[日本語] English
万見
- EMDB-1810: Phage T7 empty head. -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1810
タイトルPhage T7 empty head.
マップデータBacteriophage T7 empty head
試料
  • 試料: Phage T7 empty head
  • ウイルス: Enterobacteria phage T7 (ファージ)
キーワードBacteriophage / virus / capsid maturation / cryoelectron microscopy / morphogenetic intermediate.
機能・相同性Capsid Gp10A/Gp10B / : / Major capsid protein / viral capsid / identical protein binding / Major capsid protein
機能・相同性情報
生物種Enterobacteria phage T7 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.8 Å
データ登録者Ionel A / Velazquez-Muriel JA / Luque D / Cuervo A / Caston JR / Valpuesta JM / Martin-Benito J / Carrascosa JL
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2011
タイトル: Molecular rearrangements involved in the capsid shell maturation of bacteriophage T7.
著者: Alina Ionel / Javier A Velázquez-Muriel / Daniel Luque / Ana Cuervo / José R Castón / José M Valpuesta / Jaime Martín-Benito / José L Carrascosa /
要旨: Maturation of dsDNA bacteriophages involves assembling the virus prohead from a limited set of structural components followed by rearrangements required for the stability that is necessary for ...Maturation of dsDNA bacteriophages involves assembling the virus prohead from a limited set of structural components followed by rearrangements required for the stability that is necessary for infecting a host under challenging environmental conditions. Here, we determine the mature capsid structure of T7 at 1 nm resolution by cryo-electron microscopy and compare it with the prohead to reveal the molecular basis of T7 shell maturation. The mature capsid presents an expanded and thinner shell, with a drastic rearrangement of the major protein monomers that increases in their interacting surfaces, in turn resulting in a new bonding lattice. The rearrangements include tilting, in-plane rotation, and radial expansion of the subunits, as well as a relative bending of the A- and P-domains of each subunit. The unique features of this shell transformation, which does not employ the accessory proteins, inserted domains, or molecular interactions observed in other phages, suggest a simple capsid assembling strategy that may have appeared early in the evolution of these viruses.
履歴
登録2010年10月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2010年11月5日-
マップ公開2010年11月5日-
更新2013年3月13日-
現状2013年3月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2xvr
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-2xvr
  • 表面レベル: 0.007
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-2xvr
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1810_T7matur...

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1810.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 626.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Bacteriophage T7 empty head
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.4 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.007 / ムービー #1: 0.007
最小 - 最大-0.00872735 - 0.0178209
平均 (標準偏差)0.0000675162 (±0.0022955)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ552552552
Spacing552552552
セルA=B=C: 772.8 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.41.41.4
M x/y/z552552552
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z772.800772.800772.800
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-69-69-68
NX/NY/NZ138138138
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS552552552
D min/max/mean-0.0090.0180.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Phage T7 empty head

全体名称: Phage T7 empty head
要素
  • 試料: Phage T7 empty head
  • ウイルス: Enterobacteria phage T7 (ファージ)

-
超分子 #1000: Phage T7 empty head

超分子名称: Phage T7 empty head / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral / Number unique components: 1

-
超分子 #1: Enterobacteria phage T7

超分子名称: Enterobacteria phage T7 / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Bacteriophage T7 / NCBI-ID: 10760 / 生物種: Enterobacteria phage T7 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes / Syn species name: Bacteriophage T7
宿主生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 別称: BACTERIA(EUBACTERIA)
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 600 Å / T番号(三角分割数): 7

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.8 / 詳細: 50 mM Tris-HCl, pH 7.8, 10 mM MgCl2, 0.1 M NaCl
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: xmipp / 使用した粒子像数: 5100

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

1ohg

ソフトウェア名称: Xmipp
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-2xvr:
Phage T7 empty mature head shell

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る