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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-16891 | |||||||||||||||
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タイトル | Structure of the UBE1L activating enzyme bound to ISG15 and UBE2L6 | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | ubiquitin-like (ユビキチン) / ISG15 / interferon-stimulated genes / antiviral (抗ウイルス薬) / ANTIVIRAL PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ISG15 activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / response to type I interferon / ユビキチン結合酵素 ...ISG15 activating enzyme activity / ISG15 transferase activity / 合成酵素; C-S結合を形成; 酸とチオールを結合するもの / positive regulation of protein oligomerization / ISG15-protein conjugation / regulation of type II interferon production / protein localization to mitochondrion / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / response to type I interferon / ユビキチン結合酵素 / negative regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of viral genome replication / ubiquitin conjugating enzyme activity / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of bone mineralization / ubiquitin ligase complex / negative regulation of protein ubiquitination / positive regulation of interferon-beta production / positive regulation of erythrocyte differentiation / ubiquitin binding / integrin-mediated signaling pathway / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / Termination of translesion DNA synthesis / response to virus / modification-dependent protein catabolic process / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / protein modification process / PKR-mediated signaling / protein tag activity / ISG15 antiviral mechanism / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / Interferon alpha/beta signaling / positive regulation of type II interferon production / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / integrin binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / defense response to virus / protein ubiquitination / defense response to bacterium / Amyloid fiber formation / 自然免疫系 / ubiquitin protein ligase binding / DNA damage response / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / extracellular region / 核質 / ATP binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Wallace I / Kheewoong B / Prabu JR / Vollrath R / von Gronau S / Schulman BA / Swatek KN | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, ドイツ, European Union, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Insights into the ISG15 transfer cascade by the UBE1L activating enzyme. 著者: Iona Wallace / Kheewoong Baek / J Rajan Prabu / Ronnald Vollrath / Susanne von Gronau / Brenda A Schulman / Kirby N Swatek / 要旨: The attachment of the ubiquitin-like protein ISG15 to substrates by specific E1-E2-E3 enzymes is a well-established signalling mechanism of the innate immune response. Here, we present a 3.45 Å ...The attachment of the ubiquitin-like protein ISG15 to substrates by specific E1-E2-E3 enzymes is a well-established signalling mechanism of the innate immune response. Here, we present a 3.45 Å cryo-EM structure of a chemically trapped UBE1L-UBE2L6 complex bound to activated ISG15. This structure reveals the details of the first steps of ISG15 recognition and UBE2L6 recruitment by UBE1L (also known as UBA7). Taking advantage of viral effector proteins from severe acute respiratory coronavirus 2 (SARS-CoV-2) and influenza B virus (IBV), we validate the structure and confirm the importance of the ISG15 C-terminal ubiquitin-like domain in the adenylation reaction. Moreover, biochemical characterization of the UBE1L-ISG15 and UBE1L-UBE2L6 interactions enables the design of ISG15 and UBE2L6 mutants with altered selectively for the ISG15 and ubiquitin conjugation pathways. Together, our study helps to define the molecular basis of these interactions and the specificity determinants that ensure the fidelity of ISG15 signalling during the antiviral response. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_16891.map.gz | 8.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-16891-v30.xml emd-16891.xml | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_16891_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_16891.png | 114.5 KB | ||
マスクデータ | emd_16891_msk_1.map | 91.1 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-16891.cif.gz | 6.6 KB | ||
その他 | emd_16891_additional_1.map.gz emd_16891_half_map_1.map.gz emd_16891_half_map_2.map.gz | 81.1 MB 71.4 MB 71.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16891 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-16891 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8oifMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_16891.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8512 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_16891_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_16891_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_16891_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_16891_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex consisting of UBE1L, UBE2L6, and full-length ISG15.
全体 | 名称: Ternary complex consisting of UBE1L, UBE2L6, and full-length ISG15. |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex consisting of UBE1L, UBE2L6, and full-length ISG15.
超分子 | 名称: Ternary complex consisting of UBE1L, UBE2L6, and full-length ISG15. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #2: UBE2L6
超分子 | 名称: UBE2L6 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-超分子 #3: ISG15
超分子 | 名称: ISG15 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7
分子 | 名称: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 111.966234 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: GSMDALDASK LLDEELYSRQ LYVLGSPAMQ RIQGARVLVS GLQGLGAEVA KNLVLMGVGS LTLHDPHPTC WSDLAAQFLL SEQDLERSR AEASQELLAQ LNRAVQVVVH TGDITEDLLL DFQVVVLTAA KLEEQLKVGT LCHKHGVCFL AADTRGLVGQ L FCDFGEDF ...文字列: GSMDALDASK LLDEELYSRQ LYVLGSPAMQ RIQGARVLVS GLQGLGAEVA KNLVLMGVGS LTLHDPHPTC WSDLAAQFLL SEQDLERSR AEASQELLAQ LNRAVQVVVH TGDITEDLLL DFQVVVLTAA KLEEQLKVGT LCHKHGVCFL AADTRGLVGQ L FCDFGEDF TVQDPTEAEP LTAAIQHISQ GSPGILTLRK GANTHYFRDG DLVTFSGIEG MVELNDCDPR SIHVREDGSL EI GDTTTFS RYLRGGAITE VKRPKTVRHK SLDTALLQPH VVAQSSQEVH HAHCLHQAFC ALHKFQHLHG RPPQPWDPVD AET VVGLAR DLEPLKRTEE EPLEEPLDEA LVRTVALSSA GVLSPMVAML GAVAAQEVLK AISRKFMPLD QWLYFDALDC LPED GELLP SPEDCALRGS RYDGQIAVFG AGFQEKLRRQ HYLLVGAGAI GCELLKVFAL VGLGAGNSGG LTVVDMDHIE RSNLS RQFL FRSQDVGRPK AEVAAAAARG LNPDLQVIPL TYPLDPTTEH IYGDNFFSRV DGVAAALDSF QARRYVAARC THYLKP LLE AGTSGTWGSA TVFMPHVTEA YRAPASAAAS EDAPYPVCTV RYFPSTAEHT LQWARHEFEE LFRLSAETIN HHQQAHT SL ADMDEPQTLT LLKPVLGVLR VRPQNWQDCV AWALGHWKLC FHYGIKQLLR HFPPNKVLED GTPFWSGPKQ CPQPLEFD T NQDTHLLYVL AAANLYAQMH GLPGSQDWTA LRELLKLLPQ PDPQQMAPIF ASNLELASAS AEFGPEQQKE LNKALEVWS VGPPLKPLMF EKDDDSNFHV DFVVAAASLR CQNYGIPPVN RAQSKRIVGQ IIPAIATTTA AVAGLLGLEL YKVVSGPRPR SAFRHSYLH LAENYLIRYM PFAPAIQTFH HLKWTSWDRL KVPAGQPERT LESLLAHLQE QHGLRVRILL HGSALLYAAG W SPEKQAQH LPLRVTELVQ QLTGQAPAPG QRVLVLELSC EGDDEDTAFP PLHYEL UniProtKB: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 7 |
-分子 #2: Ubiquitin-like protein ISG15
分子 | 名称: Ubiquitin-like protein ISG15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 17.147637 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MGWDLTVKML AGNEFQVSLS SSMSVSELKA QITQKIGVHA FQQRLAVHPS GVALQDRVPL ASQGLGPGST VLLVVDKSDE PLSILVRNN KGRSSTYEVR LTQTVAHLKQ QVSGLEGVQD DLFWLTFEGK PLEDQLPLGE YGLKPLSTVF MNLRLRGG UniProtKB: Ubiquitin-like protein ISG15 |
-分子 #3: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6
分子 | 名称: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ユビキチン結合酵素 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 17.912719 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: GPMMASMRVV KELEDLQKKP PPYLRNLSSD DANVLVWHAL LLPDQPPYHL KAFNLRISFP PEYPFKPPMI KFTTKIYHPN VDENGQICL PIISSENWKP STKTSQVLEA LNVLVNRPNI REPLRMDLAD LLTQNPELFR KNAEEFTLRF GVDRPS UniProtKB: Ubiquitin/ISG15-conjugating enzyme E2 L6 |
-分子 #4: ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE MONOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: AMP |
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分子量 | 理論値: 347.221 Da |
Chemical component information | ChemComp-AMP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |