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- EMDB-15101: Structure of the DNA-bound FANCD2-FANCI complex containing phosph... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-15101
タイトルStructure of the DNA-bound FANCD2-FANCI complex containing phosphomimetic FANCI
マップデータ
試料
  • 複合体: DNA-bound FANCD2-FANCI that contains phosphomimetic FANCI (S558D, S561D and T567D)
    • 複合体: FANCD2
      • タンパク質・ペプチド: FANCD2
    • 複合体: FANCI3D
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia complementation group I
      • DNA: DNA (29-MER)
      • DNA: DNA (29-MER)
キーワードnucleic acid protein complex / DNA clamp / solenoid domains / Fanconi anemia / DNA repair / DNA damage / DNA inter strand crosslink / DNA BINDING PROTEIN / ubiquitination / ATR / pathway activation
機能・相同性
機能・相同性情報


Fanconi Anemia Pathway in DNA repair / Fanconi Anemia Pathway / homologous chromosome pairing at meiosis / double-strand break repair involved in meiotic recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / interstrand cross-link repair / DNA polymerase binding / condensed chromosome / DNA repair / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain / FANCI solenoid 4 domain / FANCI solenoid 2 domain / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 ...Fanconi anemia group I protein / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 domain / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / FANCI solenoid 3 domain / FANCI solenoid 4 domain / FANCI solenoid 2 domain / FANCI solenoid 1 cap / FANCI solenoid 1 / FANCI solenoid 2 / FANCI solenoid 3 / FANCI solenoid 4 / FANCI helical domain 1 / FANCI helical domain 2 / Fanconi anaemia protein FANCD2 / Fanconi anaemia protein FancD2 nuclease
類似検索 - ドメイン・相同性
Fanconi anemia complementation group I / Fanconi anemia complementation group D2
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å
データ登録者Passmore LA / Sijacki T / Alcon P
資金援助 英国, ドイツ, European Union, 3件
OrganizationGrant number
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_U105192715 英国
German Research Foundation (DFG)329673113 ドイツ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 692 2018European Union
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / : 2022
タイトル: The DNA-damage kinase ATR activates the FANCD2-FANCI clamp by priming it for ubiquitination.
著者: Tamara Sijacki / Pablo Alcón / Zhuo A Chen / Stephen H McLaughlin / Shabih Shakeel / Juri Rappsilber / Lori A Passmore /
要旨: DNA interstrand cross-links are tumor-inducing lesions that block DNA replication and transcription. When cross-links are detected at stalled replication forks, ATR kinase phosphorylates FANCI, which ...DNA interstrand cross-links are tumor-inducing lesions that block DNA replication and transcription. When cross-links are detected at stalled replication forks, ATR kinase phosphorylates FANCI, which stimulates monoubiquitination of the FANCD2-FANCI clamp by the Fanconi anemia core complex. Monoubiquitinated FANCD2-FANCI is locked onto DNA and recruits nucleases that mediate DNA repair. However, it remains unclear how phosphorylation activates this pathway. Here, we report structures of FANCD2-FANCI complexes containing phosphomimetic FANCI. We observe that, unlike wild-type FANCD2-FANCI, the phosphomimetic complex closes around DNA, independent of the Fanconi anemia core complex. The phosphomimetic mutations do not substantially alter DNA binding but instead destabilize the open state of FANCD2-FANCI and alter its conformational dynamics. Overall, our results demonstrate that phosphorylation primes the FANCD2-FANCI clamp for ubiquitination, showing how multiple posttranslational modifications are coordinated to control DNA repair.
履歴
登録2022年6月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年9月7日-
マップ公開2022年9月7日-
更新2024年7月24日-
現状2024年7月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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添付画像

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_15101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å
0.86 Å/pix.
x 300 pix.
= 258. Å

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0056
最小 - 最大-0.013601029 - 0.043098476
平均 (標準偏差)0.00018214856 (±0.0015498232)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 258.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_15101_msk_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: #4

ファイルemd_15101_additional_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: #3

ファイルemd_15101_additional_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: #2

ファイルemd_15101_additional_3.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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追加マップ: #1

ファイルemd_15101_additional_4.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_15101_half_map_1.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_15101_half_map_2.map
投影像・断面図
ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

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試料の構成要素

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全体 : DNA-bound FANCD2-FANCI that contains phosphomimetic FANCI (S558D,...

全体名称: DNA-bound FANCD2-FANCI that contains phosphomimetic FANCI (S558D, S561D and T567D)
要素
  • 複合体: DNA-bound FANCD2-FANCI that contains phosphomimetic FANCI (S558D, S561D and T567D)
    • 複合体: FANCD2
      • タンパク質・ペプチド: FANCD2
    • 複合体: FANCI3D
      • タンパク質・ペプチド: Fanconi anemia complementation group I
      • DNA: DNA (29-MER)
      • DNA: DNA (29-MER)

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超分子 #1: DNA-bound FANCD2-FANCI that contains phosphomimetic FANCI (S558D,...

超分子名称: DNA-bound FANCD2-FANCI that contains phosphomimetic FANCI (S558D, S561D and T567D)
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 341 KDa

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超分子 #2: FANCD2

超分子名称: FANCD2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
詳細: The consensus complex map of DNA-bound FANCD2-FANCI3D was subjected to signal subtraction of DNA and FANCI and then refined to obtain a higher resolution map of FANCD2.
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 164 KDa

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超分子 #3: FANCI3D

超分子名称: FANCI3D / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4
詳細: FANCI containing phosphomimetic mutations ((S558D, S561D and T567D). The consensus complex map of DNA-bound FANCD2-FANCI3D was subjected to signal subtraction of DNA and FANCD2 and then ...詳細: FANCI containing phosphomimetic mutations ((S558D, S561D and T567D). The consensus complex map of DNA-bound FANCD2-FANCI3D was subjected to signal subtraction of DNA and FANCD2 and then refined to obtain a higher resolution map of FANCI3D.
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 150 KDa

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分子 #1: FANCD2

分子名称: FANCD2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 164.731344 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVSKRKLSKI DAAEESSKTD LQSRCPETKR SRISDKRAPS QGGLENEGVF EELLRTSGII LKVGEGQNEI AVDQTAFQKK LRVALEKHP SYPGVVNEFI SGLESHIKDR SQFKNCLLPC TPARTEGSRT LVHSYCESLI KLLLGIKILQ PAVVTLLLEK I PEFFFDVV ...文字列:
MVSKRKLSKI DAAEESSKTD LQSRCPETKR SRISDKRAPS QGGLENEGVF EELLRTSGII LKVGEGQNEI AVDQTAFQKK LRVALEKHP SYPGVVNEFI SGLESHIKDR SQFKNCLLPC TPARTEGSRT LVHSYCESLI KLLLGIKILQ PAVVTLLLEK I PEFFFDVV GTFGTNFPRL IVNQFKWLDG LLDSQDLVKK LMQMLSVSPV PIQHDIITSL PEILEDSQQN EVARELSCLL KQ GRRLTVP ILDALSRLDL DAELLAKVRQ SAMTIVPSVK LEDLPVVIKF ILHNVKAADA VEVISDLRKS LDLSSCVLPL QLL GSQRKL KSQAQASSSM SQVTTSQNCV KLLFDVIKLA VRFQKDVSEA WIKAIENSTS VSDHKVLDLI VLLLIHSTNS KNRK QTEKV LRSKIRLGCM PEQLMQNAFQ NHSMVIKDFF PSILSLAQTF LHSAHPAVVS FGSCMYKQAF AVFDSYCQQE VVCAL VTHV CSGNETELDI SLDVLTDLVI LHPSLLLRYA TFVKTILDSM QKLNPCQIRK LFYILSTLAF SQRQEGSYIQ DDMHMV IRK WLSSSVPNHK QMGIIGAVTM MGSVALKRNE ADGGLLERPE LSIECDGQLS TLLDLVGFCC EQTPEVLALY YDELANL IE KQKGNLDLQL LDKFGKSLVE DFPNDFVVDL SPTVDGSFLF PVKSLYNLDE DETQGAIAIN LLPLVSQSEP GRVADEMS N SRKRVVSPIC LSPCFRLLRL YTGEQNNGSL EEIDALLGCP LYLTDLEVEG KLDSLSKQER EFLCSLLFYA LNWFREVVN AFCQQQDAEM KGKVLTRLQN ITELQNVLGK CLAATPGYVP PPATFDSEAP EGVPSINAGG PVRKKNGKKR KSDSSKACSA ERTQADESS DGNQPDTELS ELEKSAAEKE TGNPLAQLQS YRPYFRELDL EVFSVLHCGL LTKSILDTEM HTEASEVVQL G PAELCFLL DDMCWKLEHV LTPGSTRRVP FLKERGNKDV GFSHLCQRSP KEVAVCVVKL LKPLCNHMEN MHNYFQTVIP NQ GVVDESG LNIQEYQLMS SCYHQLLLAF RLLFAWSGFS QHENSNLLRS ALQVLADRLK PGETEFLPLE ELISESFQYL LNF QASIPS FQCAFILTQV LMAISEKPMT GWKREKMASL AKQFLCQSWM KPGGDREKGS HFNSALHTLL CVYLEHTDNI LKAI EEISS VGVPELINSA KDGCSSTYPT LSRQTFPVFF RVMMAQLESS VKSIPAGKPS DSGEVQLEKL LKWNIAVRNF HILIN LVKV FDSRPVLSIC LKYGRLFVEA FLKLAMPLLD HSFKKHRDDV QSLLKTLQLS TRQLHHMCGH SKIHQDLGLT NHVPLL KKS LEQFVYRVKA MLAFNHCQEA FWVGVLKNRD LQGEEILSQA SAAPEEDSAE GSEEDTEDSA AEEPDGTDSD SGGAGRL EV LFQGPWSHPQ FEKGSAGSAA GSGAGWSHPQ FEK

UniProtKB: Fanconi anemia complementation group D2

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分子 #2: Fanconi anemia complementation group I

分子名称: Fanconi anemia complementation group I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Gallus gallus (ニワトリ)
分子量理論値: 150.357156 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAQRILQLAA EGSPERLQEA LQGLTEGELG DMVTRQALRG RETAALLKGI FKGSPCSQQS GVLRRLQVYK HCVSLVESGD LHVGKVSEI IGLLMLEARQ LPGHALAELA TLFVEVIKRG SLSNGKSLEL FSTVLTALSN SKESLAYGKG ELNGEEFKKQ L INTLCSSK ...文字列:
MAQRILQLAA EGSPERLQEA LQGLTEGELG DMVTRQALRG RETAALLKGI FKGSPCSQQS GVLRRLQVYK HCVSLVESGD LHVGKVSEI IGLLMLEARQ LPGHALAELA TLFVEVIKRG SLSNGKSLEL FSTVLTALSN SKESLAYGKG ELNGEEFKKQ L INTLCSSK WDPQCVIHLA NMFRDIPLSG EELQFVVEKV LRMFSKLDLQ EIPPLVYQLL LLSAKGSKKT VLEGIISFFN QL DKRQKEE QRVPQSADLE VATVPLDQLR HVEGTVILHI VSAINLDQDI GEELIKHLKT EQQKDPGKAL CPFSVSLLLS TAV KHRLQE QIFDFLKTSI TRSCKDLQIL QASKFLQDLC PQQYDVTAVI LEVVKNSAFG WDHVTQGLVD LGFSLMESYE PKKS FGGKA AETNLGLSKM PAQQACKLGA SILLETFKVH EPIRSDILEQ VLNRVLTKAA SPVSHFIDLL SNIVVSAPLV LQNSS SRVT ETFDNLSFLP IDTVQGLLRA VQPLLKVSMS VRDSLILVLQ KAIFSRQLDA RKAAVAGFLL LLRNFKILGS LTSDQC DQA IGADQVQADV HACYNSAANE AFCLEILGSL RRCLSQQADV RLMLYEGFYD VLRRNSQLAS SIMETLLSQI KQYYLPQ QD LLPPLKLEGC IMAQGDQIFL QEPLAHLLCC IQHCLAWYKS TVHLCKGAED EEEEEDVGFE QNFEEMLESV TRRMIKSE L EDFELDKSAD FSPSSGVGVK NNIYAIQVMG ICEVLIEYNF KIGNFSKNKF EDVLGLFTCY NKLSEILKEK AGKNKSTLG NRIARSFLSM GFVSTLLTAL FRDNAQSHEE SLAVLRSSTE FMRYAVSVAL QKVQQLEEMG QTDGPDGQNP EKMFQNLCKI TRVLLWRYT SIPTAVEESG KKKGKSISLL CLEGLLRIFN TMQQLYAARI PQFLQALDIT DGDAEEADIN VTEKAAFQIR Q FQRSLVNQ LSSAEDDFNS KETQLLITIL STLSKLLDPG SQQFLQFLTW TVKICKENAL EDLSCCKGLL TLLFSLHVLY KS PVSLLRE LAQDIHACLG DIDQDVEIES RSHFAIVNVK TAAPTVCLLV LGQADKVLEE VDWLIKRLTI LGSDTSEDST QAS NQTQAL EKGVILQLGT LLTVFHELVQ TALPAGSCVD SLLRSLSKTY AILTSLIKHY IQACRSTSNT VPGRLEKLVK LSGS HLTPQ CYSFITYVQN IHSESLSFAE EKKKKKKEDE TAVVSTVMAK VLRDTKPIPN LIFAIEQYEK FLIHLSKKSK VNLMQ YMKL STSRDFRINA SMLDSVLQEQ NTEDAENEPD NNQSGTAEQP DENQEPQKKR RRKKHHHHHH

UniProtKB: Fanconi anemia complementation group I

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分子 #3: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.554697 KDa
配列文字列:
(DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT) (DG)(DG)(DC)(DC)

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分子 #4: DNA (29-MER)

分子名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 13.541715 KDa
配列文字列:
(DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT) (DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) (DT) (DC)(DG)(DA)(DT)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMC8H18N2O4SHEPES
1.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil R0.6/1 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 45 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14842 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1356378
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initial model generated in RELION3.1
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.53 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 197436
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

chain_id: A, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

chain_id: B, source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
詳細For dsDNA (chain S and T)an ideal B form DNA was generated and fitted into the density using the same softwares used to fit FANCD2 and FANCI chains (chain A and B) into the corresponding density.
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8a2q:
Structure of the DNA-bound FANCD2-FANCI complex containing phosphomimetic FANCI

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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