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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Human rhinovirus 2 virion in situ | |||||||||
![]() | Pixel size scaled EM map presented in 2-fold on Z (MRC standard) orientation. Micrographs were collected on lamellipodia of Cos7 cells infected with HRV2. | |||||||||
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![]() | Human rhinovirus 2 / in situ / cryo-EM. / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / DNA replication / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / virus-mediated perturbation of host defense response / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.7 Å | |||||||||
![]() | Ishemgulova A / Mukhamedova L / Trebichalska Z / Payne P / Smerdova L / Moravcova J / Hrebik D / Buchta D / Skubnik K / Fuzik T ...Ishemgulova A / Mukhamedova L / Trebichalska Z / Payne P / Smerdova L / Moravcova J / Hrebik D / Buchta D / Skubnik K / Fuzik T / Novacek J / Plevka P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Endosome rupture enables enteroviruses to infect cells. 著者: Ishemgulova A | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 28.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19.2 KB 19.2 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 15.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 140.3 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 244.2 MB 244 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8ay4MC ![]() 8ay5C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Pixel size scaled EM map presented in 2-fold on Z (MRC standard) orientation. Micrographs were collected on lamellipodia of Cos7 cells infected with HRV2. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.32392 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: EM map presented in 2-fold on Z (MRC standard) orientation.
ファイル | emd_15710_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | EM map presented in 2-fold on Z (MRC standard) orientation. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: EM map presented in 2-fold on Z (MRC standard) orientation.
ファイル | emd_15710_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EM map presented in 2-fold on Z (MRC standard) orientation. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : rhinovirus A2
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: rhinovirus A2
超分子 | 名称: rhinovirus A2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12130 / 生物種: rhinovirus A2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 30.645367 KDa |
配列 | 文字列: LVVPNINSSN PTTSNSAPAL DAAETGHTSS VQPEDVIETR YVQTSQTRDE MSLESFLGRS GCIHESKLEV TLANYNKENF TVWAINLQE MAQIRRKFEL FTYTRFDSEI TLVPCISALS QDIGHITMQY MYVPPGAPVP NSRDDYAWQS GTNASVFWQH G QAYPRFSL ...文字列: LVVPNINSSN PTTSNSAPAL DAAETGHTSS VQPEDVIETR YVQTSQTRDE MSLESFLGRS GCIHESKLEV TLANYNKENF TVWAINLQE MAQIRRKFEL FTYTRFDSEI TLVPCISALS QDIGHITMQY MYVPPGAPVP NSRDDYAWQS GTNASVFWQH G QAYPRFSL PFLSVASAYY MFYDGYDEQD QNYGTANTNN MGSLCSRIVT EKHIHKVHIM TRIYHKAKHV KAWCPRPPRA LE YTRAHRT NFKIEDRSIQ TAIVTRPIIT TA UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #2: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 27.899426 KDa |
配列 | 文字列: RIIQITRGDS TITSQDVANA IVAYGVWPHY LSSKDASAID KPSQPDTSSN RFYTLRSVTW SSSSKGWWWK LPDALKDMGI FGENMFYHY LGRSGYTIHV QCNASKFHQG TLIVALIPEH QIASALHGNV NVGYNYTHPG ETGREVKAET RLNPDLQPTE E YWLNFDGT ...文字列: RIIQITRGDS TITSQDVANA IVAYGVWPHY LSSKDASAID KPSQPDTSSN RFYTLRSVTW SSSSKGWWWK LPDALKDMGI FGENMFYHY LGRSGYTIHV QCNASKFHQG TLIVALIPEH QIASALHGNV NVGYNYTHPG ETGREVKAET RLNPDLQPTE E YWLNFDGT LLGNITIFPH QFINLRSNNS ATIIAPYVNA VPMDSMRSHN NWSLVIIPIC PLETSSAINT IPITISISPM CA EFSGARA KRQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #3: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 26.107793 KDa |
配列 | 文字列: GLPVFITPGS GQFLTTDDFQ SPCALPWYHP TKEISIPGEV KNLVEICQVD SLVPINNTDT YINSENMYSV VLQSSINAPD KIFSIRTDV ASQPLATTLI GEISSYFTHW TGSLRFSFMF CGTANTTVKL LLAYTPPGIA EPTTRKDAML GTHVIWDVGL Q STISMVVP ...文字列: GLPVFITPGS GQFLTTDDFQ SPCALPWYHP TKEISIPGEV KNLVEICQVD SLVPINNTDT YINSENMYSV VLQSSINAPD KIFSIRTDV ASQPLATTLI GEISSYFTHW TGSLRFSFMF CGTANTTVKL LLAYTPPGIA EPTTRKDAML GTHVIWDVGL Q STISMVVP WISASHYRNT SPGRSTSGYI TCWYQTRLVI PPQTPPTARL LCFVSGCKDF CLRMARDTNL HLQSGAIAQ UniProtKB: Genome polyprotein |
-分子 #4: Capsid protein VP4
分子 | 名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 2.810063 KDa |
配列 | 文字列: AQVSRQNYFN INYFKDAASN GASKL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 平均露光時間: 10.0 sec. / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |