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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of a GroEL7-GroES7 cage with encapsulated ordered substrate MetK in the presence of ADP-BeFx | |||||||||
![]() | GroEL7-GroES7 cage with encapsulated ordered substrate MetK in presence of ADP-BeFx | |||||||||
![]() |
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![]() | Chaperonin / Folding cage / proteostasis / heat shock / ATPase / CHAPERONE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine cycle / S-adenosylmethionine biosynthetic process / GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / potassium ion binding ...methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine cycle / S-adenosylmethionine biosynthetic process / GroEL-GroES complex / chaperonin ATPase / mitochondrial unfolded protein response / protein import into mitochondrial intermembrane space / virion assembly / potassium ion binding / chaperone cofactor-dependent protein refolding / positive regulation of interferon-alpha production / protein folding chaperone / isomerase activity / ATP-dependent protein folding chaperone / response to radiation / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of type II interferon production / unfolded protein binding / positive regulation of T cell activation / protein folding / one-carbon metabolic process / protein-folding chaperone binding / response to heat / protein refolding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.04 Å | |||||||||
![]() | Wagner J / Beck F / Bracher A / Caravajal AI / Wan W / Bohn S / Koerner R / Baumeister W / Fernandez-Busnadiego R / Hartl FU | |||||||||
資金援助 | 1件
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![]() | ![]() タイトル: Visualizing chaperonin function in situ by cryo-electron tomography 著者: Wagner J / Caravajal AI / Beck F / Bracher A / Wan W / Bohn S / Koerner R / Baumeister W / Fernandez-Busnadiego R / Hartl FU | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 59.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.7 KB 25.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 8.4 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 101.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.1 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 59.4 MB 59.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8p4oMC ![]() 8p4mC ![]() 8p4nC ![]() 8p4pC ![]() 8p4rC ![]() 8qxsC ![]() 8qxtC ![]() 8qxuC ![]() 8qxvC C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | GroEL7-GroES7 cage with encapsulated ordered substrate MetK in presence of ADP-BeFx | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17421_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17421_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : GroEL14-GroES14-MetK2
全体 | 名称: GroEL14-GroES14-MetK2 |
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要素 |
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-超分子 #1: GroEL14-GroES14-MetK2
超分子 | 名称: GroEL14-GroES14-MetK2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 / 詳細: with bound ADP-BeF3 Mg2+ K+ |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 1.03 MDa |
-分子 #1: Chaperonin GroEL
分子 | 名称: Chaperonin GroEL / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO / EC番号: chaperonin ATPase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 57.260504 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: AAKDVKFGND ARVKMLRGVN VLADAVKVTL GPKGRNVVLD KSFGAPTITK DGVSVAREIE LEDKFENMGA QMVKEVASKA NDAAGDGTT TATVLAQAII TEGLKAVAAG MNPMDLKRGI DKAVTAAVEE LKALSVPCSD SKAIAQVGTI SANSDETVGK L IAEAMDKV ...文字列: AAKDVKFGND ARVKMLRGVN VLADAVKVTL GPKGRNVVLD KSFGAPTITK DGVSVAREIE LEDKFENMGA QMVKEVASKA NDAAGDGTT TATVLAQAII TEGLKAVAAG MNPMDLKRGI DKAVTAAVEE LKALSVPCSD SKAIAQVGTI SANSDETVGK L IAEAMDKV GKEGVITVED GTGLQDELDV VEGMQFDRGY LSPYFINKPE TGAVELESPF ILLADKKISN IREMLPVLEA VA KAGKPLL IIAEDVEGEA LATLVVNTMR GIVKVAAVKA PGFGDRRKAM LQDIATLTGG TVISEEIGME LEKATLEDLG QAK RVVINK DTTTIIDGVG EEAAIQGRVA QIRQQIEEAT SDYDREKLQE RVAKLAGGVA VIKVGAATEV EMKEKKARVE DALH ATRAA VEEGVVAGGG VALIRVASKL ADLRGQNEDQ NVGIKVALRA MEAPLRQIVL NCGEEPSVVA NTVKGGDGNY GYNAA TEEY GNMIDMGILD PTKVTRSALQ YAASVAGLMI TTECMVTDLP KNDAADLGAA GGMGGMGGMG GMM UniProtKB: Chaperonin GroEL |
-分子 #2: Co-chaperonin GroES
分子 | 名称: Co-chaperonin GroES / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 10.400938 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNIRPLHDRV IVKRKEVETK SAGGIVLTGS AAAKSTRGEV LAVGNGRILE NGEVKPLDVK VGDIVIFNDG YGVKSEKIDN EEVLIMSES DILAIVEA UniProtKB: Co-chaperonin GroES |
-分子 #3: S-adenosylmethionine synthase
分子 | 名称: S-adenosylmethionine synthase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: methionine adenosyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 41.998508 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAKHLFTSES VSEGHPDKIA DQISDAVLDA ILEQDPKARV ACETYVKTGM VLVGGEITTS AWVDIEEITR NTVREIGYVH SDMGFDANS CAVLSAIGKQ SPDINQGVDR ADPLEQGAGD QGLMFGYATN ETDVLMPAPI TYAHRLVQRQ AEVRKNGTLP W LRPDAKSQ ...文字列: MAKHLFTSES VSEGHPDKIA DQISDAVLDA ILEQDPKARV ACETYVKTGM VLVGGEITTS AWVDIEEITR NTVREIGYVH SDMGFDANS CAVLSAIGKQ SPDINQGVDR ADPLEQGAGD QGLMFGYATN ETDVLMPAPI TYAHRLVQRQ AEVRKNGTLP W LRPDAKSQ VTFQYDDGKI VGIDAVVLST QHSEEIDQKS LQEAVMEEII KPILPAEWLT SATKFFINPT GRFVIGGPMG DC GLTGRKI IVDTYGGMAR HGGGAFSGKD PSKVDRSAAY AARYVAKNIV AAGLADRCEI QVSYAIGVAE PTSIMVETFG TEK VPSEQL TLLVREFFDL RPYGLIQMLD LLHPIYKETA AYGHFGREHF PWEKTDKAQL LRDAAGLK UniProtKB: S-adenosylmethionine synthase |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 7 / 式: ADP |
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分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-ADP: |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 7 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION
分子 | 名称: BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 7 / 式: BEF |
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分子量 | 理論値: 66.007 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-BEF: |
-分子 #7: POTASSIUM ION
分子 | 名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 7 / 式: K |
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分子量 | 理論値: 39.098 Da |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 21 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 10.3 mg/mL | ||||||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. | ||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 5.9 mM n-octyl-beta-D-glucopyranoside were added before vitrification. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 55.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 22500 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |