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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18693 | |||||||||
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タイトル | Ternary complex of ReChb - crRNA - target dsDNA | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Cas / BIOSYNTHETIC PROTEIN / cryo-EM / ancestral sequence reconstruction / biotechnology / DNA / RNA | |||||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.14 Å | |||||||||
データ登録者 | Lopez-Alonso JP / Ubarretxena-Belandia I / Tascon I | |||||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Nature Biotechnology / 年: 2024 タイトル: A resurrected ancestor of Cas12a expands target access and substrate 2 recognition for nucleic-acid editing and detection 著者: Jabalera Y / Tascon I / Samperio S / Lopez-Alonso JP / Gonzalez-Lopez M / Aransay AM / Abascal-Palacios G / Beisel CL / Ubarretxena-Belandia I / Jimenez-Perez R | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18693.map.gz | 117.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18693-v30.xml emd-18693.xml | 22.3 KB 22.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18693_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18693.png | 96.8 KB | ||
マスクデータ | emd_18693_msk_1.map | 125 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18693.cif.gz | 7.5 KB | ||
その他 | emd_18693_half_map_1.map.gz emd_18693_half_map_2.map.gz | 116 MB 116 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18693 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18693 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18693_validation.pdf.gz | 971 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18693_full_validation.pdf.gz | 970.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18693_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18693_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18693 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18693 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18693.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8238 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18693_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18693_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18693_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of ReChb - crRNA - target dsDNA
全体 | 名称: Ternary complex of ReChb - crRNA - target dsDNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of ReChb - crRNA - target dsDNA
超分子 | 名称: Ternary complex of ReChb - crRNA - target dsDNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
-分子 #1: ReChb
分子 | 名称: ReChb / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 148.954109 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPKMFSNFTN QYPLSKTLRF ELKPVGKTLE HIEKKGLLEQ DEKRAEDYKK VKKIIDEYHK DFIEEALNNV KLNGEGLEEY YELYFKKNK DDKDKKKKEF EKIQDNLRKQ IVEAFKNHEK YKNLFKKELI KEDLPNWLKN SEDTGEEDKE TVEKFKNFTT Y FTGFHENR ...文字列: GPKMFSNFTN QYPLSKTLRF ELKPVGKTLE HIEKKGLLEQ DEKRAEDYKK VKKIIDEYHK DFIEEALNNV KLNGEGLEEY YELYFKKNK DDKDKKKKEF EKIQDNLRKQ IVEAFKNHEK YKNLFKKELI KEDLPNWLKN SEDTGEEDKE TVEKFKNFTT Y FTGFHENR KNMYSDEEKS TAIAYRLIHE NLPKFLDNMK VFEKIKEKHP EAEQLEKTLK DLGEEEVLGG NNVEDIFSLD YF NHTLTQS GIDIYNTIIG GKTEEDGNKK IQGLNEYINL YRQKNNEKNR KLPKLKPLYK QILSDRESLS FIPEAFENDE ELL EAIEEF YENLNFSNNN EATNVLEKLK ELLSNLADYD LNKIYIRNDT SLTDISQKIF GDWSVIKDAL NAHYDQTYPK KKKK KSKEK LEEKREKWLK KQKYFSIAEL QEALDSYCKE SDESKEQKEN SIADYFKTLA QTKNETDKKT DLIENIKSKY QYPND KKLA QDKEFKDVEK IKAFLDSIMN LQHFVKPLHL VKGGSAGAEM EKDEAFYSEF EALYEELSQV IPLYNKVRNY LTQKPY STE KIKLNFENST LLDGWDVNKE TDNTSVLLRK DGLYYLGIMN KKHNKVFENI PESNENDKCY EKMDYKLLPG ANKMLPK VF FSNKNIDYFN PSAEILEIYE NGTHKKSGDN FNLDDCHKLI DFFKESINKH EDWKKFGFKF SPTSSYEDIS GFYREVEQ Q GYKISFKNIS ESYIDELVDE GKLYLFQIYN KDFSPYSKGK PNLHTLYWKA LFDEENLKDV VYKLNGEAEV FYRKASINE TIVHKANEPI KNKNPLNPKK QSTFEYDIIK DRRYTVDKFQ FHVPITMNFK AEGNSNINDE VNEFLKGNAP DVNIIGIDRG ERHLLYLTL IDQKGKIVEQ DSLNTITNEH NETDYHALLD DKEKERDKAR KSWGTIENIK ELKEGYLSQV VHKIAKLMVE H NAIVVMED LNFGFKRGRF KVEKQVYQKF EKMLIDKLNY LVDKDKEPNE PGGLLNAYQL TNKFESFQKM GKQSGFLFYV PA WNTSKID PTTGFVNLFH PRYENVEKAK EFFNKFDSIR YNSEKDYFEF AFDYNNFTEK AEGTKWTVCT YGERIKTYRN ADK NNQWDS KEVNVTEEFK NLFDEYNIDY KNGNDLKEAI LSQDDADFFK SLLHLLRLTL QMRNSITGTE IDYIISPVAN ENGE FFDSR KADESLPKDA DANGAYHIAR KGLWVLEQIK QTDDLKKVNL AISNKEWLEF VQERKN |
-分子 #2: crRNA
分子 | 名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 12.696498 KDa |
配列 | 文字列: GAAUUUCUAC UGUUGUAGAU UCCUAAGGCG UUACCCCAAU |
-分子 #3: target DNA
分子 | 名称: target DNA / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 11.983707 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT) (DG)(DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DA)(DC)(DG)(DC) (DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA) (DA)(DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DC)(DT)(DA)(DG) |
-分子 #4: non target DNA
分子 | 名称: non target DNA / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 12.023731 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DT)(DA)(DG)(DC)(DA)(DT)(DA)(DT)(DT) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG) (DC)(DG)(DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DC)(DC) (DA)(DA)(DT)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG) |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 5 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 2.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: LEICA EM GP |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 実像数: 17896 / 平均露光時間: 2.12 sec. / 平均電子線量: 50.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.6 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: Other / Chain - Initial model type: other / 詳細: ModelAngelo |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
得られたモデル | PDB-8qwe: |