) comprise a subclass of RiPPs that display outstanding diversity of mechanisms of action while sharing common structural features. Here, we report the discovery of a new LAP biosynthetic gene cluster in the genome of Rhizobium Pop5, which encodes the precursor peptide and modification machinery of phazolicin (PHZ) - an extensively modified peptide exhibiting narrow-spectrum antibacterial activity against some symbiotic bacteria of leguminous plants. The cryo-EM structure of the Escherichia coli 70S-PHZ complex reveals that the drug interacts with the 23S rRNA and uL4/uL22 proteins and obstructs ribosomal exit tunnel in a way that is distinct from other compounds. We show that the uL4 loop sequence determines the species-specificity of antibiotic action. PHZ expands the known diversity of LAPs and may be used in the future as biocontrol agent for agricultural needs.
履歴
登録2019年8月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年9月18日-
マップ公開2019年9月18日-
更新2023年11月15日-
現状2023年11月15日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 原子モデル: PDB-6u48
  • 表面レベル: 0.027
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20638.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20638.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Charge density map used for real space refine, obtained as described by Wang, J. (2017)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1136 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.027 / ムービー #1: 0.027
最小 - 最大-0.14081855 - 0.21396987
平均 (標準偏差)-0.00000004051004 (±0.0077487044)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-84-54-90
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 356.352 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11361.11361.1136
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z356.352356.352356.352
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ254265109
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-54-84-90
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1410.214-0.000

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添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_20638_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: RELION post-processed map, used for preview image

ファイルemd_20638_additional_1.map
注釈RELION post-processed map, used for preview image
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: RELION 3D auto-refine map

ファイルemd_20638_additional_2.map
注釈RELION 3D auto-refine map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map #1

ファイルemd_20638_half_map_1.map
注釈half map #1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: half map #2

ファイルemd_20638_half_map_2.map
注釈half map #2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : E. coli ribosome with phazolicin in exit tunnel

全体名称: E. coli ribosome with phazolicin in exit tunnel
要素
  • 複合体: E. coli ribosome with phazolicin in exit tunnel
    • 複合体: E. coli 50S
      • RNA: 23S rRNA
      • RNA: 5S rRNA
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL2
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL3
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL4
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL5
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL6
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL9
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL11
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL13
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL14
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL15
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL16
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL17
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL18
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL19
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL20
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL21
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL22
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL23
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL24
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL25
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL27
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL28
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL29
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein uL30
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL32
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL33
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL34
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL35
      • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein bL36
    • 複合体: Phazolicin
      • タンパク質・ペプチド: phazolicin

+
超分子 #1: E. coli ribosome with phazolicin in exit tunnel

超分子名称: E. coli ribosome with phazolicin in exit tunnel / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Ribosomal small subunit is not modeled due to poor density in reconstruction

+
超分子 #2: E. coli 50S

超分子名称: E. coli 50S / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#31
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #3: Phazolicin

超分子名称: Phazolicin / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #32
由来(天然)生物種: Rhizobium sp. Pop5 (根粒菌)

+
分子 #1: 23S rRNA

分子名称: 23S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 941.092125 KDa
配列文字列: GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG ...文字列:
GGUUAAGCGA CUAAGCGUAC ACGGUGGAUG CCCUGGCAGU CAGAGGCGAU GAAGGACGUG CUAAUCUGCG AUAAGCGUCG GUAAGGUGA UAUGAACCGU UAUAACCGGC GAUUUCCGAA UGGGGAAACC CAGUGUGUUU CGACACACUA UCAUUAACUG A AUCCAUAG GUUAAUGAGG CGAACCGGGG GAACUGAAAC AUCUAAGUAC CCCGAGGAAA AGAAAUCAAC CGAGAUUCCC CC AGUAGCG GCGAGCGAAC GGGGAGCAGC CCAGAGCCUG AAUCAGUGUG UGUGUUAGUG GAAGCGUCUG GAAAGGCGCG CGA UACAGG GUGACAGCCC CGUACACAAA AAUGCACAUG CUGUGAGCUC GAUGAGUAGG GCGGGACACG UGGUAUCCUG UCUG AAUAU GGGGGGACCA UCCUCCAAGG CUAAAUACUC CUGACUGACC GAUAGUGAAC CAGUACCGUG AGGGAAAGGC GAAAA GAAC CCCGGCGAGG GGAGUGAAAA AGAACCUGAA ACCGUGUACG UACAAGCAGU GGGAGCACGC UUAGGCGUGU GACUGC GUA CCUUUUGUAU AAUGGGUCAG CGACUUAUAU UCUGUAGCAA GGUUAACCGA AUAGGGGAGC CGAAGGGAAA CCGAGUC UU AACUGGGCGU UAAGUUGCAG GGUAUAGACC CGAAACCCGG UGAUCUAGCC AUGGGCAGGU UGAAGGUUGG GUAACACU A ACUGGAGGAC CGAACCGACU AAU(1MG)(PSU)(5MU)GAAA AAUUAGCGGA UGACUUGUGG CUGGGGGUGA AAGGCCA AU CAAACCGGGA GAUAGCUGGU UCUCCCCGAA AGCUAUUUAG GUAGCGCCUC GUGAAUUCAU CUCCGGGGGU AGAGCACU G UUUCGGCAAG GGGGUC(N)(N)(N)(N) (N)(N)ACUUACCA ACCCGAUGCA AACUGCGAAU ACCGGAGAAU GUUAUCA CG GGAGACACAC GGCGGG(PSU)GCU AACGUCCGUC GUGAAGAGGG AAACAACCCA GACCGCCAGC UAAGGUCCCA AAGU CAUGG UUAAGUGGGA AACGAUGUGG GAAGGCCCAG ACAGCCAGGA UGUUGGCUUA GAAGCAGCCA UCAUUUAAAG AAAGC GUAA UAGCUCACUG GUCGAGUCGG CCUGCGCGGA AGAUGUAACG GGGCUAAACC AUGCACCGAA GCUGCGGCAG CGACGC UUA UGCGUUGUUG GGUAGGGGAG CGUUCUGUAA GCCUGCGAAG GUGUGCUGUG AGGCAUGCUG GAGGUAUCAG AAGUGCG AA UGCUGACAUA AGUAACGAUA AAGCGGGUGA AAAGCCCGCU CGCCGGAAGA CCAAGGGUUC CUGUCCAACG UUAAUCGG G GCAGGGUGAG UCGACCCCUA AGGCGAGGCC GAAAGGCGUA GUCGAUGGGA AACAGGUUAA UAUUCCUGUA CUUGGUGUU ACUGCGAAGG GGGGACGGAG AAGGCUAUGU UGGCCGGGCG ACGGUUGUCC CGGUUUAAGC GUGUAGGCUG GUUUUCCAGG CAAAUCCGG AAAAUCAAGG CUGAGGCGUG AUGACGAGGC ACUACGGUGC UGAAGCAACA AAUGCCCUGC UUCCAGGAAA A GCCUCUAA GCAUCAGGUA ACAUCAAAUC GUACCCCAAA CCGACAC(6MZ)GG UGGUCAGGUA GAGAAUACCA AGGCGCUU G AGAGAACUCG GGUGAAGGAA CUAGGCAAAA UGGUGCCGUA ACUUCGGGAG AAGGCACGCU GAUAUGUAGG UGAGGUCCC UCGCGGAUGG AGCUGAAAUC AGUCGAAGAU ACCAGCUGGC UGCAACUGUU UAUUAAAAAC ACAGCACUGU GCAAACACGA AAGUGGACG UAUACGGUGU GACGCCU(2MG)CC CGGUGCCGGA AGGUUAAUUG AUGGGGUUAG CGCAAGCGAA GCUCUUG AU CGAAGCCCCG GUAAACGGCG GCCG(PSU)AAC(3TD)A (PSU)AACGGUCCU AAGGUAGCGA AA(5MU)UCCUUGU CG GGUAAGU UCCGAC(5MC)UGC ACGAAUGGCG UAAUGAUGGC CAGGCUGUCU CCACCCGAGA CUCAGUGAAA UUGAACUCG CUGUG(6MZ)AGAU GCAGUGUACC CGCGGCAAGA CGGAAAGACC CCGU(G7M)AACCU UUACUAUAGC UUGACACUGA AC AUUGAGC CUUGAUGUGU AGGAUAGGUG GGAGGCUUUG AAGUGUGGAC GCCAGUCUGC AUGGAGCCGA CCUUGAAAUA CCA CCCUUU AAUGUUUGAU GUUCUAACGU UGACCCGUAA UCCGGGUUGC GGACAGUGUC UGGUGGGUAG UUUGACUG(OMG)G GCGGUCUCC UCCUAAAGAG UAACGGAGGA GCACGAAGGU UGGCUAAUCC UGGUCGGACA UCAGGAGGUU AGUGCAAUGG C AUAAGCCA GCUUGACUGC GAGCGUGACG GCGCGAGCAG GUGCGAAAGC AGGUCAUAGU GAUCCGGUGG UUCUGAAUGG AA GGGCCAU CGCUCAACGG AUAAAAGGUA CUCCG(2MG)GGA(H2U) AACAGGC(PSU)GA UACCGCCCAA GAGUUCAUAU C GACGGCGG UGUUUGGCA(OMC) CUCG(2MA)(PSU)GUCG GCUCAUCACA UCCUGGGGCU GAAGUAGGUC CCAAGGGUAU GGC(OMU)GUUCG CCAUUUAAAG UGGUACGCGA GC(PSU)GGGUUUA GAACGUCGUG AGACAGU(PSU)CG GUCCCUAUC UGCCGUGGGC GCUGGAGAAC UGAGGGGGGC UGCUCCUAGU ACGAGAGGAC CGGAGUGGAC GCAUCACUGG UGUUCGGGUU GUCAUGCCA AUGGCACUGC CCGGUAGCUA AAUGCGGAAG AGAUAAGUGC UGAAAGCAUC UAAGCACGAA ACUUGCCCCG A GAUGAGUU CUCCCUGACC CUUUAAGGGU CCUGAAGGAA CGUUGAAGAC GACGACGUUG AUAGGCCGGG UGUGUAAGCG CA GCGAUGC GUUGAGCUAA CCGGUACUAA UGAACCGUGA GGCUUAACCU U

+
分子 #2: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 38.177762 KDa
配列文字列:
GCCUGGCGGC CGUAGCGCGG UGGUCCCACC UGACCCCAUG CCGAACUCAG AAGUGAAACG CCGUAGCGCC GAUGGUAGUG UGGGGUCUC CCCAUGCGAG AGUAGGGAAC UGCCAGGCA

GENBANK: GENBANK: CP023870.1

+
分子 #3: 50S ribosomal protein uL2

分子名称: 50S ribosomal protein uL2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 29.663244 KDa
配列文字列: AVVKCKPTSP GRRHVVKVVN PELHKGKPFA PLLEKNSKSG GRNNNGRITT RHIGGGHKQA YRIVDFKRNK DGIPAVVERL EYDPNRSAN IALVLYKDGE RRYILAPKGL KAGDQIQSGV DAAIKPGNTL PMRNIPVGST VHNVEMKPGK GGQLARSAGT Y VQIVARDG ...文字列:
AVVKCKPTSP GRRHVVKVVN PELHKGKPFA PLLEKNSKSG GRNNNGRITT RHIGGGHKQA YRIVDFKRNK DGIPAVVERL EYDPNRSAN IALVLYKDGE RRYILAPKGL KAGDQIQSGV DAAIKPGNTL PMRNIPVGST VHNVEMKPGK GGQLARSAGT Y VQIVARDG AYVTLRLRSG EMRKVEADCR ATLGEVGNAE HMLRVLGKAG AARWRGVRPT VRGTAMNPVD HPHGGGEGRN FG KHPVTPW GVQTKGKKTR SNKRTDKFIV RRRS

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL2

+
分子 #4: 50S ribosomal protein uL3

分子名称: 50S ribosomal protein uL3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 22.291562 KDa
配列文字列: MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN (MEQ)TPGKVF KG ...文字列:
MIGLVGKKVG MTRIFTEDGV SIPVTVIEVE ANRVTQVKDL ANDGYRAIQV TTGAKKANRV TKPEAGHFAK AGVEAGRGLW EFRLAEGEE FTVGQSISVE LFADVKKVDV TGTSKGKGFA GTVKRWNFRT QDATHGNSLS HRVPGSIGQN (MEQ)TPGKVF KG KKMAGQMGNE RVTVQSLDVV RVDAERNLLL VKGAVPGATG SDLIVKPAVK A

UniProtKB: 50S ribosomal protein L3

+
分子 #5: 50S ribosomal protein uL4

分子名称: 50S ribosomal protein uL4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 22.121566 KDa
配列文字列: MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD ...文字列:
MELVLKDAQS ALTVSETTFG RDFNEALVHQ VVVAYAAGAR QGTRAQKTRA EVTGSGKKPW RQKGTGRARS GSIKSPIWRS GGVTFAARP QDHSQKVNKK MYRGALKSIL SELVRQDRLI VVEKFSVEAP KTKLLAQKLK DMALEDVLII TGELDENLFL A ARNLHKVD VRDATGIDPV SLIAFDKVVM TADAVKQVEE MLA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L4

+
分子 #6: 50S ribosomal protein uL5

分子名称: 50S ribosomal protein uL5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 20.073234 KDa
配列文字列:
AKLHDYYKDE VVKKLMTEFN YNSVMQVPRV EKITLNMGVG EAIADKKLLD NAAADLAAIS GQKPLITKAR KSVAGFKIRQ GYPIGCKVT LRGERMWEFF ERLITIAVPR IRDFRGLSAK SFDGRGNYSM GVREQIIFPE IDYDKVDRVR GLDITITTTA K SDEEGRAL LAAFDFPFR

UniProtKB: 50S ribosomal protein L5

+
分子 #7: 50S ribosomal protein uL6

分子名称: 50S ribosomal protein uL6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 18.801598 KDa
配列文字列:
SRVAKAPVVV PAGVDVKING QVITIKGKNG ELTRTLNDAV EVKHADNTLT FGPRDGYADG WAQAGTARAL LNSMVIGVTE GFTKKLQLV GVGYRAAVKG NVINLSLGFS HPVDHQLPAG ITAECPTQTE IVLKGADKQV IGQVAADLRA YRRPEPYKGK G VRYADEVV RTKEAKKK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L6

+
分子 #8: 50S ribosomal protein bL9

分子名称: 50S ribosomal protein bL9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.78902 KDa
配列文字列:
MQVILLDKVA NLGSLGDQVN VKAGYARNFL VPQGKAVPAT KKNIEFFEAR RAELEAKLAE VLAAANARAE KINALETVTI ASKAGDEGK LFGSIGTRDI ADAVTAAGVE VAKSEVRLPN GVLRTTGEHE VSFQVHSEVF AKVIVNVVAE

UniProtKB: 50S ribosomal protein L9

+
分子 #9: 50S ribosomal protein uL11

分子名称: 50S ribosomal protein uL11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 14.020303 KDa
配列文字列:
YVKLQVAAGM ANPSPPVGPA LGQQGVNIME FCKAFNAKTD SIEKGLPIPV VITVYADRSF TFVTKTPPAA VLLKKAAGIK SGSGKPNKD KVGKISRAQL QEIAQTKAAD MTGADIEAMT RSIEGTARSM GLVVE

UniProtKB: 50S ribosomal protein L11

+
分子 #10: 50S ribosomal protein uL13

分子名称: 50S ribosomal protein uL13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 16.050606 KDa
配列文字列:
MKTFTAKPET VKRDWYVVDA TGKTLGRLAT ELARRLRGKH KAEYTPHVDT GDYIIVLNAD KVAVTGNKRT DKVYYHHTGH IGGIKQATF EEMIARRPER VIEIAVKGML PKGPLGRAMF RKLKVYAGNE HNHAAQQPQV LDI

UniProtKB: 50S ribosomal protein L13

+
分子 #11: 50S ribosomal protein uL14

分子名称: 50S ribosomal protein uL14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.45191 KDa
配列文字列:
MIQEQTMLNV ADNSGARRVM CIKVLGGSHR RYAGVGDIIK ITIKEAIPRG KVKKGDVLKA VVVRTKKGVR RPDGSVIRFD GNACVLLNN NSEQPIGTRI FGPVTRELRS EKFMKIISLA PEV

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL14

+
分子 #12: 50S ribosomal protein uL15

分子名称: 50S ribosomal protein uL15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.008471 KDa
配列文字列:
MRLNTLSPAE GSKKAGKRLG RGIGSGLGKT GGRGHKGQKS RSGGGVRRGF EGGQMPLYRR LPKFGFTSRK AAITAEIRLS DLAKVEGGV VDLNTLKAAN IIGIQIEFAK VILAGEVTTP VTVRGLRVTK GARAAIEAAG GKIEE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL15

+
分子 #13: 50S ribosomal protein uL16

分子名称: 50S ribosomal protein uL16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.327261 KDa
配列文字列:
MLQPKRTKFR KMHKGRNRGL AQGTDVSFGS FGLKAVGRGR LTARQIEAAR RAMTRAVKRQ GKIWIRVFPD KPITEKPLAV (4D4)MGKGKGNV EYWVALIQPG KVLYEMDGVP EELAREAFKL AAAKLPIKTT FVTKTVM

UniProtKB: 50S ribosomal protein L16

+
分子 #14: 50S ribosomal protein bL17

分子名称: 50S ribosomal protein bL17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.721938 KDa
配列文字列:
MRHRKSGRQL NRNSSHRQAM FRNMAGSLVR HEIIKTTLPK AKELRRVVEP LITLAKTDSV ANRRLAFART RDNEIVAKLF NELGPRFAS RAGGYTRILK CGFRAGDNAP MAYIELVDRS E

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A0A8UJP9

+
分子 #15: 50S ribosomal protein uL18

分子名称: 50S ribosomal protein uL18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 12.663471 KDa
配列文字列:
DKKSARIRRA TRARRKLQEL GATRLVVHRT PRHIYAQVIA PNGSEVLVAA STVEKAIAEQ LKYTGNKDAA AAVGKAVAER ALEKGIKDV SFDRSGFQYH GRVQALADAA REAGLQF

UniProtKB: 50S ribosomal protein L18

+
分子 #16: 50S ribosomal protein bL19

分子名称: 50S ribosomal protein bL19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.028082 KDa
配列文字列:
SNIIKQLEQE QMKQDVPSFR PGDTVEVKVW VVEGSKKRLQ AFEGVVIAIR NRGLHSAFTV RKISNGEGVE RVFQTHSPVV DSISVKRRG AVRKAKLYYL RERTGKAARI KERLN

UniProtKB: 50S ribosomal protein L19

+
分子 #17: 50S ribosomal protein bL20

分子名称: 50S ribosomal protein bL20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 13.396828 KDa
配列文字列:
ARVKRGVIAR ARHKKILKQA KGYYGARSRV YRVAFQAVIK AGQYAYRDRR QRKRQFRQLW IARINAAARQ NGISYSKFIN GLKKASVEI DRKILADIAV FDKVAFTALV EKAKAALA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L20

+
分子 #18: 50S ribosomal protein bL21

分子名称: 50S ribosomal protein bL21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.586374 KDa
配列文字列:
MYAVFQSGGK QHRVSEGQTV RLEKLDIATG ETVEFAEVLM IANGEEVKIG VPFVDGGVIK AEVVAHGRGE KVKIVKFRRR KHYRKQQGH RQWFTDVKIT GISA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L21

+
分子 #19: 50S ribosomal protein uL22

分子名称: 50S ribosomal protein uL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 12.253359 KDa
配列文字列:
METIAKHRHA RSSAQKVRLV ADLIRGKKVS QALDILTYTN KKAAVLVKKV LESAIANAEH NDGADIDDLK VTKIFVDEGP SMKRIMPRA KGRADRILKR TSHITVVVSD R

UniProtKB: 50S ribosomal protein L22

+
分子 #20: 50S ribosomal protein uL23

分子名称: 50S ribosomal protein uL23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.546472 KDa
配列文字列:
MIREERLLKV LRAPHVSEKA STAMEKSNTI VLKVAKDATK AEIKAAVQKL FEVEVEVVNT LVVKGKVKRH GQRIGRRSDW KKAYVTLKE GQNL

UniProtKB: 50S ribosomal protein L23

+
分子 #21: 50S ribosomal protein uL24

分子名称: 50S ribosomal protein uL24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 11.078874 KDa
配列文字列:
AAKIRRDDEV IVLTGKDKGK RGKVKNVLSS GKVIVEGINL VKKHQKPVPA LNQPGGIVEK EAAIQVSNVA IFNAATGKAD RVGFRFEDG KKVRFFKSNS ETI

UniProtKB: 50S ribosomal protein L24

+
分子 #22: 50S ribosomal protein bL25

分子名称: 50S ribosomal protein bL25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 10.713465 KDa
配列文字列:
MFTINAEVRK EQGKGASRRL RAANKFPAII YGGKEAPLAI ELDHDKVMNM QAKAEFYSEV LTIVVDGKEI KVKAQDVQRH PYKPKLQHI DFVRA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL25

+
分子 #23: 50S ribosomal protein bL27

分子名称: 50S ribosomal protein bL27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.174394 KDa
配列文字列:
RNGRDSEAKR LGVKRFGGES VLAGSIIVRQ RGTKFHAGAN VGCGRDHTLF AKADGKVKFE VKGPKNRKFI SIEAE

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL27

+
分子 #24: 50S ribosomal protein bL28

分子名称: 50S ribosomal protein bL28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 8.896354 KDa
配列文字列:
SRVCQVTGKR PVTGNNRSHA LNATKRRFLP NLHSHRFWVE SEKRFVTLRV SAKGMRVIDK KGIDTVLAEL RARGEKY

UniProtKB: 50S ribosomal protein L28

+
分子 #25: 50S ribosomal protein uL29

分子名称: 50S ribosomal protein uL29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 7.155267 KDa
配列文字列:
KAKELREKSV EELNTELLNL LREQFNLRMQ AASGQLQQSH LLKQVRRDVA RVKTLLNEKA GA

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL29

+
分子 #26: 50S ribosomal protein uL30

分子名称: 50S ribosomal protein uL30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.423625 KDa
配列文字列:
AKTIKITQTR SAIGRLPKHK ATLLGLGLRR IGHTVEREDT PAIRGMINAV SFMVKVEE

UniProtKB: 50S ribosomal protein L30

+
分子 #27: 50S ribosomal protein bL32

分子名称: 50S ribosomal protein bL32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 6.332249 KDa
配列文字列:
AVQQNKPTRS KRGMRRSHDA LTAVTSLSVD KTSGEKHLRH HITADGYYRG RKVIAK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL32

+
分子 #28: 50S ribosomal protein bL33

分子名称: 50S ribosomal protein bL33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 5.814842 KDa
配列文字列:
GIREKIKLVS SAGTGHFYTT TKNKRTKPEK LELKKFDPVV RQHVIYKEAK

UniProtKB: 50S ribosomal protein L33

+
分子 #29: 50S ribosomal protein bL34

分子名称: 50S ribosomal protein bL34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 5.397463 KDa
配列文字列:
MKRTFQPSVL KRNRSHGFRA RMATKNGRQV LARRRAKGRA RLTVSK

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL34

+
分子 #30: 50S ribosomal protein bL35

分子名称: 50S ribosomal protein bL35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 7.181835 KDa
配列文字列:
PKIKTVRGAA KRFKKTGKGG FKHKHANLRH ILTKKATKRK RHLRPKAMVS KGDLGLVIAC LPYA

UniProtKB: 50S ribosomal protein L35

+
分子 #31: 50S ribosomal protein bL36

分子名称: 50S ribosomal protein bL36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 4.37739 KDa
配列文字列:
MKVRASVKKL CRNCKIVKRD GVIRVICSAE PKHKQRQG

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein bL36

+
分子 #32: phazolicin

分子名称: phazolicin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rhizobium sp. Pop5 (根粒菌)
分子量理論値: 2.054102 KDa
配列文字列:
T(BB9)AR(BB9)DS(A0G)SR (BB9)GA(A0G)GK(A0G)SG(A0G) AS

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 30.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4ybb

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.87 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 65393
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4ybb


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
得られたモデル

PDB-6u48:
E. coli 50S with phazolicin (PHZ) bound in exit tunnel

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る