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万見
- EMDB-17315: In situ cryoEM structure of the Prototype Foamy Virus capsid, hex... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17315
タイトルIn situ cryoEM structure of the Prototype Foamy Virus capsid, hexamer 2 localised reconstruction
マップデータ
試料
  • ウイルス: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Gag polyprotein
キーワードcapsid / Gag / foamy virus / hexamer / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


host cytoskeleton / microtubule-dependent intracellular transport of viral material towards nucleus / viral release from host cell / viral capsid / host cell cytoplasm / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Gag polyprotein / Spumavirus gag protein, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Calcraft T / Nans A / Rosenthal PB
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick Institute 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: In situ cryoEM structures of PFV
著者: Calcraft T / Lindemann D / Rosenthal PB
履歴
登録2023年5月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17315.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17315.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0153
最小 - 最大-0.058039684 - 0.08874969
平均 (標準偏差)0.00014008688 (±0.003331242)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_17315_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Eastern chimpanzee simian foamy virus

全体名称: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Gag polyprotein

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超分子 #1: Eastern chimpanzee simian foamy virus

超分子名称: Eastern chimpanzee simian foamy virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 2170195 / 生物種: Eastern chimpanzee simian foamy virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Gag polyprotein

分子名称: Gag polyprotein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Eastern chimpanzee simian foamy virus (ウイルス)
分子量理論値: 70.693414 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASGSNVEEY ELDVEALVVI LRDRNIPRNP LHGEVIGLRL TEGWWGQIER FQMVRLILQN DDNEPLQRPR YEVIQRAVNP HTMFMISGP LAELQLAFQD LDLPEGPLRF GPLANGHYVQ GDPYSSSYRP VTMAETAQMT RDELEDVLNT QSEIEIQMIN L LELYEVET ...文字列:
MASGSNVEEY ELDVEALVVI LRDRNIPRNP LHGEVIGLRL TEGWWGQIER FQMVRLILQN DDNEPLQRPR YEVIQRAVNP HTMFMISGP LAELQLAFQD LDLPEGPLRF GPLANGHYVQ GDPYSSSYRP VTMAETAQMT RDELEDVLNT QSEIEIQMIN L LELYEVET RALRRQLAER SSTGQGGISP GAPRSRPPVS SFSGLPSLPS IPGIHPRAPS PPRATSTPGN IPWSLGDDNP PS SSFPGPS QPRVSFHPGN PFVEEEGHRP RSQSRERRRE ILPAPVPSAP PMIQYIPVPP PPPIGTVIPI QHIRSVTGEP PRN PREIPI WLGRNAPAID GVFPVTTPDL RCRIINAILG GNIGLSLTPG DCLTWDSAVA TLFIRTHGTF PMHQLGNVIK GIVD QEGVA TAYTLGMMLS GQNYQLVSGI IRGYLPGQAV VTALQQRLDQ EIDDQTRAET FIQHLNAVYE ILGLNARGQS IRASV TPQP RPSRGRGRGQ NTSRPSQGPA NSGRGRQRPA SGQSNRGSST QNQNQDNLNQ GGYNLRPRTY QPQRYGGGRG RRWNDN TNN QESRPSDQGS QTPRPNQAGS GVRGNQSQTP RPAAGRGGRG NHNRNQRSSG AGDSRAVNTV TQSATSSTDE SSSAVTA AS GGDQRD

UniProtKB: Gag polyprotein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / 平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 52141
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION / 使用した粒子像数: 340192
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-8ozn:
In situ cryoEM structure of the Prototype Foamy Virus capsid, hexamer 2 localised reconstruction

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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