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万見
- EMDB-19548: cryoEM structure of Acs1 filament determined by FilamentID -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19548
タイトルcryoEM structure of Acs1 filament determined by FilamentID
マップデータ
試料
  • 複合体: Acetyl-CoA synthetase 1 filament from spread meiotic yeast spheroplasts
    • タンパク質・ペプチド: Acetyl-coenzyme A synthetase
  • リガンド: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] ethanoate
キーワードmetabolic enzyme / filament / cryoEM / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acetate-CoA ligase / acetate-CoA ligase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from acetate / AMP binding / mitochondrion / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Acetate-CoA ligase / Acetyl-coenzyme A synthetase, N-terminal domain / Acetyl-coenzyme A synthetase N-terminus / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
Acetyl-coenzyme A synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae SK1 (パン酵母)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Hugener J / Xu J / Wettstein R / Ioannidi L / Velikov D / Wollweber F / Henggeler A / Matos J / Pilhofer M
資金援助 スイス, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation176108 スイス
European Research Council (ERC)101002629European Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: FilamentID reveals the composition and function of metabolic enzyme polymers during gametogenesis.
著者: Jannik Hugener / Jingwei Xu / Rahel Wettstein / Lydia Ioannidi / Daniel Velikov / Florian Wollweber / Adrian Henggeler / Joao Matos / Martin Pilhofer /
要旨: Gamete formation and subsequent offspring development often involve extended phases of suspended cellular development or even dormancy. How cells adapt to recover and resume growth remains poorly ...Gamete formation and subsequent offspring development often involve extended phases of suspended cellular development or even dormancy. How cells adapt to recover and resume growth remains poorly understood. Here, we visualized budding yeast cells undergoing meiosis by cryo-electron tomography (cryoET) and discovered elaborate filamentous assemblies decorating the nucleus, cytoplasm, and mitochondria. To determine filament composition, we developed a "filament identification" (FilamentID) workflow that combines multiscale cryoET/cryo-electron microscopy (cryoEM) analyses of partially lysed cells or organelles. FilamentID identified the mitochondrial filaments as being composed of the conserved aldehyde dehydrogenase Ald4 and the nucleoplasmic/cytoplasmic filaments as consisting of acetyl-coenzyme A (CoA) synthetase Acs1. Structural characterization further revealed the mechanism underlying polymerization and enabled us to genetically perturb filament formation. Acs1 polymerization facilitates the recovery of chronologically aged spores and, more generally, the cell cycle re-entry of starved cells. FilamentID is broadly applicable to characterize filaments of unknown identity in diverse cellular contexts.
履歴
登録2024年2月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月26日-
マップ公開2024年6月26日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19548.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19548.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.07 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.012
最小 - 最大-0.04811491 - 0.08490145
平均 (標準偏差)0.00039581815 (±0.0041219834)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 256.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19548_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: cryoEM map further improved by deepEMhancer

ファイルemd_19548_additional_1.map
注釈cryoEM map further improved by deepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19548_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19548_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Acetyl-CoA synthetase 1 filament from spread meiotic yeast sphero...

全体名称: Acetyl-CoA synthetase 1 filament from spread meiotic yeast spheroplasts
要素
  • 複合体: Acetyl-CoA synthetase 1 filament from spread meiotic yeast spheroplasts
    • タンパク質・ペプチド: Acetyl-coenzyme A synthetase
  • リガンド: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] ethanoate

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超分子 #1: Acetyl-CoA synthetase 1 filament from spread meiotic yeast sphero...

超分子名称: Acetyl-CoA synthetase 1 filament from spread meiotic yeast spheroplasts
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: SK1

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分子 #1: Acetyl-coenzyme A synthetase

分子名称: Acetyl-coenzyme A synthetase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 9 / 光学異性体: LEVO / EC番号: acetate-CoA ligase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae SK1 (パン酵母)
分子量理論値: 79.27057 KDa
配列文字列: MSPSAVQSSK LEEQSSEIDK LKAKMSQSAS TAQQKKEHEY EHLTSVKIVP QRPISDRLQP AIATHYSPHL DGLQDYQRLH KESIEDPAK FFGSKATQFL NWSKPFDKVF IPDSKTGRPS FQNNAWFLNG QLNACYNCVD RHALKTPNKK AIIFEGDEPG Q GYSITYKE ...文字列:
MSPSAVQSSK LEEQSSEIDK LKAKMSQSAS TAQQKKEHEY EHLTSVKIVP QRPISDRLQP AIATHYSPHL DGLQDYQRLH KESIEDPAK FFGSKATQFL NWSKPFDKVF IPDSKTGRPS FQNNAWFLNG QLNACYNCVD RHALKTPNKK AIIFEGDEPG Q GYSITYKE LLEEVCQVAQ VLTYSMGVRK GDTVAVYMPM VPEAIITLLA ISRIGAIHSV VFAGFSSNSL RDRINDGDSK VV ITTDESN RGGKVIETKR IVDDALRETP GVRHVLVYRK TNNPSVAFHA PRDLDWATEK KKYKTYYPCT PVDSEDPLFL LYT SGSTGA PKGVQHSTAG YLLGALLTMR YTFDTHQEDV FFTAGDIGWI TGHTYVVYGP LLYGCATLVF EGTPAYPNYS RYWD IIDEH KVTQFYVAPT ALRLLKRAGD SYIENHSLKS LRCLGSVGEP IAAEVWEWYS EKIGKNEIPI VDTYWQTESG SHLVT PLAG GVTPMKPGSA SFPFFGIDAV VLDPNTGEEL NTSHAEGVLA VKAAWPSFAR TIWKNHDRYL DTYLNPYPGY YFTGDG AAK DKDGYIWILG RVDDVVNVSG HRLSTAEIEA AIIEDPIVAE CAVVGFNDDL TGQAVAAFVV LKNKSNWSTA TDDELQD IK KHLVFTVRKD IGPFAAPKLI ILVDDLPKTR SGKIMRRILR KILAGESDQL GDVSTLSNPG IVRHLIDSVK L

UniProtKB: Acetyl-coenzyme A synthetase

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分子 #2: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidany...

分子名称: [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] ethanoate
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 9 / 式: 6R9
分子量理論値: 389.258 Da
Chemical component information

ChemComp-6R9:
[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] ethanoate / アデニル酸アセチル

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 6.4
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.8000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 53.61 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 13.03 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C3 (3回回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 17169
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: the initial model is determined from sub-tomogram averaged volume of spread spheroplast.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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