+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17724 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CryoEM reconstruction of hemagglutinin HK68 of Influenza A virus bound to an Affimer reagent | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Complex / Inhibitor / CryoEM / Antiviral / ANTIVIRAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Debski-Antoniak O / Flynn A / Klebl DP / Tiede C / Muench S / Tomlinson D / Fontana J | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Exploiting the Affimer platform against influenza A virus 著者: Debski-Antoniak O / Flynn A / Klebl DP / Tiede C / Muench S / Tomlinson D / Fontana J | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17724.map.gz | 214.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-17724-v30.xml emd-17724.xml | 19.4 KB 19.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17724_fsc.xml | 13.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17724.png | 67 KB | ||
Filedesc metadata | emd-17724.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_17724_additional_1.map.gz emd_17724_additional_2.map.gz emd_17724_half_map_1.map.gz emd_17724_half_map_2.map.gz | 230.3 MB 121.6 MB 226.5 MB 226.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17724 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17724 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17724_validation.pdf.gz | 771.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_17724_full_validation.pdf.gz | 771.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17724_validation.xml.gz | 22.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17724_validation.cif.gz | 28.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17724 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17724 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8pk3MC 17725 M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17724.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-追加マップ: #1
ファイル | emd_17724_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_17724_additional_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17724_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17724_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CryoEM reconstruction of hemagglutinin HK68 of Influenza A virus ...
全体 | 名称: CryoEM reconstruction of hemagglutinin HK68 of Influenza A virus bound to an Affimer reagent |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: CryoEM reconstruction of hemagglutinin HK68 of Influenza A virus ...
超分子 | 名称: CryoEM reconstruction of hemagglutinin HK68 of Influenza A virus bound to an Affimer reagent タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
-分子 #1: Hemagglutinin HA1 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA1 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 35.349754 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: ADPGATLCLG HHAVPNGTLV KTITDDQIEV TNATELVQSS STGKICNNPH RILDGIDCTL IDALLGDPHC DVFQNETWDL FVERSKAFS NCYPYDVPDY ASLRSLVASS GTLEFITEGF TWTGVTQNGG SNACKRGPGS GFFSRLNWLT KSGSTYPVLN V TMPNNDNF ...文字列: ADPGATLCLG HHAVPNGTLV KTITDDQIEV TNATELVQSS STGKICNNPH RILDGIDCTL IDALLGDPHC DVFQNETWDL FVERSKAFS NCYPYDVPDY ASLRSLVASS GTLEFITEGF TWTGVTQNGG SNACKRGPGS GFFSRLNWLT KSGSTYPVLN V TMPNNDNF DKLYIWGVHH PSTNQEQTSL YVQASGRVTV STRRSQQTII PNIGSRPWVR GLSSRISIYW TIVKPGDVLV IN SNGNLIA PRGYFKMRTG KSSIMRSDAP IDTCISECIT PNGSIPNDKP FQNVNKITYG ACPKYVKQNT LKLATGMRNV PEK QT UniProtKB: Hemagglutinin |
-分子 #2: Hemagglutinin HA2 chain
分子 | 名称: Hemagglutinin HA2 chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) |
分子量 | 理論値: 20.21235 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GLFGAIAGFI ENGWEGMIDG WYGFRHQNSE GTGQAADLKS TQAAIDQING KLNRVIEKTN EKFHQIEKEF SEVEGRIQDL EKYVEDTKI DLWSYNAELL VALENQHTID LTDSEMNKLF EKTRRQLREN AEEMGNGCFK IYHKCDNACI ESIRNGTYDH D VYRDEALN NRFQIKG UniProtKB: Hemagglutinin |
-分子 #3: Affimer molecule (A31)
分子 | 名称: Affimer molecule (A31) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 10.491819 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: SLEIEELARF AVDEHNKKEN ALLEFVRVVK AKEQFNYDQW QDYTMYYLTL EAKDGGKKKL YEAKVWVKFV DSAFETENFK ELQEFKP |
-分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子 | 名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 6 / 式: NAG |
---|---|
分子量 | 理論値: 221.208 Da |
Chemical component information | ChemComp-NAG: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 56.2 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 4.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 2.0 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |