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- EMDB-13681: Cryo-EM structure of large subunit of Giardia lamblia ribosome at... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13681
タイトルCryo-EM structure of large subunit of Giardia lamblia ribosome at 2.7 A resolution
マップデータ
試料
  • 複合体: Giardia lamblia ribosome
    • RNA: x 5種
    • タンパク質・ペプチド: x 39種
  • リガンド: x 4種
機能・相同性
機能・相同性情報


maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...maturation of LSU-rRNA from tricistronic rRNA transcript (SSU-rRNA, 5.8S rRNA, LSU-rRNA) / maturation of LSU-rRNA / ribosomal large subunit biogenesis / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / ribosome biogenesis / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / nucleolus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily ...Ribosomal protein L40e, archaeal / Ribosomal protein L29e / Ribosomal L29e protein family / Ribosomal protein L13e, conserved site / Ribosomal protein L13e signature. / Ribosomal protein L22e / Ribosomal protein L22e superfamily / Ribosomal L22e protein family / Ribosomal protein L38e / Ribosomal protein L38e superfamily / Ribosomal L38e protein family / Ribosomal protein L10e, conserved site / Ribosomal protein L10e signature. / Ribosomal protein L10e / Ribosomal protein L13e / Ribosomal protein L13e / 60S ribosomal protein L18a/ L20, eukaryotes / Ribosomal protein L44e / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L5 eukaryotic, C-terminal / Ribosomal L18 C-terminal region / 50S ribosomal protein L18Ae/60S ribosomal protein L20 and L18a / Ribosomal L40e family / Ribosomal protein 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal proteins 50S-L18Ae/60S-L20/60S-L18A / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Eukaryotic Ribosomal Protein L27, KOW domain / Ribosomal protein L23/L25, N-terminal / Ribosomal protein L23, N-terminal domain / Ribosomal protein 60S L18 and 50S L18e / Ribosomal protein L27e / Ribosomal protein L27e superfamily / Ribosomal L27e protein family / Ribosomal protein L34Ae / Ribosomal protein L34e / 60S ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L35Ae, conserved site / Ribosomal protein L35Ae signature. / Ribosomal protein L18/L18-A/B/e, conserved site / Ribosomal protein L18e signature. / Ribosomal protein L30/YlxQ / 60S ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L7A/L8 / Ribosomal protein L13, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L18e / 60S ribosomal protein L4, C-terminal domain / 60S ribosomal protein L4 C-terminal domain / Ribosomal protein L37ae / Ribosomal protein L31e, conserved site / Ribosomal L37ae protein family / Ribosomal protein L31e signature. / Ribosomal_L19e / Ribosomal protein L19/L19e / Ribosomal protein L19/L19e, domain 1 / Ribosomal protein L19/L19e superfamily / Ribosomal protein L19e / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L36e domain superfamily / Ribosomal protein L36e / Ribosomal protein L39e / Ribosomal protein L14e domain / Ribosomal protein L39e domain superfamily / Ribosomal L39 protein / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L5 eukaryotic/L18 archaeal / Ribosomal large subunit proteins 60S L5, and 50S L18 / Ribosomal protein L35A / Ribosomal protein L35Ae / Ribosomal protein L35A superfamily / Ribosomal protein L32e, conserved site / Ribosomal protein L32e signature. / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L14, KOW motif / Ribosomal protein L4/L1e, eukaryotic/archaeal, conserved site / Ribosomal protein L1e signature. / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L15e, conserved site / Ribosomal protein L31e domain superfamily / Ribosomal protein L31e / Ribosomal protein L15e signature. / Ribosomal_L31e / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e, conserved site / Ribosomal protein L21 superfamily / Ribosomal protein L21e / Ribosomal protein L21e signature. / Ribosomal protein L22/L17, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein L4, eukaryotic and archaeal type / Ribosomal protein L3, domain 3, archaeal type superfamily / Ribosomal protein L3, archaeal/eukaryotic type / Ribosomal protein L37e, conserved site / Ribosomal protein L37e signature. / Ribosomal protein L24e-related / Ribosomal protein L24e/L24 superfamily / Ribosomal protein L24e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal protein L37e / Ribosomal_L15e
類似検索 - ドメイン・相同性
Ribosomal protein L39 / Ribosomal protein L29 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal L38e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L4 ...Ribosomal protein L39 / Ribosomal protein L29 / Ribosomal protein L27 / Ribosomal protein L21 / Ribosomal L38e / Ribosomal protein L14 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal protein L30 / 60S ribosomal protein L13 / Ribosomal protein L4 / Ribosomal protein L15 / Ribosomal protein L17 / Ribosomal protein L26 / Ribosomal protein L19 / Ribosomal protein L11 / Ribosomal protein L35a / 60S ribosomal protein L7a / Ribosomal protein L37 / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L32 / Large ribosomal subunit protein eL34 / Ribosomal protein L31B / Ribosomal protein L23A / Ribosomal protein L37a / Ribosomal protein L6 / Ribosomal protein L44 / Ribosomal protein L24A / Ribosomal protein L7 / Ribosomal protein L3 / Ribosomal protein L23 / 60S ribosomal protein L18a / Ribosomal protein L13a / Large ribosomal subunit protein eL22 / 50S ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L36-1 / 60S ribosomal protein L29 / Ribosomal protein L27a / Ribosomal protein L2 / Ribosomal protein L5
類似検索 - 構成要素
生物種Giardia intestinalis (strain ATCC 50803 / WB clone C6) (やつひげはらむし) / Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫) / Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Hiregange DG / Rivalta A / Bose T / Breiner-Goldstein E / Samiya S / Cimicata G / Kulakova L / Zimmerman E / Bashan A / Herzberg O / Yonath A
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI119788 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2022
タイトル: Cryo-EM structure of the ancient eukaryotic ribosome from the human parasite Giardia lamblia.
著者: Disha-Gajanan Hiregange / Andre Rivalta / Tanaya Bose / Elinor Breiner-Goldstein / Sarit Samiya / Giuseppe Cimicata / Liudmila Kulakova / Ella Zimmerman / Anat Bashan / Osnat Herzberg / Ada Yonath /
要旨: Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating ...Giardiasis is a disease caused by the protist Giardia lamblia. As no human vaccines have been approved so far against it, and resistance to current drugs is spreading, new strategies for combating giardiasis need to be developed. The G. lamblia ribosome may provide a promising therapeutic target due to its distinct sequence differences from ribosomes of most eukaryotes and prokaryotes. Here, we report the cryo-electron microscopy structure of the G. lamblia (WB strain) ribosome determined at 2.75 Å resolution. The ribosomal RNA is the shortest known among eukaryotes, and lacks nearly all the eukaryote-specific ribosomal RNA expansion segments. In contrast, the ribosomal proteins are typically eukaryotic with some species-specific insertions/extensions. Most typical inter-subunit bridges are maintained except for one missing contact site. Unique structural features are located mainly at the ribosome's periphery. These may be exploited as target sites for the design of new compounds that inhibit selectively the parasite's ribosomal activity.
履歴
登録2021年10月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月20日-
マップ公開2022年4月20日-
更新2022年4月20日-
現状2022年4月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13681.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13681.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 325 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 440 pix.
= 374. Å		0.85 Å/pix.
x 440 pix.
= 374. Å		0.85 Å/pix.
x 440 pix.
= 374. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.034
最小 - 最大-0.10845332 - 0.24637817
平均 (標準偏差)0.00028543535 (±0.005771762)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ440440440
Spacing440440440
セルA=B=C: 374.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

+
全体 : Giardia lamblia ribosome

全体名称: Giardia lamblia ribosome
要素
  • 複合体: Giardia lamblia ribosome
    • RNA: rRNA 28S
    • RNA: rRNA 5S
    • RNA: rRNA 5.8S
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L7
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L7a
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L10
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L11
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L13a
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L18a
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein eL22
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L23A
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L26
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L27a
    • タンパク質・ペプチド: 60S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L31B
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L35a
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L36-1
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L37
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal L38e
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L39
    • タンパク質・ペプチド: Ubiquitin/Ribosomal protein L40e
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L44
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L37a
    • RNA: E-site tRNA
    • タンパク質・ペプチド: Ribosomal protein L24A
    • RNA: P-site tRNA
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: POTASSIUM ION
  • リガンド: TRIETHYLENE GLYCOL
  • リガンド: water

+
超分子 #1: Giardia lamblia ribosome

超分子名称: Giardia lamblia ribosome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#44
由来(天然)生物種: Giardia intestinalis (strain ATCC 50803 / WB clone C6) (やつひげはらむし)

+
分子 #1: rRNA 28S

分子名称: rRNA 28S / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫) / 株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 878.2545 KDa
配列文字列: GCGCGGCCCG AGGCGGCGGG GGCGACGGGC GGAACUUAAG CAUAUCAG(OMU)A CGCCCCGGAG GAGAAACCAA CCGGGA UUC CCCGUAGCGG CGAGCGACGC GGGAGGAGCC CGCCCCGAAG GCGCGCUGUG GGGCGCAGGC GCAGGCCCGC CGCGAGG GG ...文字列:
GCGCGGCCCG AGGCGGCGGG GGCGACGGGC GGAACUUAAG CAUAUCAG(OMU)A CGCCCCGGAG GAGAAACCAA CCGGGA UUC CCCGUAGCGG CGAGCGACGC GGGAGGAGCC CGCCCCGAAG GCGCGCUGUG GGGCGCAGGC GCAGGCCCGC CGCGAGG GG GCCCGAGGGC CCCGCCCGAG AGGGUGCAAG CCCCGUACGG CGGCCGCCGG GCCUGCGCGG CGAGUAGCGC UGCUUGAG C GUGCAGCGCG AAGGGAGGCG CGGCCCUUCC AAGGCUAAAU ACGCCCCGGG ACCGAUAGCG GACCAAGUAG CGCGA (OMG)CGA ACGGUGAAAA GGACGCCCUG CGGCCGCUCA AAAGACCUGA ACCCGGCCGG CCGCCGGCCC GCCGGCCCC (OMG)UCUCGA(A2M)AC (A2M)CGGACCGAG GAGCCACGCG CCGCGGCGAG CCCGAGGGAG CCCCCGCGGC GGAGCGAG C GCGAGACGCC