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万見
- EMDB-15635: Cryo-EM structure of yeast Elp456 subcomplex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15635
タイトルCryo-EM structure of yeast Elp456 subcomplex
マップデータ
試料
  • 複合体: Yeast Elp456 subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 6
キーワードwobble uridine modification / TRANSLATION
機能・相同性
機能・相同性情報


elongator holoenzyme complex / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / tRNA modification / transcription elongation factor complex / regulation of translation / tRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding ...elongator holoenzyme complex / protein urmylation / tRNA wobble uridine modification / tRNA modification / transcription elongation factor complex / regulation of translation / tRNA binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Elongator complex protein 4 / Elongator complex protein 6 / Elongator complex protein 5 / PAXNEB protein / Elongator subunit Iki1 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongator complex protein 5 / Elongator complex protein 4 / Elongator complex protein 6
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Jaciuk M / Scherf D / Kaszuba K / Gaik M / Koscielniak A / Krutyholowa R / Rawski M / Indyka P / Biela A / Dobosz D ...Jaciuk M / Scherf D / Kaszuba K / Gaik M / Koscielniak A / Krutyholowa R / Rawski M / Indyka P / Biela A / Dobosz D / Lin T-Y / Abbassi N / Hammermeister A / Chramiec-Glabik A / Kosinski J / Schaffrath R / Glatt S
資金援助 ポーランド, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Polish National Science Centre2018/31/B/NZ1/03559 ポーランド
European Research Council (ERC)101001394European Union
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023
タイトル: Cryo-EM structure of the fully assembled Elongator complex.
著者: Marcin Jaciuk / David Scherf / Karol Kaszuba / Monika Gaik / Alexander Rau / Anna Kościelniak / Rościsław Krutyhołowa / Michał Rawski / Paulina Indyka / Andrea Graziadei / Andrzej ...著者: Marcin Jaciuk / David Scherf / Karol Kaszuba / Monika Gaik / Alexander Rau / Anna Kościelniak / Rościsław Krutyhołowa / Michał Rawski / Paulina Indyka / Andrea Graziadei / Andrzej Chramiec-Głąbik / Anna Biela / Dominika Dobosz / Ting-Yu Lin / Nour-El-Hana Abbassi / Alexander Hammermeister / Juri Rappsilber / Jan Kosinski / Raffael Schaffrath / Sebastian Glatt /
要旨: Transfer RNA (tRNA) molecules are essential to decode messenger RNA codons during protein synthesis. All known tRNAs are heavily modified at multiple positions through post-transcriptional addition ...Transfer RNA (tRNA) molecules are essential to decode messenger RNA codons during protein synthesis. All known tRNAs are heavily modified at multiple positions through post-transcriptional addition of chemical groups. Modifications in the tRNA anticodons are directly influencing ribosome decoding and dynamics during translation elongation and are crucial for maintaining proteome integrity. In eukaryotes, wobble uridines are modified by Elongator, a large and highly conserved macromolecular complex. Elongator consists of two subcomplexes, namely Elp123 containing the enzymatically active Elp3 subunit and the associated Elp456 hetero-hexamer. The structure of the fully assembled complex and the function of the Elp456 subcomplex have remained elusive. Here, we show the cryo-electron microscopy structure of yeast Elongator at an overall resolution of 4.3 Å. We validate the obtained structure by complementary mutational analyses in vitro and in vivo. In addition, we determined various structures of the murine Elongator complex, including the fully assembled mouse Elongator complex at 5.9 Å resolution. Our results confirm the structural conservation of Elongator and its intermediates among eukaryotes. Furthermore, we complement our analyses with the biochemical characterization of the assembled human Elongator. Our results provide the molecular basis for the assembly of Elongator and its tRNA modification activity in eukaryotes.
履歴
登録2022年8月22日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年12月7日-
マップ公開2022年12月7日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_15635.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15635.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0242
最小 - 最大-0.035762765 - 0.07653746
平均 (標準偏差)0.00009877364 (±0.0017283901)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 352.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15635_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15635_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Yeast Elp456 subcomplex

全体名称: Yeast Elp456 subcomplex
要素
  • 複合体: Yeast Elp456 subcomplex
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 4
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 5
    • タンパク質・ペプチド: Elongator complex protein 6

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超分子 #1: Yeast Elp456 subcomplex

超分子名称: Yeast Elp456 subcomplex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 233.8 KDa

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分子 #1: Elongator complex protein 4

分子名称: Elongator complex protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 51.232469 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSFRKRGEIL NDRGSGLRGP LLRGPPRTSS TPLRTGNRRA PGNVPLSDTT ARLKKLNIAD ESKTKMGLDS SHVGVRPSPA TSQPTTSTG SADLDSILGH MGLPLGNSVL VEEQSTTEFH SILGKLFAAQ GIVHNRISDS SADKTRNGDT HVIVLSLNQM F AKELPGIY ...文字列:
MSFRKRGEIL NDRGSGLRGP LLRGPPRTSS TPLRTGNRRA PGNVPLSDTT ARLKKLNIAD ESKTKMGLDS SHVGVRPSPA TSQPTTSTG SADLDSILGH MGLPLGNSVL VEEQSTTEFH SILGKLFAAQ GIVHNRISDS SADKTRNGDT HVIVLSLNQM F AKELPGIY KGSRKQMKKN LISEEESKVT VQNLNETQRS TPSRYKDLKI AWKYKLADEK RLGSPDRDDI QQNSEYKDYN HQ FDITTRL MPAPIASELT FIAPTQPVST ILSQIEQTIK RNDKKLIRIV IPSLLHPAMY PPKMFESSEI IGLMHGVRSL VKK YYERVV LFASISIDII TPPLLVLLRN MFDSVINLEP FNQEMTEFLE RVYKSQPGKI QHGLVHILKL PVFTDRGEMR VLKS EWAFK NGRKKFEIEQ WGIPVDDAEG SAASEQSHSH SHSDEISHNI PAKKTKISLD Y

UniProtKB: Elongator complex protein 4

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分子 #2: Elongator complex protein 5

分子名称: Elongator complex protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 35.252496 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MASSSHNPVI LLKRILSLTE SSPFILCLDS IAQTSYKLIQ EFVHQSKSKG NEYPIVYISF ETVNKPSYCT QFIDATQMDF VHLVKQIIS YLPAATATQA KKHMVIIDSL NYISTEYITR FLSEIASPHC TMVATYHKDI KDENRTVIPD WNNNYPDKLT L LQFMATTI ...文字列:
MASSSHNPVI LLKRILSLTE SSPFILCLDS IAQTSYKLIQ EFVHQSKSKG NEYPIVYISF ETVNKPSYCT QFIDATQMDF VHLVKQIIS YLPAATATQA KKHMVIIDSL NYISTEYITR FLSEIASPHC TMVATYHKDI KDENRTVIPD WNNNYPDKLT L LQFMATTI VDIDVVLTGT LDTEEVSELL NEFRIPRGLN NDIFQLRLVN KRKSGRSLEY DFIVNSNTHE YELLSTTKQE EE SSSNGLE TPEMLQGLTT FNLGTSNKQK LAKDQVALPF LEAQSFGQGG AIVYEYEKDD DYDEEDPYED PF

UniProtKB: Elongator complex protein 5

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分子 #3: Elongator complex protein 6

分子名称: Elongator complex protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 30.602611 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MGSVQRQDLV LFSDQSVLPA HFFQDSNSHN LFFITHQSCT QPLWMINALV ETHVLGSPSS LNESSSSMLP SSTRSHAVLA SFIHEQNYF TNSLNKLKIP SNNYNVLDFL SDFIVNNIHN KPRDKILSDV LAKFSAAIQN NPTDTIVIIE QPELLLSLVS G LTCSELNN ...文字列:
MGSVQRQDLV LFSDQSVLPA HFFQDSNSHN LFFITHQSCT QPLWMINALV ETHVLGSPSS LNESSSSMLP SSTRSHAVLA SFIHEQNYF TNSLNKLKIP SNNYNVLDFL SDFIVNNIHN KPRDKILSDV LAKFSAAIQN NPTDTIVIIE QPELLLSLVS G LTCSELNN KFITPLLRQC KVLIIVSNSD IFNIDEYDAS VHSSNLQNFY KSSFIKSMIN LNLNPLKTGF AKDVTGSLHV CR GGAPIAT SNTSLHVVEN EYLYLNEKES TKLFYR

UniProtKB: Elongator complex protein 6

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.4 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
100.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPESHEPES
3.0 mMDithiothreitolDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 15 s wait time, blot force 5, 5 s blot time.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 4716 / 平均露光時間: 1.82 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.9 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細20 eV slit, fully tuned before the experiment
粒子像選択選択した数: 364424
詳細: given number of particles is after TOPAZ picking and 2D cleaning
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: SWISS-MODEL generated full length Elp456 based on 4A8J structure
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: Postprocessing
詳細: Given global resolution estimation for post-process sharpened map
使用した粒子像数: 128593
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v3.2.0) / ソフトウェア - 詳細: Ab-Initio Reconstruction / 詳細: Ab-Initio Reconstruction
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: 3D auto-refine / 詳細: 3D auto-refine
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 12500 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / ソフトウェア - 詳細: masked 3D classification
詳細: masked 3D classification with two classes of nice Elp456 density, each approx. 65k ptcls; and 3 remaining classes, each approx. 33k ptcls
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4a8j


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細After initial rigid body fit, further fitting was done using NAMDINATOR
精密化プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8at6:
Cryo-EM structure of yeast Elp456 subcomplex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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