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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15101 | ||||||||||||
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タイトル | Structure of the DNA-bound FANCD2-FANCI complex containing phosphomimetic FANCI | ||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||
試料 |
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キーワード | nucleic acid protein complex / DNA clamp / solenoid domains / Fanconi anemia / DNA repair / DNA damage / DNA inter strand crosslink / DNA BINDING PROTEIN / ubiquitination / ATR / pathway activation | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Fanconi Anemia Pathway in DNA repair / Fanconi Anemia Pathway / homologous chromosome pairing at meiosis / double-strand break repair involved in meiotic recombination / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / interstrand cross-link repair / DNA polymerase binding / condensed chromosome / DNA repair / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Gallus gallus (ニワトリ) / synthetic construct (人工物) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.53 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Passmore LA / Sijacki T / Alcon P | ||||||||||||
資金援助 | 英国, ドイツ, European Union, 3件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: The DNA-damage kinase ATR activates the FANCD2-FANCI clamp by priming it for ubiquitination. 著者: Tamara Sijacki / Pablo Alcón / Zhuo A Chen / Stephen H McLaughlin / Shabih Shakeel / Juri Rappsilber / Lori A Passmore / 要旨: DNA interstrand cross-links are tumor-inducing lesions that block DNA replication and transcription. When cross-links are detected at stalled replication forks, ATR kinase phosphorylates FANCI, which ...DNA interstrand cross-links are tumor-inducing lesions that block DNA replication and transcription. When cross-links are detected at stalled replication forks, ATR kinase phosphorylates FANCI, which stimulates monoubiquitination of the FANCD2-FANCI clamp by the Fanconi anemia core complex. Monoubiquitinated FANCD2-FANCI is locked onto DNA and recruits nucleases that mediate DNA repair. However, it remains unclear how phosphorylation activates this pathway. Here, we report structures of FANCD2-FANCI complexes containing phosphomimetic FANCI. We observe that, unlike wild-type FANCD2-FANCI, the phosphomimetic complex closes around DNA, independent of the Fanconi anemia core complex. The phosphomimetic mutations do not substantially alter DNA binding but instead destabilize the open state of FANCD2-FANCI and alter its conformational dynamics. Overall, our results demonstrate that phosphorylation primes the FANCD2-FANCI clamp for ubiquitination, showing how multiple posttranslational modifications are coordinated to control DNA repair. | ||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15101.map.gz | 80.6 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15101-v30.xml emd-15101.xml | 34.8 KB 34.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15101_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15101.png | 84.8 KB | ||
マスクデータ | emd_15101_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-15101.cif.gz | 8.8 KB | ||
その他 | emd_15101_additional_1.map.gz emd_15101_additional_2.map.gz emd_15101_additional_3.map.gz emd_15101_additional_4.map.gz emd_15101_half_map_1.map.gz emd_15101_half_map_2.map.gz | 96.2 MB 95.9 MB 96 MB 83.5 MB 80.8 MB 80.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15101 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15101 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_15101_validation.pdf.gz | 901.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_15101_full_validation.pdf.gz | 901.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_15101_validation.xml.gz | 17.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_15101_validation.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15101 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-15101 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8a2qMC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15101.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_15101_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #4
ファイル | emd_15101_additional_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #3
ファイル | emd_15101_additional_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #2
ファイル | emd_15101_additional_3.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: #1
ファイル | emd_15101_additional_4.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15101_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15101_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : DNA-bound FANCD2-FANCI that contains phosphomimetic FANCI (S558D,...
全体 | 名称: DNA-bound FANCD2-FANCI that contains phosphomimetic FANCI (S558D, S561D and T567D) |
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要素 |
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-超分子 #1: DNA-bound FANCD2-FANCI that contains phosphomimetic FANCI (S558D,...
超分子 | 名称: DNA-bound FANCD2-FANCI that contains phosphomimetic FANCI (S558D, S561D and T567D) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 341 KDa |
-超分子 #2: FANCD2
超分子 | 名称: FANCD2 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 詳細: The consensus complex map of DNA-bound FANCD2-FANCI3D was subjected to signal subtraction of DNA and FANCI and then refined to obtain a higher resolution map of FANCD2. |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 164 KDa |
-超分子 #3: FANCI3D
超分子 | 名称: FANCI3D / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#4 詳細: FANCI containing phosphomimetic mutations ((S558D, S561D and T567D). The consensus complex map of DNA-bound FANCD2-FANCI3D was subjected to signal subtraction of DNA and FANCD2 and then ...詳細: FANCI containing phosphomimetic mutations ((S558D, S561D and T567D). The consensus complex map of DNA-bound FANCD2-FANCI3D was subjected to signal subtraction of DNA and FANCD2 and then refined to obtain a higher resolution map of FANCI3D. |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: FANCD2
分子 | 名称: FANCD2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 164.731344 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MVSKRKLSKI DAAEESSKTD LQSRCPETKR SRISDKRAPS QGGLENEGVF EELLRTSGII LKVGEGQNEI AVDQTAFQKK LRVALEKHP SYPGVVNEFI SGLESHIKDR SQFKNCLLPC TPARTEGSRT LVHSYCESLI KLLLGIKILQ PAVVTLLLEK I PEFFFDVV ...文字列: MVSKRKLSKI DAAEESSKTD LQSRCPETKR SRISDKRAPS QGGLENEGVF EELLRTSGII LKVGEGQNEI AVDQTAFQKK LRVALEKHP SYPGVVNEFI SGLESHIKDR SQFKNCLLPC TPARTEGSRT LVHSYCESLI KLLLGIKILQ PAVVTLLLEK I PEFFFDVV GTFGTNFPRL IVNQFKWLDG LLDSQDLVKK LMQMLSVSPV PIQHDIITSL PEILEDSQQN EVARELSCLL KQ GRRLTVP ILDALSRLDL DAELLAKVRQ SAMTIVPSVK LEDLPVVIKF ILHNVKAADA VEVISDLRKS LDLSSCVLPL QLL GSQRKL KSQAQASSSM SQVTTSQNCV KLLFDVIKLA VRFQKDVSEA WIKAIENSTS VSDHKVLDLI VLLLIHSTNS KNRK QTEKV LRSKIRLGCM PEQLMQNAFQ NHSMVIKDFF PSILSLAQTF LHSAHPAVVS FGSCMYKQAF AVFDSYCQQE VVCAL VTHV CSGNETELDI SLDVLTDLVI LHPSLLLRYA TFVKTILDSM QKLNPCQIRK LFYILSTLAF SQRQEGSYIQ DDMHMV IRK WLSSSVPNHK QMGIIGAVTM MGSVALKRNE ADGGLLERPE LSIECDGQLS TLLDLVGFCC EQTPEVLALY YDELANL IE KQKGNLDLQL LDKFGKSLVE DFPNDFVVDL SPTVDGSFLF PVKSLYNLDE DETQGAIAIN LLPLVSQSEP GRVADEMS N SRKRVVSPIC LSPCFRLLRL YTGEQNNGSL EEIDALLGCP LYLTDLEVEG KLDSLSKQER EFLCSLLFYA LNWFREVVN AFCQQQDAEM KGKVLTRLQN ITELQNVLGK CLAATPGYVP PPATFDSEAP EGVPSINAGG PVRKKNGKKR KSDSSKACSA ERTQADESS DGNQPDTELS ELEKSAAEKE TGNPLAQLQS YRPYFRELDL EVFSVLHCGL LTKSILDTEM HTEASEVVQL G PAELCFLL DDMCWKLEHV LTPGSTRRVP FLKERGNKDV GFSHLCQRSP KEVAVCVVKL LKPLCNHMEN MHNYFQTVIP NQ GVVDESG LNIQEYQLMS SCYHQLLLAF RLLFAWSGFS QHENSNLLRS ALQVLADRLK PGETEFLPLE ELISESFQYL LNF QASIPS FQCAFILTQV LMAISEKPMT GWKREKMASL AKQFLCQSWM KPGGDREKGS HFNSALHTLL CVYLEHTDNI LKAI EEISS VGVPELINSA KDGCSSTYPT LSRQTFPVFF RVMMAQLESS VKSIPAGKPS DSGEVQLEKL LKWNIAVRNF HILIN LVKV FDSRPVLSIC LKYGRLFVEA FLKLAMPLLD HSFKKHRDDV QSLLKTLQLS TRQLHHMCGH SKIHQDLGLT NHVPLL KKS LEQFVYRVKA MLAFNHCQEA FWVGVLKNRD LQGEEILSQA SAAPEEDSAE GSEEDTEDSA AEEPDGTDSD SGGAGRL EV LFQGPWSHPQ FEKGSAGSAA GSGAGWSHPQ FEK UniProtKB: Fanconi anemia complementation group D2 |
-分子 #2: Fanconi anemia complementation group I
分子 | 名称: Fanconi anemia complementation group I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Gallus gallus (ニワトリ) |
分子量 | 理論値: 150.357156 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAQRILQLAA EGSPERLQEA LQGLTEGELG DMVTRQALRG RETAALLKGI FKGSPCSQQS GVLRRLQVYK HCVSLVESGD LHVGKVSEI IGLLMLEARQ LPGHALAELA TLFVEVIKRG SLSNGKSLEL FSTVLTALSN SKESLAYGKG ELNGEEFKKQ L INTLCSSK ...文字列: MAQRILQLAA EGSPERLQEA LQGLTEGELG DMVTRQALRG RETAALLKGI FKGSPCSQQS GVLRRLQVYK HCVSLVESGD LHVGKVSEI IGLLMLEARQ LPGHALAELA TLFVEVIKRG SLSNGKSLEL FSTVLTALSN SKESLAYGKG ELNGEEFKKQ L INTLCSSK WDPQCVIHLA NMFRDIPLSG EELQFVVEKV LRMFSKLDLQ EIPPLVYQLL LLSAKGSKKT VLEGIISFFN QL DKRQKEE QRVPQSADLE VATVPLDQLR HVEGTVILHI VSAINLDQDI GEELIKHLKT EQQKDPGKAL CPFSVSLLLS TAV KHRLQE QIFDFLKTSI TRSCKDLQIL QASKFLQDLC PQQYDVTAVI LEVVKNSAFG WDHVTQGLVD LGFSLMESYE PKKS FGGKA AETNLGLSKM PAQQACKLGA SILLETFKVH EPIRSDILEQ VLNRVLTKAA SPVSHFIDLL SNIVVSAPLV LQNSS SRVT ETFDNLSFLP IDTVQGLLRA VQPLLKVSMS VRDSLILVLQ KAIFSRQLDA RKAAVAGFLL LLRNFKILGS LTSDQC DQA IGADQVQADV HACYNSAANE AFCLEILGSL RRCLSQQADV RLMLYEGFYD VLRRNSQLAS SIMETLLSQI KQYYLPQ QD LLPPLKLEGC IMAQGDQIFL QEPLAHLLCC IQHCLAWYKS TVHLCKGAED EEEEEDVGFE QNFEEMLESV TRRMIKSE L EDFELDKSAD FSPSSGVGVK NNIYAIQVMG ICEVLIEYNF KIGNFSKNKF EDVLGLFTCY NKLSEILKEK AGKNKSTLG NRIARSFLSM GFVSTLLTAL FRDNAQSHEE SLAVLRSSTE FMRYAVSVAL QKVQQLEEMG QTDGPDGQNP EKMFQNLCKI TRVLLWRYT SIPTAVEESG KKKGKSISLL CLEGLLRIFN TMQQLYAARI PQFLQALDIT DGDAEEADIN VTEKAAFQIR Q FQRSLVNQ LSSAEDDFNS KETQLLITIL STLSKLLDPG SQQFLQFLTW TVKICKENAL EDLSCCKGLL TLLFSLHVLY KS PVSLLRE LAQDIHACLG DIDQDVEIES RSHFAIVNVK TAAPTVCLLV LGQADKVLEE VDWLIKRLTI LGSDTSEDST QAS NQTQAL EKGVILQLGT LLTVFHELVQ TALPAGSCVD SLLRSLSKTY AILTSLIKHY IQACRSTSNT VPGRLEKLVK LSGS HLTPQ CYSFITYVQN IHSESLSFAE EKKKKKKEDE TAVVSTVMAK VLRDTKPIPN LIFAIEQYEK FLIHLSKKSK VNLMQ YMKL STSRDFRINA SMLDSVLQEQ NTEDAENEPD NNQSGTAEQP DENQEPQKKR RRKKHHHHHH UniProtKB: Fanconi anemia complementation group I |
-分子 #3: DNA (29-MER)
分子 | 名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 13.554697 KDa |
配列 | 文字列: (DA)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC)(DT) (DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT) (DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DT) (DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DG)(DT)(DA)(DA) (DT) (DG)(DG)(DC)(DC) |
-分子 #4: DNA (29-MER)
分子 | 名称: DNA (29-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 13.541715 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DA)(DC)(DA) (DG)(DA)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT) (DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DG)(DA)(DC)(DA) (DT) (DC)(DG)(DA)(DT) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R0.6/1 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 45 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14842 / 平均露光時間: 1.5 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル |
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詳細 | For dsDNA (chain S and T)an ideal B form DNA was generated and fitted into the density using the same softwares used to fit FANCD2 and FANCI chains (chain A and B) into the corresponding density. | ||||||
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER | ||||||
得られたモデル | PDB-8a2q: |