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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-14445 | |||||||||
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タイトル | E. coli C-P lyase bound to a single PhnK ABC domain | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | protein complex / transferase / ABC / hydrolase / lyase / carbon phosphorus | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P-lyase / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P-lyase activity / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase activity / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase complex / carbon phosphorus lyase complex / organic phosphonate metabolic process / organic phosphonate transport / organic phosphonate catabolic process / peptide transport ...alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P-lyase / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P-lyase activity / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase activity / alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase complex / carbon phosphorus lyase complex / organic phosphonate metabolic process / organic phosphonate transport / organic phosphonate catabolic process / peptide transport / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / lyase activity / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.57 Å | |||||||||
データ登録者 | Amstrup SK / Sofos N | |||||||||
資金援助 | デンマーク, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: Structural remodelling of the carbon-phosphorus lyase machinery by a dual ABC ATPase. 著者: Søren K Amstrup / Sui Ching Ong / Nicholas Sofos / Jesper L Karlsen / Ragnhild B Skjerning / Thomas Boesen / Jan J Enghild / Bjarne Hove-Jensen / Ditlev E Brodersen / 要旨: In Escherichia coli, the 14-cistron phn operon encoding carbon-phosphorus lyase allows for utilisation of phosphorus from a wide range of stable phosphonate compounds containing a C-P bond. As part ...In Escherichia coli, the 14-cistron phn operon encoding carbon-phosphorus lyase allows for utilisation of phosphorus from a wide range of stable phosphonate compounds containing a C-P bond. As part of a complex, multi-step pathway, the PhnJ subunit was shown to cleave the C-P bond via a radical mechanism, however, the details of the reaction could not immediately be reconciled with the crystal structure of a 220 kDa PhnGHIJ C-P lyase core complex, leaving a significant gap in our understanding of phosphonate breakdown in bacteria. Here, we show using single-particle cryogenic electron microscopy that PhnJ mediates binding of a double dimer of the ATP-binding cassette proteins, PhnK and PhnL, to the core complex. ATP hydrolysis induces drastic structural remodelling leading to opening of the core complex and reconfiguration of a metal-binding and putative active site located at the interface between the PhnI and PhnJ subunits. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2022 タイトル: Structural remodelling of the carbon-phosphorus lyase machinery by a dual ABC ATPase 著者: Amstrup SK / Sofos N / Karlsen JL / Skjerning RB / Boesen T / Enghild JJ / Hove-Jensen B / Brodersen DE | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_14445.map.gz | 115.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-14445-v30.xml emd-14445.xml | 27.6 KB 27.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_14445_fsc.xml | 13.6 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_14445.png | 87.7 KB | ||
Filedesc metadata | emd-14445.cif.gz | 7.4 KB | ||
その他 | emd_14445_additional_1.map.gz emd_14445_half_map_1.map.gz emd_14445_half_map_2.map.gz | 6 MB 213.1 MB 213.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14445 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-14445 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_14445_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_14445_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_14445_validation.xml.gz | 22.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_14445_validation.cif.gz | 28.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14445 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-14445 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_14445.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 229.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Map filtered to local resolution
ファイル | emd_14445_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Map filtered to local resolution | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_14445_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_14445_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : E. coli C-P lyase bound to a single PhnK ABC domain
全体 | 名称: E. coli C-P lyase bound to a single PhnK ABC domain |
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要素 |
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-超分子 #1: E. coli C-P lyase bound to a single PhnK ABC domain
超分子 | 名称: E. coli C-P lyase bound to a single PhnK ABC domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5 詳細: Complex of Phn(GHIJ)2K with a single PhnK subunit bound to the PhnGHIJ core complex |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 細胞中の位置: Cytoplasm |
分子量 | 理論値: 252 KDa |
-分子 #1: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subuni...
分子 | 名称: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnG タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 16.560637 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHADTATRQH WMSVLAHSQP AELAARLNAL NITADYEVIR AAETGLVQIQ ARMGGTGERF FAGDATLTRA AVRLTDGTLG YSWVQGRDK QHAERCALID ALMQQSRHFQ NLSETLIAPL DADRMARIAA RQAEVNASRV DFFTMVRGDN A UniProtKB: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnG |
-分子 #2: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subuni...
分子 | 名称: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnH タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 21.074271 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MTLETAFMLP VQDAQHSFRR LLKAMSEPGV IVALHQLKRG WQPLNIATTS VLLTLADNDT PVWLSTPLNN DIVNQSLRFH TNAPLVSQP EQATFAVTDE AISSEQLNAL STGTAVAPEA GATLILQVAS LSGGRMLRLT GAGIAEERMI APRLPECILH E LTERPHPF ...文字列: MTLETAFMLP VQDAQHSFRR LLKAMSEPGV IVALHQLKRG WQPLNIATTS VLLTLADNDT PVWLSTPLNN DIVNQSLRFH TNAPLVSQP EQATFAVTDE AISSEQLNAL STGTAVAPEA GATLILQVAS LSGGRMLRLT GAGIAEERMI APRLPECILH E LTERPHPF PLGIDLILTC GERLLAIPRT THVEVC UniProtKB: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnH |
-分子 #3: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subuni...
分子 | 名称: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnI タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 38.922707 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MYVAVKGGEK AIDAAHALQE SRRRGDTDLP ELSVAQIEQQ LNLAVDRVMT EGGIADRELA ALALKQASGD NVEAIFLLRA YRTTLAKLA VSEPLDTTGM RLERRISAVY KDIPGGQLLG PTYDYTHRLL DFTLLANGEA PTLTTADSEQ QPSPHVFSLL A RQGLAKFE ...文字列: MYVAVKGGEK AIDAAHALQE SRRRGDTDLP ELSVAQIEQQ LNLAVDRVMT EGGIADRELA ALALKQASGD NVEAIFLLRA YRTTLAKLA VSEPLDTTGM RLERRISAVY KDIPGGQLLG PTYDYTHRLL DFTLLANGEA PTLTTADSEQ QPSPHVFSLL A RQGLAKFE EDSGAQPDDI TRTPPVYPCS RSSRLQQLMR GDEGYLLALA YSTQRGYGRN HPFAGEIRSG YIDVSIVPEE LG FAVNVGE LLMTECEMVN GFIDPPGEPP HFTRGYGLVF GMSERKAMAM ALVDRALQAP EYGEHATGPA QDEEFVLAHA DNV EVAGFV SHLKLPHYVD FQAELELLKR LQQEQNHG UniProtKB: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-triphosphate synthase subunit PhnI |
-分子 #4: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P lyase
分子 | 名称: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P lyase タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO EC番号: alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P-lyase |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 31.879088 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MANLSGYNFA YLDEQTKRMI RRAILKAVAI PGYQVPFGGR EMPMPYGWGT GGIQLTASVI GESDVLKVID QGADDTTNAV SIRNFFKRV TGVNTTERTD DATVIQTRHR IPETPLTEDQ IIIFQVPIPE PLRFIEPRET ETRTMHALEE YGVMQVKLYE D IARFGHIA ...文字列: MANLSGYNFA YLDEQTKRMI RRAILKAVAI PGYQVPFGGR EMPMPYGWGT GGIQLTASVI GESDVLKVID QGADDTTNAV SIRNFFKRV TGVNTTERTD DATVIQTRHR IPETPLTEDQ IIIFQVPIPE PLRFIEPRET ETRTMHALEE YGVMQVKLYE D IARFGHIA TTYAYPVKVN GRYVMDPSPI PKFDNPKMDM MPALQLFGAG REKRIYAVPP FTRVESLDFD DHPFTVQQWD EP CAICGST HSYLDEVVLD DAGNRMFVCS DTDYCRQQSE AKNQ UniProtKB: Alpha-D-ribose 1-methylphosphonate 5-phosphate C-P lyase |
-分子 #5: Putative phosphonates utilization ATP-binding protein PhnK
分子 | 名称: Putative phosphonates utilization ATP-binding protein PhnK タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 |
分子量 | 理論値: 28.665652 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MNQPLLSVNN LTHLYAPGKG FSDVSFDLWP GEVLGIVGES GSGKTTLLKS ISARLTPQQG EIHYENRSLY AMSEADRRRL LRTEWGVVH QHPLDGLRRQ VSAGGNIGER LMATGARHYG DIRATAQKWL EEVEIPANRI DDLPTTFSGG MQQRLQIARN L VTHPKLVF ...文字列: MNQPLLSVNN LTHLYAPGKG FSDVSFDLWP GEVLGIVGES GSGKTTLLKS ISARLTPQQG EIHYENRSLY AMSEADRRRL LRTEWGVVH QHPLDGLRRQ VSAGGNIGER LMATGARHYG DIRATAQKWL EEVEIPANRI DDLPTTFSGG MQQRLQIARN L VTHPKLVF MDEPTGGLDV SVQARLLDLL RGLVVELNLA VVIVTHDLGA ARLLADRLLV MKQGQVVESG LTDRVLDDPH HP YTQLLVS SVLQNHHHHH H UniProtKB: Putative phosphonates utilization ATP-binding protein PhnK |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-分子 #7: PHOSPHATE ION
分子 | 名称: PHOSPHATE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: PO4 |
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分子量 | 理論値: 94.971 Da |
Chemical component information | ChemComp-PO4: |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 477 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1.7 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: C-flat-1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 15 mA | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: LEICA EM GP / 詳細: Blotting for 6-9 seconds before plunging. | ||||||||||||
詳細 | Sample was monodisperse. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 17088 / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 詳細: Images were collected in movie-mode with 0.2 seconds per frame with a total of 40 frames |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 135000 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |