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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15331 | |||||||||||||||
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タイトル | RNA polymerase- post-terminated, open clamp state | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | RNA polymerase / transcriptional pausing / transcription termination / regulatory RNA / TRANSCRIPTION | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex ...RNA polymerase complex / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / bacterial-type flagellum assembly / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / DNA-directed RNA polymerase complex / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription initiation / cell motility / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / protein-containing complex assembly / intracellular iron ion homeostasis / protein dimerization activity / response to antibiotic / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli K-12 (大腸菌) / Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Dey S / Weixlbaumer A | |||||||||||||||
資金援助 | European Union, フランス, 4件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2022 タイトル: Structural insights into RNA-mediated transcription regulation in bacteria. 著者: Sanjay Dey / Claire Batisse / Jinal Shukla / Michael W Webster / Maria Takacs / Charlotte Saint-André / Albert Weixlbaumer / 要旨: RNA can regulate its own synthesis without auxiliary proteins. For example, U-rich RNA sequences signal RNA polymerase (RNAP) to pause transcription and are required for transcript release at ...RNA can regulate its own synthesis without auxiliary proteins. For example, U-rich RNA sequences signal RNA polymerase (RNAP) to pause transcription and are required for transcript release at intrinsic terminators in all kingdoms of life. In contrast, the regulatory RNA putL suppresses pausing and termination in cis. However, how nascent RNA modulates its own synthesis remains largely unknown. We present cryo-EM reconstructions of RNAP captured during transcription of putL variants or an unrelated sequence at a U-rich pause site. Our results suggest how putL suppresses pausing and promotes its synthesis. We demonstrate that transcribing a U-rich sequence, a ubiquitous trigger of intrinsic termination, promotes widening of the RNAP nucleic-acid-binding channel. Widening destabilizes RNAP interactions with DNA and RNA to facilitate transcript dissociation reminiscent of intrinsic transcription termination. Surprisingly, RNAP remains bound to DNA after transcript release. Our results provide the structural framework to understand RNA-mediated intrinsic transcription termination. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15331.map.gz | 168 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15331-v30.xml emd-15331.xml | 28.9 KB 28.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_15331.png | 37.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-15331.cif.gz | 9.6 KB | ||
その他 | emd_15331_half_map_1.map.gz emd_15331_half_map_2.map.gz | 165.1 MB 165.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15331 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15331 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15331_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15331_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15331_validation.xml.gz | 15 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15331_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15331 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15331 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8ac2MC 8abyC 8abzC 8ac0C 8ac1C 8acpC 8ad1C M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.862 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15331_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15331_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Escherichia coli RNA polymerase post-terminated complex - open cl...
全体 | 名称: Escherichia coli RNA polymerase post-terminated complex - open clamp state |
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要素 |
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-超分子 #1: Escherichia coli RNA polymerase post-terminated complex - open cl...
超分子 | 名称: Escherichia coli RNA polymerase post-terminated complex - open clamp state タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 435 KDa |
-分子 #1: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 36.55868 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI ...文字列: MQGSVTEFLK PRLVDIEQVS STHAKVTLEP LERGFGHTLG NALRRILLSS MPGCAVTEVE IDGVLHEYST KEGVQEDILE ILLNLKGLA VRVQGKDEVI LTLNKSGIGP VTAADITHDG DVEIVKPQHV ICHLTDENAS ISMRIKVQRG RGYVPASTRI H SEEDERPI GRLLVDACYS PVERIAYNVE AARVEQRTDL DKLVIEMETN GTIDPEEAIR RAATILAEQL EAFVDLRDVR QP EVKEEKP EFDPILLRPV DDLELTVRSA NCLKAEAIHY IGDLVQRTEV ELLKTPNLGK KSLTEIKDVL ASRGLSLGMR LEN WPPASI ADE UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha |
-分子 #2: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 150.820875 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG ...文字列: MVYSYTEKKR IRKDFGKRPQ VLDVPYLLSI QLDSFQKFIE QDPEGQYGLE AAFRSVFPIQ SYSGNSELQY VSYRLGEPVF DVQECQIRG VTYSAPLRVK LRLVIYEREA PEGTVKDIKE QEVYMGEIPL MTDNGTFVIN GTERVIVSQL HRSPGVFFDS D KGKTHSSG KVLYNARIIP YRGSWLDFEF DPKDNLFVRI DRRRKLPATI ILRALNYTTE QILDLFFEKV IFEIRDNKLQ ME LVPERLR GETASFDIEA NGKVYVEKGR RITARHIRQL EKDDVKLIEV PVEYIAGKVV AKDYIDESTG ELICAANMEL SLD LLAKLS QSGHKRIETL FTNDLDHGPY ISETLRVDPT NDRLSALVEI YRMMRPGEPP TREAAESLFE NLFFSEDRYD LSAV GRMKF NRSLLREEIE GSGILSKDDI IDVMKKLIDI RNGKGEVDDI DHLGNRRIRS VGEMAENQFR VGLVRVERAV KERLS LGDL DTLMPQDMIN AKPISAAVKE FFGSSQLSQF MDQNNPLSEI THKRRISALG PGGLTRERAG FEVRDVHPTH YGRVCP IET PEGPNIGLIN SLSVYAQTNE YGFLETPYRK VTDGVVTDEI HYLSAIEEGN YVIAQANSNL DEEGHFVEDL VTCRSKG ES SLFSRDQVDY MDVSTQQVVS VGASLIPFLE HDDANRALMG ANMQRQAVPT LRADKPLVGT GMERAVAVDS GVTAVAKR G GVVQYVDASR IVIKVNEDEM YPGEAGIDIY NLTKYTRSNQ NTCINQMPCV SLGEPVERGD VLADGPSTDL GELALGQNM RVAFMPWNGY NFEDSILVSE RVVQEDRFTT IHIQELACVS RDTKLGPEEI TADIPNVGEA ALSKLDESGI VYIGAEVTGG DILVGKVTP KGETQLTPEE KLLRAIFGEK ASDVKDSSLR VPNGVSGTVI DVQVFTRDGV EKDKRALEIE EMQLKQAKKD L SEELQILE AGLFSRIRAV LVAGGVEAEK LDKLPRDRWL ELGLTDEEKQ NQLEQLAEQY DELKHEFEKK LEAKRRKITQ GD DLAPGVL KIVKVYLAVK RRIQPGDKMA GRHGNKGVIS KINPIEDMPY DENGTPVDIV LNPLGVPSRM NIGQILETHL GMA AKGIGD KINAMLKQQQ EVAKLREFIQ RAYDLGADVR QKVDLSTFSD EEVMRLAENL RKGMPIATPV FDGAKEAEIK ELLK LGDLP TSGQIRLYDG RTGEQFERPV TVGYMYMLKL NHLVDDKMHA RSTGSYSLVT QQPLGGKAQF GGQRFGEMEV WALEA YGAA YTLQEMLTVK SDDVNGRTKM YKNIVDGNHQ MEPGMPESFN VLLKEIRSLG INIELEDE UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta |
-分子 #3: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 155.237672 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA ...文字列: MKDLLKFLKA QTKTEEFDAI KIALASPDMI RSWSFGEVKK PETINYRTFK PERDGLFCAR IFGPVKDYEC LCGKYKRLKH RGVICEKCG VEVTQTKVRR ERMGHIELAS PTAHIWFLKS LPSRIGLLLD MPLRDIERVL YFESYVVIEG GMTNLERQQI L TEEQYLDA LEEFGDEFDA KMGAEAIQAL LKSMDLEQEC EQLREELNET NSETKRKKLT KRIKLLEAFV QSGNKPEWMI LT VLPVLPP DLRPLVPLDG GRFATSDLND LYRRVINRNN RLKRLLDLAA PDIIVRNEKR MLQEAVDALL DNGRRGRAIT GSN KRPLKS LADMIKGKQG RFRQNLLGKR VDYSGRSVIT VGPYLRLHQC GLPKKMALEL FKPFIYGKLE LRGLATTIKA AKKM VEREE AVVWDILDEV IREHPVLLNR APTLHRLGIQ AFEPVLIEGK AIQLHPLVCA AYNADFDGDQ MAVHVPLTLE AQLEA RALM MSTNNILSPA NGEPIIVPSQ DVVLGLYYMT RDCVNAKGEG MVLTGPKEAE RLYRSGLASL HARVKVRITE YEKDAN GEL VAKTSLKDTT VGRAILWMIV PKGLPYSIVN QALGKKAISK MLNTCYRILG LKPTVIFADQ IMYTGFAYAA RSGASVG ID DMVIPEKKHE IISEAEAEVA EIQEQFQSGL VTAGERYNKV IDIWAAANDR VSKAMMDNLQ TETVINRDGQ EEKQVSFN S IYMMADSGAR GSAAQIRQLA GMRGLMAKPD GSIIETPITA NFREGLNVLQ YFISTHGARK GLADTALKTA NSGYLTRRL VDVAQDLVVT EDDCGTHEGI MMTPVIEGGD VKEPLRDRVL GRVTAEDVLK PGTADILVPR NTLLHEQWCD LLEENSVDAV KVRSVVSCD TDFGVCAHCY GRDLARGHII NKGEAIGVIA AQSIGEPGTQ LTMRTFHIGG AASRAAAESS IQVKNKGSIK L SNVKSVVN SSGKLVITSR NTELKLIDEF GRTKESYKVP YGAVLAKGDG EQVAGGETVA NWDPHTMPVI TEVSGFVRFT DM IDGQTIT RQTDELTGLS SLVVLDSAER TAGGKDLRPA LKIVDAQGND VLIPGTDMPA QYFLPGKAIV QLEDGVQISS GDT LARIPQ ESGGTKDITG GLPRVADLFE ARRPKEPAIL AEISGIVSFG KETKGKRRLV ITPVDGSDPY EEMIPKWRQL NVFE GERVE RGDVISDGPE APHDILRLRG VHAVTRYIVN EVQDVYRLQG VKINDKHIEV IVRQMLRKAT IVNAGSSDFL EGEQV EYSR VKIANRELEA NGKVGATYSR DLLGITKASL ATESFISAAS FQETTRVLTE AAVAGKRDEL RGLKENVIVG RLIPAG TGY AYHQDRMRRR AAGEAPAAPQ VTAEDASASL AELLNAGLGG SDN UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit beta' |
-分子 #4: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
分子 | 名称: DNA-directed RNA polymerase subunit omega / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli K-12 (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 10.249547 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MARVTVQDAV EKIGNRFDLV LVAARRARQM QVGGKDPLVP EENDKTTVIA LREIEEGLIN NQILDVRERQ EQQEQEAAEL QAVTAIAEG RR UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase subunit omega |
-分子 #5: DNA Non-template strand
分子 | 名称: DNA Non-template strand / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 91.015141 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC) (DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG) (DC) (DT)(DC)(DG)(DG)(DT) ...文字列: (DC)(DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DA)(DC) (DG)(DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC) (DG)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DG) (DT)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DG)(DA)(DG) (DC) (DT)(DC)(DG)(DG)(DT)(DA)(DC)(DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT)(DT) (DC)(DC)(DT)(DT)(DA)(DA)(DA) (DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA)(DA)(DC) (DT)(DT)(DA) (DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT) (DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT) (DA)(DC)(DC)(DC)(DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC) (DT)(DA)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC) (DT)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DA) (DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT) (DT)(DT)(DA) (DA)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT) (DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DC)(DA) (DT)(DC) (DG)(DA)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA) (DC)(DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA) (DC) (DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DC)(DA)(DT)(DG)(DC) (DT)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DT)(DA)(DA) (DT)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG)(DA) (DG)(DC)(DG)(DA)(DC)(DC)(DG)(DC)(DA)(DC) (DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DT)(DT)(DA) (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DG)(DC)(DG) (DT) (DG)(DT)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DA) (DA)(DT)(DC)(DT)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA) (DA)(DC) (DA)(DT)(DT)(DA)(DG)(DC)(DG) (DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DT) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DA)(DG)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DG)(DC) |
-分子 #6: DNA Template strand
分子 | 名称: DNA Template strand / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 91.180203 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DA)(DA)(IGU)(IGU)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG) (DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG) ...文字列: (DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DA) (DA)(DA)(IGU)(IGU)(DC)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC) (DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DG) (DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DG)(DA)(DT)(DT) (DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DA)(DC)(DA)(DC)(DG) (DC) (DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT) (DA)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA)(DG)(DT) (DG)(DC) (DG)(DG)(DT)(DC)(DG)(DC)(DT) (DC)(DC)(DG)(DG)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT) (DT)(DA)(DT) (DT)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG) (DC)(DA)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DG) (DT)(DT)(DT)(DC) (DC)(DC)(DC)(DG)(DT) (DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG) (DA)(DT)(DG)(DG)(DG) (DC)(DT)(DT)(DA) (DT)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DC)(DT)(DT) (DA)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT) (DC)(DA)(DT) (DT)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA)(DA)(DG) (DT)(DA)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT) (DA)(DG) (DT)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT) (DG)(DG)(DG)(DT)(DA)(DT)(DA)(DA) (DA) (DA)(DA)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DT)(DA) (DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA)(DA)(DG) (DT)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG)(DA)(DA)(DC)(DT) (DT)(DT)(DA)(DA)(DG)(DG)(DA)(DA)(DA)(DT) (DT)(DT)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG) (DG)(DT)(DA)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG)(DC)(DT) (DC) (DG)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC) (DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DG)(DT)(DC)(DG)(DT) (DT)(DT) (DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DC)(DG) (DT)(DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DC)(DT)(DG) |
-分子 #7: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #8: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 12 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 詳細: 20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior ...詳細: Quantifoil UltrAuFoil R1.2/1.3 300 mesh holey gold grids were plasma cleaned on a Model 1070 (Fischione Instruments) for 30 sec at 70% power and with an 80% Argon and 20% Oxygen mixture prior to the application of 0.004 ml of sample. Grids were plunge frozen into liquid ethane using a Vitrobot mark IV (FEI) with 95% chamber humidity at 283K.. |
詳細 | The co-transcriptionally halted complexes for cryo-EM analysis were prepared in vitro by mixing E. coli RNAP holoenzyme with templates containing the DNA base analogue isoG. The RNAP ECs halted at the U-rich pause (G122). The complexes were prepared in 0.03 ml reactions and contained: 0.02 mM of E. coli RNAP, 0.080 mM of E. coli Sigma70, 0.02 mM of template DNA, 20 mM Tris-glutamate pH 8.0, 50 mM K-glutamate, 10 mM Mg-glutamate, 0.001 mM ZnCl2, 2mM DTT and 6 mM of each ATP, GTP, CTP and UTP. Initially, all the components except NTPs were added and incubated for 10 min at 310K. To allow transcription elongation, NTPs were added and the sample was incubated for 20 to 40 min at 310K. The final products were purified on a Superose 6 Increase 3.2/300 gel filtration column equilibrated in Glutamate buffer. Samples were concentrated to 10-12 mg/mL using an Amicon Ultra 0.5mL centrifugal filter unit (30 KDa MWCO). Before grid freezing, 8 mM of CHAPSO was added to freshly prepared sample to overcome preferred particle orientation. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 2.2 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |