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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of human NTCP-Bulevirtide complex | |||||||||||||||
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![]() | Hepatitis B/D virus receptor / bile salt transporter / drugs / inhibitor / TRANSPORT PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() bile acid:sodium symporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / viral process / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus ...bile acid:sodium symporter activity / regulation of bile acid secretion / bile acid and bile salt transport / bile acid signaling pathway / Recycling of bile acids and salts / viral process / response to nutrient levels / response to organic cyclic compound / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity / basolateral plasma membrane / response to ethanol / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å | |||||||||||||||
![]() | Liu H / Zakrzewicz D / Nosol K / Irobalieva RN / Mukherjee S / Bang-Soerensen R / Goldmann N / Kunz S / Rossi L / Kossiakoff AA ...Liu H / Zakrzewicz D / Nosol K / Irobalieva RN / Mukherjee S / Bang-Soerensen R / Goldmann N / Kunz S / Rossi L / Kossiakoff AA / Urban S / Glebe D / Geyer J / Locher KP | |||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of human NTCP-Bulevirtide complex 著者: Liu H / Zakrzewicz D / Nosol K / Irobalieva RN / Mukherjee S / Bang-Sorensen R / Goldmann N / Kunz S / Rossi L / Kossiakoff AA / Urban S / Glebe D / Geyer J / Locher KP | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 203.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.6 KB 19.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 73.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 6.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 200.1 MB 200.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rqfMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.65 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19440_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19440_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Structure of Bulevirtide-bound human NTCP in complex with Fab and...
全体 | 名称: Structure of Bulevirtide-bound human NTCP in complex with Fab and nanobody |
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要素 |
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-超分子 #1: Structure of Bulevirtide-bound human NTCP in complex with Fab and...
超分子 | 名称: Structure of Bulevirtide-bound human NTCP in complex with Fab and nanobody タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 110 KDa |
-分子 #1: Sodium/bile acid cotransporter
分子 | 名称: Sodium/bile acid cotransporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.149949 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MEAHNASAPF NFTLPPNFGK RPTDLALSVI LVFMLFFIML SLGCTMEFSK IKAHLWKPKG LAIALVAQYG IMPLTAFVLG KVFRLKNIE ALAILVCGCS PGGNLSNVFS LAMKGDMNLS IVMTTCSTFC ALGMMPLLLY IYSRGIYDGD LKDKVPYKGI V ISLVLVLI ...文字列: MEAHNASAPF NFTLPPNFGK RPTDLALSVI LVFMLFFIML SLGCTMEFSK IKAHLWKPKG LAIALVAQYG IMPLTAFVLG KVFRLKNIE ALAILVCGCS PGGNLSNVFS LAMKGDMNLS IVMTTCSTFC ALGMMPLLLY IYSRGIYDGD LKDKVPYKGI V ISLVLVLI PCTIGIVLKS KRPQYMRYVI KGGMIIILLC SVAVTVLSAI NVGKSIMFAM TPLLIATSSL MPFIGFLLGY VL SALFCLN GRCRRTVSME TGCQNVQLCS TILNVAFPPE VIGPLFFFPL LYMIFQLGEG LLLIAIFWCY EKFKTPKDKT KMI YTAATT EETIPGALGN GTYKGEDCSP CTA UniProtKB: Hepatic sodium/bile acid cotransporter |
-分子 #2: Heavy chain of Fab3
分子 | 名称: Heavy chain of Fab3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.197955 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSSSYIHWV RQAPGKGLEW VASISPYYSY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYQYDYYYS YYAGLDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW ...文字列: EISEVQLVES GGGLVQPGGS LRLSCAASGF NVSSSYIHWV RQAPGKGLEW VASISPYYSY TSYADSVKGR FTISADTSKN TAYLQMNSL RAEDTAVYYC ARYQYDYYYS YYAGLDYWGQ GTLVTVSSAS TKGPSVFPLA PSSKSTSGGT AALGCLVKDY F PEPVTVSW NSGALTSGVH TFPAVLQSSG LYSLSSVVTV PSSSLGTQTY ICNVNHKPSN TKVDKKVEPK SCDKTHT |
-分子 #3: Light chain of Fab3
分子 | 名称: Light chain of Fab3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 23.481094 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYRYSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD ...文字列: SDIQMTQSPS SLSASVGDRV TITCRASQSV SSAVAWYQQK PGKAPKLLIY SASSLYSGVP SRFSGSRSGT DFTLTISSLQ PEDFATYYC QQYRYSLITF GQGTKVEIKR TVAAPSVFIF PPSDSQLKSG TASVVCLLNN FYPREAKVQW KVDNALQSGN S QESVTEQD SKDSTYSLSS TLTLSKADYE KHKVYACEVT HQGLSSPVTK SFNRGEC |
-分子 #4: Fab-specific nanobody
分子 | 名称: Fab-specific nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 13.118386 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: VQLQESGGGL VQPGGSLRLS CAASGRTISR YAMSWFRQAP GKEREFVAVA RRSGDGAFYA DSVQGRFTVS RDDAKNTVYL QMNSLKPED TAVYYCAIDS DTFYSGSYDY WGQGTQVTVS S |
-分子 #5: Polymerase
分子 | 名称: Polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 5.136473 KDa |
配列 | 文字列: TNLSVPNPLG FFPDHQLDPA FGANSNNPDW DFNPNKDHWP EANKVG UniProtKB: Polymerase |
-分子 #6: N-tetradecanoylglycine
分子 | 名称: N-tetradecanoylglycine / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: BJU |
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分子量 | 理論値: 285.422 Da |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 128700 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |