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- EMDB-20267: Cryo-EM structure of LbCas12a-crRNA: AcrVA4 (2:2 complex) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-20267
タイトルCryo-EM structure of LbCas12a-crRNA: AcrVA4 (2:2 complex)
マップデータ3D Reconstruction (State II)
試料
  • 複合体: LbCas12a-crRNA-AcrVA4 Complex (2:2, State I)
    • 複合体: LbCas12a
      • タンパク質・ペプチド: Cas12a
    • 複合体: crRNA
      • RNA: mature crRNA
    • 複合体: AcrVA4
      • タンパク質・ペプチド: anti-CRISPR VA4
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードCRISPR-Cas / anti-CRISPR / Cas12a / Cpf1 / LbCas12a / AcrVA4 / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


CRISPR-associated endonuclease Cas12a / Cas12a, REC1 domain / Cas12a, RuvC nuclease domain / Cas12a, nuclease domain / Alpha helical recognition lobe domain / Nuclease domain / RuvC nuclease domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Cpf1
類似検索 - 構成要素
生物種Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア) / Moraxella bovoculi (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.9 Å
データ登録者Knott GJ / Liu JJ
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: PHENIX: a comprehensive Python-based system for macromolecular structure solution.
著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy ...著者: Paul D Adams / Pavel V Afonine / Gábor Bunkóczi / Vincent B Chen / Ian W Davis / Nathaniel Echols / Jeffrey J Headd / Li-Wei Hung / Gary J Kapral / Ralf W Grosse-Kunstleve / Airlie J McCoy / Nigel W Moriarty / Robert Oeffner / Randy J Read / David C Richardson / Jane S Richardson / Thomas C Terwilliger / Peter H Zwart /
要旨: Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many ...Macromolecular X-ray crystallography is routinely applied to understand biological processes at a molecular level. However, significant time and effort are still required to solve and complete many of these structures because of the need for manual interpretation of complex numerical data using many software packages and the repeated use of interactive three-dimensional graphics. PHENIX has been developed to provide a comprehensive system for macromolecular crystallographic structure solution with an emphasis on the automation of all procedures. This has relied on the development of algorithms that minimize or eliminate subjective input, the development of algorithms that automate procedures that are traditionally performed by hand and, finally, the development of a framework that allows a tight integration between the algorithms.
履歴
登録2019年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年7月17日-
マップ公開2019年8月21日-
更新2023年8月16日-
現状2023年8月16日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6p7n
  • 表面レベル: 0.08
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6p7n
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_20267.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_20267.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D Reconstruction (State II)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9 Å
密度
表面レベルBy EMDB: 0.08 / ムービー #1: 0.08
最小 - 最大-0.24226066 - 0.6646911
平均 (標準偏差)0.0021240285 (±0.03206585)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.90.90.9
M x/y/z340340340
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z306.000306.000306.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS340340340
D min/max/mean-0.2420.6650.002

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添付データ

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ハーフマップ: 3D Reconstruction (State II) Half Map A

ファイルemd_20267_half_map_1.map
注釈3D Reconstruction (State II) Half Map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: 3D Reconstruction (State II) Half Map B

ファイルemd_20267_half_map_2.map
注釈3D Reconstruction (State II) Half Map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : LbCas12a-crRNA-AcrVA4 Complex (2:2, State I)

全体名称: LbCas12a-crRNA-AcrVA4 Complex (2:2, State I)
要素
  • 複合体: LbCas12a-crRNA-AcrVA4 Complex (2:2, State I)
    • 複合体: LbCas12a
      • タンパク質・ペプチド: Cas12a
    • 複合体: crRNA
      • RNA: mature crRNA
    • 複合体: AcrVA4
      • タンパク質・ペプチド: anti-CRISPR VA4
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: LbCas12a-crRNA-AcrVA4 Complex (2:2, State I)

超分子名称: LbCas12a-crRNA-AcrVA4 Complex (2:2, State I) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Homodimeric AcrVA4 bound to two copies of the LbCas12a-crRNA complex.

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超分子 #2: LbCas12a

超分子名称: LbCas12a / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)

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超分子 #3: crRNA

超分子名称: crRNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)

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超分子 #4: AcrVA4

超分子名称: AcrVA4 / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Moraxella bovoculi (バクテリア)

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分子 #1: anti-CRISPR VA4

分子名称: anti-CRISPR VA4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Moraxella bovoculi (バクテリア)
分子量理論値: 27.641422 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMYEIKLN DTLIHQTDDR VNAFVAYRYL LRRGDLPKCE NIARMYYDGK VIKTDVIDHD SVHSDEQAKV SNNDIIKMAI SELGVNNFK SLIKKQGYPF SNGHINSWFT DDPVKSKTMH NDEMYLVVQA LIRACIIKEI DLYTEQLYNI IKSLPYDKRP N VVYSDQPL ...文字列:
SNAMYEIKLN DTLIHQTDDR VNAFVAYRYL LRRGDLPKCE NIARMYYDGK VIKTDVIDHD SVHSDEQAKV SNNDIIKMAI SELGVNNFK SLIKKQGYPF SNGHINSWFT DDPVKSKTMH NDEMYLVVQA LIRACIIKEI DLYTEQLYNI IKSLPYDKRP N VVYSDQPL DPNNLDLSEP ELWAEQVGEC MRYAHNDQPC FYIGSTKREL RVNYIVPVIG VRDEIERVMT LEEVRNLHK

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #2: Cas12a

分子名称: Cas12a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)
分子量理論値: 144.160609 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SNAMSKLEKF TNCYSLSKTL RFKAIPVGKT QENIDNKRLL VEDEKRAEDY KGVKKLLDRY YLSFINDVLH SIKLKNLNNY ISLFRKKTR TEKENKELEN LEINLRKEIA KAFKGNEGYK SLFKKDIIET ILPEFLDDKD EIALVNSFNG FTTAFTGFFD N RENMFSEE ...文字列:
SNAMSKLEKF TNCYSLSKTL RFKAIPVGKT QENIDNKRLL VEDEKRAEDY KGVKKLLDRY YLSFINDVLH SIKLKNLNNY ISLFRKKTR TEKENKELEN LEINLRKEIA KAFKGNEGYK SLFKKDIIET ILPEFLDDKD EIALVNSFNG FTTAFTGFFD N RENMFSEE AKSTSIAFRC INENLTRYIS NMDIFEKVDA IFDKHEVQEI KEKILNSDYD VEDFFEGEFF NFVLTQEGID VY NAIIGGF VTESGEKIKG LNEYINLYNQ KTKQKLPKFK PLYKQVLSDR ESLSFYGEGY TSDEEVLEVF RNTLNKNSEI FSS IKKLEK LFKNFDEYSS AGIFVKNGPA ISTISKDIFG EWNVIRDKWN AEYDDIHLKK KAVVTEKYED DRRKSFKKIG SFSL EQLQE YADADLSVVE KLKEIIIQKV DEIYKVYGSS EKLFDADFVL EKSLKKNDAV VAIMKDLLDS VKSFENYIKA FFGEG KETN RDESFYGDFV LAYDILLKVD HIYDAIRNYV TQKPYSKDKF KLYFQNPQFM GGWDKDKETD YRATILRYGS KYYLAI MDK KYAKCLQKID KDDVNGNYEK INYKLLPGPN KMLPKVFFSK KWMAYYNPSE DIQKIYKNGT FKKGDMFNLN DCHKLID FF KDSISRYPKW SNAYDFNFSE TEKYKDIAGF YREVEEQGYK VSFESASKKE VDKLVEEGKL YMFQIYNKDF SDKSHGTP N LHTMYFKLLF DENNHGQIRL SGGAELFMRR ASLKKEELVV HPANSPIANK NPDNPKKTTT LSYDVYKDKR FSEDQYELH IPIAINKCPK NIFKINTEVR VLLKHDDNPY VIGIDRGERN LLYIVVVDGK GNIVEQYSLN EIINNFNGIR IKTDYHSLLD KKEKERFEA RQNWTSIENI KELKAGYISQ VVHKICELVE KYDAVIALED LNSGFKNSRV KVEKQVYQKF EKMLIDKLNY M VDKKSNPC ATGGALKGYQ ITNKFESFKS MSTQNGFIFY IPAWLTSKID PSTGFVNLLK TKYTSIADSK KFISSFDRIM YV PEEDLFE FALDYKNFSR TDADYIKKWK LYSYGNRIRI FRNPKKNNVF DWEEVCLTSA YKELFNKYGI NYQQGDIRAL LCE QSDKAF YSSFMALMSL MLQMRNSITG RTDVDFLISP VKNSDGIFYD SRNYEAQENA ILPKNADANG AYNIARKVLW AIGQ FKKAE DEKLDKVKIA ISNKEWLEYA QTSVKH

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分子 #3: mature crRNA

分子名称: mature crRNA / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 2
由来(天然)生物種: Lachnospiraceae bacterium ND2006 (バクテリア)
分子量理論値: 12.815634 KDa
配列文字列:
AAUUUCUACU AAGUGUAGAU AAAGUGCUCA UCAUUGGAAA

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMC9H15O6Ptris((2-carboxyethyl)phosphine)
0.1 % (v/v)C3H8O3glycerol
グリッド詳細: unspecified
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5id6

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 79787
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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