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- EMDB-17204: Cryo-EM structure of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homod... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17204
タイトルCryo-EM structure of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homodimeric DNSN-1 on fork DNA (Caenorhabditis elegans)
マップデータCryo-EM density map of the Caenorhabditis elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA
試料
  • 複合体: Complex of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homodimeric DNSN-1 on fork DNA (Caenorhabditis elegans)
    • タンパク質・ペプチド: x 14種
    • DNA: x 2種
  • リガンド: x 3種
キーワードDNA Replication / DNA Replication Initiation / Replisome / DONSON / Replication
機能・相同性
機能・相同性情報


MCM complex assembly / negative regulation of DNA helicase activity / Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / Activation of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / regulation of sister chromatid cohesion / : / replication fork arrest ...MCM complex assembly / negative regulation of DNA helicase activity / Unwinding of DNA / Assembly of the pre-replicative complex / Orc1 removal from chromatin / Activation of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / regulation of sister chromatid cohesion / : / replication fork arrest / gonad development / cell cycle phase transition / GINS complex / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / nuclear DNA replication / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / meiotic sister chromatid cohesion / mitotic DNA replication / DNA replication checkpoint signaling / MCM complex / DNA replication preinitiation complex / pronucleus / replication fork protection complex / mitotic DNA replication initiation / double-strand break repair via break-induced replication / locomotion / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / embryo development ending in birth or egg hatching / regulation of DNA-templated DNA replication initiation / DNA duplex unwinding / mitotic sister chromatid cohesion / DNA strand elongation involved in DNA replication / replication fork processing / DNA unwinding involved in DNA replication / mitotic sister chromatid segregation / DNA replication origin binding / DNA replication initiation / condensed chromosome / DNA helicase activity / helicase activity / meiotic cell cycle / DNA-templated DNA replication / chromosome / nervous system development / single-stranded DNA binding / DNA replication / DNA helicase / hydrolase activity / cell cycle / cell division / DNA repair / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Donson / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal / Timeless protein / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein ...Donson / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / Timeless / Timeless, N-terminal / Timeless protein / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45-like protein / GINS complex, subunit Psf1 / GINS complex, subunit Psf3 / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS, helical bundle-like domain superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein timeless homolog / Downstream Neighbor of SoN homolog / DNA replication licensing factor MCM7 / Probable DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor mcm-6 / DNA replication licensing factor mcm-5 / Probable DNA replication complex GINS protein PSF1 / Cell division control protein 45 homolog / DNA replication licensing factor mcm-4 / DNA replication complex GINS protein PSF3 ...Protein timeless homolog / Downstream Neighbor of SoN homolog / DNA replication licensing factor MCM7 / Probable DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor mcm-6 / DNA replication licensing factor mcm-5 / Probable DNA replication complex GINS protein PSF1 / Cell division control protein 45 homolog / DNA replication licensing factor mcm-4 / DNA replication complex GINS protein PSF3 / Protein TIPIN homolog / DNA replication complex GINS protein SLD5 / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA replication licensing factor MCM2
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Jenkyn-Bedford M / Yeeles JTP / Labib KPM
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: DNSN-1 recruits GINS for CMG helicase assembly during DNA replication initiation in .
著者: Yisui Xia / Remi Sonneville / Michael Jenkyn-Bedford / Liqin Ji / Constance Alabert / Ye Hong / Joseph T P Yeeles / Karim P M Labib /
要旨: Assembly of the CMG (CDC-45-MCM-2-7-GINS) helicase is the key regulated step during eukaryotic DNA replication initiation. Until now, it was unclear whether metazoa require additional factors that ...Assembly of the CMG (CDC-45-MCM-2-7-GINS) helicase is the key regulated step during eukaryotic DNA replication initiation. Until now, it was unclear whether metazoa require additional factors that are not present in yeast. In this work, we show that DNSN-1, the ortholog of human DONSON, functions during helicase assembly in a complex with MUS-101/TOPBP1. DNSN-1 is required to recruit the GINS complex to chromatin, and a cryo-electron microscopy structure indicates that DNSN-1 positions GINS on the MCM-2-7 helicase motor (comprising the six MCM-2 to MCM-7 proteins), by direct binding of DNSN-1 to GINS and MCM-3, using interfaces that we show are important for initiation and essential for viability. These findings identify DNSN-1 as a missing link in our understanding of DNA replication initiation, suggesting that initiation defects underlie the human disease syndrome that results from DONSON mutations.
履歴
登録2023年4月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月16日-
マップ公開2023年8月16日-
更新2023年10月4日-
現状2023年10月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17204.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17204.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 120.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM density map of the Caenorhabditis elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.295 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0128
最小 - 最大-0.020005688 - 0.04868947
平均 (標準偏差)0.00017475456 (±0.0015006426)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ316316316
Spacing316316316
セルA=B=C: 409.22 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half-map 2. Cryo-EM density map of the Caenorhabditis...

ファイルemd_17204_half_map_1.map
注釈Half-map 2. Cryo-EM density map of the Caenorhabditis elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map 1. Cryo-EM density map of the Caenorhabditis...

ファイルemd_17204_half_map_2.map
注釈Half-map 1. Cryo-EM density map of the Caenorhabditis elegans complex CMG helicase/TIM-1/TIPN-1/DNSN-1 dimer on fork DNA
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homodimeric DNS...

全体名称: Complex of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homodimeric DNSN-1 on fork DNA (Caenorhabditis elegans)
要素
  • 複合体: Complex of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homodimeric DNSN-1 on fork DNA (Caenorhabditis elegans)
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor mcm-4
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor mcm-5
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor mcm-6
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication licensing factor MCM7
    • タンパク質・ペプチド: Probable DNA replication complex GINS protein PSF1
    • タンパク質・ペプチド: Probable DNA replication complex GINS protein PSF2
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein PSF3
    • タンパク質・ペプチド: DNA replication complex GINS protein SLD5
    • タンパク質・ペプチド: Cell division control protein 45 homolog
    • タンパク質・ペプチド: Downstream Neighbor of SoN homolog
    • DNA: DNA Leading Strand Template
    • タンパク質・ペプチド: Protein timeless homolog
    • タンパク質・ペプチド: Protein TIPIN homolog
    • DNA: DNA Lagging Strand Template
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

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超分子 #1: Complex of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homodimeric DNS...

超分子名称: Complex of CMG helicase bound to TIM-1/TIPN-1 and homodimeric DNSN-1 on fork DNA (Caenorhabditis elegans)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#16
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)

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分子 #1: DNA replication licensing factor MCM2

分子名称: DNA replication licensing factor MCM2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 99.448586 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MADRANNDDD VDRQPLPIAD DADDDVDGID EMFNNEDEDP EDEEGENLFG DDMERDYREQ PELDQYSESG MDDASDVGSL SVSARRAAE REMAQRDQLL DDDALMYEDG DSEEVDTRRR GRGRRGRGDA ADDDSVPMEE EDIPVDILEN IRGRTIRDHV S DEAVAKEI ...文字列:
MADRANNDDD VDRQPLPIAD DADDDVDGID EMFNNEDEDP EDEEGENLFG DDMERDYREQ PELDQYSESG MDDASDVGSL SVSARRAAE REMAQRDQLL DDDALMYEDG DSEEVDTRRR GRGRRGRGDA ADDDSVPMEE EDIPVDILEN IRGRTIRDHV S DEAVAKEI ERRFKNFLRS FHEPGNKQTK YIQMIKSMAA DNRESLEVSF TDLSDDNGEQ NISYFLPEAP NEMLAIMDRA AT EVVMNMY PFYSRVCNEI KVRISQLPVE EDIRMLRQVH LNMLIRTAGV VTIASGILPQ LAVVKYDCVA CGYLLGPFVQ QND EEVRPT ICPSCQGKGP FELNVENTVY HNYQRITMQE SPNKVAAGRL PRSKDVILLG DLCDSCKPGD EIEVTGVYTN NFDG SLNYK QGFPVFNTLI HANHITNKDK MASDQLTDED IKAIRELSQD PNISQRVFSS IAPSIYGHDD VKRAIALALF RGEAK NPGA KHRLRGDINV LLCGDPGTAK SQFLRYAAHI APRSVLTTGQ GASAVGLTAY VQRHPVTREW TLEAGAMVLA DKGVCL IDE FDKMSDQDRT SIHEAMEQQS ISISKAGIVT SLHARCTVIA ASNPIGGRYN PTRTFAENVD LTEPILSRFD VLCVIRD SV DSVEDERLAK FVVGNHRTHH PDAKKIVKEG DELEEDQMDE RTGVRLIPQD LLRKYIIYAR EKCHPTLPEQ HSEKFSNI F AQMRKESMAT GSVAITVRHV ESMIRLSEAH AKLHLRSYVN DEDCAAAIRV MLESFVNTQK ASIMRMMKKT FSRHLTENR SANELLLFIL KQLIRQQMHY ATARAAAGTI LQSVTIPESE FIEKAQQLRI ENVKPFYTSE IFASNNFLYD PSKKTIVQEI F

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM2

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分子 #2: DNA replication licensing factor MCM3

分子名称: DNA replication licensing factor MCM3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 90.810664 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDGQADGMFI DRAEDARKQE ITEQYLNFLD NQADTFHYRQ KIVKMMNDGE SRLVMNLDEI REILPERAEG LLTQSVLEMN CLQSALQMA INRSDVQAVV KTGFHVGFEG TFGERHVNPR TLKSSYLGNL VCCEGIVTKC STVRQKLLTS VHYCPATNKV L EKKFADFT ...文字列:
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UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM3

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分子 #3: DNA replication licensing factor mcm-4

分子名称: DNA replication licensing factor mcm-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 91.687555 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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UniProtKB: DNA replication licensing factor mcm-4

+
分子 #4: DNA replication licensing factor mcm-5

分子名称: DNA replication licensing factor mcm-5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 85.057734 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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MSNLDNPGIY YQERFFANDG VPDTGRELIA EYRQLITQFR NFIRDFSTGG FGMIYRDQLK RNYFSHEYRL EINLNHLKNF DEDIEMKLR KFPGKVLPAL EEAAKIVADE ITTPRPKGEE KLHDIQVTLT LDEYPTSLRQ VKSAQVSQVV KISGIIVAAA Q VRSKATKV TLQCRQCKHT IPDVSIKPGL EGFALPRTCA APQQGQMQRC PIDPYIMLPD KCECVDYQTL KLQENPEDVP HG EMPRHLQ LFTERYLTDK VVPGNRVTIV GVYSIKKLIQ KKGGDKSLQG IRTPYLRVLG IHMETSGPGR TNFTTFTPEE ERM FKTLAQ RKDAYELIAK SIAPSIYGSA DIKKSIACLL FGGARKKLPD GITRRGDINV LLLGDPGTAK SQLLKFVEQV SPIG VYTSG KGSSAAGLTA SVIRDPQSRS FIMEGGAMVL ADGGVVCIDE FDKMREDDRV AIHEAMEQQT ISIAKAGITT TLNSR CSVL AAANSVYGRW DESRGDDNID FMPTILSRFD MIYIVKDTHD VLKDATLAKH VIEVHVNASA AKERDIAGVP KTATTD SDG VMTMFDTDGF LTIEFLKKFV TYARLNCGPR LTPQASEKLV NHYVKMRNPV VNADAFKSGK KAHNSAIPIT VRQLEAI VR IAESIAKMEL QQFATDKHVE EALRLFRVST IEAAATGNLA GVEGFTSTAD QEALNRIEVQ MKKRFAIGTH VSEHLIVQ D FVARQHYRES LVKKVIDNLV RRGDLQQKMQ RKMLYRVR

UniProtKB: DNA replication licensing factor mcm-5

+
分子 #5: DNA replication licensing factor mcm-6

分子名称: DNA replication licensing factor mcm-6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 91.24832 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MDNIIGGQAQ QVEDTDGTRV QNEFSKFLKS FKDQKNEFIY KSAMKELVQP EKNTIFINMQ HLYKFSNNLA TTIELQYYRV YPFMCEALH LATLDACDES ERQQMFKKQL YVSLFNLDAK TKVRELSADK VGGLVRIAGQ IVRTHPVHPE LSRACFVCED C GVTTRDVQ ...文字列:
MDNIIGGQAQ QVEDTDGTRV QNEFSKFLKS FKDQKNEFIY KSAMKELVQP EKNTIFINMQ HLYKFSNNLA TTIELQYYRV YPFMCEALH LATLDACDES ERQQMFKKQL YVSLFNLDAK TKVRELSADK VGGLVRIAGQ IVRTHPVHPE LSRACFVCED C GVTTRDVQ QQFRYTQPTK CANPQCMNRT RFSLDVNSST FVDFQKIRIQ ETQAELPRGS IPRTVDVIVR GEMVETVQPG DK CDIVGTL IVIPDIAQLS TPGLRAETSN QNRGRATDKS EGITGLKALG VRDLTYKMAF LACHIQQTES LVGGDASGAV EET DYLDLW SKMSTEDRAT LKKMSDDKKI EKNIVDSLFP NIYGNHEVKL GVLLMLLGGV AKKSRDEGTS LRGDINVCLV GDPS TAKSQ VLKAVEEFSP RAIYTSGKAS SAAGLTAAVV KDEESFEFVI EAGALMLADN GVCCIDEFDK MDLKDQVAIH EAMEQ QTIS ITKAGVKATL NARASILAAA NPVNGRYDRS RPLKYNVQMS APIMSRFDLF FVLVDECNEV TDYAIARRIL DNHRAI SEH TERDSVYKID DIKKYIAFAR CFKPKISDKA AETLVREYKK LRMSDSNNAA TSSWRITVRQ LESLVRLSEA LARLHCG KE VLVEHVEKAA ELLNKSIVRV EQPDIALDDD DFDNNIMVVE ADKENQRGDD SMDHDGEKEN APKIDIAKLK ISFKEYKQ L SDVLVLHMRS DEDNQGEDEY DGVKQSALVE WYLSTIEADL ETEEDFNVQK TICERVIHRL IHQDHVLLEV EQGEDPTLC VHPNYVIADE

UniProtKB: DNA replication licensing factor mcm-6

+
分子 #6: DNA replication licensing factor MCM7

分子名称: DNA replication licensing factor MCM7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA helicase
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 81.721352 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MKTTTYNTDW AAEKTKIRSF FDEYYVDNED GSGKAFPYRD QVFEIARRDK QAIVVNVDHI KESDIPDALE LSEAITSNTK RYEVLFKDT ISDMIQDYLG DKQAPVIDAL DAYMFQRLHM DRNEGAANEE VSLQDKRKKY PPQLLQRFEV YFTTDDAAHE T CVRNIKAT ...文字列:
MKTTTYNTDW AAEKTKIRSF FDEYYVDNED GSGKAFPYRD QVFEIARRDK QAIVVNVDHI KESDIPDALE LSEAITSNTK RYEVLFKDT ISDMIQDYLG DKQAPVIDAL DAYMFQRLHM DRNEGAANEE VSLQDKRKKY PPQLLQRFEV YFTTDDAAHE T CVRNIKAT EIGHLVSMKG VVIRATEVKP CVEVMTYTCD TCAAEVYQPV KGMQFTPPVN CPNKECVEAK ANGRLHMQLR GS KFVKFQE LKIQELSEQV PVGSIPRTMT VHVYGEMTRK CNTGNVVHVS GVFLPIMQSG FRPTGGLVAD TYLEAHYINN LDD NPTFNG VQSAELEVLR RKGDNYETLA ASIAPEIFGH VDVKKCLLMA LVGGNDNSSN GMKIRGCINV LMMGDPGVAK SQLL GYVNR LAPRSQYTTG RGSSGVGLTA AVMKDPVTGE MSLEGGALVL ADGGICCIDE FDKMMDHDRT AIHEVMEQQT ISIAK AGIM TTLNARTAII AAANPAYGRY NPNRSIEQNV DLPAALLSRF DLILLMQDKA DRENDKILAE HITYVHQHGC HPNREK KDL ISLETLREYI SLCKTYTPTV DPALRERIVE AYVEMRRDAR YSSDPTFVSP RMILGIVRMA TARAKLRLST IVDESDV EE ALRLMQFAKD SLRPEQNKIE KRMAPVDAAF AVLRELYHAD NAPIAISNAI QRCARKGISE VALKKCLDQY TANGLLVM D RQNIVFAMN

UniProtKB: DNA replication licensing factor MCM7

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分子 #7: Probable DNA replication complex GINS protein PSF1

分子名称: Probable DNA replication complex GINS protein PSF1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 23.064361 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GPGSMSSGDQ NRGGVADKAL QLVLEMKRNP DVLPPYNTEL VRQCYQKIDE LFQKNAAVVE KIRAGLPHDS TLLQPRLAAM CHIRRCMMA YVNERKNRIR SFRWKYGGAL PASVRNALCD AEIQFFNEYS STLARFQSNL GEGGVNLLLH SAPPKSLFVQ V RALEDYGE ...文字列:
GPGSMSSGDQ NRGGVADKAL QLVLEMKRNP DVLPPYNTEL VRQCYQKIDE LFQKNAAVVE KIRAGLPHDS TLLQPRLAAM CHIRRCMMA YVNERKNRIR SFRWKYGGAL PASVRNALCD AEIQFFNEYS STLARFQSNL GEGGVNLLLH SAPPKSLFVQ V RALEDYGE FETSDGTQVQ LSKDSLHSLP RQDCEMLIRQ GVLELVH

UniProtKB: Probable DNA replication complex GINS protein PSF1

+
分子 #8: Probable DNA replication complex GINS protein PSF2

分子名称: Probable DNA replication complex GINS protein PSF2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 20.34933 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MNAERCEFIA GNSLIEVIPS ISDDRPIHLI SGDIGPFEAG VPCRIPVWTA ILMKRKHNCK VVAPQWMDVD ELKKILTSET ESQGLAKLP DHFFEISHML VRDAREDIFE VEAVKSLVQD IYDRRDAKLR SSAIEFLRQN QTCHAQLDNV QLIEASSARA T LEACRQMG AVVRNKHEST PL

UniProtKB: Probable DNA replication complex GINS protein PSF2

+
分子 #9: DNA replication complex GINS protein PSF3

分子名称: DNA replication complex GINS protein PSF3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 21.717668 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
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MAGFEIQRVE SKFFDLDDII AKSDSTSCTF EIGDLNPDFF QEMLGVSKPT QNADGYGVDA PYWLLESVRS SFSIQLPKAY SVNMQNVLN ADSKKLNLSG LQQHFYGNGM QLCRLMKGEN PDGALSLARC LVSTLTQRLG EIVSTATHLQ SKGEKFDSLE T KVFLEGKR CKEDIDTWLR QDNKCSSKKR KRLSL

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein PSF3

+
分子 #10: DNA replication complex GINS protein SLD5

分子名称: DNA replication complex GINS protein SLD5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 25.705123 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAVTDSATTF LDFDDDEYDE MTTPEEVLRK MTATWQNELC APCLLPTQME LVEILLDQIQ GMEENIGKQT DKMQLRISVH RVELQRIGF ITSDYVRCRL QKIESNPHDA IDQHKKRKEE GKSDLLSESE MKFAEEYALA ESNLFQKTVL EFMPAALKKM P VPRGDHDD ...文字列:
MAVTDSATTF LDFDDDEYDE MTTPEEVLRK MTATWQNELC APCLLPTQME LVEILLDQIQ GMEENIGKQT DKMQLRISVH RVELQRIGF ITSDYVRCRL QKIESNPHDA IDQHKKRKEE GKSDLLSESE MKFAEEYALA ESNLFQKTVL EFMPAALKKM P VPRGDHDD VMVYAKVTSD DVGNVAIPDW QDLNGEVILE MEPESCHLIP FESVHQLVED GNIQLM

UniProtKB: DNA replication complex GINS protein SLD5

+
分子 #11: Cell division control protein 45 homolog

分子名称: Cell division control protein 45 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 66.245758 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MIIEDNFRQE FYNKIKKGDK SVVLIVSVDT DALCTTMILT HLLRCDDIPF SILAVEGWSS VEKIFADSQE QKCHYILINC GATRSLTRL QIPPASIAFV IDSHRPFHIE NVYENGQIHL LANPSEMSEL QIPDLESVIR EDSDDEEDSD EDEDQEYISY E QRMEKIRR ...文字列:
MIIEDNFRQE FYNKIKKGDK SVVLIVSVDT DALCTTMILT HLLRCDDIPF SILAVEGWSS VEKIFADSQE QKCHYILINC GATRSLTRL QIPPASIAFV IDSHRPFHIE NVYENGQIHL LANPSEMSEL QIPDLESVIR EDSDDEEDSD EDEDQEYISY E QRMEKIRR KAIKREEMQI WERQRRTILW RYYESTWFSS PSCVTLLEMA AEMNRVSAET MWFTAVGLNS AMADKLISIE MY TQICVDR MRPFVHRFMP KNIVNQGKVD DLLHITFGRE LPLALYSHWD LFSAMMVSEY FSIKTKNWTQ KGDVNIRHLL AQL GITLHE TKQKFEALPT EQRNLVVDVL EKEMDSSFAT FFGTLGYCGK LSACDVARAV TLRLEMPKSE TIMNRFRSGQ SILR SSITG ERQDRLNLNN TFTSICQRTL QVSWKTVAAA INQSEIIPNG PYYLFSCSRS IDEDMVDSRH FLYNTAGFMI RAFAS MKKG RTTKPLIAMF PLTGESAGWL VVTGVMPIAT IYEDSLLKTC IGRAFERVKK MTPPLRIVDD YFNSDIIRLK SEDRTR FID FLQTVFEGTS N

UniProtKB: Cell division control protein 45 homolog

+
分子 #12: Downstream Neighbor of SoN homolog

分子名称: Downstream Neighbor of SoN homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 66.079383 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSDEHYNPRN RLKTQIKRRS SCRNILNAVP PPPPTDFEGL EGFTDSCPAP TANNPFKVSS PQKKRQKPQV TFSQDDPFAA SISRSPDPL KTPTKGVRSS PRKRKSPQKF ERFQSFDPAL LQEFHPVDFS ALLATSSSAQ KPAEPAQESA EDLPTDLRIG S KMRIVSKV ...文字列:
MSDEHYNPRN RLKTQIKRRS SCRNILNAVP PPPPTDFEGL EGFTDSCPAP TANNPFKVSS PQKKRQKPQV TFSQDDPFAA SISRSPDPL KTPTKGVRSS PRKRKSPQKF ERFQSFDPAL LQEFHPVDFS ALLATSSSAQ KPAEPAQESA EDLPTDLRIG S KMRIVSKV SFPWMNTRKS TGNVIVKFQT NDRFDGMQYF NKTFLNGYED PTVPLPVSPM SILEAASLFY QFPVIPGLKM YP RITAEQE NVSRVSLAPL VTSTMLEQWQ ECYAELYSSY KKGQRGSFYV ATAVCNVLFT KMPLSGGGDD VAADDTSQSC SQA FRGQKL VAVITHTTSA IREHLRSQGV DFEAPKPTSS LKRVSSSPQL HHDQSTLDCL LASESKENSQ MGPTTFGGIE NSEN SDESP LKKDQDSDEN ESPMKLANQW LNEIGVSPRT VKNTVSRELS SQVTDRAGFQ CLVVHGSKIH ALFNALMDSD VVHEK TGPY TKIPPTLIAT SPFLYGQLLS LTKSSNIFAK AGTKCTEYEL KLENGPVLPH CAKMMTQFIR STNMCSTEEK PVTMQV MDR HTSQGMSDWT ETATNWNTVT IAENCVKWTK N

UniProtKB: Downstream Neighbor of SoN homolog

+
分子 #14: Protein timeless homolog

分子名称: Protein timeless homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 157.256656 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MNVLVQGAVH ALGYYEDGKY SREPDCYESI RDLIRYLRED GDDHTARIEC GRHNLVEQDL VPMVKCEDLT DDEFDIAIRL MVNLCQPAI STMRGKPPAD RDQWKMYWEL EENLRRAKTA FSDAHFFTAI KKRIDNYFID TEYEDRDERL RLVVERIVLL I KYVFSINP ...文字列:
MNVLVQGAVH ALGYYEDGKY SREPDCYESI RDLIRYLRED GDDHTARIEC GRHNLVEQDL VPMVKCEDLT DDEFDIAIRL MVNLCQPAI STMRGKPPAD RDQWKMYWEL EENLRRAKTA FSDAHFFTAI KKRIDNYFID TEYEDRDERL RLVVERIVLL I KYVFSINP DTSEGRRTRI EDSSHDRVII AFLESGIDKT LMHIANQPRE KEFHVTILDI FALILKEQTA EDLATKSEEV ST AEQKKTE EEFRKIIENH VVKETQKRKS FSRFGGSYTI KGLKGISANS SQVVFKPIQN VEKHNFLDDR KAKKRAPRNR RPF EIDTNS HFASSEVRGM LRDMVIRIIE TCFNRLMKSS KTTVFVQVQK TSQINYFFLI KFVLRFVRLS RQDHLLERIS ECIG VEAFH ENNVQLTEYV ENATTLKGVE AKSHGLKAQY ALGAYNELVL LHRYIYEHAK EENERKFAKR ALEHIVNVEE YRELP IFII KKFSSSVLSN NFLRELVLTT HHYMKLVERF VKTGALKKVT KKVKVRKATK KSKMSEEDVR SEFDGMSKKD LDRLWE ESK GLVLQILKKE VPEMRGMNPI DSQLDVPVDA QQKFAKLSIQ RSLRSRGFPA AVGLYHASRA LWPESFKRGL TDFQDSP GE EDQLQELEQL LKADMKKVAK DLKKAESCKT CDEDPAYKKY DKMDATALQS LWEQSTDTLA RILSHELPES ESTSPVNW Q LDITPDVQQK FAMLAIQRAL RARDLPAAVG LYHTSRKLWP GDEAIFGAPG IGVEEEIAEL KAILEADLHE VAREMKVAE DRAEDPDEED PAEPYDSEQE EEEEVPAWKV EEIDFQFDSY VCKFSNVDVL KWYVFLLNDF SKNSTELNQA LVKMLHRIAF DLKLPIKLY QVSLFQVFSK VNEHFTHLSK DLRKSSRLYE LYQFGFHLLK KFFSKFTGDL AIEALFWKGP RECFEIENGY G SWVKSREA DIRVWTEDLE IELRNLYEEY RTMETRDGID VLDFIEHNLS RARSRKKVAK KLIEFGFDLL GAKWKNSDKA RM DSVLPIG DIQKWYDEWK EAGARGDLVN VLQEKLNEDL GMEISRKKIL KQLAHMDILY EKPKKEKPLP QWDTGLIEEL KKL KEQYDD IPDALNMLGV NIVRYVMKRL SEKKPTRQVE RHLESLGATI PERSKKSEKN GKKFDDFLND DDDDSENDVG GGSE DDEEE EIVMKSKRII PDSEDEEEHI EQEEAQKKLE KVAEKPNTLM GMIAGRKRKL AQLESDSSDE SDDDDSAEKE EKKLP AAED DSDLEEDAVI YKRSYVDALL TGGSIAGNGI TETRRDTSEE REDDDDEDPF TKKLTFKRRI VMSDNEDEA

UniProtKB: Protein timeless homolog

+
分子 #15: Protein TIPIN homolog

分子名称: Protein TIPIN homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caenorhabditis elegans (センチュウ)
分子量理論値: 27.415215 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: GPGSMDEMED FFENDELDRE PSPMGDEAIE DNSGEGGTRR VVEPKLLRTK RLANPRLALN ERILTGPKGI SALRETLKDF KPNPKDDPY ANLEKLMKKY AYWGHLMFPK MKTEDVLNRV ETLGTRRQVK VFMIKHRLGE TGEDSEHEEQ ENQKNGIIDD G ASDNDDDL ...文字列:
GPGSMDEMED FFENDELDRE PSPMGDEAIE DNSGEGGTRR VVEPKLLRTK RLANPRLALN ERILTGPKGI SALRETLKDF KPNPKDDPY ANLEKLMKKY AYWGHLMFPK MKTEDVLNRV ETLGTRRQVK VFMIKHRLGE TGEDSEHEEQ ENQKNGIIDD G ASDNDDDL FKDLPEKEVT TEKAKNSEKS DQKTAEIDEN VEEEYRMMEE ERLREEQEAK EAADEDALME DFGDMNNDW

UniProtKB: Protein TIPIN homolog

+
分子 #13: DNA Leading Strand Template

分子名称: DNA Leading Strand Template / タイプ: dna / ID: 13 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 26.396836 KDa
配列文字列: (DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DG) ...文字列:
(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DA)(DG)(DG)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DT)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA) (DG)(DT)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT)(DT)(DT)

+
分子 #16: DNA Lagging Strand Template

分子名称: DNA Lagging Strand Template / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 18.524887 KDa
配列文字列: (DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA) (DC) (DT)(DT)(DA)(DC)(DC) ...文字列:
(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DG) (DC)(DA)(DG)(DG)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA) (DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DC)(DA) (DC) (DT)(DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DC) (DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DA)(DC)(DT) (DC)(DT) (DA)

+
分子 #17: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 5 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #18: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #19: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER

分子名称: PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 4 / 式: ANP
分子量理論値: 506.196 Da
Chemical component information

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - #0 - Film type ID: 1 / 支持フィルム - #0 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #0 - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - #1 - Film type ID: 2 / 支持フィルム - #1 - 材質: CARBON / 支持フィルム - #1 - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 5 sec. / 詳細: 15 mA
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均露光時間: 1.7 sec. / 平均電子線量: 40.1 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

10619

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 33900
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る