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- EMDB-17713: Catalytic module of human CTLH E3 ligase bound to multiphosphoryl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17713
タイトルCatalytic module of human CTLH E3 ligase bound to multiphosphorylated UBE2H~ubiquitin
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of human CTLHSR4 E3 ligase bound to engineered ARMC8-specific VH and multiphosphorylated UBE2H~ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein transferase RMND5A
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 H
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein transferase MAEA
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
  • リガンド: ZINC ION
キーワードE3 ubiquitin ligase / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / phosphorylation / CTLH / GID / UBE2H / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


GID complex / enucleate erythrocyte development / actomyosin contractile ring / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / protein K11-linked ubiquitination / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / erythrocyte maturation / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination ...GID complex / enucleate erythrocyte development / actomyosin contractile ring / (E3-independent) E2 ubiquitin-conjugating enzyme / negative regulation of myeloid cell apoptotic process / protein K11-linked ubiquitination / E2 ubiquitin-conjugating enzyme / erythrocyte maturation / ubiquitin conjugating enzyme activity / protein K48-linked ubiquitination / ubiquitin ligase complex / Maturation of protein E / Maturation of protein E / cytoskeleton organization / ER Quality Control Compartment (ERQC) / Myoclonic epilepsy of Lafora / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / FLT3 signaling by CBL mutants / regulation of mitotic cell cycle / Prevention of phagosomal-lysosomal fusion / IRAK1 recruits IKK complex / IRAK1 recruits IKK complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / Glycogen synthesis / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / Membrane binding and targetting of GAG proteins / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / Negative regulation of FLT3 / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD Domain Mutants / PTK6 Regulates RTKs and Their Effectors AKT1 and DOK1 / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / NOTCH2 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Regulation of FZD by ubiquitination / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / p75NTR recruits signalling complexes / VLDLR internalisation and degradation / Downregulation of ERBB4 signaling / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / TRAF6 mediated IRF7 activation in TLR7/8 or 9 signaling / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / InlA-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cells / NF-kB is activated and signals survival / Regulation of pyruvate metabolism / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / NRIF signals cell death from the nucleus / Pexophagy / Regulation of PTEN localization / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Regulation of BACH1 activity / Translesion synthesis by REV1 / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / Translesion synthesis by POLK / Downregulation of TGF-beta receptor signaling / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / Translesion synthesis by POLI / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / InlB-mediated entry of Listeria monocytogenes into host cell / Josephin domain DUBs / Regulation of activated PAK-2p34 by proteasome mediated degradation / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / TGF-beta receptor signaling in EMT (epithelial to mesenchymal transition) / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / TCF dependent signaling in response to WNT / Regulation of NF-kappa B signaling / Asymmetric localization of PCP proteins / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Regulation of signaling by CBL / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / NOTCH3 Activation and Transmission of Signal to the Nucleus / Vpu mediated degradation of CD4 / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / Assembly of the pre-replicative complex / Degradation of DVL / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Fanconi Anemia Pathway / Negative regulation of FGFR2 signaling / Iron uptake and transport / Negative regulation of FGFR3 signaling / Peroxisomal protein import / Hh mutants are degraded by ERAD / Degradation of AXIN / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex
類似検索 - 分子機能
Protein RMD5 homologue A, degenerated RING finger / Fyv10 family / Gid-type RING finger domain / Gid-type RING finger profile. / CRA domain / CT11-RanBPM / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif ...Protein RMD5 homologue A, degenerated RING finger / Fyv10 family / Gid-type RING finger domain / Gid-type RING finger profile. / CRA domain / CT11-RanBPM / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Zinc finger, RING-type, eukaryotic / RING-type zinc-finger / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Ubiquitin-conjugating enzyme, active site / Ubiquitin-conjugating (UBC) active site signature. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 / Ubiquitin-conjugating enzyme / Ubiquitin-conjugating (UBC) core domain profile. / Ubiquitin-conjugating enzyme E2, catalytic domain homologues / Ubiquitin-conjugating enzyme/RWD-like / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Polyubiquitin-C / Ubiquitin-conjugating enzyme E2 H / E3 ubiquitin-protein transferase MAEA / E3 ubiquitin-protein transferase RMND5A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chrustowicz J / Sherpa D / Prabu RJ / Schulman BA
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)H2020 789016-NEDD8ActivateEuropean Union
German Research Foundation (DFG)SCHU 3196/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Multisite phosphorylation dictates selective E2-E3 pairing as revealed by Ubc8/UBE2H-GID/CTLH assemblies.
著者: Jakub Chrustowicz / Dawafuti Sherpa / Jerry Li / Christine R Langlois / Eleftheria C Papadopoulou / D Tung Vu / Laura A Hehl / Özge Karayel / Viola Beier / Susanne von Gronau / Judith ...著者: Jakub Chrustowicz / Dawafuti Sherpa / Jerry Li / Christine R Langlois / Eleftheria C Papadopoulou / D Tung Vu / Laura A Hehl / Özge Karayel / Viola Beier / Susanne von Gronau / Judith Müller / J Rajan Prabu / Matthias Mann / Gary Kleiger / Arno F Alpi / Brenda A Schulman /
要旨: Ubiquitylation is catalyzed by coordinated actions of E3 and E2 enzymes. Molecular principles governing many important E3-E2 partnerships remain unknown, including those for RING-family GID/CTLH E3 ...Ubiquitylation is catalyzed by coordinated actions of E3 and E2 enzymes. Molecular principles governing many important E3-E2 partnerships remain unknown, including those for RING-family GID/CTLH E3 ubiquitin ligases and their dedicated E2, Ubc8/UBE2H (yeast/human nomenclature). GID/CTLH-Ubc8/UBE2H-mediated ubiquitylation regulates biological processes ranging from yeast metabolic signaling to human development. Here, cryoelectron microscopy (cryo-EM), biochemistry, and cell biology reveal this exquisitely specific E3-E2 pairing through an unconventional catalytic assembly and auxiliary interactions 70-100 Å away, mediated by E2 multisite phosphorylation. Rather than dynamic polyelectrostatic interactions reported for other ubiquitylation complexes, multiple Ubc8/UBE2H phosphorylation sites within acidic CK2-targeted sequences specifically anchor the E2 C termini to E3 basic patches. Positions of phospho-dependent interactions relative to the catalytic domains correlate across evolution. Overall, our data show that phosphorylation-dependent multivalency establishes a specific E3-E2 partnership, is antagonistic with dephosphorylation, rigidifies the catalytic centers within a flexing GID E3-substrate assembly, and facilitates substrate collision with ubiquitylation active sites.
履歴
登録2023年6月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月3日-
マップ公開2024年1月3日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17713.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17713.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 76.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 272 pix.
= 231.472 Å		0.85 Å/pix.
x 272 pix.
= 231.472 Å		0.85 Å/pix.
x 272 pix.
= 231.472 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.851 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00671
最小 - 最大-0.021862298 - 0.037438527
平均 (標準偏差)0.000026347185 (±0.0008517561)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ272272272
Spacing272272272
セルA=B=C: 231.472 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17713_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_17713_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17713_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17713_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of human CTLHSR4 E3 ligase bound to engineered ARMC8-spec...

全体名称: Complex of human CTLHSR4 E3 ligase bound to engineered ARMC8-specific VH and multiphosphorylated UBE2H~ubiquitin
要素
  • 複合体: Complex of human CTLHSR4 E3 ligase bound to engineered ARMC8-specific VH and multiphosphorylated UBE2H~ubiquitin
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein transferase RMND5A
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 H
    • タンパク質・ペプチド: E3 ubiquitin-protein transferase MAEA
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Complex of human CTLHSR4 E3 ligase bound to engineered ARMC8-spec...

超分子名称: Complex of human CTLHSR4 E3 ligase bound to engineered ARMC8-specific VH and multiphosphorylated UBE2H~ubiquitin
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
詳細: Map obtained by focus refinement over the catalytic module (RMND5A, MAEA) and UBE2H~ubiquitin
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 600 KDa

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分子 #1: E3 ubiquitin-protein transferase RMND5A

分子名称: E3 ubiquitin-protein transferase RMND5A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 44.043449 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDQCVTVERE LEKVLHKFSG YGQLCERGLE ELIDYTGGLK HEILQSHGQD AELSGTLSLV LTQCCKRIKD TVQKLASDHK DIHSSVSRV GKAIDKNFDS DISSVGIDGC WQADSQRLLN EVMVEHFFRQ GMLDVAEELC QESGLSVDPS QKEPFVELNR I LEALKVRV ...文字列:
MDQCVTVERE LEKVLHKFSG YGQLCERGLE ELIDYTGGLK HEILQSHGQD AELSGTLSLV LTQCCKRIKD TVQKLASDHK DIHSSVSRV GKAIDKNFDS DISSVGIDGC WQADSQRLLN EVMVEHFFRQ GMLDVAEELC QESGLSVDPS QKEPFVELNR I LEALKVRV LRPALEWAVS NREMLIAQNS SLEFKLHRLY FISLLMGGTT NQREALQYAK NFQPFALNHQ KDIQVLMGSL VY LRQGIEN SPYVHLLDAN QWADICDIFT RDACALLGLS VESPLSVSFS AGCVALPALI NIKAVIEQRQ CTGVWNQKDE LPI EVDLGK KCWYHSIFAC PILRQQTTDN NPPMKLVCGH IISRDALNKM FNGSKLKCPY CPMEQSPGDA KQIFF

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein transferase RMND5A

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分子 #2: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 H

分子名称: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: E2 ubiquitin-conjugating enzyme
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 21.260986 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia (蝶・蛾)
配列文字列: MSSPSPGKRR MDTDVVKLIE SKHEVTILGG LNEFVVKFYG PQGTPYEGGV WKVRVDLPDK YPFKSPSIGF MNKIFHPNID EASGTVKLD VINQTWTALY DLTNIFESFL PQLLAYPNPI DPLNGDAAAM YLHRPEEYKQ KIKEYIQKYA TEEALKEQEE G TGD(SEP) ...文字列:
MSSPSPGKRR MDTDVVKLIE SKHEVTILGG LNEFVVKFYG PQGTPYEGGV WKVRVDLPDK YPFKSPSIGF MNKIFHPNID EASGTVKLD VINQTWTALY DLTNIFESFL PQLLAYPNPI DPLNGDAAAM YLHRPEEYKQ KIKEYIQKYA TEEALKEQEE G TGD(SEP)(SEP)(SEP)E(SEP) (SEP)M(SEP)DF(SEP)EDEA QDMEL

UniProtKB: Ubiquitin-conjugating enzyme E2 H

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分子 #3: E3 ubiquitin-protein transferase MAEA

分子名称: E3 ubiquitin-protein transferase MAEA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RING-type E3 ubiquitin transferase
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 45.356332 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAVQESAAQL SMTLKVQEYP TLKVPYETLN KRFRAAQKNI DRETSHVTMV VAELEKTLSG CPAVDSVVSL LDGVVEKLSV LKRKAVESI QAEDESAKLC KRRIEHLKEH SSDQPAAASV WKRKRMDRMM VEHLLRCGYY NTAVKLARQS GIEDLVNIEM F LTAKEVEE ...文字列:
MAVQESAAQL SMTLKVQEYP TLKVPYETLN KRFRAAQKNI DRETSHVTMV VAELEKTLSG CPAVDSVVSL LDGVVEKLSV LKRKAVESI QAEDESAKLC KRRIEHLKEH SSDQPAAASV WKRKRMDRMM VEHLLRCGYY NTAVKLARQS GIEDLVNIEM F LTAKEVEE SLERRETATC LAWCHDNKSR LRKMKSCLEF SLRIQEFIEL IRQNKRLDAV RHARKHFSQA EGSQLDEVRQ AM GMLAFPP DTHISPYKDL LDPARWRMLI QQFRYDNYRL HQLGNNSVFT LTLQAGLSAI KTPQCYKEDG SSKSPDCPVC SRS LNKLAQ PLPMAHCANS RLVCKISGDV MNENNPPMML PNGYVYGYNS LLSIRQDDKV VCPRTKEVFH FSQAEKVYIM

UniProtKB: E3 ubiquitin-protein transferase MAEA

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分子 #4: Ubiquitin

分子名称: Ubiquitin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.576831 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVEPS DTIENVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLSDYN IQKESTLHLV LRLRGG

UniProtKB: Polyubiquitin-C

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分子 #5: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 68.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

12537

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 45472
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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