+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14881 | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS (composite structure) | ||||||||||||
マップデータ | Composite map | ||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||
キーワード | DNA repair / complex / ATPase / coiled-coils / HYDROLASE | ||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / Mre11 complex / meiotic DNA double-strand break formation / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / G-quadruplex DNA binding / double-stranded telomeric DNA binding / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / telomere maintenance via recombination / single-stranded telomeric DNA binding ...mitochondrial double-strand break repair via homologous recombination / Mre11 complex / meiotic DNA double-strand break formation / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / 加水分解酵素; 酸無水物に作用 / G-quadruplex DNA binding / double-stranded telomeric DNA binding / single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / telomere maintenance via recombination / single-stranded telomeric DNA binding / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / DNA duplex unwinding / 3'-5'-DNA exonuclease activity / mitotic G2 DNA damage checkpoint signaling / telomere maintenance via telomerase / condensed nuclear chromosome / telomere maintenance / guanyl-nucleotide exchange factor activity / double-strand break repair via homologous recombination / double-strand break repair via nonhomologous end joining / double-strand break repair / double-stranded DNA binding / manganese ion binding / site of double-strand break / chromosome, telomeric region / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / ATP hydrolysis activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||
生物種 | Chaetomium thermophilum (菌類) / Thermochaetoides thermophila (菌類) | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | ||||||||||||
データ登録者 | Rotheneder M / Stakyte K / Bartho JD / Lammens K / Hopfner KP | ||||||||||||
資金援助 | ドイツ, 3件
| ||||||||||||
引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the Mre11-Rad50-Nbs1 complex reveals the molecular mechanism of scaffolding functions. 著者: Matthias Rotheneder / Kristina Stakyte / Erik van de Logt / Joseph D Bartho / Katja Lammens / Yilan Fan / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Christophe Jung / Wynand P Roos / Barbara ...著者: Matthias Rotheneder / Kristina Stakyte / Erik van de Logt / Joseph D Bartho / Katja Lammens / Yilan Fan / Aaron Alt / Brigitte Kessler / Christophe Jung / Wynand P Roos / Barbara Steigenberger / Karl-Peter Hopfner / 要旨: The DNA double-strand break repair complex Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) detects and nucleolytically processes DNA ends, activates the ATM kinase, and tethers DNA at break sites. How MRN can act both as ...The DNA double-strand break repair complex Mre11-Rad50-Nbs1 (MRN) detects and nucleolytically processes DNA ends, activates the ATM kinase, and tethers DNA at break sites. How MRN can act both as nuclease and scaffold protein is not well understood. The cryo-EM structure of MRN from Chaetomium thermophilum reveals a 2:2:1 complex with a single Nbs1 wrapping around the autoinhibited Mre11 nuclease dimer. MRN has two DNA-binding modes, one ATP-dependent mode for loading onto DNA ends and one ATP-independent mode through Mre11's C terminus, suggesting how it may interact with DSBs and intact DNA. MRNs two 60-nm-long coiled-coil domains form a linear rod structure, the apex of which is assembled by the two joined zinc-hook motifs. Apices from two MRN complexes can further dimerize, forming 120-nm spanning MRN-MRN structures. Our results illustrate the architecture of MRN and suggest how it mechanistically integrates catalytic and tethering functions. | ||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14881.map.gz | 230 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-14881-v30.xml emd-14881.xml | 19.1 KB 19.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_14881.png | 30 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14881.cif.gz | 8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14881 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14881 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14881_validation.pdf.gz | 275.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_14881_full_validation.pdf.gz | 275.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14881_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14881_validation.cif.gz | 7.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14881 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14881 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7zr1MC 7zqyC 8bahC C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14881.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Composite map | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.03328 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS
全体 | 名称: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS
超分子 | 名称: Chaetomium thermophilum Mre11-Rad50-Nbs1 complex bound to ATPyS タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Chaetomium thermophilum (菌類) |
-分子 #1: Double-strand break repair protein
分子 | 名称: Double-strand break repair protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 83.036273 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MPQTAGPDTI RILVSTDNHV GYEERDPIRK DDSWRTFDEI MQLARTKDVD MVLLGGDLFH DNKPSRKAMY QVMRSLRKNC LGMKPCELE FLSDPAEVFE GAFPHVNYYD PDINVSIPVF SIHGNHDDPS GDGHLCSLDL LQVAGLVNYF GRVPEADNIH V KPILLQKG ...文字列: MPQTAGPDTI RILVSTDNHV GYEERDPIRK DDSWRTFDEI MQLARTKDVD MVLLGGDLFH DNKPSRKAMY QVMRSLRKNC LGMKPCELE FLSDPAEVFE GAFPHVNYYD PDINVSIPVF SIHGNHDDPS GDGHLCSLDL LQVAGLVNYF GRVPEADNIH V KPILLQKG KTKLALYGMS NVRDERIHRT FRDNKVRFYR PSQQTGDWFN LLTLHQNHYA HTPTGYLSEN MLPDFLDLVI WG HEHECLI DPKKNPETGF HVMQPGSSIA TSLVPGEAVP KHIAILSITG KSFEVEKIPL RTVRPFVIRE ITLATDKRFK GLE KKQDNR QEVTKRLMQI VEEMIAEANE MWRSLHEDSQ DDEDEEQPLP LIRLKVEYSS PEGTKFEVEN PQRFSNRFAG KVAN QNDVV HFYRKKTGTT RKPKEGKREL PEGIAEALED SDSISVDALV QEFFAQQSLK ILPQAPFGDA VNQFVSKDDK HAVEM FVMD SLSSQVRGLL QLDDDKINEG LDSHIEDFRK VMEKNFLSGQ QKQAQRRRRF KEKPEGWDSD LNGHWTLQPE AIEELS SSP EPAKEGGRVR PASRITVGDE DNLFEEEEFV QKTTAKRAPT TRATRKTAAA TRATTATKAS APAKKSIAAP RGRKRAN PF QDSAEEEEDV IMDDDDDYKP APPVKAPPPK PARETQTRGA PKTRQTTLNF SQAERPTRTT QKAIEISDDE ISEDDAFE S MPARKSKRY UniProtKB: Double-strand break repair protein MRE11 |
-分子 #2: DH domain-containing protein
分子 | 名称: DH domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 152.229906 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MSKIEKLSIL GVRSFGPHHP ETIAFNTPLT LIVGYNGSGK TTVIECLKYA TTGELPPNST RNGAFIHDPD LVGEKEVRAQ VKLSFRSTI GESYVVTRNI QLLVQRNNKR TQKTLEGSLL LRNNGERTVI STRVAELDKL VSEKLGVPPA ILDAVIFCHQ D DSLWPMSE ...文字列: MSKIEKLSIL GVRSFGPHHP ETIAFNTPLT LIVGYNGSGK TTVIECLKYA TTGELPPNST RNGAFIHDPD LVGEKEVRAQ VKLSFRSTI GESYVVTRNI QLLVQRNNKR TQKTLEGSLL LRNNGERTVI STRVAELDKL VSEKLGVPPA ILDAVIFCHQ D DSLWPMSE PAALKKRFDE IFEAQKYTKV IENIRLLKKK KGDELKILKE REVQDKANKE RAEKVDRLMA QLTREILEAR EK CNELSKQ MEEESAKIKD KYEQANSFLK IMNDLQTKTE KLEYKKDAIV ELRSRIEELP DPDEVLRNTL DEYEQTINRI VAD RDHKAA QFHDLQAELK SARDQHTAKA AEQGKHQSDK EKYERQLVAR ERMIREAAER HEIRGYNGDL DDRRIAIFNE RIQK ILNDK RRELERLQRE NQEELDRKTA VIAERESRKQ SVIRDRKAAK DRIISLGKDM ASIQGELSSI DIDEGTEEML RAEMK ELQA RIEAAKADEQ NANLDAQIKE VNEEIWKLES LSAKLARELV ECTRLASERA QLDLRRKQLA ERKRELEIMT NTWNEQ FST LLGEGWRPET LERDFSDVLK QQQLLVGEHR KKKDATQQEL KQAEYQLSNA RNLHNKLTNE MEACMRAVQT AMKEARD LD SAPPVDEYIT MLETDEKELA EVETALKLYD ELKKHYSTIK DRALRFNKCY ICDRDFTNQE AAKTRLLEKV AKRLGDEE K KELLEDQAAF MKSLDILRAV RVKYDTYQRL SSELPQLSRE IDSETNRRED LVRRLEDQDL AFREADNKLQ EMETLNKHV MKITQLLKDI SDAEKQVERS QQLSNIETRS ADEINEEQTT CAEQTRAAQA KLTKLTAEKQ RLKDLVRQLE VERLQLENKI SSAVQQLER KKRLQESIAR HKEDQNQARN AVQEADEELE RLEPEIAGAR AALDEARQAC RAKEQKVAAE RDAIAQTVSE L NMINSEIQ EYLDRGGPSS LAANQRAIAN LETQMANLEG EMRELTVQIN KLNKEIDNSD AKKRNIADNL TYRKNLREKD AL EREIAEL EARNAQEDYD RLIKEAHYLE AHRSKLNADR ERLMGMMSTK DEEFRRLNEE YELDLKDAKA KYKETHIKVE TTK AAIEDL GRGMAAVDHA IMQYHSKMME QINRTIAELW QSTYQGTDID TIQIRSDVES TTSSDSGTRR NYNYRVSMVK GDTE MDMRG RCSAGQKVLA SIIIRLALAE SFCANCGLIA LDEPTTNLDS DNIRSLAESL HGIIKARQAQ GNLQLIVITH DEEFL KYMQ CSDFCDDFYR VKRDEKQNSV IVRESITRIT E UniProtKB: DNA repair protein RAD50 |
-分子 #3: FHA domain-containing protein
分子 | 名称: FHA domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類) / 株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 |
分子量 | 理論値: 105.980812 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MWILESELFD GKRLWLRPGK TYLFGRTVAE AGQLTISDKT VSRKHLTIHI DNVPEGGGRN LRSRSNVIVE DLESKKGTLV NGVQIRGQK TTLTEDVNEI KLGLCPKTLK IRWHPIVLSF SFTSKELRAD PWTNLRDSLE QLDIKYSAEY EPTTTHVVSK K RNTSKGLQ ...文字列: MWILESELFD GKRLWLRPGK TYLFGRTVAE AGQLTISDKT VSRKHLTIHI DNVPEGGGRN LRSRSNVIVE DLESKKGTLV NGVQIRGQK TTLTEDVNEI KLGLCPKTLK IRWHPIVLSF SFTSKELRAD PWTNLRDSLE QLDIKYSAEY EPTTTHVVSK K RNTSKGLQ ALINGRYIVT DSFINAIVQA TEIPEGEEGA SSALEQDFEA NWPNPLDHLP PRGEEPGNHT TETYAPDARR QE VFDGYTF IFYEKKQYDN LFPAISAGKG KALLKEVVPN RTRVDEFVRY VKSVAGEKGL GSFEDGSEGK GVVVVRYTPK GED SAWYAE FFTKFAQQLD HRPIDQKEFL EAILACDASM LRRPLEAMSQ PVSVSASVEP QSSEKVRPAV EDRKEVEQSA PKQL QPSAE VPATEESAPA PHRRERRTGR SRFKGFDFDD DDIIIETPQA QSSTQVPALP QVPSASQDSL FVSQREPSLA PSEPM LEEE APCNTRTTRQ THRKRVLSPL PEHDNSALLD EIAPITAAVK RRRIEAGQDP VPPLPEPEPE REDEDVEMVE ESPPRK GKK GAATTAKGKG KKIKQEDEEN VLELARRRRE EAEAAAAAER QRLAQLGDDD IDYAAIRRLH IIEEIEVRQP EPHGPNR TR EQDIADGRWD PRWNGRKNFK RFRRQGETGV RMPVQSVIVP LEEVRTKEYG IGDDYWLEDE EGRVPRRPKE TQTQERST I GSVRDGSGFA AAAASGKGKE KDKENEKEVG RPGSSAAAAK QRSKPAPRRT VLTLDSSDED EDEPSPHAPG IDTISDSEP EVVSSFPSVI PASEPSRSRA AKAAERANAL RSSAHSSQSQ TQQHRESQLS TGSSKIQLTL APGSSSLSFS RSGTAAGRNE NGKRPFGSF VSGESTASGR GMSVESGSVR GESASKRQKQ GSSGGGSFLA TRRKDDGSEE ESEDDELKFR FGRRR UniProtKB: FHA domain-containing protein |
-分子 #4: MANGANESE (II) ION
分子 | 名称: MANGANESE (II) ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: MN |
---|---|
分子量 | 理論値: 54.938 Da |
-分子 #5: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #6: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER
分子 | 名称: PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: AGS |
---|---|
分子量 | 理論値: 523.247 Da |
Chemical component information | ChemComp-AGS: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.27 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.6 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 43.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: NONE |
---|---|
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 288443 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |