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- EMDB-15868: Cryo-EM structure of cytochrome bc1 complex (complex-III) from re... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15868
タイトルCryo-EM structure of cytochrome bc1 complex (complex-III) from respiratory supercomplex of Tetrahymena thermophila
マップデータSharpened mask refined map
試料
  • 複合体: Dimeric cytochrome bc1 complex (complex-III2)
    • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 7種
機能・相同性
機能・相同性情報


quinol-cytochrome-c reductase / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity ...quinol-cytochrome-c reductase / protein processing involved in protein targeting to mitochondrion / mitochondrial respiratory chain complex III / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / respirasome / metalloendopeptidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial inner membrane / oxidoreductase activity / electron transfer activity / heme binding / mitochondrion / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily ...Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily / Cytochrome c-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Transmembrane protein, putative / Transmembrane protein, putative / Peptidase M16 inactive domain protein / Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit / M16 family peptidase, putative / Transmembrane protein, putative / Uncharacterized protein / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome protein c1 / Apocytochrome b
類似検索 - 構成要素
生物種Tetrahymena thermophila (真核生物) / Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Muhleip A / Kock Flygaard R / Amunts A
資金援助 スウェーデン, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFL15:0325 スウェーデン
Cancerfonden2017/1041 スウェーデン
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
Knut and Alice Wallenberg Foundation2018.0080 スウェーデン
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by the I-II-III-IV supercomplex.
著者: Alexander Mühleip / Rasmus Kock Flygaard / Rozbeh Baradaran / Outi Haapanen / Thomas Gruhl / Victor Tobiasson / Amandine Maréchal / Vivek Sharma / Alexey Amunts /
要旨: Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes ...Mitochondrial energy conversion requires an intricate architecture of the inner mitochondrial membrane. Here we show that a supercomplex containing all four respiratory chain components contributes to membrane curvature induction in ciliates. We report cryo-electron microscopy and cryo-tomography structures of the supercomplex that comprises 150 different proteins and 311 bound lipids, forming a stable 5.8-MDa assembly. Owing to subunit acquisition and extension, complex I associates with a complex IV dimer, generating a wedge-shaped gap that serves as a binding site for complex II. Together with a tilted complex III dimer association, it results in a curved membrane region. Using molecular dynamics simulations, we demonstrate that the divergent supercomplex actively contributes to the membrane curvature induction and tubulation of cristae. Our findings highlight how the evolution of protein subunits of respiratory complexes has led to the I-II-III-IV supercomplex that contributes to the shaping of the bioenergetic membrane, thereby enabling its functional specialization.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022
タイトル: Structural basis of mitochondrial membrane bending by I-II-III2-IV2 supercomplex
著者: Muhleip A / Flygaard RK / Haapanen O / Baradaran R / Gruhl T / Tobiasson V / Marechal A / Sharma V / Amunts A
履歴
登録2022年9月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2023年4月12日-
現状2023年4月12日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15868.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15868.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 421.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpened mask refined map
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.25 Å/pix.
x 480 pix.
= 600. Å		1.25 Å/pix.
x 480 pix.
= 600. Å		1.25 Å/pix.
x 480 pix.
= 600. Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.25 Å
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表面レベル登録者による: 0.9
最小 - 最大-2.920636 - 5.0904384
平均 (標準偏差)-0.0024742913 (±0.14935043)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 600.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15868_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

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追加マップ: Unsharpened mask refined map

ファイルemd_15868_additional_1.map
注釈Unsharpened mask refined map
投影像・断面図
軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Rieske B-state map from focused classification

ファイルemd_15868_additional_2.map
注釈Rieske B-state map from focused classification
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Rieske C-state map from focused classification

ファイルemd_15868_additional_3.map
注釈Rieske C-state map from focused classification
投影像・断面図
軸ZYX

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断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map A

ファイルemd_15868_half_map_1.map
注釈Half-map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half-map B

ファイルemd_15868_half_map_2.map
注釈Half-map B
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軸ZYX

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密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Dimeric cytochrome bc1 complex (complex-III2)

全体名称: Dimeric cytochrome bc1 complex (complex-III2)
要素
  • 複合体: Dimeric cytochrome bc1 complex (complex-III2)
    • タンパク質・ペプチド: Peptidase M16 inactive domain protein
    • タンパク質・ペプチド: M16 family peptidase, putative
    • タンパク質・ペプチド: Apocytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome protein c1
    • タンパク質・ペプチド: Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein
    • タンパク質・ペプチド: UQCRTT1
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein, putative
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein, putative
    • タンパク質・ペプチド: UQCRTT3/UP1
    • タンパク質・ペプチド: Transmembrane protein, putative
    • タンパク質・ペプチド: UQCRTT2
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: Ubiquinone-8
  • リガンド: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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超分子 #1: Dimeric cytochrome bc1 complex (complex-III2)

超分子名称: Dimeric cytochrome bc1 complex (complex-III2) / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) / Organelle: Mitochondrion
分子量理論値: 640 KDa

+
分子 #1: Peptidase M16 inactive domain protein

分子名称: Peptidase M16 inactive domain protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 58.023914 KDa
配列文字列: MFGRISQRIS KLARLQRAFS TLQKQAQSNV VKSERLQFSK ARLTDFGELP QGEIPTALQY DRPCRVETLA NGVRLAVEPS SVSPLAAVS VVVRAGTRQE TLETSGVAQF VQRLVLRGTS KRNREQIEKE LALLGGNLKV QVGRETTTYT LSVLPENVEK A VDFLGDIL ...文字列:
MFGRISQRIS KLARLQRAFS TLQKQAQSNV VKSERLQFSK ARLTDFGELP QGEIPTALQY DRPCRVETLA NGVRLAVEPS SVSPLAAVS VVVRAGTRQE TLETSGVAQF VQRLVLRGTS KRNREQIEKE LALLGGNLKV QVGRETTTYT LSVLPENVEK A VDFLGDIL QNSVFNKQQV EAEKEAVYNN ALSAQNDQQG LLLENIHFTA YRDHYFGQPT HGIRENLHNI TDEVVKNFVK TN YVGSNFV VAAAGNVNSQ AFLQAAEKAF GTVAQKDATT FVPNTEKPYF TPSYMTIRDD EMHNLNVGVF FEAPSWTDPD FFT INFFQR ILGEYQADKY TGQHLNTSDR QYSLIHKELG NLPDVTIHKT HYLPYSDTGL FGSYFYGNEI FGNQMLFLSQ MILS EYASY INQAEIYRAR AKYFNELLAE QNSADIASSI ATQVTYLNRR VPRSEVAKRI SSLDSGLINR AATRWFWDKE LAIVT WGPS HGLIAGSHYN RSIKRSTLGW YGNTHYYIV

+
分子 #2: M16 family peptidase, putative

分子名称: M16 family peptidase, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 53.030543 KDa
配列文字列: MLSKITQNTL KSLSGQCKQA FSVRKAFYDF IYKDDKSAET YKVTTADPRT PVQGFRGQTA EDVAAKYEVT KLANGVTIIT ESQTFPSQV DMGILLDVGT RDETNETSGS LLSIKNTYLK TVLNTNETIN YGVVQQSGGS FEMEYDQETA YFKANCLAHD A TDVFSMVA ...文字列:
MLSKITQNTL KSLSGQCKQA FSVRKAFYDF IYKDDKSAET YKVTTADPRT PVQGFRGQTA EDVAAKYEVT KLANGVTIIT ESQTFPSQV DMGILLDVGT RDETNETSGS LLSIKNTYLK TVLNTNETIN YGVVQQSGGS FEMEYDQETA YFKANCLAHD A TDVFSMVA DCALEPRSTV AASVGVEKNQ NTHKLESYLK TGELFNESVF KTAYGLKGLG LPLKGLRGNV KNLSSYTLQK FQ LENITPN RIFVCAAGVE SHQEFVDLVQ TKLAQIPSAE GQKTHQREKS EYLGGEVRNL TEESNVTLAL LFQSVPWSSA DIV AFNVAA ALLNNLRLKK NLLQKYAYFD QAEALNFHFT DSGLFGLRTS GSADRAKDIL NHSIAELKAI ASGVNADELL TAKA ALKNS VLSALERQTD RLEETVKNVR TFNKIQHTDY VKQIDSVTAD QVAKAVAKVL TSNPTFVAQG SQVNALPTYD AIRNL LK

+
分子 #3: Apocytochrome b

分子名称: Apocytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
分子量理論値: 50.635547 KDa
配列文字列: MEWNKGTYMS TSIKKIVQYF SVMTVSFHDI NSLFGFFTFL TIASQLVSGT MLAFSLVPEP MLIPMVREEE DVEDLYTDDF FWLHERGVD MLFIFSYFHL FRKIYLNNFE YEQEAAWKSG VFTFLLFQVV VFLGLVLCCT HLSDITLAIA ANLYDTFFAG K GKFYWWIF ...文字列:
MEWNKGTYMS TSIKKIVQYF SVMTVSFHDI NSLFGFFTFL TIASQLVSGT MLAFSLVPEP MLIPMVREEE DVEDLYTDDF FWLHERGVD MLFIFSYFHL FRKIYLNNFE YEQEAAWKSG VFTFLLFQVV VFLGLVLCCT HLSDITLAIA ANLYDTFFAG K GKFYWWIF TSKELNTDTI IRLAYLHYVL AFFLAYLGLI HGVDMHYDWK NESSMDGLET EMIWFDEALS NELGAMIEII LI VMIVCFF MYPEPEALSY EFFMWGDIGF INDVRFLSVA PHWYFRPFMA WLTVCPFHKI GLFGLIYYFF ILFYQPVIHG TNE QNNYTK RNVAFVSFFI NRSDIMTPKY HSVEDNLLHQ ITFWLFLCSA LYVTSYLPYG RFYNRINGNY GTLWSFMYIF FYLG NSFLR RPLITELYLF NAFVKSKFLK K

+
分子 #4: Cytochrome protein c1

分子名称: Cytochrome protein c1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 37.616629 KDa
配列文字列: MKSFVAAGII GLSLANSQNK EVQNFIYRDD IGAFWGIKGY EELVTEVGTH KGHNYWPQFS FLGTYDSGSV RRGFQVFARN CGNCHGMIY KKYDYLLDKA YRQLELAQMV SDFTIHPAHQ HFKQYYYQEW DERDRVICDH IYPPYFSQDQ AKNANGGVWP T DFSKIKLR ...文字列:
MKSFVAAGII GLSLANSQNK EVQNFIYRDD IGAFWGIKGY EELVTEVGTH KGHNYWPQFS FLGTYDSGSV RRGFQVFARN CGNCHGMIY KKYDYLLDKA YRQLELAQMV SDFTIHPAHQ HFKQYYYQEW DERDRVICDH IYPPYFSQDQ AKNANGGVWP T DFSKIKLR PGGINYIYNI STGYHFTPPF GMDVPKGKYF NPYFDHMIIG MPRQLVDGLV DYDDGTPAST PQMAYDVSNF IN FMQRRVG YKRPDKMVRY YMVFTGGLLI LPFKYFKTKA YYRNLLSLRW EMYAVRDGVY YNHFKYGGYN SRAYQFRGYF WA

+
分子 #5: Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron...

分子名称: Rieske iron-sulfur protein, ubiquinol-cytochrome C reductase iron-sulfur subunit
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 30.696961 KDa
配列文字列: MFSKTLAHVT RSCNKLNQVQ AYNFGVLSEY NQRLSKKLHK GHLVEDKPTF FVTSSRPGNF GDHIDFKVNI DNWFDENRVH NEHETDIRR TQIYTLNAIY YGGLLSFARL YAMGVIGRLN GWKRYERDTY SEVDIGALPP GEVMQMVWNG TPIFIRRLTS N EVKEENEL ...文字列:
MFSKTLAHVT RSCNKLNQVQ AYNFGVLSEY NQRLSKKLHK GHLVEDKPTF FVTSSRPGNF GDHIDFKVNI DNWFDENRVH NEHETDIRR TQIYTLNAIY YGGLLSFARL YAMGVIGRLN GWKRYERDTY SEVDIGALPP GEVMQMVWNG TPIFIRRLTS N EVKEENEL PSNTLLDKDK EVILSDAGNT KVIVVSAVCT HLGCIPIPYL GAYKGYVCIC HGSVYDKFAR VRQGPALLNL PA INNSIHD EGTLVCMEQL KFPHEPSQRF WA

+
分子 #6: Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein

分子名称: Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 9.885511 KDa
配列文字列:
MSNVSDAQIQ EWIKRGEDPK EFLLKECAPQ CTAWKEKLGR CEAKLKSLVN ADPEMSCMYP LRDWVTCIEA CVQPAITRNL FGSKYM

+
分子 #7: UQCRTT1

分子名称: UQCRTT1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 39.193523 KDa
配列文字列: MVRLEKILWE QLVNVKAFSR QRVIGAPSKW YNENRTEWFK VAQHNAFNTG FSGVILRALE PLLAKFIYRW RLDIAHQRGL TLEDSLLFM DRELRRCYFF ETVARQNLHP YTVLFMKKRR ARYYKVERGL RGFYVPDWVR KEAEERQLSE TVDNIFNWEN F VYREYMSD ...文字列:
MVRLEKILWE QLVNVKAFSR QRVIGAPSKW YNENRTEWFK VAQHNAFNTG FSGVILRALE PLLAKFIYRW RLDIAHQRGL TLEDSLLFM DRELRRCYFF ETVARQNLHP YTVLFMKKRR ARYYKVERGL RGFYVPDWVR KEAEERQLSE TVDNIFNWEN F VYREYMSD MTPIGRWTSL SKITPLDMFQ YYGLFRNEAW DRFFYNEAFY ESYSEKEKQE ANGNPFGKFN LQTADGRAQF EK EVNTFIE RYPFAVTKPG QKFDFTRFYA LEDLANKRDT SKYDPALLES VKNELKQSAA LPADNGANKT KKSKPILPDW LQP KFGKAF QA

+
分子 #8: Transmembrane protein, putative

分子名称: Transmembrane protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 15.677771 KDa
配列文字列:
MNVTGAGLTH VKDFHSDEMR VFRGGLRHIA DKQGNLIYGS VNSSVRYYHD KMSYERGFIQ HSRSPSNQFI NFHFMLGGFR TYVLERFFK QVWYRRNIRT FWFPVLISYT SGCITMRMYD NNCYDYFYFS D

+
分子 #9: Transmembrane protein, putative

分子名称: Transmembrane protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 14.262554 KDa
配列文字列:
MVYGKLIFNN IKEYTPSWIK TIPYSQVTKP ILRKQPQIVG KINADPKVKK FWVFLRENVQ YYPFLWQFFI LGTSFVWFHV CYDPWLAIY QANNAHRSLE TALTKEKAHK KKLAEQEESE

+
分子 #10: UQCRTT3/UP1

分子名称: UQCRTT3/UP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
分子量理論値: 5.634938 KDa
配列文字列: (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK) ...文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #11: Transmembrane protein, putative

分子名称: Transmembrane protein, putative / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物) / 株: SB210
分子量理論値: 7.455741 KDa
配列文字列:
MYLPTFYKLF HETNAFRLKR YVGYGPLLLT WSIWTLYPAL YNMIYSDFIP PERGVPKRIV DA

+
分子 #12: UQCRTT2

分子名称: UQCRTT2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Tetrahymena thermophila SB210 (真核生物)
分子量理論値: 4.850612 KDa
配列文字列:
MAPVFLKALR YVIYSYPLYV CYLIKQAQIN AQGSEKEEEH H

+
分子 #13: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 13 / コピー数: 15 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #14: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 14 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #15: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 15 / コピー数: 15 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #16: Ubiquinone-8

分子名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 16 / コピー数: 3 / 式: UQ8
分子量理論値: 727.109 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ8:
Ubiquinone-8 / ユビキノン8

+
分子 #17: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine

分子名称: 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 17 / コピー数: 2 / 式: PEE
分子量理論値: 744.034 Da
Chemical component information

ChemComp-PEE:
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE, リン脂質*YM

+
分子 #18: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #19: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 25.66 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 138746
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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