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- EMDB-17614: 11-mer ring of human metapneumovirus (HMPV) N-RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17614
タイトル11-mer ring of human metapneumovirus (HMPV) N-RNA
マップデータ
試料
  • 複合体: Human metapneumovirus N-RNA
    • 複合体: Nucleoprotein核タンパク質
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein核タンパク質
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: RNAリボ核酸
キーワードNucleoprotein (核タンパク質) / Virus (ウイルス) / Nucleocapsid (カプシド) / RNA-binding / HMPV / Pneumoviridae (ニューモウイルス科) / Mononegavirales (モノネガウイルス目) / VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質)
機能・相同性Pneumovirus nucleocapsid protein / Pneumovirus nucleocapsid protein / helical viral capsid / viral nucleocapsid / host cell cytoplasm / ribonucleoprotein complex / RNA binding / 核タンパク質
機能・相同性情報
生物種Human metapneumovirus (strain CAN97-83) (ヒトメタニューモウイルス) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Whitehead JD / Decool H / Leyrat C / Carrique L / Fix J / Eleouet JF / Galloux M / Renner M
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023
タイトル: Structure of the N-RNA/P interface indicates mode of L/P recruitment to the nucleocapsid of human metapneumovirus.
著者: Jack D Whitehead / Hortense Decool / Cédric Leyrat / Loic Carrique / Jenna Fix / Jean-François Eléouët / Marie Galloux / Max Renner /
要旨: Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory illness in young children. The HMPV polymerase (L) binds an obligate cofactor, the phosphoprotein (P). During replication and ...Human metapneumovirus (HMPV) is a major cause of respiratory illness in young children. The HMPV polymerase (L) binds an obligate cofactor, the phosphoprotein (P). During replication and transcription, the L/P complex traverses the viral RNA genome, which is encapsidated within nucleoproteins (N). An essential interaction between N and a C-terminal region of P tethers the L/P polymerase to the template. This N-P interaction is also involved in the formation of cytoplasmic viral factories in infected cells, called inclusion bodies. To define how the polymerase component P recognizes N-encapsidated RNA (N-RNA) we employed cryogenic electron microscopy (cryo-EM) and molecular dynamics simulations, coupled to activity assays and imaging of inclusion bodies in cells. We report a 2.9 Å resolution structure of a triple-complex between multimeric N, bound to both RNA and the C-terminal region of P. Furthermore, we also present cryo-EM structures of assembled N in different oligomeric states, highlighting the plasticity of N. Combined with our functional assays, these structural data delineate in molecular detail how P attaches to N-RNA whilst retaining substantial conformational dynamics. Moreover, the N-RNA-P triple complex structure provides a molecular blueprint for the design of therapeutics to potentially disrupt the attachment of L/P to its template.
履歴
登録2023年6月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年12月6日-
マップ公開2023年12月6日-
更新2024年3月20日-
現状2024年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17614.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17614.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.25
最小 - 最大-1.111413 - 1.9821126
平均 (標準偏差)-0.0004582004 (±0.03657997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 419.99997 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_17614_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_17614_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human metapneumovirus N-RNA

全体名称: Human metapneumovirus N-RNA
要素
  • 複合体: Human metapneumovirus N-RNA
    • 複合体: Nucleoprotein核タンパク質
      • タンパク質・ペプチド: Nucleoprotein核タンパク質
    • 複合体: RNAリボ核酸
      • RNA: RNAリボ核酸

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超分子 #1: Human metapneumovirus N-RNA

超分子名称: Human metapneumovirus N-RNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all

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超分子 #2: Nucleoprotein

超分子名称: Nucleoprotein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (strain CAN97-83) (ヒトメタニューモウイルス)
株: CAN97-83

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超分子 #3: RNA

超分子名称: RNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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分子 #1: Nucleoprotein

分子名称: Nucleoprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human metapneumovirus (strain CAN97-83) (ヒトメタニューモウイルス)
株: CAN97-83
分子量理論値: 43.57652 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSLQGIHLSD LSYKHAILKE SQYTIKRDVG TTTAVTPSSL QQEITLLCGE ILYAKHADYK YAAEIGIQYI STALGSERVQ QILRNSGSE VQVVLTRTYS LGKIKNNKGE DLQMLDIHGV EKSWVEEIDK EARKTMATLL KESSGNIPQN QRPSAPDTPI I LLCVGALI ...文字列:
MSLQGIHLSD LSYKHAILKE SQYTIKRDVG TTTAVTPSSL QQEITLLCGE ILYAKHADYK YAAEIGIQYI STALGSERVQ QILRNSGSE VQVVLTRTYS LGKIKNNKGE DLQMLDIHGV EKSWVEEIDK EARKTMATLL KESSGNIPQN QRPSAPDTPI I LLCVGALI FTKLASTIEV GLETTVRRAN RVLSDALKRY PRMDIPKIAR SFYDLFEQKV YHRSLFIEYG KALGSSSTGS KA ESLFVNI FMQAYGAGQT MLRWGVIARS SNNIMLGHVS VQAELKQVTE VYDLVREMGP ESGLLHLRQS PKAGLLSLAN CPN FASVVL GNASGLGIIG MYRGRVPNTE LFSAAESYAK SLKESNKINF SSLGLTDEEK EAAEHFLNVS DDSQNDYE

UniProtKB: 核タンパク質

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分子 #2: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 2
詳細: E.coli RNA, co-purified with N. Due to mixed sequence, modelled as poly-C
コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: Rosetta2
分子量理論値: 2.091315 KDa
配列文字列:
CCCCCCC

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25 mM Tris-HCl, pH 8.0, 250 mM NaCl
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 44.2 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択詳細: Please see publication for details
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: CryoSPARC ab initio
初期 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: CryoSPARC
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 詳細: CryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C11 (11回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 223321
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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