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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16913 | |||||||||
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タイトル | Structure of the MlaCD complex (2:6 stoichiometry) | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Outer membrane / phospholipids / gram-negative bacteria / lipid transport | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.38 Å | |||||||||
データ登録者 | Wotherspoon P / Bui S / Sridhar P / Bergeron JRC / Knowles TJ | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The structure of the MlaC-MlaD complex reveals novel insights into periplasmic phospholipid transport processes 著者: Wotherspoon P / Bui S / Sridhar P / Ratkeviciute G / Colburn J / Johnston H / Cooper BF / Bryant JA / Hughes GW / Stransfeld PJ / Bergeron JRC / Knowles TJ | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16913.map.gz | 154.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16913-v30.xml emd-16913.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_16913.png | 33.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-16913.cif.gz | 6.4 KB | ||
その他 | emd_16913_half_map_1.map.gz emd_16913_half_map_2.map.gz | 151.4 MB 151.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16913 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16913 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_16913_validation.pdf.gz | 991.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_16913_full_validation.pdf.gz | 991.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_16913_validation.xml.gz | 14.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_16913_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16913 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-16913 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ojgMC 16904 8oj4C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.71 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : MlaCD (2:6 stoichiometry)
全体 | 名称: MlaCD (2:6 stoichiometry) |
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要素 |
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-超分子 #1: MlaCD (2:6 stoichiometry)
超分子 | 名称: MlaCD (2:6 stoichiometry) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2, #1 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: ABC-type organic solvent transporter
分子 | 名称: ABC-type organic solvent transporter / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 19.593133 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQTKKNEIWV GIFLLAALLA ALFVCLKAAN VTSIRTEPTY TLYATFDNIG GLKARSPVSI GGVVVGRVAD ITLDPKTYLP RVTLEIEQR YNHIPDTSSL SIRTSGLLGE QYLALNVGFE DPELGTAILK DGDTIQDTKS AMVLEDLIGQ FLYGSKGDDN K NSGDAPAA APGNNETTEP VGTTK UniProtKB: ABC-type organic solvent transporter |
-分子 #2: ABC transporter substrate-binding protein
分子 | 名称: ABC transporter substrate-binding protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 23.989559 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFKRLMMVAL LVIAPLSAAT AADQTNPYKL MDEAAQKTFD RLKNEQPQIR ANPDYLRTIV DQELLPYVQV KYAGALVLGQ YYKSATPAQ REAYFAAFRE YLKQAYGQAL AMYHGQTYQI APEQPLGDKT IVPIRVTIID PNGRPPVRLD FQWRKNSQTG N WQAYDMIA ...文字列: MFKRLMMVAL LVIAPLSAAT AADQTNPYKL MDEAAQKTFD RLKNEQPQIR ANPDYLRTIV DQELLPYVQV KYAGALVLGQ YYKSATPAQ REAYFAAFRE YLKQAYGQAL AMYHGQTYQI APEQPLGDKT IVPIRVTIID PNGRPPVRLD FQWRKNSQTG N WQAYDMIA EGVSMITTKQ NEWGTLLRTK GIDGLTAQLK SISQQKITLE EKK UniProtKB: ABC transporter substrate-binding protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.38 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 58259 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |