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- EMDB-14849: Nup93 in complex with 5-Nup93 inhibitory NB and 15-Nup93 tracking NB -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14849
タイトルNup93 in complex with 5-Nup93 inhibitory NB and 15-Nup93 tracking NB
マップデータNup93 in complex with inhibitory Nanobody
試料
  • 複合体: Nup93 in complex with 5-Nup93 inhibitory NB and 15-Nup93 tracking NB
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein Nup93
    • タンパク質・ペプチド: xhNup93-Nb4i
    • タンパク質・ペプチド: xNup93-Nb2t
キーワードNUP93 / Nuclearporin / inhibitory NB / tracking NB / NUCLEAR PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


nuclear pore complex assembly / structural constituent of nuclear pore / mRNA transport / nuclear pore / nuclear periphery / protein transport / nuclear membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin interacting component Nup93/Nic96 / Nup93/Nic96
類似検索 - ドメイン・相同性
Nuclear pore complex protein Nup93
類似検索 - 構成要素
生物種Xenopus laevis, Vicugna pacos / Xenopus laevis (アフリカツメガエル) / Vicugna pacos (アルパカ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Fu Z / Guttler T / Colom MS
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: A checkpoint function for Nup98 in nuclear pore formation suggested by novel inhibitory nanobodies.
著者: Mireia Solà Colom / Zhenglin Fu / Philip Gunkel / Thomas Güttler / Sergei Trakhanov / Vasundara Srinivasan / Kathrin Gregor / Tino Pleiner / Dirk Görlich /
要旨: Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from ...Nuclear pore complex (NPC) biogenesis is a still enigmatic example of protein self-assembly. We now introduce several cross-reacting anti-Nup nanobodies for imaging intact nuclear pore complexes from frog to human. We also report a simplified assay that directly tracks postmitotic NPC assembly with added fluorophore-labeled anti-Nup nanobodies. During interphase, NPCs are inserted into a pre-existing nuclear envelope. Monitoring this process is challenging because newly assembled NPCs are indistinguishable from pre-existing ones. We overcame this problem by inserting Xenopus-derived NPCs into human nuclear envelopes and using frog-specific anti-Nup nanobodies for detection. We further asked whether anti-Nup nanobodies could serve as NPC assembly inhibitors. Using a selection strategy against conserved epitopes, we obtained anti-Nup93, Nup98, and Nup155 nanobodies that block Nup-Nup interfaces and arrest NPC assembly. We solved structures of nanobody-target complexes and identified roles for the Nup93 α-solenoid domain in recruiting Nup358 and the Nup214·88·62 complex, as well as for Nup155 and the Nup98 autoproteolytic domain in NPC scaffold assembly. The latter suggests a checkpoint linking pore formation to the assembly of the Nup98-dominated permeability barrier.
履歴
登録2022年4月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月8日-
マップ公開2023年11月8日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14849.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14849.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Nup93 in complex with inhibitory Nanobody
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.504 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.504 Å		0.83 Å/pix.
x 256 pix.
= 213.504 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.834 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.01
最小 - 最大-0.034531042 - 0.05808816
平均 (標準偏差)0.00013910343 (±0.0015824556)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 213.504 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map of Nup93 in complex with inhibitory Nanobody

ファイルemd_14849_half_map_1.map
注釈half map of Nup93 in complex with inhibitory Nanobody
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map of Nup93 in complex with inhibitory Nanobody

ファイルemd_14849_half_map_2.map
注釈half map of Nup93 in complex with inhibitory Nanobody
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nup93 in complex with 5-Nup93 inhibitory NB and 15-Nup93 tracking NB

全体名称: Nup93 in complex with 5-Nup93 inhibitory NB and 15-Nup93 tracking NB
要素
  • 複合体: Nup93 in complex with 5-Nup93 inhibitory NB and 15-Nup93 tracking NB
    • タンパク質・ペプチド: Nuclear pore complex protein Nup93
    • タンパク質・ペプチド: xhNup93-Nb4i
    • タンパク質・ペプチド: xNup93-Nb2t

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超分子 #1: Nup93 in complex with 5-Nup93 inhibitory NB and 15-Nup93 tracking NB

超分子名称: Nup93 in complex with 5-Nup93 inhibitory NB and 15-Nup93 tracking NB
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Xenopus laevis, Vicugna pacos
分子量理論値: 100 KDa

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分子 #1: Nuclear pore complex protein Nup93

分子名称: Nuclear pore complex protein Nup93 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Xenopus laevis Nup93(residues 168-820) / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
分子量理論値: 74.782289 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SESGAPGRSS LDNVEMAYAR QMYMYNEKVV SGHLQPSLVD LCTEAAERLD DKNVSDLWVM VKQMTDVPLI PASDTLKSRC SGQMQMAFV RQALNYLEQS YKNYTLISVF ANLQQAQLGG VPGTYNLVRS FLNIRLPTPI PGLQDGEIEG YPVWALIYYC M RCGDLMAA ...文字列:
SESGAPGRSS LDNVEMAYAR QMYMYNEKVV SGHLQPSLVD LCTEAAERLD DKNVSDLWVM VKQMTDVPLI PASDTLKSRC SGQMQMAFV RQALNYLEQS YKNYTLISVF ANLQQAQLGG VPGTYNLVRS FLNIRLPTPI PGLQDGEIEG YPVWALIYYC M RCGDLMAA QQVVNRAQHQ LGDFKNCFQE YIHNKDRRLS PTTENKLRLH YRRAVRASTD PYKRAVYCII GRCDVSDNHS EV ADKTEDY LWLKLSQVCF EDEANSSPQD RLTLPQFQKQ LFEDYGESHF AVNQQPYLYF QVLFLTAQFE AAIAFLFRLE RTR CHAVHV ALALFELKLL LKSTGQSAQL LSQEPGEPQG VRRLNFIRLL MLYTRKFEPT DPREALQYFY FLRNEKDNQG ESMF LRCVS ELVIESREFD MLLGKLEKDG SRKPGAIDKF TRDTKTIINK VASVAENKGL FEEAAKLYDL AKNPDKVLEL TNKLL SPVV SQISAPQSNR ERLKNMALAI AERYKSQGVS AEKSINSTFY LLLDLITFFD EYHAGHIDLS FDVIERLKLV PLSQDS VEE RVAAFRNFSD EIRHNLSEIL LATMNILFTQ YKRLKGSGPT TLGRPQRVQE DKDSVLRSQA RALITFAGMI PYRMSGD TN ARLVQMEVLM N

UniProtKB: Nuclear pore complex protein Nup93

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分子 #2: xhNup93-Nb4i

分子名称: xhNup93-Nb4i / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: 5-Nup93 inhibitory NB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 13.811384 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GQVQLVESGG GVVQTGDSLM LSCTVSGHTI DNWAMGWFRQ TPRKQREFVA AIDKRGTGAI YGNSVKGRFT VSRDNAKNMV YLRMNSLKP EDTAVYFCAV DQLNAGLGDV SYDYDYWGQG TQVTVSS

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分子 #3: xNup93-Nb2t

分子名称: xNup93-Nb2t / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: 15-Nup93 tracking NB / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Vicugna pacos (アルパカ)
分子量理論値: 12.921641 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
GDVQLVESGG GLVQPGGSLR LSCVASGFTF SRVGMGWVRQ APGKGLEWVS DINASGGTGY ADSVKGRFAI SRDNAKNTLY LQMNRLKPE DTAVYYCAKM MDTAMIEAGI IKPAGQGTQV TVSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.0 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
50.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMTris/HCl
2.0 mMDTTDithiothreitol
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.04 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Sample volume: 2.0 microliters blotting time: 5 s blot force setting: 6.
詳細The complex was further purified by size exclusion chromatography using a HiLoad 26/60 Superdex 200 column. The purified complex was applied to a glow-discharged grid after being diluted to 1 mg/ml.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 12320 / 平均露光時間: 2.0 sec. / 平均電子線量: 54.0 e/Å2 / 詳細: Counting mode 5 images per hole( beam-image shift)
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 808840
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
詳細: the ab-initio 3D model was generated from particles from good 2D classes using RELION(version 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 202725
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 4 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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