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- PDB-8rqf: Cryo-EM structure of human NTCP-Bulevirtide complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8rqf
タイトルCryo-EM structure of human NTCP-Bulevirtide complex
要素
  • Fab-specific nanobody
  • Heavy chain of Fab3
  • Light chain of Fab3
  • Polymerase
  • Sodium/bile acid cotransporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Hepatitis B/D virus receptor / bile salt transporter / drugs / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


bile acid:sodium symporter activity / membrane fusion involved in viral entry into host cell / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / Recycling of bile acids and salts / response to nutrient levels / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity / response to ethanol ...bile acid:sodium symporter activity / membrane fusion involved in viral entry into host cell / bile acid transmembrane transporter activity / bile acid and bile salt transport / Recycling of bile acids and salts / response to nutrient levels / response to estrogen / cellular response to xenobiotic stimulus / virus receptor activity / response to ethanol / basolateral plasma membrane / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / virion membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Large envelope protein S / Major surface antigen from hepadnavirus / Bile acid:sodium symporter/arsenical resistance protein Acr3 / Bile acid:sodium symporter / Sodium Bile acid symporter family / Sodium/solute symporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Polymerase / Hepatic sodium/bile acid cotransporter
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
hepatitis B virus genotype C (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.41 Å
データ登録者Liu, H. / Zakrzewicz, D. / Nosol, K. / Irobalieva, R.N. / Mukherjee, S. / Bang-Soerensen, R. / Goldmann, N. / Kunz, S. / Rossi, L. / Kossiakoff, A.A. ...Liu, H. / Zakrzewicz, D. / Nosol, K. / Irobalieva, R.N. / Mukherjee, S. / Bang-Soerensen, R. / Goldmann, N. / Kunz, S. / Rossi, L. / Kossiakoff, A.A. / Urban, S. / Glebe, D. / Geyer, J. / Locher, K.P.
資金援助 スイス, ドイツ, 米国, 4件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation214834 スイス
Swiss National Science Foundation189111 スイス
German Research Foundation (DFG)197785619 ドイツ
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM117372 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structure of antiviral drug bulevirtide bound to hepatitis B and D virus receptor protein NTCP.
著者: Hongtao Liu / Dariusz Zakrzewicz / Kamil Nosol / Rossitza N Irobalieva / Somnath Mukherjee / Rose Bang-Sørensen / Nora Goldmann / Sebastian Kunz / Lorenzo Rossi / Anthony A Kossiakoff / ...著者: Hongtao Liu / Dariusz Zakrzewicz / Kamil Nosol / Rossitza N Irobalieva / Somnath Mukherjee / Rose Bang-Sørensen / Nora Goldmann / Sebastian Kunz / Lorenzo Rossi / Anthony A Kossiakoff / Stephan Urban / Dieter Glebe / Joachim Geyer / Kaspar P Locher /
要旨: Cellular entry of the hepatitis B and D viruses (HBV/HDV) requires binding of the viral surface polypeptide preS1 to the hepatobiliary transporter Na-taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP). ...Cellular entry of the hepatitis B and D viruses (HBV/HDV) requires binding of the viral surface polypeptide preS1 to the hepatobiliary transporter Na-taurocholate co-transporting polypeptide (NTCP). This interaction can be blocked by bulevirtide (BLV, formerly Myrcludex B), a preS1 derivative and approved drug for treating HDV infection. Here, to elucidate the basis of this inhibitory function, we determined a cryo-EM structure of BLV-bound human NTCP. BLV forms two domains, a plug lodged in the bile salt transport tunnel of NTCP and a string that covers the receptor's extracellular surface. The N-terminally attached myristoyl group of BLV interacts with the lipid-exposed surface of NTCP. Our structure reveals how BLV inhibits bile salt transport, rationalizes NTCP mutations that decrease the risk of HBV/HDV infection, and provides a basis for understanding the host specificity of HBV/HDV. Our results provide opportunities for structure-guided development of inhibitors that target HBV/HDV docking to NTCP.
履歴
登録2024年1月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02024年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update / _pdbx_entry_details.has_protein_modification
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / カテゴリ: em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sodium/bile acid cotransporter
H: Heavy chain of Fab3
L: Light chain of Fab3
K: Fab-specific nanobody
B: Polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,3696
ポリマ－105,0845
非ポリマー2851
水181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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抗体 , 3種, 3分子 HLK

#2: 抗体 Heavy chain of Fab3


分子量: 25197.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 Light chain of Fab3


分子量: 23481.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 抗体 Fab-specific nanobody


分子量: 13118.386 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sodium/bile acid cotransporter / Cell growth-inhibiting gene 29 protein / Na(+)/bile acid cotransporter / Na(+)/taurocholate ...Cell growth-inhibiting gene 29 protein / Na(+)/bile acid cotransporter / Na(+)/taurocholate transport protein / Sodium/taurocholate cotransporting polypeptide / Solute carrier family 10 member 1


分子量: 38149.949 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC10A1, NTCP, GIG29 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14973
#5: タンパク質・ペプチド Polymerase


分子量: 5136.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) hepatitis B virus genotype C (ウイルス)
参照: UniProt: A0A515J2X9

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非ポリマー , 2種, 2分子

#6: 化合物 ChemComp-BJU / N-tetradecanoylglycine


分子量: 285.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H31NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Structure of Bulevirtide-bound human NTCP in complex with Fab and nanobody
タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#5 / 由来: RECOMBINANT
分子量値: 0.11 MDa / 実験値: YES
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 500 nm
撮影電子線照射量: 55 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: NONE
3次元再構成解像度: 3.41 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 128700 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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