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- EMDB-19549: cryoEM structure of the central Ald4 filament determined by FilamentID -
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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | cryoEM structure of the central Ald4 filament determined by FilamentID | |||||||||
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![]() | metabolic enzyme / filament / cryoEM / CYTOSOLIC PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Metabolism of serotonin / Smooth Muscle Contraction / Fructose catabolism / Ethanol oxidation / RA biosynthesis pathway / aldehyde dehydrogenase (NADP+) / acetate biosynthetic process / ethanol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / NADPH regeneration ...Metabolism of serotonin / Smooth Muscle Contraction / Fructose catabolism / Ethanol oxidation / RA biosynthesis pathway / aldehyde dehydrogenase (NADP+) / acetate biosynthetic process / ethanol metabolic process / aldehyde dehydrogenase [NAD(P)+] activity / NADPH regeneration / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / Mitochondrial protein degradation / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / pyruvate metabolic process / mitochondrial nucleoid / mitochondrion 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
![]() | Hugener J / Xu J / Wettstein R / Ioannidi L / Velikov D / Wollweber F / Henggeler A / Matos J / Pilhofer M | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: FilamentID reveals the composition and function of metabolic enzyme polymers during gametogenesis. 著者: Jannik Hugener / Jingwei Xu / Rahel Wettstein / Lydia Ioannidi / Daniel Velikov / Florian Wollweber / Adrian Henggeler / Joao Matos / Martin Pilhofer / ![]() ![]() 要旨: Gamete formation and subsequent offspring development often involve extended phases of suspended cellular development or even dormancy. How cells adapt to recover and resume growth remains poorly ...Gamete formation and subsequent offspring development often involve extended phases of suspended cellular development or even dormancy. How cells adapt to recover and resume growth remains poorly understood. Here, we visualized budding yeast cells undergoing meiosis by cryo-electron tomography (cryoET) and discovered elaborate filamentous assemblies decorating the nucleus, cytoplasm, and mitochondria. To determine filament composition, we developed a "filament identification" (FilamentID) workflow that combines multiscale cryoET/cryo-electron microscopy (cryoEM) analyses of partially lysed cells or organelles. FilamentID identified the mitochondrial filaments as being composed of the conserved aldehyde dehydrogenase Ald4 and the nucleoplasmic/cytoplasmic filaments as consisting of acetyl-coenzyme A (CoA) synthetase Acs1. Structural characterization further revealed the mechanism underlying polymerization and enabled us to genetically perturb filament formation. Acs1 polymerization facilitates the recovery of chronologically aged spores and, more generally, the cell cycle re-entry of starved cells. FilamentID is broadly applicable to characterize filaments of unknown identity in diverse cellular contexts. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.9 KB 16.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 43.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 30.5 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 26.6 MB 23.3 MB 23.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 793.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 792.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rwkMC ![]() 8rwjC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: cryoEM map that is further processed by DeepEMhancer.
ファイル | emd_19549_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | cryoEM map that is further processed by DeepEMhancer. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19549_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19549_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Ald4 polymers from the spread mitochondria of meiotic yeast cells
全体 | 名称: Ald4 polymers from the spread mitochondria of meiotic yeast cells |
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要素 |
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-超分子 #1: Ald4 polymers from the spread mitochondria of meiotic yeast cells
超分子 | 名称: Ald4 polymers from the spread mitochondria of meiotic yeast cells タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Potassium-activated aldehyde dehydrogenase, mitochondrial
分子 | 名称: Potassium-activated aldehyde dehydrogenase, mitochondrial タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO EC番号: 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 56.787391 KDa |
配列 | 文字列: MFSRSTLCLK TSASSIGRLQ LRYFSHLPMT VPIKLPNGLE YEQPTGLFIN NKFVPSKQNK TFEVINPSTE EEICHIYEGR EDDVEEAVQ AADRAFSNGS WNGIDPIDRG KALYRLAELI EQDKDVIASI ETLDNGKAIS SSRGDVDLVI NYLKSSAGFA D KIDGRMID ...文字列: MFSRSTLCLK TSASSIGRLQ LRYFSHLPMT VPIKLPNGLE YEQPTGLFIN NKFVPSKQNK TFEVINPSTE EEICHIYEGR EDDVEEAVQ AADRAFSNGS WNGIDPIDRG KALYRLAELI EQDKDVIASI ETLDNGKAIS SSRGDVDLVI NYLKSSAGFA D KIDGRMID TGRTHFSYTK RQPLGVCGQI IPWNFPLLMW AWKIAPALVT GNTVVLKTAE STPLSALYVS KYIPQAGIPP GV INIVSGF GKIVGEAITN HPKIKKVAFT GSTATGRHIY QSAAAGLKKV TLELGGKSPN IVFADAELKK AVQNIILGIY YNS GEVCCA GSRVYVEESI YDKFIEEFKA ASESIKVGDP FDESTFQGAQ TSQMQLNKIL KYVDIGKNEG ATLITGGERL GSKG YFIKP TVFGDVKEDM RIVKEEIFGP VVTVTKFKSA DEVINMANDS EYGLAAGIHT SNINTALKVA DRVNAGTVWI NTYND FHHA VPFGGFNASG LGREMSVDAL QNYLQVKAVR AKLDE UniProtKB: Potassium-activated aldehyde dehydrogenase, mitochondrial |
-分子 #2: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE
分子 | 名称: NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 4 / 式: NAP |
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分子量 | 理論値: 743.405 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-NAP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER 詳細: the initial model is determined by sub-tomogram averaging of the same filament in the purified mitochondria. |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 29307 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION |