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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-20083 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of Sulfolobus polyhedral virus 1 (SPV1) | |||||||||
マップデータ | Cryo-EM reconstruction of Sulfolobus polyhedral virus 1 (SPV1) | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | icosahedral viral capsid / Capsid protein VP10 / Capsid protein VP4 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Sulfolobus polyhedral virus 1 (ウイルス) / Sulfolobus spindle-shaped virus 1 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang F / Liu Y / Conway JF / Krupovic M / Prangishvili D / Egelman EH | |||||||||
資金援助 | 米国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2019 タイトル: A packing for A-form DNA in an icosahedral virus. 著者: Fengbin Wang / Ying Liu / Zhangli Su / Tomasz Osinski / Guilherme A P de Oliveira / James F Conway / Stefan Schouten / Mart Krupovic / David Prangishvili / Edward H Egelman / 要旨: Studies on viruses infecting archaea living in the most extreme environments continue to show a remarkable diversity of structures, suggesting that the sampling continues to be very sparse. We have ...Studies on viruses infecting archaea living in the most extreme environments continue to show a remarkable diversity of structures, suggesting that the sampling continues to be very sparse. We have used electron cryo-microscopy to study at 3.7-Å resolution the structure of the polyhedral virus 1 (SPV1), which was originally isolated from a hot, acidic spring in Beppu, Japan. The 2 capsid proteins with variant single jelly-roll folds form pentamers and hexamers which assemble into a = 43 icosahedral shell. In contrast to tailed icosahedral double-stranded DNA (dsDNA) viruses infecting bacteria and archaea, and herpesviruses infecting animals and humans, where naked DNA is packed under very high pressure due to the repulsion between adjacent layers of DNA, the circular dsDNA in SPV1 is fully covered with a viral protein forming a nucleoprotein filament with attractive interactions between layers. Most strikingly, we have been able to show that the DNA is in an A-form, as it is in the filamentous viruses infecting hyperthermophilic acidophiles. Previous studies have suggested that DNA is in the B-form in bacteriophages, and our study is a direct visualization of the structure of DNA in an icosahedral virus. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_20083.map.gz | 1.7 GB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-20083-v30.xml emd-20083.xml | 11.1 KB 11.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_20083.png | 248.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20083 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-20083 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_20083_validation.pdf.gz | 609.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_20083_full_validation.pdf.gz | 608.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_20083_validation.xml.gz | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_20083_validation.cif.gz | 10.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20083 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-20083 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_20083.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.9 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM reconstruction of Sulfolobus polyhedral virus 1 (SPV1) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.4 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Sulfolobus spindle-shaped virus 1
全体 | 名称: Sulfolobus spindle-shaped virus 1 (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Sulfolobus spindle-shaped virus 1
超分子 | 名称: Sulfolobus spindle-shaped virus 1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 244589 / 生物種: Sulfolobus spindle-shaped virus 1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Sulfolobus sp. S38A |
-分子 #1: Structural protein VP4
分子 | 名称: Structural protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 42 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus polyhedral virus 1 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 19.394885 KDa |
配列 | 文字列: MSESVTQQVF NFAVTKSQPF GGYVYSTNLT ASTSSAVTST QLTPLNLSIT LGQITLSGNS LVIPATQIWY LTDAYVSVPD YTNITNGAE ADGVILIYKD GVKLMLTTPL ISSMSISNPA RTHLAQAVKY SPQSILTMYF NPTKPATAST SYPNTVYFTV V VVDFSYAQ NPARAVVSAN AVM |
-分子 #2: Uncharacterized protein
分子 | 名称: Uncharacterized protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Sulfolobus polyhedral virus 1 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 20.617277 KDa |
配列 | 文字列: MLSLDNYSYV HNITTQTNID LSSQQTIHLA SINGKGYIIF LRFFCEGSSA CFTNVKFSVK ANGLVLYSFR YIQLLELGQA IATAIPSSS QGFSTLLSNY NVLISSPIGT LPQLTLYDSY DNRYGAMLQP AFPLPFVNTL SLDVDILPVS QSSYDPIPYS L NDNQISTN APTGKGNISI EYLLYNCLV |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 4 |
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グリッド | 詳細: unspecified |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 20.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: sphere |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION / 詳細: d99, model:map FSC (0.38), map:map FSC (0.143) / 使用した粒子像数: 19092 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |