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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Vitamin B12 transporter BtuB1 with lipoprotein BtuG1 from B. theta | |||||||||
![]() | Sharpened with bfactor=-50 | |||||||||
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![]() | Outer membrane / TonB-dependent transporter / vitamin B12 / lipoprotein / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() siderophore transmembrane transport / siderophore uptake transmembrane transporter activity / cell outer membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.22 Å | |||||||||
![]() | Silale A / Abellon-Ruiz J / van den Berg B | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: BtuB TonB-dependent transporters and BtuG surface lipoproteins form stable complexes for vitamin B uptake in gut Bacteroides. 著者: Javier Abellon-Ruiz / Kalyanashis Jana / Augustinas Silale / Andrew M Frey / Arnaud Baslé / Matthias Trost / Ulrich Kleinekathöfer / Bert van den Berg / ![]() ![]() 要旨: Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition ...Vitamin B (cobalamin) is required for most human gut microbes, many of which are dependent on scavenging to obtain this vitamin. Since bacterial densities in the gut are extremely high, competition for this keystone micronutrient is severe. Contrasting with Enterobacteria, members of the dominant genus Bacteroides often encode several BtuB vitamin B outer membrane transporters together with a conserved array of surface-exposed B-binding lipoproteins. Here we show that the BtuB transporters from Bacteroides thetaiotaomicron form stable, pedal bin-like complexes with surface-exposed BtuG lipoprotein lids, which bind B with high affinities. Closing of the BtuG lid following B capture causes destabilisation of the bound B by a conserved BtuB extracellular loop, causing translocation of the vitamin to BtuB and subsequent transport. We propose that TonB-dependent, lipoprotein-assisted small molecule uptake is a general feature of Bacteroides spp. that is important for the success of this genus in colonising the human gut. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 110.9 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 20.3 KB 20.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 14.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 65.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() ![]() | 108.3 MB 200.4 MB 200.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 979.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 979 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 21.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 27.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8blwMC ![]() 8bmxC ![]() 8bmyC ![]() 8bmzC ![]() 8bn0C ![]() 8okvC ![]() 8p97C ![]() 8p98C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Sharpened with bfactor=-50 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.91 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map
ファイル | emd_16114_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_16114_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_16114_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of B. theta vitamin B12 transporter BtuB1 and lipoprotein...
全体 | 名称: Complex of B. theta vitamin B12 transporter BtuB1 and lipoprotein BtuG1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of B. theta vitamin B12 transporter BtuB1 and lipoprotein...
超分子 | 名称: Complex of B. theta vitamin B12 transporter BtuB1 and lipoprotein BtuG1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 126 KDa |
-分子 #1: Vitamin B12 transporter BtuB1
分子 | 名称: Vitamin B12 transporter BtuB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 78.31275 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MRRNTFIKKM SVLLCCQALS LSLFAQQQKV DTAHIYSIPE IMVSDPYQTR EVRSASPLQV FNKEELKNLQ ALQVSDAVKH FAGVTVKDY GGIGGLKTVS IRSLGAQHTA VSYDGITVSD CQTGQVDIGR FSLNNVDRLS LNNGQSDNIF QPARFFASAG I LNIQTLTP ...文字列: MRRNTFIKKM SVLLCCQALS LSLFAQQQKV DTAHIYSIPE IMVSDPYQTR EVRSASPLQV FNKEELKNLQ ALQVSDAVKH FAGVTVKDY GGIGGLKTVS IRSLGAQHTA VSYDGITVSD CQTGQVDIGR FSLNNVDRLS LNNGQSDNIF QPARFFASAG I LNIQTLTP HFKEDKPTNI AAEFKTGSWG LVNPSLFLEQ QLNKKWSMTA NGEWMSSDGH YPFTLRYGND ADVQVSKEKR RN TDVENLR AEISAFANLS DKEQWRLKAY YYQSSRGLPN ATTLYYDFSR QNLRDKNTFI QSQYKKEFSR KWVFQTSAKW NWS YQNYQD PDALTSVGGT DNSYYQQEYY LSASALYRIW NNLSFSLSTD GSINTMNANL QNFVSPTRYS WLTAFAGKYV NEWV TLSAS ALATVINEKA KNGGNAGNHR KLSPNVSISL KPFHNEELRF RFFYKDIFRL PSFNDLYYDK AGNINLKPES ATQYN IGIT YSKAINNFIP YLSATVDAYH NKVTDKIVAT PTKNLFIWSM VNLGKVDIKG IDATASLSLQ PLDKLRINLS GNYTYQ RAL DVTNSNPNSP EGKVYKHQIA YTPRVSASGQ AGIETPWLNL SYSFLFSGKR YMLGQNISDN RLDSYSDHSI SAYRDFK IQ KVTASLNLEV LNLMNRNYEI VKNFPMPGRS VRVTIGVRYG GGHHHHHH UniProtKB: Vitamin B12 receptor, outer membrane |
-分子 #2: YncE family protein
分子 | 名称: YncE family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() 株: ATCC 29148 / DSM 2079 / JCM 5827 / CCUG 10774 / NCTC 10582 / VPI-5482 / E50 |
分子量 | 理論値: 73.797047 KDa |
配列 | 文字列: MQKGLLYNML LRLGKYFFLF PLFFIACDDL EDKPSIVPES NGDVFETGTA EMYILSEGLF NQNNSSLARY SFNRQRCTNN YFSANNQRG LGDTANDIAI YGNKIYVVVN VSSTVEVIDF PTGKSIRQIS MLRDNGSSRQ PRAIAFDKDK AYICSYDGTV A RIDTTSLE ...文字列: MQKGLLYNML LRLGKYFFLF PLFFIACDDL EDKPSIVPES NGDVFETGTA EMYILSEGLF NQNNSSLARY SFNRQRCTNN YFSANNQRG LGDTANDIAI YGNKIYVVVN VSSTVEVIDF PTGKSIRQIS MLRDNGSSRQ PRAIAFDKDK AYICSYDGTV A RIDTTSLE IEEIVTVGRN AEDICVQNGK LYVSNSGGLD YSGPGVDTTV SVIDITTFKE TKKIEVGPNP GKILPGLEEA VY VVTRGTD IEAGDYHLVK IDSRTDAVAI TYDEKVLSFA IDGPIAYLYT YDYQTKDSAI KVFDLNAGTV IRDNFITDGT AIQ TPFSIQ LNPFSGNIYI TEAYNYTVKG DVLCFNQQGQ LQYRLNDIGL NPNTVVFSDK ASQNEAGDTP EDPNAPSAFA NKVF EYIPA PGQFINTTTS AYEDGFSAGQ VLEHATEKLK KKSVISLGGF GGTITVGFHQ SIRNSKGEYD FRILGNASYN QNTGT GALG GSAEPGIVLV SKDENGNGLP DDEWYELAGS EYGKDTETRN YEITYYRPQP ANGDVRWTDN QGGEGFVYRN SYHQQD SYY PNWIEEDEIT FRGTRLKDNA INEGGTWVGY CYPWGYADNH PNRSEFSQFK IDWAVDQNGN HVELDKIDFV KIYTAVN QN VGWMGEISTE VMTVEDLHFE N UniProtKB: YncE family protein |
-分子 #3: beta-D-galactopyranose
分子 | 名称: beta-D-galactopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GAL |
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分子量 | 理論値: 180.156 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-GAL: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 / 詳細: 10 mM HEPES-NaOH, 100 mM NaCl, 0.05% DDM |
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グリッド | モデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1924 / 平均露光時間: 4.66 sec. / 平均電子線量: 35.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 130000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 50 |
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得られたモデル | ![]() PDB-8blw: |