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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of GABAAR determined by cryoEM at 100 keV | |||||||||||||||||||||
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![]() | Pentameric ligand-gated ion channel / Neurotrasmitter receptor / GABA(A) receptor / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / nervous system process / neurotransmitter receptor activity ...cellular response to histamine / GABA receptor activation / GABA-gated chloride ion channel activity / GABA-A receptor activity / GABA-A receptor complex / inhibitory synapse assembly / synaptic transmission, GABAergic / gamma-aminobutyric acid signaling pathway / nervous system process / neurotransmitter receptor activity / roof of mouth development / Signaling by ERBB4 / chloride channel complex / transmembrane transporter complex / chloride transmembrane transport / regulation of membrane potential / cytoplasmic vesicle membrane / postsynaptic membrane / neuron projection / synapse / signal transduction / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | McMullan G / Naydenova K / Mihaylov D / Peet MJ / Wilson H / Yamashita K / Dickerson JL / Chen S / Cannone G / Lee Y ...McMullan G / Naydenova K / Mihaylov D / Peet MJ / Wilson H / Yamashita K / Dickerson JL / Chen S / Cannone G / Lee Y / Hutchings KA / Gittins O / Sobhy M / Wells T / El-Gomati MM / Dalby J / Meffert M / Schulze-Briese C / Henderson R / Russo CJ | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure determination by cryoEM at 100 keV. 著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A ...著者: Greg McMullan / Katerina Naydenova / Daniel Mihaylov / Keitaro Yamashita / Mathew J Peet / Hugh Wilson / Joshua L Dickerson / Shaoxia Chen / Giuseppe Cannone / Yang Lee / Katherine A Hutchings / Olivia Gittins / Mohamed A Sobhy / Torquil Wells / Mohamed M El-Gomati / Jason Dalby / Matthias Meffert / Clemens Schulze-Briese / Richard Henderson / Christopher J Russo / ![]() ![]() ![]() 要旨: Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose- ...Electron cryomicroscopy can, in principle, determine the structures of most biological molecules but is currently limited by access, specimen preparation difficulties, and cost. We describe a purpose-built instrument operating at 100 keV-including advances in electron optics, detection, and processing-that makes structure determination fast and simple at a fraction of current costs. The instrument attains its theoretical performance limits, allowing atomic resolution imaging of gold test specimens and biological molecular structure determination in hours. We demonstrate its capabilities by determining the structures of eleven different specimens, ranging in size from 140 kDa to 2 MDa, using a fraction of the data normally required. CryoEM with a microscope designed specifically for high-efficiency, on-the-spot imaging of biological molecules will expand structural biology to a wide range of previously intractable problems. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 10 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 21.1 KB 21.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 106.7 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 120.4 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.4 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 94.7 MB 94.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 868.5 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 868.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8pvbMC ![]() 8pv9C ![]() 8pvaC ![]() 8pvcC ![]() 8pvdC ![]() 8pveC ![]() 8pvfC ![]() 8pvgC ![]() 8pvhC ![]() 8pviC ![]() 8pvjC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.828 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17960_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17960_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Human GABA(A)R-beta3 homopentamer in complex with Megabody-25 in ...
全体 | 名称: Human GABA(A)R-beta3 homopentamer in complex with Megabody-25 in lipid nanodisc |
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要素 |
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-超分子 #1: Human GABA(A)R-beta3 homopentamer in complex with Megabody-25 in ...
超分子 | 名称: Human GABA(A)R-beta3 homopentamer in complex with Megabody-25 in lipid nanodisc タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3
分子 | 名称: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 45.744285 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: EMDEKTTGWR GGHVVEGLAG ELEQLRARLE HHPQGQREPD YDIPTTENLY FQGTGQSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGP PVCVGMNIDI ASIDMVSEVN MDYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS F VHGVTVKN ...文字列: EMDEKTTGWR GGHVVEGLAG ELEQLRARLE HHPQGQREPD YDIPTTENLY FQGTGQSVND PGNMSFVKET VDKLLKGYDI RLRPDFGGP PVCVGMNIDI ASIDMVSEVN MDYTLTMYFQ QYWRDKRLAY SGIPLNLTLD NRVADQLWVP DTYFLNDKKS F VHGVTVKN RMIRLHPDGT VLYGLRITTT AACMMDLRRY PLDEQNCTLE IESYGYTTDD IEFYWRGGDK AVTGVERIEL PQ FSIVEHR LVSRNVVFAT GAYPRLSLSF RLKRNIGYFI LQTYMPSILI TILSWVSFWI NYDASAARVA LGITTVLTMT TIN THLRET LPKIPYVTAI DMYLMGCFVF VFLALLEYAF VNYIFFSQPA RAAAIDRWSR IVFPFTFSLF NLVYWLYYVN UniProtKB: Gamma-aminobutyric acid receptor subunit beta-3 |
-分子 #2: Megabody Mb25
分子 | 名称: Megabody Mb25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 56.300629 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QVQLVESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK ...文字列: QVQLVESGGG LVQTKTTTSV IDTTNDAQNL LTQAQTIVNT LKDYCPILIA KSSSSNGGTN NANTPSWQTA GGGKNSCATF GAEFSAASD MINNAQKIVQ ETQQLSANQP KNITQPHNLN LNSPSSLTAL AQKMLKNAQS QAEILKLANQ VESDFNKLSS G HLKDYIGK CDASAISSAN MTMQNQKNNW GNGCAGVEET QSLLKTSAAD FNNQTPQINQ AQNLANTLIQ ELGNNTYEQL SR LLTNDNG TNSKTSAQAI NQAVNNLNER AKTLAGGTTN SPAYQATLLA LRSVLGLWNS MGYAVICGGY TKSPGENNQK DFH YTDENG NGTTINCGGS TNSNGTHSYN GTNTLKADKN VSLSIEQYEK IHEAYQILSK ALKQAGLAPL NSKGEKLEAH VTTS KYGSL RLSCAASGHT FNYPIMGWFR QAPGKEREFV GAISWSGGST SYADSVKDRF TISRDNAKNT VYLEMNNLKP EDTAV YYCA AKGRYSGGLY YPTNYDYWGQ GTQVTVSSHH HHHHEPEA |
-分子 #5: HEXADECANE
分子 | 名称: HEXADECANE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: R16 |
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分子量 | 理論値: 226.441 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-R16: |
-分子 #6: DECANE
分子 | 名称: DECANE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: D10 |
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分子量 | 理論値: 142.282 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-D10: |
-分子 #7: HISTAMINE
分子 | 名称: HISTAMINE / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: HSM |
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分子量 | 理論値: 111.145 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HSM: |
-分子 #8: CHLORIDE ION
分子 | 名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: CL |
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分子量 | 理論値: 35.453 Da |
-分子 #9: Etomidate
分子 | 名称: Etomidate / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 1 / 式: V8D |
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分子量 | 理論値: 244.289 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-V8D: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R0./1 / 材質: GOLD |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1400/HR + YPS FEG |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: DECTRIS SINGLA (1k x 1k) デジタル化 - サイズ - 横: 1030 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 1066 pixel / 平均電子線量: 51.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN 626 SINGLE TILT LIQUID NITROGEN CRYO TRANSFER HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |