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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-17251 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of apo telomeric nucleosome | ||||||||||||
マップデータ | Postprocess map of Apo-TeloNCP | ||||||||||||
試料 |
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キーワード | Telomeric nucleosome / shelterin / telomere / DNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / epigenetic regulation of gene expression / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere ...negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Chromatin modifying enzymes / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / epigenetic regulation of gene expression / Packaging Of Telomere Ends / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / nucleosomal DNA binding / heterochromatin formation / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / RNA Polymerase I Promoter Opening / Interleukin-7 signaling / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / HCMV Late Events / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / Metalloprotease DUBs / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / RMTs methylate histone arginines / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / UCH proteinases / nucleosome / nucleosome assembly / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / gene expression / HATs acetylate histones / Processing of DNA double-strand break ends / antibacterial humoral response / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / chromosome, telomeric region / Ub-specific processing proteases / defense response to Gram-positive bacterium / cadherin binding / protein heterodimerization activity / Amyloid fiber formation / negative regulation of cell population proliferation / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / membrane / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.52 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Hu H / van Roon AMM / Ghanim GE / Ahsan B / Oluwole A / Peak-Chew S / Robinson CV / Nguyen THD | ||||||||||||
資金援助 | 英国, European Union, 米国, 3件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2023 タイトル: Structural basis of telomeric nucleosome recognition by shelterin factor TRF1. 著者: Hongmiao Hu / Anne-Marie M van Roon / George E Ghanim / Bilal Ahsan / Abraham O Oluwole / Sew-Yeu Peak-Chew / Carol V Robinson / Thi Hoang Duong Nguyen / 要旨: Shelterin and nucleosomes are the key players that organize mammalian chromosome ends into the protective telomere caps. However, how they interact with each other at telomeres remains unknown. We ...Shelterin and nucleosomes are the key players that organize mammalian chromosome ends into the protective telomere caps. However, how they interact with each other at telomeres remains unknown. We report cryo-electron microscopy structures of a human telomeric nucleosome both unbound and bound to the shelterin factor TRF1. Our structures reveal that TRF1 binds unwrapped nucleosomal DNA ends by engaging both the nucleosomal DNA and the histone octamer. Unexpectedly, TRF1 binding shifts the register of the nucleosomal DNA by 1 bp. We discovered that phosphorylation of the TRF1 C terminus and a noncanomical DNA binding surface on TRF1 are critical for its association with telomeric nucleosomes. These insights into shelterin-chromatin interactions have crucial implications for understanding telomeric chromatin organization and other roles of shelterin at telomeres including replication and transcription. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_17251.map.gz | 93.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-17251-v30.xml emd-17251.xml | 28.2 KB 28.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_17251_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_17251.png | 83.9 KB | ||
その他 | emd_17251_additional_1.map.gz emd_17251_half_map_1.map.gz emd_17251_half_map_2.map.gz | 81 MB 81.2 MB 81.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17251 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-17251 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_17251_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_17251_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_17251_validation.xml.gz | 17.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_17251_validation.cif.gz | 23.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17251 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-17251 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_17251.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Postprocess map of Apo-TeloNCP | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.73 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Refine3D map of Apo-TeloNCP
ファイル | emd_17251_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Refine3D map of Apo-TeloNCP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Refine3D half map of Apo-TeloNCP
ファイル | emd_17251_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Refine3D half map of Apo-TeloNCP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Refine3D half map of Apo-TeloNCP
ファイル | emd_17251_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Refine3D half map of Apo-TeloNCP | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : TRF1core in complex with telomeric nucleosome
全体 | 名称: TRF1core in complex with telomeric nucleosome |
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要素 |
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-超分子 #1: TRF1core in complex with telomeric nucleosome
超分子 | 名称: TRF1core in complex with telomeric nucleosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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-超分子 #2: Human telomeric nucleosome
超分子 | 名称: Human telomeric nucleosome / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#6 詳細: Human telomeric nucleosome with 145 bp DNA and human histone octamer. 145 bp DNA consists of 23 copies of TTAGGG repeats. Histone octamer consists of 2 copies of H2A, H2B, H3 and H4 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Histone H3.1
分子 | 名称: Histone H3.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 15.805581 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPRGMARTKQ TARKSTGGKA PRKQLATKAA RKSAPATGGV KKPHRYRPGT VALREIRRYQ KSTELLIRKL PFQRLVREIA QDFKTDLRF QSSAVMALQE ACEAYLVGLF EDTNLCAIHA KRVTIMPKDI QLARRIRGER A UniProtKB: Histone H3.1 |
-分子 #2: Histone H4
分子 | 名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 11.762839 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPRGMSGRGK GGKGLGKGGA KRHRKVLRDN IQGITKPAIR RLARRGGVKR ISGLIYEETR GVLKVFLENV IRDAVTYTEH AKRKTVTAM DVVYALKRQG RTLYGFGG UniProtKB: Histone H4 |
-分子 #3: Histone H2A type 1-C
分子 | 名称: Histone H2A type 1-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.503938 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPRGMSGRGK QGGKARAKAK SRSSRAGLQF PVGRVHRLLR KGNYAERVGA GAPVYLAAVL EYLTAEILEL AGNAARDNKK TRIIPRHLQ LAIRNDEELN KLLGRVTIAQ GGVLPNIQAV LLPKKTESHH KAKGK UniProtKB: Histone H2A type 1-C |
-分子 #4: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
分子 | 名称: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 14.305627 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPRGMPEPAK SAPAPKKGSK KAVTKAQKKD GKKRKRSRKE SYSVYVYKVL KQVHPDTGIS SKAMGIMNSF VNDIFERIAG EASRLAHYN KRSTITSREI QTAVRLLLPG ELAKHAVSEG TKAVTKYTSS K UniProtKB: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I |
-分子 #5: Telomeric DNA G strand
分子 | 名称: Telomeric DNA G strand / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 46.024258 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DT) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DT) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT) (DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG) (DT)(DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG) (DG)(DG)(DT)(DT)(DA) (DG)(DG)(DG)(DT) (DT)(DA)(DG)(DG)(DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DT)(DA)(DG)(DG) (DG)(DT)(DG) (DA)(DT) |
-分子 #6: Telomeric DNA C strand
分子 | 名称: Telomeric DNA C strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 43.478914 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC) (DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA) ...文字列: (DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC) (DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC) (DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC) (DC)(DC)(DT) (DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA) (DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC) (DT)(DA)(DA)(DC)(DC) (DC)(DT)(DA)(DA) (DC)(DC)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DA)(DC)(DC)(DC)(DT) (DA)(DA)(DG) (DA)(DT) |
-分子 #7: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 57 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
詳細: 25 mM HEPES-KOH pH 8.0, 150 mM KCl, 1 mM MgCl2, 1% glycerol, 0.01% Igepal CA-630,1 mM DTT | |||||||||||||||||||||
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 70 sec. | |||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot Force: -15 Blot Time: 2.5 s. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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温度 | 最低: 78.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12126 / 平均露光時間: 1.15 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
ソフトウェア | 名称: UCSF ChimeraX (ver. 1.5) |
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得られたモデル | PDB-8ox0: |