[日本語] English
![](img/lk-miru.gif)
- EMDB-17033: Pol I bound to extended and displaced DNA section - open conformation -
+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Pol I bound to extended and displaced DNA section - open conformation | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | DNA Polymerase I / Okazaki fragment maturation / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair ...5'-3' exonuclease activity / double-strand break repair via alternative nonhomologous end joining / 3'-5' exonuclease activity / base-excision repair / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / DNA replication / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA repair / DNA binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
![]() | Botto M / Borsellini A / Lamers MH | |||||||||
資金援助 | 1件
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: A four-point molecular handover during Okazaki maturation. 著者: Margherita M Botto / Alessandro Borsellini / Meindert H Lamers / ![]() ![]() ![]() 要旨: DNA replication introduces thousands of RNA primers into the lagging strand that need to be removed for replication to be completed. In Escherichia coli when the replicative DNA polymerase Pol IIIα ...DNA replication introduces thousands of RNA primers into the lagging strand that need to be removed for replication to be completed. In Escherichia coli when the replicative DNA polymerase Pol IIIα terminates at a previously synthesized RNA primer, DNA Pol I takes over and continues DNA synthesis while displacing the downstream RNA primer. The displaced primer is subsequently excised by an endonuclease, followed by the sealing of the nick by a DNA ligase. Yet how the sequential actions of Pol IIIα, Pol I polymerase, Pol I endonuclease and DNA ligase are coordinated is poorly defined. Here we show that each enzymatic activity prepares the DNA substrate for the next activity, creating an efficient four-point molecular handover. The cryogenic-electron microscopy structure of Pol I bound to a DNA substrate with both an upstream and downstream primer reveals how it displaces the primer in a manner analogous to the monomeric helicases. Moreover, we find that in addition to its flap-directed nuclease activity, the endonuclease domain of Pol I also specifically cuts at the RNA-DNA junction, thus marking the end of the RNA primer and creating a 5' end that is a suitable substrate for the ligase activity of LigA once all RNA has been removed. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 4.9 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.3 KB 16.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 62.8 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 49.6 MB 49.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 606.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 606.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ooyMC ![]() 8oo6C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.836 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_17033_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_17033_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Escherichia coli DNA Polymerase I in complex with DNA
全体 | 名称: Escherichia coli DNA Polymerase I in complex with DNA |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Escherichia coli DNA Polymerase I in complex with DNA
超分子 | 名称: Escherichia coli DNA Polymerase I in complex with DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: DNA polymerase I
分子 | 名称: DNA polymerase I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed DNA polymerase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 67.991461 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPHDNYVTIL DEETLKAWIA KLEKAPVFAF DTETDSLDNI SANLVGLSFA IEPGVAAYIP VAHDYLDAPD QISRERALEL LKPLLEDEK ALKVGQNLKY DRGILANYGI ELRGIAFDTM LESYILNSVA GRHDMDSLAE RWLKHKTITF EEIAGKGKNQ L TFNQIALE ...文字列: GPHDNYVTIL DEETLKAWIA KLEKAPVFAF DTETDSLDNI SANLVGLSFA IEPGVAAYIP VAHDYLDAPD QISRERALEL LKPLLEDEK ALKVGQNLKY DRGILANYGI ELRGIAFDTM LESYILNSVA GRHDMDSLAE RWLKHKTITF EEIAGKGKNQ L TFNQIALE EAGRYAAEDA DVTLQLHLKM WPDLQKHKGP LNVFENIEMP LVPVLSRIER NGVKIDPKVL HNHSEELTLR LA ELEKKAH EIAGEEFNLS STKQLQTILF EKQGIKPLKK TPGGAPSTSE EVLEELALDY PLPKVILEYR GLAKLKSTYT DKL PLMINP KTGRVHTSYH QAVTATGRLS STDPNLQNIP VRNEEGRRIR QAFIAPEDYV IVSADYSQIE LRIMAHLSRD KGLL TAFAE GKDIHRATAA EVFGLPLETV TSEQRRSAKA INFGLIYGMS AFGLARQLNI PRKEAQKYMD LYFERYPGVL EYMER TRAQ AKEQGYVETL DGRRLYLPDI KSSNGARRAA AERAAINAPM QGTAADIIKR AMIAVDAWLQ AEQPRVRMIM QVHDEL VFE VHKDDVDAVA KQIHQLMENC TRLDVPLLVE VGSGENWDQA H UniProtKB: DNA polymerase I |
-分子 #2: Template DNA
分子 | 名称: Template DNA / タイプ: other / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 8.374174 KDa |
配列 | 文字列: AACG(DT)CG(DT)GA C(DT)GGGAAAAC CC(DT)GGC |
-分子 #3: Extending Primer
分子 | 名称: Extending Primer / タイプ: other / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: polydeoxyribonucleotide/polyribonucleotide hybrid |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 5.691538 KDa |
配列 | 文字列: GCCAGGG(DT)(DT)(DT) (DT)CCCAG(DT)C |
-分子 #4: Displacing Primer
分子 | 名称: Displacing Primer / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 2.11341 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DG)(DA)(DC)(DG)(DT)(DT) |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 8.5 |
---|---|
糖包埋 | 材質: water |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA PLUNGER |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-
画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 164102 |
初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION |