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- EMDB-15773: Cryo-EM structure of the plant 60S subunit -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15773
タイトルCryo-EM structure of the plant 60S subunit
マップデータThe large subunit of the tobacco ribosome from cytosol
試料
  • 複合体: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco
    • RNA: x 1種
    • タンパク質・ペプチド: x 34種
  • RNA: x 2種
  • タンパク質・ペプチド: x 9種
  • リガンド: x 6種
キーワードPlant / 80S / rRNA Modifications / ribosome
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding ...protein-RNA complex assembly / maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain ...Ribosomal protein L6, N-terminal / Ribosomal protein L6, N-terminal domain / Ribosomal protein L28e / Ribosomal protein L23 / Ribosomal L28e/Mak16 / Ribosomal L28e protein family / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / metallochaperone-like domain / TRASH domain / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L27e, conserved site / Ribosomal protein L27e signature. / Ribosomal protein L44e signature. / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L19, eukaryotic / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L24e, conserved site / Ribosomal protein L24e signature. / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L19/L19e conserved site / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L19e signature. / Ribosomal protein L34e, conserved site / Ribosomal protein L34e signature. / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal protein L30e signature 1. / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein L30e signature 2. / Ribosomal protein L30e, conserved site / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L36e signature. / Ribosomal protein L39e, conserved site / Ribosomal protein L39e signature. / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal Protein L6, KOW domain / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L6e / 60S ribosomal protein L6E / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L7, eukaryotic / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L30, N-terminal / Ribosomal L30 N-terminal domain / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L6, conserved site-2
類似検索 - ドメイン・相同性
60S ribosomal protein L35-like / 60S ribosomal protein L30-like / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L4-like / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L11-1 / 60S ribosomal protein L21-1-like / 60S ribosomal protein L5-like / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L35a-3 ...60S ribosomal protein L35-like / 60S ribosomal protein L30-like / Ribosomal protein L19 / 60S ribosomal protein L4-like / 60S ribosomal protein L37a / 60S ribosomal protein L11-1 / 60S ribosomal protein L21-1-like / 60S ribosomal protein L5-like / 60S ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L35a-3 / 60S ribosomal protein L8-like / 60S ribosomal protein L31 / 60S ribosomal protein L29 / 60S ribosomal protein L39-3 / 60S ribosomal protein L10-like / 60S ribosomal protein L32-1 / 60S ribosomal protein L3 / 60S ribosomal protein L7-4-like / 60S ribosomal protein L14-1 / 60S ribosomal protein L27 / 60S ribosomal protein L44 / 60S ribosomal protein L6-like isoform X1 / 60S ribosomal protein L27a-3-like / 60S ribosomal protein L24-like / 60S ribosomal protein L22-2-like / 60S ribosomal protein L9-1-like / 60S ribosomal protein L38 / 60S ribosomal protein L17-1-like / 60S ribosomal protein L18a / 60S ribosomal protein L13 / 60S ribosomal protein L28-1-like / 60S ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L15 / 60S ribosomal protein L7a / 60S ribosomal protein L18-2-like / 60S ribosomal protein L13a-4 / Ribosomal protein L37 / 60S ribosomal protein L26-1-like / Large ribosomal subunit protein eL34 / Small ribosomal subunit protein eS32 / Large ribosomal subunit protein uL23
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.14 Å
データ登録者Smirnova J / Loerke J / Kleinau G / Schmidt A / Buerger J / Meyer EH / Mielke T / Scheerer P / Bock R / Spahn CMT / Zoschke R
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)416210002 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Plants / 年: 2023
タイトル: Structure of the actively translating plant 80S ribosome at 2.2 Å resolution.
著者: Julia Smirnova / Justus Loerke / Gunnar Kleinau / Andrea Schmidt / Jörg Bürger / Etienne H Meyer / Thorsten Mielke / Patrick Scheerer / Ralph Bock / Christian M T Spahn / Reimo Zoschke /
要旨: In plant cells, translation occurs in three compartments: the cytosol, the plastids and the mitochondria. While the structures of the (prokaryotic-type) ribosomes in plastids and mitochondria are ...In plant cells, translation occurs in three compartments: the cytosol, the plastids and the mitochondria. While the structures of the (prokaryotic-type) ribosomes in plastids and mitochondria are well characterized, high-resolution structures of the eukaryotic 80S ribosomes in the cytosol have been lacking. Here the structure of translating tobacco (Nicotiana tabacum) 80S ribosomes was solved by cryo-electron microscopy with a global resolution of 2.2 Å. The ribosome structure includes two tRNAs, decoded mRNA and the nascent peptide chain, thus providing insights into the molecular underpinnings of the cytosolic translation process in plants. The map displays conserved and plant-specific rRNA modifications and the positions of numerous ionic cofactors, and it uncovers the role of monovalent ions in the decoding centre. The model of the plant 80S ribosome enables broad phylogenetic comparisons that reveal commonalities and differences in the ribosomes of plants and those of other eukaryotes, thus putting our knowledge about eukaryotic translation on a firmer footing.
履歴
登録2022年9月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年6月7日-
マップ公開2023年6月7日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15773.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15773.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈The large subunit of the tobacco ribosome from cytosol
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 450 pix.
= 381.6 Å		0.85 Å/pix.
x 450 pix.
= 381.6 Å		0.85 Å/pix.
x 450 pix.
= 381.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.848 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 1.05
最小 - 最大-7.826657 - 15.518784
平均 (標準偏差)0.020157967 (±0.3137763)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 381.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15773_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map A of the tobacco ribosome after local refinement...

ファイルemd_15773_half_map_1.map
注釈Half-map_A of the tobacco ribosome after local refinement of the large subunit (60S)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half-map B of the tobacco ribosome after local refinement...

ファイルemd_15773_half_map_2.map
注釈Half-map_B of the tobacco ribosome after local refinement of the large subunit (60S)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco

全体名称: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco
要素
  • 複合体: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco
    • RNA: 5S rRNA
    • タンパク質・ペプチド: eL13 (60S ribosomal protein L13)
    • タンパク質・ペプチド: eL14 (60S ribosomal protein L14)
    • タンパク質・ペプチド: eL15 (60S ribosomal protein L15)
    • タンパク質・ペプチド: eL18 (60S ribosomal protein L18)
    • タンパク質・ペプチド: eL19 (60S ribosomal protein L19)
    • タンパク質・ペプチド: eL20 (60S ribosomal protein L18a)
    • タンパク質・ペプチド: eL21 (60S ribosomal protein L21)
    • タンパク質・ペプチド: eL22 (60S ribosomal protein L22)
    • タンパク質・ペプチド: eL24 (60S ribosomal protein L24)
    • タンパク質・ペプチド: eL27 (60S ribosomal protein L27)
    • タンパク質・ペプチド: eL28 (60S ribosomal protein L28)
    • タンパク質・ペプチド: eL29 (60S ribosomal protein L29)
    • タンパク質・ペプチド: eL30 (60S ribosomal protein L30)
    • タンパク質・ペプチド: eL31 (60S ribosomal protein L31)
    • タンパク質・ペプチド: eL32 (60S ribosomal protein L32)
    • タンパク質・ペプチド: eL33 (60S ribosomal protein L35a)
    • タンパク質・ペプチド: eL34 (60S ribosomal protein L34)
    • タンパク質・ペプチド: eL36 (60S ribosomal protein L36)
    • タンパク質・ペプチド: eL37 (60S ribosomal protein L37)
    • タンパク質・ペプチド: eL38 (60S ribosomal protein L38)
    • タンパク質・ペプチド: eL39 (60S ribosomal protein L39)
    • タンパク質・ペプチド: eL40 (60S ribosomal protein L40)
    • タンパク質・ペプチド: eL41 (60S ribosomal protein L41)
    • タンパク質・ペプチド: eL42 (60S ribosomal protein L42)
    • タンパク質・ペプチド: eL43 (60S ribosomal protein L37a)
    • タンパク質・ペプチド: eL6 (60S ribosomal protein L6)
    • タンパク質・ペプチド: eL8 (60S ribosomal protein L7a)
    • タンパク質・ペプチド: uL13 (60S ribosomal protein L13a)
    • タンパク質・ペプチド: uL14 (60S ribosomal protein L23)
    • タンパク質・ペプチド: uL15 (60S ribosomal protein L27a)
    • タンパク質・ペプチド: uL16 (60S ribosomal protein L10)
    • タンパク質・ペプチド: uL18 (60S ribosomal protein L5)
    • タンパク質・ペプチド: uL22 (60S ribosomal protein L17)
    • タンパク質・ペプチド: uL23 (60S ribosomal protein L23a)
  • RNA: 25S rRNA
  • RNA: 5.8S rRNA
  • タンパク質・ペプチド: uL24 (60S ribosomal protein L26)
  • タンパク質・ペプチド: uL29 (60S ribosomal protein L35)
  • タンパク質・ペプチド: uL2 (60S ribosomal protein L8)
  • タンパク質・ペプチド: uL30 (60S ribosomal protein L7)
  • タンパク質・ペプチド: uL3 (60S ribosomal protein L3)
  • タンパク質・ペプチド: uL4 (60S ribosomal protein L4)
  • タンパク質・ペプチド: uL5 (60S ribosomal protein L11)
  • タンパク質・ペプチド: uL6 (60S ribosomal protein L9)
  • タンパク質・ペプチド: nascent chain
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: SPERMIDINE
  • リガンド: SPERMINE
  • リガンド: water

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超分子 #1: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco

超分子名称: 40S subunit of the cytosolic 80S ribosome from tobacco
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#35
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)

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分子 #1: 5S rRNA

分子名称: 5S rRNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 38.328777 KDa
配列文字列:
GGAUGCGAUC AUACCAGCAC UAACGCACCG GAUCCCAUCA GAACUCCGAA GUUAAGCGUG CUUGGGCGAG AGUAGUACUA GGAUGGGUG ACCCCCUGGG AAGUCCUCGU GUUGCAUCCC

GENBANK: GENBANK: XR_007441763.1

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分子 #45: 25S rRNA

分子名称: 25S rRNA / タイプ: rna / ID: 45 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 1.098268 MDa
配列文字列: GCGACCCCAG GUCAGGCGGG ACUACCCGCU GAG(PSU)UUAAG(OMC) A(PSU)A(OMU)CAA(OMU)AA GCGGAGGAAA AGAAACUUA CAAGGAUUCC CCUAGUAACG GCGAGCGAAC CGGGAACAGC CCAGCCUUAG AAUCGGGCGG CUCCGCCGUU C GAA(OMU)UGUA ...文字列:
GCGACCCCAG GUCAGGCGGG ACUACCCGCU GAG(PSU)UUAAG(OMC) A(PSU)A(OMU)CAA(OMU)AA GCGGAGGAAA AGAAACUUA CAAGGAUUCC CCUAGUAACG GCGAGCGAAC CGGGAACAGC CCAGCCUUAG AAUCGGGCGG CUCCGCCGUU C GAA(OMU)UGUA G(PSU)CUGGAGAA GCGUCCUCAG CGGCGGACCG GGCCCAAGUC CCCUGGAAGG GGGCGCCAGA GAGG GUGAG AGCCCCGUUG (PSU)GCCCGGACC CUGUCGCACC ACGAGGCGCU GUCUACGAGU CGGGUUGUU(PSU) GGGAAUG CA GCCCAAAUC(OMG) GGCGGUGAAU UCCG(PSU)CCAAG GCUAAAUACG GGCGAGAGAC CGAUAGCGAA CAAGUACCGC GAGGGAAAG AUG(A2M)AAAGGA CUUUGAAAAG AGAGUCAAAG AGU(OMG)CUUGAA AUUGUCGGGA GGGAAGCGGA UGG GGGCCG GCGAUGCGCC CCGGUCGGAU GUGGAACGG(PSU) GACGAGCCGG UCCGCCGAUC GACUCGGGGC GUGGACCAGC GUGGA(PSU)UGG GGGGGCGGCC AAAGCCCGGG CUUUCGAUAC GCCCGUGGAA CGCCGUCUCC UUGAUUGUGG UAGGCAG CG CGCGCCUCCG GCGUGCUUCG GCAUCUGCGC GCUCCGGACG CUGGCCUGUG GGCUCCCCAU UCGACCCGUC UUG(1MA) AAC(A2M)C GGACCAAGGA GU(OMC)(OMU)GACAUG UG(PSU)GCGAGUC AACGGGCGAG UAAACCCGUA AGGCG (PSU)AAG GAAGCUGAUU GGUGGGAUCC CCCUGAGGGG UGCACCGCCG ACCGACCUUG AUCUUCUGUG AAGGG(PSU) (OMU)CG AGUGUGAGCA UACC(OMU)GUCGG GACCC(OMG)A(A2M)AG AUGGUGA(A2M)C(PSU) AUGCCUGAGC GGG GCGAAG CCAGAGGAAA CUCUGGUGGA GGCCCGCAGC GAUACUG(A2M)CG UGCAAA(PSU)CGU UCG(PSU)CUGACU UG GGUAUAG (OMG)GGCGAAAGA CUAAUCGAAC CGUCUAGU(A2M)G CUGGUUCCCU CCGAAGUU(PSU)C CC(PSU)CAGG A(PSU) AGCUGGAGCU CGCGUGCGAG UUCUA(PSU)CGGG UAAAGCCAA(PSU) GAUUAGAGGC AUCGGGGGCG CAACGC CCU CGACCUAUUC (PSU)CAAACUU(PSU)A AA(OMU)AGGUAGG ACGGUGCGGC UGCUUUGUUG AGCCGCACCA CGGAA UCAA GAGCUCCAAG UGGGCCAU(PSU)(PSU) (PSU)UGGUAAGC(A2M) GAACUGGCGA UGCGGGAUGA ACCGGAAGCC GGGUUACGG UGCCAAACUG CGCGCUAACC UAGAUCCCAC AAAGGGUGUU GGUCGAUUAA GACAGCAGGA CGGUGGUCAU G GAAGUCGA AAUCCGCUAA GGAGUGUGUA ACAACUCACC UGCCGAAUCA ACUAGCCCCG AAAAUGGAUG GCGCUUAAGC GC GCGACCU ACACCCGGCC GUCGGGGCAA GUGCCAGGCC CCGAUG(A2M)GUA GGAGGGCGCG GCGGUCGCUG CAAAACCUU GGGCGCGAGC CUGGGCGGAG CGGCCGUCGG UGCAGAU(OMC)UU GGUGGUAGU(A2M) (OMG)CAAAUAUUC AAA(PSU) GAGAA (OMC)U(PSU)UGAAGGC CGAAGAGGGG AAAGGUUCCA UGUGAACGGC ACUUGCACAU GGGUUAG(OMU)CG AUC CUAAGG GUCGGGGGAA CCCCGACAGA UAGCGCGUUU CGCGCGUACU CCGAAAGGGA AUCGGGUUAA AAUUCCUGAA CCGG GACGU GGCGGUUGAC GGCAACGUUA GGAAGUCCGG AGACGUCGGC GGGGGCCUCG GGAAGAG(PSU)UA UCUUUUCUGU U UAACAGCC UGCCCACCCU GGAAACGACU CAGUCGGAGG UAGGGUCCAG CGGCUGGAAG AGCACCGCAC GUCGCGUGGU GU CCGGUGC GCCCCCGGCG GCCCUUGAAA AUCCGGAGGA CCGAGUGCCG UCCACGCCCG GUCGUACUCA UAA(OMC)CG (OMC)AU CA(OMG)GUCU(OMC)CA AGGUGAACAG CCUCUGGUCG AUGGAACAA(OMU) GUAGGCAAGG GAAGUCGGCA A AAUGGAUC CGUAACUUCG GGAAAAGGAU UGGCUCUGAG GGCUGGGCAC GGGGGUCCCA GUCCCGAACC CGUCGGCUGU CG GUGGACU GCUCGAGCUG CUCCCGCGGC GAGAGCGGGU CGCCGCGUGC CGGCCGGGGG ACGGACUGGG AACGGUUCCU UCG GGGGCC UUCCCCGGGC GUCGAACAGC CAACUCAGAA CUGGUACGGA CAAG(OMG)(OMG)G(A2M)AU CCGAC(PSU)G (PSU)U UAAUUAAAAC AAAGCAUUGC GAUGGUCCCU GCGGAUGUUU ACGCAAUGUG AUU(PSU)CUGCC(OMC) AGUGCU CUG AAUG(PSU)CAAAG UGA(A2M)GAAAUU CAACCAAGC(OMG) CGGGUAAACG GCGGGAG(PSU)A(A2M) C(PSU)A (PSU)GAC(PSU)C (PSU)CUUAAGGUA GC(5MC)AA(A2M)UGCC UC(OMG)UCAU(OMC)UA AUUAGUGACG CGCAUG AA(PSU) GGA(PSU)UA(A2M)CGA G(A2M)UUCCCACU GU(OMC)CCUGUCU AC(OMU)AUCCAGC GAAACCACAG (OMC)CAAGGGAA CGGGCUUGGC AGAAUCA(OMG)CG G(OMG)GAAAGAAG ACCCU(OMG)(OMU)UGA GC(PSU)UGAC (OMU)C UAGUCCGAC(PSU) UUGUGAAAUG ACUUGAGAGG UGUAGUAUAA GUGGGAGCCG AAAGGCGAAA GUGAAAUACC ACUACUUUU AACGUUAUUU UACUUAUUCC GUGAAUCGGA AGCGGGGCAC UGCCCCUCUU UUUGGACCCA AGGCUUGCUU G CAGGCCGA UCCGGGCGGA AGACAUUGUC AGGUGGGGAG UUUGGCUG(OMG)G GCGGCACAUC UGUUAAAAG(A2M) UAAC GCAGG (UY1)(OMG)UCCUAAGA UGAGCUCAAC GAGAACAGAA AU(OMC)UCGUGUG GAACAGAAGG GUAAAAGCUC GUU UGAU(OMU)C UGAUUUCCAG (OMU)ACGAA(OMU)ACG AACCG(PSU)GAAA GCGUGGCCUA ACGAUCCUUU AGACCUUC G GAAUUCGAAG CUA(OMG)A(OMG)GUGU CAG(A2M)AAAGUU ACCACAG(OMG)GA UAACUGGC(PSU)U GUGGCAGC (OMC) AAGCGUUCAU AGCGACG(PSU)UG CUUUUUGA(PSU)C CUU(5MC)GAUGUC GG(OMC)(PSU)CU(OMU)CCU A UCAUUG(PSU)G AAGCAGAAUU CACCA(A2M)GUGU U(OMG)GAU(OMU)(OMG)(PSU)UC ACCCACCAAU AGGGAACG (PSU) G(A2M)G(OMC)UGGG(UR3)U (PSU)AGA(OMC)CGUCG UGAGACAGGU (PSU)AGUUUUACC CUACUGAUGA C AGUGUCGC AAUAGUAAUU CAACCUAGUA CGAGAGGAAC CGUUGAUUCG CACAAUUGGU CAUCGCGCUU GGUUGAAAAG CC AGUGGCG CGAAGCUACC GUGCGCUGGA UUAUGAC(PSU)GA ACGCCUCUAA GUCAGAAUCC GGGCUAGAAG CGACGCAUG CGCCCGCCGU CCGCUUGCCG ACCCGCAGUA GGGGCCUUUG GCCCCCAAGG GCACGUGUCG UUGGCUAAGU CAUCGUGGCG GAAGAGCCG CGGUGGCCGC CUUGAAGUAC AAUUUCCAUC GAGCGGCGGG UAGAA(OMU)CCUU UGCAGACGAC (OMU)UA AAUACG CGACGGGGUA UUGUAAGUGG CAGAGUGGCC UUGCUGCCAC GAUCCACUGA GAUUCAGCCC UUUGUCGCUC CGAU UCGU

+
分子 #46: 5.8S rRNA

分子名称: 5.8S rRNA / タイプ: rna / ID: 46 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 52.563258 KDa
配列文字列:
AAACGACUCU CGGCAACGGA (PSU)AUCUCGGCU CUCGCAUCGA UGAAG(A2M)ACGU AGCGAAAUGC GAUACUUGGU GU GAAU(PSU)(OMG)C AGAAUUCCGU GAACCA(PSU)CGA GUCUUUGAAC GCAAGUUGCG CCCGAAGCCA UUAGGCCGAG G GCACGUCU GCCUGGGCGU CACGC

GENBANK: GENBANK: MN809315.1

+
分子 #2: eL13 (60S ribosomal protein L13)

分子名称: eL13 (60S ribosomal protein L13) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 23.595523 KDa
配列文字列: MKHNNVIPNG HFKKHWQNYV RTWFNQPARK TRRRAARQQK AVKIFPRPTA GSLRPIVHGQ TLKYNMKVRA GRGFSLEELK AAGIPKKLA PTIGIAVDHR RRNRSLEGLQ TNVQRLKTYK AKLVIFPRRA KKVKAGDSSA EELATATQVQ GSYMPITREQ P AVDLVKVT ...文字列:
MKHNNVIPNG HFKKHWQNYV RTWFNQPARK TRRRAARQQK AVKIFPRPTA GSLRPIVHGQ TLKYNMKVRA GRGFSLEELK AAGIPKKLA PTIGIAVDHR RRNRSLEGLQ TNVQRLKTYK AKLVIFPRRA KKVKAGDSSA EELATATQVQ GSYMPITREQ P AVDLVKVT DEMKSFNAYG KLRIERTNAR HIGARLKRAA EAEKEEKK

UniProtKB: 60S ribosomal protein L13

+
分子 #3: eL14 (60S ribosomal protein L14)

分子名称: eL14 (60S ribosomal protein L14) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 15.443432 KDa
配列文字列:
MPFKRFVEIG RVALVNYGKD YGKLVVIVDV IDQNRALIDA PDMVRSQINF KRLSLTDIKI DIKRIPKKKT LVAAMEAADV KNKWESSSW GRKLIVQKRR ASLNDFDRFK LMLAKIKRAG VVRQELAKLK KETVA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L14-1

+
分子 #4: eL15 (60S ribosomal protein L15)

分子名称: eL15 (60S ribosomal protein L15) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 24.228266 KDa
配列文字列: MGAYTYVSEL WRKKQSDVMR FLQRVRCWEY RQLPSIVRVT RPTRPDKARR LGYKAKQGYV VYRVRVKRGG RKRPVPKGIV YGKPTNQGV TQLKFQRSKR SVAEERAGRK LGGLKVLNSY WINEDSTYKY YEVILVDAAH AAIRNDPRIN WICNPVHKHR E LRGLTSAG ...文字列:
MGAYTYVSEL WRKKQSDVMR FLQRVRCWEY RQLPSIVRVT RPTRPDKARR LGYKAKQGYV VYRVRVKRGG RKRPVPKGIV YGKPTNQGV TQLKFQRSKR SVAEERAGRK LGGLKVLNSY WINEDSTYKY YEVILVDAAH AAIRNDPRIN WICNPVHKHR E LRGLTSAG KKYRGLRGKG HLYHKNRPSR RGTWKRNQTL SLRRYR

UniProtKB: Ribosomal protein L15

+
分子 #5: eL18 (60S ribosomal protein L18)

分子名称: eL18 (60S ribosomal protein L18) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 20.905824 KDa
配列文字列:
MGIDLKAGGK SKKTKRTAPK SDDVYLKLLV KLYRFLVRRT GSKFNAVILK RLFMSKINKP PLSLSRLISY AKGKEDKVVV IVGTITDDV RAYEVPALKV CALRFTKTAR ARIEKAGGEC LTFDQLALRA PLGQNTLLLR GPKNAREAVK HFGPAPGVPH S HTKPFVRS KGRKFERARG RRNSRGYKA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L18-2-like

+
分子 #6: eL19 (60S ribosomal protein L19)

分子名称: eL19 (60S ribosomal protein L19) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 25.05574 KDa
配列文字列: MVSLKLQKRL AASVLKCGRG KVWLDPNEGN EISMANSRQN IRKLVKDGFI IRKPTKIHSR SRARRMKEAK RKGRHSGYGK RKGTREARL PTKVLWMRRM RVLRRLLRKY RESKKIDRHM YHDMYMKVKG NVFKNKRVLM ENIHKTKAEK AREKTLSDQF E ARRAKNKA ...文字列:
MVSLKLQKRL AASVLKCGRG KVWLDPNEGN EISMANSRQN IRKLVKDGFI IRKPTKIHSR SRARRMKEAK RKGRHSGYGK RKGTREARL PTKVLWMRRM RVLRRLLRKY RESKKIDRHM YHDMYMKVKG NVFKNKRVLM ENIHKTKAEK AREKTLSDQF E ARRAKNKA SRERKFARRE ERLAQGPVER PMQPAAPAAS ATPAQTAQGG SKKSKK

UniProtKB: Ribosomal protein L19

+
分子 #7: eL20 (60S ribosomal protein L18a)

分子名称: eL20 (60S ribosomal protein L18a) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 21.513348 KDa
配列文字列:
MVTYKFHQYQ VVGRALPTEN DEHPKIYRMK LWATNEVRAK SKFWYYLRKL KKVKKSNGQM LAINEIFEKN PTKIKNYGIW LRYQSRTGY HNMYKEYRDT TLNGAVEQMY TEMASRHRVR HHCIQIIKTA TIPAKLCKRE STKQFHDSKI KFPLVFKKVR P PSRKLKTT YKATRPNLFM

UniProtKB: 60S ribosomal protein L18a

+
分子 #8: eL21 (60S ribosomal protein L21)

分子名称: eL21 (60S ribosomal protein L21) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 18.716885 KDa
配列文字列:
MPAGHGLRSR TRDSFSRAFR KKGTIPLSTY LRIFKIGDYV DIKVNGAIHK GMPHKFYHGR TGRVWNVTKR AVGVEVNKQV RNKILRKRI HVRIEHVQLS RCTEEVKERM KKNDQLKAEA KARGEVISTK RQPVGPKPGF MVEGATLETV TPIPYDVVND L KGGY

UniProtKB: 60S ribosomal protein L21-1-like

+
分子 #9: eL22 (60S ribosomal protein L22)

分子名称: eL22 (60S ribosomal protein L22) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 14.277366 KDa
配列文字列:
MSKGSSGGGA MKGGKKKGAT FVIDCSKPVE DKIMEIASLE KFLQERIKVG GKAGALGDSV TVTRDKTKIT VTSDTTFSKR YLKYLTKKY LKKNNVRDWL RVISSNKDRN VYELRYFNIA ENEAEEED

UniProtKB: 60S ribosomal protein L22-2-like

+
分子 #10: eL24 (60S ribosomal protein L24)

分子名称: eL24 (60S ribosomal protein L24) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 18.606016 KDa
配列文字列:
MVLKTELCRF SGGKIYPGRG IRFIRSDSQV FLFLNSKCKR YFHNRLKPSK LTWTAMYRKQ HKKDIAQEAV KKRRRATKKP YSRSIVGAT LEVIQKKRTE RPEVRDAARE AALREIKERI KKTKDEKKAK KAEVQAKSQK AGGKGNMPKG AGGKGPKLGG G GGKR

UniProtKB: 60S ribosomal protein L24-like

+
分子 #11: eL27 (60S ribosomal protein L27)

分子名称: eL27 (60S ribosomal protein L27) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 15.722707 KDa
配列文字列:
MVKFLKPNKA VIILQGKYAG RKAVIIRAFD EGTRDRPYGH CLVAGISKYP KKVIRKDSAK KQAKKSRVKT FIKLVNYNHI MPTRYTLDV DLKDVVNVDV LQSRDKKVTA AKEAKARLEE RFKTGKNRWF FTKLRF

UniProtKB: 60S ribosomal protein L27

+
分子 #12: eL28 (60S ribosomal protein L28)

分子名称: eL28 (60S ribosomal protein L28) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 15.954613 KDa
配列文字列:
MTTVPGQLVW EIVKKNNSFL VKEFGNGTAG VVFSKEPNNL YNLHSYKHSG LANKKTVTIQ AEGKDKSVLL ATSKTKKQNK PSTLLNKSV MKKEFRRMSK AVTNQVADNY YRPDLKKAAL ARLSAVNRSL KVAKSGVKKK NRQA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L28-1-like

+
分子 #13: eL29 (60S ribosomal protein L29)

分子名称: eL29 (60S ribosomal protein L29) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 7.132044 KDa
配列文字列:
MAKSKNHTAH NQSYKAHRNG IKKPRKHRHS STKGMDPKFL RNQRYARKHN NNKSVGSADE E

UniProtKB: 60S ribosomal protein L29

+
分子 #14: eL30 (60S ribosomal protein L30)

分子名称: eL30 (60S ribosomal protein L30) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 12.420518 KDa
配列文字列:
MATTGKKTKK THESINNRLA LVMKSGKYSL GYKTVLKTLR SSKGKLILIS NNCPPLRKSE IEYYAMLAKV GVHHFNGNNV DLGTACGKY FRVSCLSIID PGDSDIIKSL PGDH

UniProtKB: 60S ribosomal protein L30-like

+
分子 #15: eL31 (60S ribosomal protein L31)

分子名称: eL31 (60S ribosomal protein L31) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 13.894171 KDa
配列文字列:
MSDKTKGRKE EVVTREYTIN LHKRLHSCTF KKKAPTAIKE IRKFAQKAMG TKDVRVDVKL NKQIWSRGIR SVPRRVRVRI ARKRNDDED AKEELYSLVT VAEIPAEGLK GLGTKIIEDE D

UniProtKB: 60S ribosomal protein L31

+
分子 #16: eL32 (60S ribosomal protein L32)

分子名称: eL32 (60S ribosomal protein L32) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 15.665528 KDa
配列文字列:
MAVPLLTKKV VKKRVKRFIR PQSDRRITVK ESWRRPKGID SRVRRKFKGC VLMPNIGYGS DKKTRHYLPN GFKKFVVHNA SELEVLMMH NRTYCAEIAH NVSTRKRKEI VERAAQLDVV ITNKLARLRS QEDE

UniProtKB: 60S ribosomal protein L32-1

+
分子 #17: eL33 (60S ribosomal protein L35a)

分子名称: eL33 (60S ribosomal protein L35a) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 12.959179 KDa
配列文字列:
MVKGRQGERV RLYVRGTVLG YKRSKSNQYP STSLIQIEGV NTKEEVDWYL GKRMAYIYKA KTKKNNSHYR CIWGKVCRPH GNSGVVRAK FKSNLPPKSM GSKVRVFMYP SNI

UniProtKB: 60S ribosomal protein L35a-3

+
分子 #18: eL34 (60S ribosomal protein L34)

分子名称: eL34 (60S ribosomal protein L34) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 13.788358 KDa
配列文字列:
MVQRLTYRKR HSYATKSNQH RVVKTPGGKL IYQSTKKRAS GPKCPVTGKR IQGIPHLRPT EYKRSRLSRN RRTVNRAYGG VLSGSAVRE RIIRAFLVEE QKIVKKVLKI QKAKEKLAAK S

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein eL34

+
分子 #19: eL36 (60S ribosomal protein L36)

分子名称: eL36 (60S ribosomal protein L36) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 12.361817 KDa
配列文字列:
MAPKQPNTGL SVGLNKGHVV TKKELAPRPS DRKGKTSKRV HFVRSLIREV AGFAPYEKRI TELLKVGKDK RALKVAKRKL GTHKRAKKK REEMSNALRK MRAAGGGEKK K

UniProtKB: 60S ribosomal protein L36

+
分子 #20: eL37 (60S ribosomal protein L37)

分子名称: eL37 (60S ribosomal protein L37) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 10.879783 KDa
配列文字列:
MGKGTGSFGK RRNKTHTLCV RCGRRSFHIQ KSRCSACAYP AARLRKYNWS VKALRRKTTG TGRMRYLRNV PRRFKTNFRE GTEATPRKK GAAVAS

UniProtKB: Ribosomal protein L37

+
分子 #21: eL38 (60S ribosomal protein L38)

分子名称: eL38 (60S ribosomal protein L38) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 8.101704 KDa
配列文字列:
MPKQIHEIKD FLLTARRKDA RTVKIKKNKD MVKFKVRCSK YLYTLCVSDF EKADKLKQSL PPGLSVQDL

UniProtKB: 60S ribosomal protein L38

+
分子 #22: eL39 (60S ribosomal protein L39)

分子名称: eL39 (60S ribosomal protein L39) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 6.503839 KDa
配列文字列:
MPSHKTFMIK KKLAKKQRQN RPIPYWIRMR TDNTIRYNAK RRHWRRTKLG F

UniProtKB: 60S ribosomal protein L39-3

+
分子 #23: eL40 (60S ribosomal protein L40)

分子名称: eL40 (60S ribosomal protein L40) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 14.717386 KDa
配列文字列:
MQIFVKTLTG KTITLEVESS DTIDNVKAKI QDKEGIPPDQ QRLIFAGKQL EDGRTLADYN IQKESTLHLV LRLRGGIIEP SLMALARKY NQEKMICRKC YARLHPRAVN CRKKKCGHSN QLRPKKKIK

+
分子 #24: eL41 (60S ribosomal protein L41)

分子名称: eL41 (60S ribosomal protein L41) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 3.445437 KDa
配列文字列:
MRAKWKKKRM RRLKRKRRKM RQRSK

UniProtKB: Small ribosomal subunit protein eS32

+
分子 #25: eL42 (60S ribosomal protein L42)

分子名称: eL42 (60S ribosomal protein L42) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 12.037346 KDa
配列文字列:
MVNVPKTKKT YCKSKECKKH TLHKVTQYKK GKDSLAAQGK RRYDRKQSGY GGQTKPVFHK KAKTTKKIVL RLQCQGCKHV SQHPIKRCK HFEIGGDKKG KGTSLF

UniProtKB: 60S ribosomal protein L44

+
分子 #26: eL43 (60S ribosomal protein L37a)

分子名称: eL43 (60S ribosomal protein L37a) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 10.280108 KDa
配列文字列:
MTKRTKKAGI VGKYGTRYGA SLRKQIKKME VSQHSKYFCE FCGKYAVKRK AVGIWGCKDC GKVKAGGAYT LNTASAVTVR STIRRLREQ TES

UniProtKB: 60S ribosomal protein L37a

+
分子 #27: eL6 (60S ribosomal protein L6)

分子名称: eL6 (60S ribosomal protein L6) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 25.536387 KDa
配列文字列: MAAKKSPRNP ELIRGVGKLS RSKMYHKKGL WAIKKKNGGS FPVHKKAAAV APPAVKPPKF YPADDVAKPL VNKHKPKPTK LRASITPGT VLIILAGRFK GKRVVFLKQL KSGLLLVSGP FKLNGVPLRR VNQAYVIGTS TKVDISGVNV EKIDDKYFAK Q AEKKQKKG ...文字列:
MAAKKSPRNP ELIRGVGKLS RSKMYHKKGL WAIKKKNGGS FPVHKKAAAV APPAVKPPKF YPADDVAKPL VNKHKPKPTK LRASITPGT VLIILAGRFK GKRVVFLKQL KSGLLLVSGP FKLNGVPLRR VNQAYVIGTS TKVDISGVNV EKIDDKYFAK Q AEKKQKKG EGEFFEDKKE EKKNVLPQGK KDDQKAVDEA LIKAVECVPE LKAYLSARFS LKSCMKPHEL VF

UniProtKB: 60S ribosomal protein L6-like isoform X1

+
分子 #28: eL8 (60S ribosomal protein L7a)

分子名称: eL8 (60S ribosomal protein L7a) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 29.432219 KDa
配列文字列: MAPKKGVAVA AKKKPVQAKV VNPLFEKRPK QFGIGGALPP KKDLTRFVRW PQVVRIQRKR RILKQRLKVP PSLNQFSKTL DKNLATNLF KMLLKYRPED KAAKKERLLK RAQAEAEGKT PETKKPIIVK YGLKHITYLI EQNKAQLVVI AHDVDPIELV V WLPALCRK ...文字列:
MAPKKGVAVA AKKKPVQAKV VNPLFEKRPK QFGIGGALPP KKDLTRFVRW PQVVRIQRKR RILKQRLKVP PSLNQFSKTL DKNLATNLF KMLLKYRPED KAAKKERLLK RAQAEAEGKT PETKKPIIVK YGLKHITYLI EQNKAQLVVI AHDVDPIELV V WLPALCRK MEIPYCIVKG KARLGSIVHK KTASALCLTT VKNEDKMEFS RILEAIKANF NDKYEENRKK WGGGVMGSKS QA RTKAKER VLAKEAAQRM N

UniProtKB: 60S ribosomal protein L7a

+
分子 #29: uL13 (60S ribosomal protein L13a)

分子名称: uL13 (60S ribosomal protein L13a) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 23.525217 KDa
配列文字列: MVSGSGISAR RIVVDARHHM LGRLSSILAK ELLNGQKVVV VRCEEICLSG GLVRQKMKYL RFLRKRMNTK PSHGPIHFRA PSKILWRTI RGMIPHKTKR GAAALARLKV YEGVPPPYDK IKRMVIPDAL KVLRLQAGHK YCLLGKLSSE VGWNHYDTIK E LENKRKER ...文字列:
MVSGSGISAR RIVVDARHHM LGRLSSILAK ELLNGQKVVV VRCEEICLSG GLVRQKMKYL RFLRKRMNTK PSHGPIHFRA PSKILWRTI RGMIPHKTKR GAAALARLKV YEGVPPPYDK IKRMVIPDAL KVLRLQAGHK YCLLGKLSSE VGWNHYDTIK E LENKRKER AQVAYERRKQ LAKLRVKAEK AAEEKLGPQL AIIAPIKY

UniProtKB: 60S ribosomal protein L13a-4

+
分子 #30: uL14 (60S ribosomal protein L23)

分子名称: uL14 (60S ribosomal protein L23) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 15.040858 KDa
配列文字列:
MSKRGRGGSA GNKFRMSLGL PVAATINCAD NTGAKNLYII SVKGIKGRLN RLPSACVGDM VMATVKKGKP DLRKKVMPAV VVRQRKPWR RKDGVFMYFE DNAGVIVNPK GEMKGSAITG PIGKECADLW PRIASAANAI V

UniProtKB: 60S ribosomal protein L23

+
分子 #31: uL15 (60S ribosomal protein L27a)

分子名称: uL15 (60S ribosomal protein L27a) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 16.578416 KDa
配列文字列:
MTTRFKKNRK KRGHVSAGHG RVGKHRKHPG GRGNAGGMHH HRILFDKYHP GYFGKVGMRY FHKLRNKFHC PTINIDNLWS LVPQEVKDK AKSSNATAPF IDVTQYGYFK VLGKGVLPQN QAVVVKAKLI SKNAEKKIKE AGGAVVLTA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L27a-3-like

+
分子 #32: uL16 (60S ribosomal protein L10)

分子名称: uL16 (60S ribosomal protein L10) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 25.01242 KDa
配列文字列: MGRRPARCYR QIKNKPYPKS RFCRGVPDPK IRIYDVGMKK KGVDEFPFCV HLVSWEKENV SSEALEAARI ACNKYMTKSA GKDAFHLRV RVHPFHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPQGVCARV AIGQVLLSVR CKDGNANHAQ EALRRAKFKF P GRQKIIVS ...文字列:
MGRRPARCYR QIKNKPYPKS RFCRGVPDPK IRIYDVGMKK KGVDEFPFCV HLVSWEKENV SSEALEAARI ACNKYMTKSA GKDAFHLRV RVHPFHVLRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAF GKPQGVCARV AIGQVLLSVR CKDGNANHAQ EALRRAKFKF P GRQKIIVS RKWGFTKFSR TDYLKYKSEN RIIPDGVNAK LLGCHGRLAA RQPGRAFLEA VGN

UniProtKB: 60S ribosomal protein L10-like

+
分子 #33: uL18 (60S ribosomal protein L5)

分子名称: uL18 (60S ribosomal protein L5) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 34.627273 KDa
配列文字列: MAFIKVQKTR AYFKRFQVKF KRRREGKTDY RARNRLINQD KNKYNTPKYR FVVRFTNKDI IAQIVSASIA GDMILASAYA RELPQYGLK VGLTNYAAAY CTGLLLARRV LKKLEMDEEY QGNPEASGED YSVEPAESRR PFRALLDVGL IRTTTGNRVF G ALKGALDG ...文字列:
MAFIKVQKTR AYFKRFQVKF KRRREGKTDY RARNRLINQD KNKYNTPKYR FVVRFTNKDI IAQIVSASIA GDMILASAYA RELPQYGLK VGLTNYAAAY CTGLLLARRV LKKLEMDEEY QGNPEASGED YSVEPAESRR PFRALLDVGL IRTTTGNRVF G ALKGALDG GLDIPHSEKR FAGFSKDSKQ LDADVHRKYI YGGHVATYMK TLTEDEPEKY QSHFSEYIKQ GLEADDLEEM YK KVHAAIR ADPSPKKSEK QPPKQHKRYN LKKLTYEERK AKLIERLNAL NSAAGNDDDE EDDD

UniProtKB: 60S ribosomal protein L5-like

+
分子 #34: uL22 (60S ribosomal protein L17)

分子名称: uL22 (60S ribosomal protein L17) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 20.136207 KDa
配列文字列:
MVKYSKEPDN PTKSCKARGS SLRVHFKNTR ETAHALRKMP LDKAKRYLED VLAHKQAIPF TRFCRGVGRT AQAKNRHSSG QGRWPVKST KFILDLLKNA ESNADVKGLD VDLLFISHIQ VNQAQKQRRR TYRAHGRINP YMSHPCHIEL TLSEKEEYVK K EPETQLAP RKTKGSS

UniProtKB: 60S ribosomal protein L17-1-like

+
分子 #35: uL23 (60S ribosomal protein L23a)

分子名称: uL23 (60S ribosomal protein L23a) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 17.321516 KDa
配列文字列:
MAPAKADPSK KSDPKAQAAK VAKAVKSGST LKKKSQKIRT KVTFHRPKTL KKDRNPKYPR ISAPGRNKLD QYGILKYPLT TESAMKKIE DNNTLVFIVD IKADKKKIKD AVKKMYDIQT KKVNTLIRPD GTKKAYVRLT PDYDALDVAN KIGII

UniProtKB: Large ribosomal subunit protein uL23

+
分子 #36: uL24 (60S ribosomal protein L26)

分子名称: uL24 (60S ribosomal protein L26) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 16.748537 KDa
配列文字列:
MKYNPRVSSS RRKSRKAHFT APSSVRRVLM SAPLSSDLRT KYNVRSMPVR KDDEVQVVRG TYKGREGKVV QVYRKKWVIH IERITREKV NGSTVNVGIH PSKVVVTKLR LDKDRKSLLD RKAKGRAAAD KDKGTKFTAE DIMQTVD

UniProtKB: 60S ribosomal protein L26-1-like

+
分子 #37: uL29 (60S ribosomal protein L35)

分子名称: uL29 (60S ribosomal protein L35) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 14.352466 KDa
配列文字列:
MARIKVHELR NKTKTELLAQ LKDLKAELAL LRVAKVTGGA PNKLSKIKVV RLSIAQVLTV ISQKQKTALR EAYKNKKYLP LDLRPKKTR AIRKRLTKHQ VSLKTEREKK KEMYFPIRKY AIKV

UniProtKB: 60S ribosomal protein L35-like

+
分子 #38: uL2 (60S ribosomal protein L8)

分子名称: uL2 (60S ribosomal protein L8) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 28.220734 KDa
配列文字列: MGRVIRAQRK GAGSVFKSHT HHRKGPAKFR SLDYGERNGY LKGVVSEIIH DPGRGAPLAR VTFRHPFRYK HQKELFVAAE GMYTGQFIY CGKKANLMVG NVLALRSIPE GAVVCNVEHK VGDRGVFARC SGDYAIVISH NPDNGTTRIK LPSGAKKIVP S GCRAMIGQ ...文字列:
MGRVIRAQRK GAGSVFKSHT HHRKGPAKFR SLDYGERNGY LKGVVSEIIH DPGRGAPLAR VTFRHPFRYK HQKELFVAAE GMYTGQFIY CGKKANLMVG NVLALRSIPE GAVVCNVEHK VGDRGVFARC SGDYAIVISH NPDNGTTRIK LPSGAKKIVP S GCRAMIGQ VAGGGRTEKP MLKAGNAYHK YRVKRNCWPK VRGVAMNPVE HPHGGGNHQH IGHASTVRRD APPGQKVGLI AA RRTGRLR GQAAATAAKA DKA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L8-like

+
分子 #39: uL30 (60S ribosomal protein L7)

分子名称: uL30 (60S ribosomal protein L7) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 28.148949 KDa
配列文字列: MGEGGVLVPE SVLKKQKRSE EWALVKKQEL EAAKKKNTEN RKLIYNRAKQ YAKEYEAQER ELIQLKREAR LKGGFYVDPE AKLLFIIRI RGINAMAPQT KKILQLLRLR QIFNGVFLKV NKATVNMLHR VEPYVTYGYP NLKSIRELIY KRGYGKVEKQ R IALTDNSV ...文字列:
MGEGGVLVPE SVLKKQKRSE EWALVKKQEL EAAKKKNTEN RKLIYNRAKQ YAKEYEAQER ELIQLKREAR LKGGFYVDPE AKLLFIIRI RGINAMAPQT KKILQLLRLR QIFNGVFLKV NKATVNMLHR VEPYVTYGYP NLKSIRELIY KRGYGKVEKQ R IALTDNSV IEQVLGKHGI ICIEDLVHEI ITVGPHFKEA NNFLWPFQLK APLGGLKKKR NHYVEGGDAG NRENYINELI RR MN

UniProtKB: 60S ribosomal protein L7-4-like

+
分子 #40: uL3 (60S ribosomal protein L3)

分子名称: uL3 (60S ribosomal protein L3) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 44.507215 KDa
配列文字列: MSHRKFEHPR HGSLGFLPRK RAARHRGKVK AFPKDDPSKP CKLTAFLGYK AGMTHIVRDV EKPGSKLHKK ETCEAVTIIE TPPMVIVGV VGYVKTPRGL RCLNTVWAQH LSEELKRRFY KNWCKSKKKA FLKYSKKYET DEGKKDIQTQ LEKLKKYACV I RVLAHTQI ...文字列:
MSHRKFEHPR HGSLGFLPRK RAARHRGKVK AFPKDDPSKP CKLTAFLGYK AGMTHIVRDV EKPGSKLHKK ETCEAVTIIE TPPMVIVGV VGYVKTPRGL RCLNTVWAQH LSEELKRRFY KNWCKSKKKA FLKYSKKYET DEGKKDIQTQ LEKLKKYACV I RVLAHTQI RKMKGLKQKK AHLMEIQVNG GTIAQKVDFA YGFFEKQVPV DAVFQKDEMI DIIGVTKGKG YEGVVTRWGV TR LPRKTHR GLRKVACIGA WHPARVSYTV ARAGQNGYHH RTEMNKKVYK LGKAGQESHA AITDFDRTEK DITPMGGFPH YGV VKDDYL LIKGCCVGPK KRVVTLRQSL LNQTSRVALE EIKLKFIDTS SKFGHGRFQT TQEKQKFYGR LKA

UniProtKB: 60S ribosomal protein L3

+
分子 #41: uL4 (60S ribosomal protein L4)

分子名称: uL4 (60S ribosomal protein L4) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 44.706887 KDa
配列文字列: MATAAAIPTT TVQSFENDMA TDGAVPLPAV MKAPIRPDVV TYVHSNISKN ARQPYAVSKK AGHQTSAESW GTGRAVSRIP RVAGGGTHR AGQAAFGNMC RGGRMFAPTK IWRRWHRKIP VNQKRYAVAS AIAASAVPSL VLARGHRIES VPELPLVVSD S VESIEKTS ...文字列:
MATAAAIPTT TVQSFENDMA TDGAVPLPAV MKAPIRPDVV TYVHSNISKN ARQPYAVSKK AGHQTSAESW GTGRAVSRIP RVAGGGTHR AGQAAFGNMC RGGRMFAPTK IWRRWHRKIP VNQKRYAVAS AIAASAVPSL VLARGHRIES VPELPLVVSD S VESIEKTS NAIKALKQIG AYPDAEKAKD SHAIRPGKGK MRNRRYISRK GPLIVYGTEG AKLVKAFRNI PGVEICHVDR LN LLKLAPG GHLGRFIVWT KSAYEKLDGI YGSFDKASEK KKGYVLPRPK MANADLARII NSDEVQSVVR PIKKDVNKRA TLK KNPLKN LNVLLKLNPY AKTARRMSLL AEAQRVKAKK EKLDKKRHQV TKEEASAIRA AGTSWFKTMI SDSDYTEFEN FTKW LGVTQ

UniProtKB: 60S ribosomal protein L4-like

+
分子 #42: uL5 (60S ribosomal protein L11)

分子名称: uL5 (60S ribosomal protein L11) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 20.794178 KDa
配列文字列:
MASEKKLSNP MREIKVQKLV LNISVGESGD RLTRAAKVLE QLSGQSPVFS KARYTVRSFG IRRNEKIACY VTVRGEKAMQ LLESGLKVK EYELLRRNFS ETGCFGFGIQ EHIDLGIKYD PSTGIYGMDF YVVLERPGYR VARRRRCKAR VGIQHRVTKD D AMKWFQVK YEGVILNKSS NIQ

UniProtKB: 60S ribosomal protein L11-1

+
分子 #43: uL6 (60S ribosomal protein L9)

分子名称: uL6 (60S ribosomal protein L9) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 22.057648 KDa
配列文字列: MKTILSSETM DIPDGVNIKV KAKQIEVEGP RGKLTRNFKH LNLDFQLIKD EETGKKKLKI DAWFGSRKTT AAIRTALSHV ENLITGVTK GYRYKMRFVY AHFPINASIS GGNKAIEIRN FLGEKRVRKV DMLEGVTVVR SEKVKDELVL DGNDIELVSR S AALINQKC ...文字列:
MKTILSSETM DIPDGVNIKV KAKQIEVEGP RGKLTRNFKH LNLDFQLIKD EETGKKKLKI DAWFGSRKTT AAIRTALSHV ENLITGVTK GYRYKMRFVY AHFPINASIS GGNKAIEIRN FLGEKRVRKV DMLEGVTVVR SEKVKDELVL DGNDIELVSR S AALINQKC HVKNKDIRKF LDGIYVSEKG RIVEEE

UniProtKB: 60S ribosomal protein L9-1-like

+
分子 #44: nascent chain

分子名称: nascent chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Nicotiana tabacum (タバコ)
分子量理論値: 2.060531 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)

+
分子 #47: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 60 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #48: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 94 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #49: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 49 / コピー数: 4 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #50: SPERMIDINE

分子名称: SPERMIDINE / タイプ: ligand / ID: 50 / コピー数: 1 / 式: SPD
分子量理論値: 145.246 Da
Chemical component information

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

+
分子 #51: SPERMINE

分子名称: SPERMINE / タイプ: ligand / ID: 51 / コピー数: 2 / 式: SPM
分子量理論値: 202.34 Da
Chemical component information

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

+
分子 #52: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 52 / コピー数: 4406 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 27.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.14 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 335291
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: OTHER
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る