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- EMDB-16801: Homo sapiens Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-16801
タイトルHomo sapiens Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer
マップデータ
試料
  • 複合体: Homo sapiens Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer
    • 複合体: Tail-anchored protein insertion receptor Get1 and Get2/CAML
      • タンパク質・ペプチド: Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG,Guided entry of tail-anchored proteins factor 1,GET2-GET1
    • 複合体: Dimeric ATPase Get3
      • タンパク質・ペプチド: ATPase ASNA1
  • リガンド: ZINC ION
キーワードmembrane protein insertion / GET pathway / tail anchored membrane protein / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


arsenite transmembrane transporter activity / membrane insertase activity / GET complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / receptor recycling / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / B cell homeostasis ...arsenite transmembrane transporter activity / membrane insertase activity / GET complex / tail-anchored membrane protein insertion into ER membrane / receptor recycling / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / protein insertion into ER membrane / post-translational protein targeting to endoplasmic reticulum membrane / Insertion of tail-anchored proteins into the endoplasmic reticulum membrane / B cell homeostasis / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein-membrane adaptor activity / vesicle-mediated transport / negative regulation of protein ubiquitination / epidermal growth factor receptor signaling pathway / defense response / protein stabilization / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / nucleolus / endoplasmic reticulum / signal transduction / ATP hydrolysis activity / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG / Get2-like / Get1 family / CHD5-like protein / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3, eukaryotic / Arsenical pump ATPase, ArsA/GET3 / Anion-transporting ATPase-like domain / Anion-transporting ATPase / Helix hairpin bin domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guided entry of tail-anchored proteins factor 1 / ATPase GET3 / Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者McDowell MA / Heimes M / Wild K / Sinning I
資金援助 ドイツ, 2件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)Leibniz SI 586/6-1 ドイツ
German Research Foundation (DFG)TRR83 TP22 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Tail-Anchored Membrane Protein Biogenesis by the GET Insertase Complex.
著者: Melanie A McDowell / Michael Heimes / Francesco Fiorentino / Shahid Mehmood / Ákos Farkas / Javier Coy-Vergara / Di Wu / Jani Reddy Bolla / Volker Schmid / Roger Heinze / Klemens Wild / Dirk ...著者: Melanie A McDowell / Michael Heimes / Francesco Fiorentino / Shahid Mehmood / Ákos Farkas / Javier Coy-Vergara / Di Wu / Jani Reddy Bolla / Volker Schmid / Roger Heinze / Klemens Wild / Dirk Flemming / Stefan Pfeffer / Blanche Schwappach / Carol V Robinson / Irmgard Sinning /
要旨: Membrane protein biogenesis faces the challenge of chaperoning hydrophobic transmembrane helices for faithful membrane insertion. The guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway targets and ...Membrane protein biogenesis faces the challenge of chaperoning hydrophobic transmembrane helices for faithful membrane insertion. The guided entry of tail-anchored proteins (GET) pathway targets and inserts tail-anchored (TA) proteins into the endoplasmic reticulum (ER) membrane with an insertase (yeast Get1/Get2 or mammalian WRB/CAML) that captures the TA from a cytoplasmic chaperone (Get3 or TRC40, respectively). Here, we present cryo-electron microscopy reconstructions, native mass spectrometry, and structure-based mutagenesis of human WRB/CAML/TRC40 and yeast Get1/Get2/Get3 complexes. Get3 binding to the membrane insertase supports heterotetramer formation, and phosphatidylinositol binding at the heterotetramer interface stabilizes the insertase for efficient TA insertion in vivo. We identify a Get2/CAML cytoplasmic helix that forms a "gating" interaction with Get3/TRC40 important for TA insertion. Structural homology with YidC and the ER membrane protein complex (EMC) implicates an evolutionarily conserved insertion mechanism for divergent substrates utilizing a hydrophilic groove. Thus, we provide a detailed structural and mechanistic framework to understand TA membrane insertion.
履歴
登録2023年3月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2023年11月29日-
現状2023年11月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_16801.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_16801.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 134.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.81 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.36
最小 - 最大-3.2537925 - 4.1317363
平均 (標準偏差)-0.000070158334 (±0.056902092)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ328328328
Spacing328328328
セルA=B=C: 265.68 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_16801_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Final reconstruction low-pass filtered to 6 A resolution

ファイルemd_16801_additional_1.map
注釈Final reconstruction low-pass filtered to 6 A resolution
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_16801_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_16801_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homo sapiens Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer

全体名称: Homo sapiens Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer
要素
  • 複合体: Homo sapiens Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer
    • 複合体: Tail-anchored protein insertion receptor Get1 and Get2/CAML
      • タンパク質・ペプチド: Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG,Guided entry of tail-anchored proteins factor 1,GET2-GET1
    • 複合体: Dimeric ATPase Get3
      • タンパク質・ペプチド: ATPase ASNA1
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Homo sapiens Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer

超分子名称: Homo sapiens Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Get2-Get1 was expressed as a fusion protein in S. frugiperda and Get3 was expressed in E. coli. The complex components were purified and reconstituted in vitro.
分子量理論値: 150 KDa

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超分子 #2: Tail-anchored protein insertion receptor Get1 and Get2/CAML

超分子名称: Tail-anchored protein insertion receptor Get1 and Get2/CAML
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: Dimeric ATPase Get3

超分子名称: Dimeric ATPase Get3 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: ATPase ASNA1

分子名称: ATPase ASNA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: 加水分解酵素; 酸無水物に作用
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 40.14607 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GAMAAGVAGW GVEAEEFEDA PDVEPLEPTL SNIIEQRSLK WIFVGGKGGV GKTTCSCSLA VQLSKGRESV LIISTDPAHN ISDAFDQKF SKVPTKVKGY DNLFAMEIDP SLGVAELPDE FFEEDNMLSM GKKMMQEAMS AFPGIDEAMS YAEVMRLVKG M NFSVVVFD ...文字列:
GAMAAGVAGW GVEAEEFEDA PDVEPLEPTL SNIIEQRSLK WIFVGGKGGV GKTTCSCSLA VQLSKGRESV LIISTDPAHN ISDAFDQKF SKVPTKVKGY DNLFAMEIDP SLGVAELPDE FFEEDNMLSM GKKMMQEAMS AFPGIDEAMS YAEVMRLVKG M NFSVVVFD TAPTGHTLRL LNFPTIVERG LGRLMQIKNQ ISPFISQMCN MLGLGDMNAD QLASKLEETL PVIRSVSEQF KD PEQTTFI CVCIAEFLSL YETERLIQEL AKCKIDTHNI IVNQLVFPDP EKPCKMCEAR HKIQAKYLDQ MEDLYEDFHI VKL PLLPHE VRGADKVNTF SALLLEPYKP PSAQGSWSHP QFEK

UniProtKB: ATPase GET3

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分子 #2: Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG,Guided entry ...

分子名称: Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG,Guided entry of tail-anchored proteins factor 1,GET2-GET1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 35.083309 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDSFRIFRLV GCALLALGVR AFVCKYLSIF APFLTLQLAY MGLYKYFPKS EKKIKTTVLT AALLLSGIPA EVINRSMDTY SKMGEVFTD LCVYFFTFIF CHELLDYWGS EVPGSGSENL YFQSGSGSMS SAAADHWAWL LVLSFVFGCN VLRILLPSFS S FMSRVLQK ...文字列:
MDSFRIFRLV GCALLALGVR AFVCKYLSIF APFLTLQLAY MGLYKYFPKS EKKIKTTVLT AALLLSGIPA EVINRSMDTY SKMGEVFTD LCVYFFTFIF CHELLDYWGS EVPGSGSENL YFQSGSGSMS SAAADHWAWL LVLSFVFGCN VLRILLPSFS S FMSRVLQK DAEQESQMRA EIQDMKQELS TVNMMDEFAR YARLERKINK MTDKLKTHVK ARTAQLAKIK WVISVAFYVL QA ALMISLI WKYYSVPVAV VPSKWITPLD RLVAFPTRVA GGVGITCWIL VCNKVVAIVL HPFSGSGSLE VLFQ

UniProtKB: Guided entry of tail-anchored proteins factor CAMLG, Guided entry of tail-anchored proteins factor 1

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.8 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
20.0 mMHEPES
200.0 mMSodium Chloride
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER/RHODIUM / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 279 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細Complex stabilised in PMAL-C8 amphipol

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 9470 / 平均露光時間: 12.0 sec. / 平均電子線量: 45.6 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1561837
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: ab initio model generated in cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 189844
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 詳細: ab initio reconstruction in cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 詳細: non-uniform refinement in cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8cr1:
Homo sapiens Get1/Get2 heterotetramer in complex with a Get3 dimer

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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