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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13944 | |||||||||
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タイトル | human Connexin 26 class 1 hexamer at 90mmHg PCO2, pH7.4 | |||||||||
マップデータ | Connexin 26 first class hexameric in 90mmHg, pH7.4 | |||||||||
試料 |
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生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Brotherton DH / Cameron AD / Savva CG / Ragan TJ | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2022 タイトル: Conformational changes and CO-induced channel gating in connexin26. 著者: Deborah H Brotherton / Christos G Savva / Timothy J Ragan / Nicholas Dale / Alexander D Cameron / 要旨: Connexins form large-pore channels that function either as dodecameric gap junctions or hexameric hemichannels to allow the regulated movement of small molecules and ions across cell membranes. ...Connexins form large-pore channels that function either as dodecameric gap junctions or hexameric hemichannels to allow the regulated movement of small molecules and ions across cell membranes. Opening or closing of the channels is controlled by a variety of stimuli, and dysregulation leads to multiple diseases. An increase in the partial pressure of carbon dioxide (PCO) has been shown to cause connexin26 (Cx26) gap junctions to close. Here, we use cryoelectron microscopy (cryo-EM) to determine the structure of human Cx26 gap junctions under increasing levels of PCO. We show a correlation between the level of PCO and the size of the aperture of the pore, governed by the N-terminal helices that line the pore. This indicates that CO alone is sufficient to cause conformational changes in the protein. Analysis of the conformational states shows that movements at the N terminus are linked to both subunit rotation and flexing of the transmembrane helices. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13944.map.gz | 12.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13944-v30.xml emd-13944.xml | 16.8 KB 16.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13944.png | 70.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13944 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13944 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13944_validation.pdf.gz | 312.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13944_full_validation.pdf.gz | 312.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13944_validation.xml.gz | 7.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13944_validation.cif.gz | 8.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13944 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13944 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13944.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 316.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Connexin 26 first class hexameric in 90mmHg, pH7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : hexameric assembly of human connexin 26 in 90mmHg PCO2, pH7.4
全体 | 名称: hexameric assembly of human connexin 26 in 90mmHg PCO2, pH7.4 |
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要素 |
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-超分子 #1: hexameric assembly of human connexin 26 in 90mmHg PCO2, pH7.4
超分子 | 名称: hexameric assembly of human connexin 26 in 90mmHg PCO2, pH7.4 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
-分子 #1: Gap junction beta-2 protein
分子 | 名称: Gap junction beta-2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 21.083887 KDa |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: ILGGVNKHST SIGKIWLTVL FIFRIMILVV AAKEVWGDEQ ADFVCNTLQP GCKNVCYDHY FPISHIRLWA LQLIFVSTPA LLVAMHVAY RRHEEGSLWW TYTSSIFFRV IFEAAFMYVF YVMYDGFSMQ RLVKCNAWPC PNTVDCFVSR PTEKTVFTVF M IAVSGICI LLNVTELCYL LIRY |
-分子 #2: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
分子 | 名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 24 / 式: LMT |
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分子量 | 理論値: 510.615 Da |
Chemical component information | ChemComp-LMT: |
-分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
分子 | 名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: PTY |
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分子量 | 理論値: 734.039 Da |
Chemical component information | ChemComp-PTY: |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 281 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 3.5 mg/mL | ||||||||||||||||||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
詳細: The buffer, except DDM and DTT, was prepared fresh from 10x stock on day of use. The basal buffer was filtered and de-gassed, and DDM and DTT added. The buffer was pH corrected at point of ...詳細: The buffer, except DDM and DTT, was prepared fresh from 10x stock on day of use. The basal buffer was filtered and de-gassed, and DDM and DTT added. The buffer was pH corrected at point of use to 7.4 using 15% CO2 in 85% N2. | ||||||||||||||||||||||||||||||
グリッド | モデル: UltrAuFoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR 詳細: 3ul protein was applied, and blotted for 6 seconds prior to plunge-freezing in atmosphere of 15% CO2, 86% N2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP 詳細: 3 microlitres protein applied to grid, blot time 6 seconds, in 15% CO2/85%N2 atmosphere. | ||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | This sample monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 11647 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 105000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |