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- EMDB-13940: human Connexin 26 dodecamer at 20mmHg PCO2, pH7.4 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13940
タイトルhuman Connexin 26 dodecamer at 20mmHg PCO2, pH7.4
マップデータdodecameric assembly of human connexin 26 in 20mmHg PCO2 at pH7.4
試料
  • 細胞器官・細胞要素: dodecameric assembly of human connexion 26
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction beta-2 protein
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: water
キーワードGap junction / Ion Channel / carbon dioxide sensitive / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of connexons to the plasma membrane / response to human chorionic gonadotropin / gap junction-mediated intercellular transport / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / epididymis development / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / gap junction assembly / connexin complex / gap junction ...Transport of connexons to the plasma membrane / response to human chorionic gonadotropin / gap junction-mediated intercellular transport / gap junction channel activity involved in cell communication by electrical coupling / epididymis development / Oligomerization of connexins into connexons / Transport of connexins along the secretory pathway / gap junction assembly / connexin complex / gap junction / astrocyte projection / Gap junction assembly / gap junction channel activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / inner ear development / decidualization / lateral plasma membrane / response to retinoic acid / cellular response to glucagon stimulus / cellular response to dexamethasone stimulus / response to ischemia / response to progesterone / sensory perception of sound / transmembrane transport / cell-cell signaling / response to estradiol / cellular response to oxidative stress / cell body / response to lipopolysaccharide / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gap junction beta-2 protein (Cx26) / Connexin / Connexin, N-terminal / Connexin, conserved site / Gap junction protein, cysteine-rich domain / Connexin, N-terminal domain superfamily / Connexin / Connexins signature 1. / Connexins signature 2. / Connexin homologues / Gap junction channel protein cysteine-rich domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Gap junction beta-2 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Brotherton DH / Cameron AD / Savva CG / Ragan TJ
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/P010393/1 英国
Leverhulme TrustRPG-2015-090 英国
引用ジャーナル: Structure / 年: 2022
タイトル: Conformational changes and CO-induced channel gating in connexin26.
著者: Deborah H Brotherton / Christos G Savva / Timothy J Ragan / Nicholas Dale / Alexander D Cameron /
要旨: Connexins form large-pore channels that function either as dodecameric gap junctions or hexameric hemichannels to allow the regulated movement of small molecules and ions across cell membranes. ...Connexins form large-pore channels that function either as dodecameric gap junctions or hexameric hemichannels to allow the regulated movement of small molecules and ions across cell membranes. Opening or closing of the channels is controlled by a variety of stimuli, and dysregulation leads to multiple diseases. An increase in the partial pressure of carbon dioxide (PCO) has been shown to cause connexin26 (Cx26) gap junctions to close. Here, we use cryoelectron microscopy (cryo-EM) to determine the structure of human Cx26 gap junctions under increasing levels of PCO. We show a correlation between the level of PCO and the size of the aperture of the pore, governed by the N-terminal helices that line the pore. This indicates that CO alone is sufficient to cause conformational changes in the protein. Analysis of the conformational states shows that movements at the N terminus are linked to both subunit rotation and flexing of the transmembrane helices.
履歴
登録2021年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月30日-
マップ公開2022年3月30日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13940.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13940.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 316.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈dodecameric assembly of human connexin 26 in 20mmHg PCO2 at pH7.4
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 436 pix.
= 370.6 Å		0.85 Å/pix.
x 436 pix.
= 370.6 Å		0.85 Å/pix.
x 436 pix.
= 370.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0066
最小 - 最大-0.0155470185 - 0.057292707
平均 (標準偏差)0.00007115325 (±0.001061447)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ436436436
Spacing436436436
セルA=B=C: 370.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half map 1 from D6 refinement of full data

ファイルemd_13940_half_map_1.map
注釈half map 1 from D6 refinement of full data
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: half map 2 from D6 refinement of full dataset

ファイルemd_13940_half_map_2.map
注釈half map 2 from D6 refinement of full dataset
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : dodecameric assembly of human connexion 26

全体名称: dodecameric assembly of human connexion 26
要素
  • 細胞器官・細胞要素: dodecameric assembly of human connexion 26
    • タンパク質・ペプチド: Gap junction beta-2 protein
  • リガンド: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE
  • リガンド: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE
  • リガンド: water

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超分子 #1: dodecameric assembly of human connexion 26

超分子名称: dodecameric assembly of human connexion 26 / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Gap junction beta-2 protein

分子名称: Gap junction beta-2 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 26.713674 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDWGTLQTIL GGVNKHSTSI GKIWLTVLFI FRIMILVVAA KEVWGDEQAD FVCNTLQPGC KNVCYDHYFP ISHIRLWALQ LIFVSTPAL LVAMHVAYRR HEKKRKFIKG EIKSEFKDIE EIKTQKVRIE GSLWWTYTSS IFFRVIFEAA FMYVFYVMYD G FSMQRLVK ...文字列:
MDWGTLQTIL GGVNKHSTSI GKIWLTVLFI FRIMILVVAA KEVWGDEQAD FVCNTLQPGC KNVCYDHYFP ISHIRLWALQ LIFVSTPAL LVAMHVAYRR HEKKRKFIKG EIKSEFKDIE EIKTQKVRIE GSLWWTYTSS IFFRVIFEAA FMYVFYVMYD G FSMQRLVK CNAWPCPNTV DCFVSRPTEK TVFTVFMIAV SGICILLNVT ELCYLLIRYC SGKSKKPVLV PR

UniProtKB: Gap junction beta-2 protein

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分子 #2: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE

分子名称: DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 48 / 式: LMT
分子量理論値: 510.615 Da
Chemical component information

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

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分子 #3: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE

分子名称: PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: PTY
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PTY:
PHOSPHATIDYLETHANOLAMINE / リン脂質*YM

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 305 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
140.0 mMNaClsodium chloride
5.0 %C3H8O3glycerol
1.0 mMC4H10O2S2DTT
0.03 %C24H46O11DDM
10.0 mMNaHCO3sodium hydrogen carbonate
1.25 mMNaH2PO4sodium dihydrogen phosphate
3.0 mMKClpotassium chloride
1.0 mMMgSO4magnesium sulphate
2.0 mMMgCl2magnesium chloride

詳細: The buffer, except DDM and DTT, was prepared fresh from 10x stock on day of use. The basal buffer was filtered and de-gassed, and DDM and DTT added. The buffer was pH corrected at point of ...詳細: The buffer, except DDM and DTT, was prepared fresh from 10x stock on day of use. The basal buffer was filtered and de-gassed, and DDM and DTT added. The buffer was pH corrected at point of use to 7.4 using 2.5% CO2 in 97.5% N2.
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP
詳細: 3 microlitres protein applied to grid, blot time 6 seconds, in 2.5% CO2/97.5%N2 atmosphere.
詳細This sample monodisperse

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3305 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 45.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 773121 / 詳細: LoG picker implemented in Relion3.1-beta
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: D6 (2回x6回 2面回転対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1-beta) / 使用した粒子像数: 124572
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

2zw3


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL
得られたモデル

PDB-7qet:
human Connexin 26 dodecamer at 20mmHg PCO2, pH7.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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