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万見
- EMDB-1549: Three-dimensional icosahedral reconstruction of Rift Valley Fever... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1549
タイトルThree-dimensional icosahedral reconstruction of Rift Valley Fever virus at pH 6.0
マップデータRift Valley Fever virus at pH 6.0
試料
  • 試料: Rift Valley Fever virus
  • ウイルス: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
生物種Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 30.0 Å
データ登録者Huiskonen JT / Overby AK / Weber F / Gruenewald K
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2009
タイトル: Electron cryo-microscopy and single-particle averaging of Rift Valley fever virus: evidence for GN-GC glycoprotein heterodimers.
著者: Juha T Huiskonen / Anna K Overby / Friedemann Weber / Kay Grünewald /
要旨: Rift Valley fever virus (RVFV) is a member of the genus Phlebovirus within the family Bunyaviridae. It is a mosquito-borne zoonotic agent that can cause hemorrhagic fever in humans. The enveloped ...Rift Valley fever virus (RVFV) is a member of the genus Phlebovirus within the family Bunyaviridae. It is a mosquito-borne zoonotic agent that can cause hemorrhagic fever in humans. The enveloped RVFV virions are known to be covered by capsomers of the glycoproteins G(N) and G(C), organized on a T=12 icosahedral lattice. However, the structural units forming the RVFV capsomers have not been determined. Conflicting biochemical results for another phlebovirus (Uukuniemi virus) have indicated the existence of either G(N) and G(C) homodimers or G(N)-G(C) heterodimers in virions. Here, we have studied the structure of RVFV using electron cryo-microscopy combined with three-dimensional reconstruction and single-particle averaging. The reconstruction at 2.2-nm resolution revealed the organization of the glycoprotein shell, the lipid bilayer, and a layer of ribonucleoprotein (RNP). Five- and six-coordinated capsomers are formed by the same basic structural unit. Molecular-mass measurements suggest a G(N)-G(C) heterodimer as the most likely candidate for this structural unit. Both leaflets of the lipid bilayer were discernible, and the glycoprotein transmembrane densities were seen to modulate the curvature of the lipid bilayer. RNP densities were situated directly underneath the transmembrane densities, suggesting an interaction between the glycoprotein cytoplasmic tails and the RNPs. The success of the single-particle averaging approach taken in this study suggests that it is applicable in the study of other phleboviruses, as well, enabling higher-resolution description of these medically important pathogens.
履歴
登録2008年9月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2008年9月8日-
マップ公開2009年5月13日-
更新2012年10月24日-
現状2012年10月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.3
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1549.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1549.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 127.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Rift Valley Fever virus at pH 6.0
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
4 Å/pix.
x 325 pix.
= 1300. Å		4 Å/pix.
x 325 pix.
= 1300. Å		4 Å/pix.
x 325 pix.
= 1300. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 4 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.3 / ムービー #1: 1.3
最小 - 最大-7.25648 - 6.40795
平均 (標準偏差)-0.00000405756 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-162-162-162
サイズ325325325
Spacing325325325
セルA=B=C: 1300 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z444
M x/y/z325325325
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1300.0001300.0001300.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-81-81-81
NX/NY/NZ160160160
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-162-162-162
NC/NR/NS325325325
D min/max/mean-7.2566.408-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Rift Valley Fever virus

全体名称: Rift Valley Fever virus (リフトバレー熱ウイルス)
要素
  • 試料: Rift Valley Fever virus
  • ウイルス: Rift Valley fever virus (リフトバレー熱ウイルス)

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超分子 #1000: Rift Valley Fever virus

超分子名称: Rift Valley Fever virus / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was fixed with glutaraldehyde at pH 6.0 prior to virus purification
Number unique components: 1

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超分子 #1: Rift Valley fever virus

超分子名称: Rift Valley fever virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: RVFV
詳細: Virus was fixed with 0.5 percent glutaraldehyde at pH 6.0. Clone 13
NCBI-ID: 11588 / 生物種: Rift Valley fever virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: RVFV
宿主生物種: Ovis aries (ヒツジ) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: glycoprotein layer / 直径: 1060 Å / T番号(三角分割数): 12

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6 / 詳細: 50 mM Tris-HCl pH 6.0, 100 mM NaCl
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: unstained sample
グリッド詳細: 200 mesh copper C-flat
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 90 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: MPI Biochemisty plunger / 手法: Blot for 4 seconds befor plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI 20
温度最低: 90 K / 最高: 90 K / 平均: 90 K
アライメント法Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 80,000 times magnification
詳細Low dose imaging
日付2008年6月22日
撮影カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: FEI EAGLE (2k x 2k) / デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 42 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16
Tilt angle min0
Tilt angle max0
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 112000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm / 倍率（公称値）: 80000
試料ステージ試料ホルダー: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder
試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN

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画像解析

詳細The particles were selected using an automatic selection program ETHAN
CTF補正詳細: Each image, phases flipped
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 30.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: PFT2, EM3DR2 / 使用した粒子像数: 130

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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