+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1647 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Specific arrangement of alpha-helical coiled coils in the core domain of the bacterial flagellar hook for the universal joint function | |||||||||
マップデータ | This is a cryoEM map of the bacterial flagellar hook | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Bacterial flagellum / flagellar hook / universal joint / electron cryomicroscopy / 3D image reconstruction | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility / bacterial-type flagellum-dependent cell motility 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.1 Å | |||||||||
データ登録者 | Fujii T / Kato T / Namba K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2009 タイトル: Specific arrangement of alpha-helical coiled coils in the core domain of the bacterial flagellar hook for the universal joint function. 著者: Takashi Fujii / Takayuki Kato / Keiichi Namba / 要旨: The bacterial flagellar hook is a short, highly curved tubular structure connecting the rotary motor to the filament acting as a helical propeller. The bending flexibility of the hook allows it to ...The bacterial flagellar hook is a short, highly curved tubular structure connecting the rotary motor to the filament acting as a helical propeller. The bending flexibility of the hook allows it to work as a universal joint. A partial atomic model of the hook revealed a sliding intersubunit domain interaction along the protofilament to produce bending flexibility. However, it remained unclear how the tightly packed inner core domains can still permit axial extension and compression. We report advances in cryoEM image analysis for high-resolution, high-throughput structural analysis and a density map of the hook that reveals most of the secondary structures, including the terminal alpha helices forming a coiled coil. The orientations and axial packing interactions of these two alpha helices are distinctly different from those of the filament, allowing them to have a room for axial compression and extension for bending flexibility without impairing the mechanical stability of the hook. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1647.map.gz | 28.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-1647-v30.xml emd-1647.xml | 9.7 KB 9.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1647.jpg | 331.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1647 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1647 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1647_validation.pdf.gz | 398 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_1647_full_validation.pdf.gz | 397.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1647_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1647 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1647 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1647.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | This is a cryoEM map of the bacterial flagellar hook | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.68 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Bacterial flagellar hook
全体 | 名称: Bacterial flagellar hook |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1000: Bacterial flagellar hook
超分子 | 名称: Bacterial flagellar hook / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Bacterial flagellar hook / Number unique components: 1 |
---|
-分子 #1: Bacterial flagellar hook
分子 | 名称: Bacterial flagellar hook / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Bacterial flagellar hook / 組換発現: No / データベース: NCBI |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 20mM Tris-HCl, 100mM NaCl |
---|---|
グリッド | 詳細: Quantifoil holey carbon molybdenum grid R0.6/1.0 |
凍結 | 凍結剤: HELIUM / チャンバー内湿度: 90 % / チャンバー内温度: 4.6 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Vitorobot |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3200FSC |
---|---|
温度 | 平均: 50 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 10.0 eV |
日付 | 2008年2月20日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 200 / 平均電子線量: 20 e/Å2 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 89285 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.6 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: Top entry liquid helium-cooled cryo specimen holder 試料ホルダーモデル: JEOL |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.12 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 64.78 ° アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER |
---|---|
CTF補正 | 詳細: Each particle |