CCGGGCCCGC CGCGCCCCUG CGGGCGUGCG CGGGCCGAGC CGCGGCGCGU GGGCCCGA(A2M)A GGCGG UGAU CUAUGCCCGG CGAGGGCGAG GCCGGGCGAA AGCCUGGUGG AGGCCCGCCG CGGUGCUGAC GCGCAGAUCG CUCGUC GGA GCCGGGCAUG G(OMG)GGCGAAAG ACUCAUCGAA CCGCCUGGUA GCUGGUUGCC UCCGAAAUGU CUCCCAGGAC AGC CGCCGC CCCGCAGUUG CGGCCCGUAG AGCGCUGGCC GGCGGGAGCG GGGGGCCUGC CCCUCGCCCG CCCCCCAAAC UCCG AAGGG CCGCGCCGCC CCGCCGCUGG CCUGGGCGGG GCGGGCGAAU GCGGGCGGCG CGUGGGCCCC UCCUGGUAAG CAGGA CGGG CGAGGCGGGA CGAUCCGGAC GCCGGGCCAG GGUGCGCCGC CGGGGCCCGC GGAACGGCGU CGGCCGGUCC CGACAG CUG GAAGGUGGCC CCAGAAGUCG GCAUCCUCCA GGGAGUGUGU AACAACCCAC CAGCCGAAUC GGCCGGCCCG GAAAAUG GA GCGCGCCGGA GCCCCGGACC CGCGCCCGGC CGCCGCGCGC GGCGGGUAGG AGGCCGCAGA GGCCCCGGGG GCGAAGGC G GCGCGCAGGC CCCGCCGGAC CGGCCUCUGG UGCA(OMG)AUCUC GGCAGCAGUA GCCGCUACUC CGCGCCCCGG AGGAC UGAG GGGGAGACGG GUUCCGCGGC GCCUGCAUCU GGCCGCGG(OMG)U GACUCGGGCC UAAGCGGCGG GUGAAGACCG GG AAGGGGC GUGCCCGCCC GUCGAACGGG GAGCCGGCGG AGACUCCGGC AGGCGCGGCC CCCGCGGAGA CGCCCGCCCC CCG GCGACG CGCACGGGGA CCGCGGCGGG CGGCGCCCCG GCCCGCGAAC GCCCCGCAGC CCCCGGACGC CUUGCGCGGA GAGG GGGGC CCGGGGGCGG ACCCCGCGCG UCCCCGGCCG CCCCUGAAAA GCCGGGGGGC GCCGGCCGCG CGCCGUACCG ACCGC AGCA GGACUCCGGG GUCAGCAGCC UCUAGCGCGG GAGCGAAC(OMG)C GGCUCAGGGA AGUCGGCAAG CCGGCUCCGU AA CCUCGGG AAAAGGAGUG GCUCUGACGG CGCGCCGGGU CAGAACUGGA ACGGACGCGG GGAUCCCGAC UGUUUACUAG AAA CACAGC GUCGCGAGGG CCGCACCCGG CGCUGGCGCG ACGUGAUUUC UGCC(OMC)AGUGC CACGACCGUC ACCGUGAAGC GAUCCGCCG AAGCCCUGGU AAACGGCGGG AGUAACUAUG ACUCUCUUAA GGUAGC(5MC)AA(A2M) UGCCUC(OMG)UC GGGCAAUUUC CGACGUGCAU GAAUGGACCA ACGAGGAUCC CACUGU(OMC)CCG AGCCGCGCCU CCGCGAGCCU CCAGCC UCG GGAACGGGCG AGGGCCGGCC AGCGG(OMG)GCAA GAAGACCCU(OMU) (OMU)UGAGCUUGA C(OMU)CCAGCCCG G GCCUGUGG GGCGGGGCGG CCGGCGCAGC GCACAGGGGA GGCCGCGCCC CUGAGACACC CUGACGGCCG CCGCCGCCCC GC UCACCCG GUCGCGCGGG GACCCGCCCG GGCGGGGAGU UCGGCUG(OMG)GG CGGCGCGCCU GCUACACCGG ACCGCAGGC (OMG)UCCCACGGC GGGCUCAGCG AGGACGGAGA CCUCCCGCGG AGCAGAAGGG CACAAGCCCG CCCGACCCGC GCCCCC CGU GCCGGCGCGG GCCGCGAAAG CGGGGCCUAC CGAUCCUUCG CCGCCCCGGC CGCGGGCGCG GAGGUGGCAG AAAAGUU AC CACAG(OMG)GAUA ACUGGCUUGU GGCCGCCGAG CGCCCGCAGC GACGCGGCUU UUUGAUCCUU (5MC)GAUGUCGGC UCUUCCUAC CGUCCGCGCG CACCGGCGCG GAAGCGUCGG AUUGUUCACC CGUUCAAGGG AUCGUGAGCU GGGUUUAGA (OMC)CGUCGUGAG ACAGGUUAGU UUUACCCUAC UGGCCCCGGG GCCAGAGCAC GGCGGGCCAG UACGAGAGGA ACGCCC GCC GCGGGCGCCC AGCCCCGCGG UUGCCCGCCG GGGCAGGACC GCGCGCCCGG GCCCGGGGGC CUGGCGCUGC CGCCUCU AA AGCGCCACCC CCCCCUCCGG CCCCGCCGGG CCCGCGCCCC AGCCCCGUGC CCCCUGCCCG AGGCGGCCCC CGCCCGGG A GGACCACCCG GCGCGGCGCC CCUGUACGGC GCAGGGCCUG CGAUCGCGUU CGCCCGGGGG GCGCGCCGGG CGGGCGCGC GGCCCACUUG CU

+
分子 #2: rRNA 5S

分子名称: rRNA 5S / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫) / 株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 38.671039 KDa
配列文字列:
CAGUUCGGCC AUCCUACGGC GGAAACUCCU UAACUCGUUC CGAAUUAAGA AGAGAAGCGC CGUCAGGCCC CGCCAGUACU GCGAUCGGA GACGUCGUGG GAACACGGGG UGCCGAACCU U

+
分子 #3: rRNA 5.8S

分子名称: rRNA 5.8S / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫) / 株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 44.971965 KDa
配列文字列:
GAACGCCCCG CCGGCGGAUG CCUCGGCCCG GGCGGCGACG AAGAGCGCGG CGGAGCGCGA GACGCGGUGC GGACCCGCCC GCCCCGAGA AGCACCGACC CUCGAACGCA GCGCGCCCCG GCGCCGCCGC CUC(OMG)GCGCCC

+
分子 #42: E-site tRNA

分子名称: E-site tRNA / タイプ: rna / ID: 42 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫) / 株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 24.500553 KDa
配列文字列:
AGCGGGUUAG CUCAGUCGGU AGAGCGUCAG UCUGAUAAGC UGAAGGUCGG GGGUUUUCGA GCCCCCCCCG CCACCA

+
分子 #44: P-site tRNA

分子名称: P-site tRNA / タイプ: rna / ID: 44 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Giardia lamblia (ランブル鞭毛虫) / 株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 894.612 Da
配列文字列:
CCA

+
分子 #4: Ribosomal protein L2

分子名称: Ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 27.090543 KDa
配列文字列: MGRRIRVQRK GAGSVFRAHV ARRLGAAKLR ANDFAERTGS VRGVVKAILH DRGRGAPLAR VQFPNMRGEG RVNELFIAPE GMYTGQEVF SGNKATLHIG NILPVGNIPE GTYVCNVEEK PMDRGCLARA SGTYCLVVAH NMETNKTRIR LPSGQKKLIS S KARAMIGL ...文字列:
MGRRIRVQRK GAGSVFRAHV ARRLGAAKLR ANDFAERTGS VRGVVKAILH DRGRGAPLAR VQFPNMRGEG RVNELFIAPE GMYTGQEVF SGNKATLHIG NILPVGNIPE GTYVCNVEEK PMDRGCLARA SGTYCLVVAH NMETNKTRIR LPSGQKKLIS S KARAMIGL VAGGGRTDKP LLKAGNAYHK YKAKRNCWPV VRGVAMNPVD HPHGGGNHQH IGVSSCVPRN AVPGQKVGLI AA RRTGCSG GKRR

+
分子 #5: Ribosomal protein L3

分子名称: Ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 42.715543 KDa
配列文字列: MSHRKFSCCR KGNLGYLPRK RCTRGRGRCK TFPPDVQGAP IHLTAFLGYK AGCTHVMRFI DHRGSNLHNR QAIDQATIID APPMICTAI IGYAKTPKGL RAVTTVWAAH IAEPAMRRFY RNYFHAEKTA FSTYMKKAAD GTYIKEQLGR LKQHADVIRI V AHTQPALT ...文字列:
MSHRKFSCCR KGNLGYLPRK RCTRGRGRCK TFPPDVQGAP IHLTAFLGYK AGCTHVMRFI DHRGSNLHNR QAIDQATIID APPMICTAI IGYAKTPKGL RAVTTVWAAH IAEPAMRRFY RNYFHAEKTA FSTYMKKAAD GTYIKEQLGR LKQHADVIRI V AHTQPALT PLKQKKADIM EIQVNGGANV AEKVDYAYAL MEKPISIKDV FSVGAQIDTI SITRGRGFEG VVTRWGVTRL PR KTRRGNR KVACIGAWHP ANVQYTVARA GQMGYFHRTD TNKQVFMIDT AENPRCCTTE FDLTDKSINP VGGFVNYGRV QGD FIMIKG TCPGPKRRPV VMRNALLPHR NCPPVQLQWI STASKFGHGI FETVEERRQF YAK

+
分子 #6: Ribosomal protein L4

分子名称: Ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 35.048707 KDa
配列文字列: MNPTVKVFGP TGTQVAELPR PKVFNVPLRP DIINFVHTQL RKCLRTPYAV SRYAGVQCTA HSWGPGRAVA RLPRKHGGIG AYANFARGG HMAHPTTVIR RWCRKVNLNQ RRYAVASALA ASANAALVEA RGHRIADVPS IPLVVDTDNV TKTKDALAII K AVGVLRDV ...文字列:
MNPTVKVFGP TGTQVAELPR PKVFNVPLRP DIINFVHTQL RKCLRTPYAV SRYAGVQCTA HSWGPGRAVA RLPRKHGGIG AYANFARGG HMAHPTTVIR RWCRKVNLNQ RRYAVASALA ASANAALVEA RGHRIADVPS IPLVVDTDNV TKTKDALAII K AVGVLRDV ERCKDSRHIR AGRGKMRNRR YITRKGPLVI YNTEDVARGF RNLPGVDLCH VSSIRLLELA PGSHPGRLIL WT KSAFASL DDVYAAKQNY TLPRSCITQT DIERILQSDA VQKTFVPKRD PLVIERKVDP FSSKEALARL DPSGTVMPK

+
分子 #7: Ribosomal protein L5

分子名称: Ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 33.961375 KDa
配列文字列: MGWVKVQKTR SYFKRFQVQF RRRREGKTDY QARKALIIQD KNKYATPRYR FVVRRTNKDI ICQVTAAELT KDRVVCAAYS HELPRYGIP VGLTNYAAAY ATGLLCGRRL LEKLSVGIKE NALAQLYPGL DKATGEEYHP DENENEEVHA FKAFLDIGLA R ASTGARVF ...文字列:
MGWVKVQKTR SYFKRFQVQF RRRREGKTDY QARKALIIQD KNKYATPRYR FVVRRTNKDI ICQVTAAELT KDRVVCAAYS HELPRYGIP VGLTNYAAAY ATGLLCGRRL LEKLSVGIKE NALAQLYPGL DKATGEEYHP DENENEEVHA FKAFLDIGLA R ASTGARVF AAMKGAVDAG LNIPHSMKRF PGYSKDGFDS SALRDRIMGK HVGDYMAELK AEDEETYRKR FSKYIAAKVE PL RLEAMYT KAHAAIRANP QAVKAKFEIK KPVRQARLTL KERKERIDAK KLEALKQLTK

+
分子 #8: Ribosomal protein L7

分子名称: Ribosomal protein L7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 27.103406 KDa
配列文字列: MPIPELVLKH RRKVQRDIRS AAERATEKEK RAALVKDHAV KSAQVYARYY IDLVESEKKA RENALKNNQL YVPDEPKVYL VVRIRGIVG VAPKVRTILS LLRLRQINNA VFMRCNKATL NALRIVDHYV TYGEPTVETI RNLIYKRGFA KVNGQRIPIV D NNLIDEQL ...文字列:
MPIPELVLKH RRKVQRDIRS AAERATEKEK RAALVKDHAV KSAQVYARYY IDLVESEKKA RENALKNNQL YVPDEPKVYL VVRIRGIVG VAPKVRTILS LLRLRQINNA VFMRCNKATL NALRIVDHYV TYGEPTVETI RNLIYKRGFA KVNGQRIPIV D NNLIDEQL SKHNILCAED LVHEIFTCGS SFKEANNFLW PFQLNSAALK DKRNNFAEGG DFGYRGKYIN EFVARMI

+
分子 #9: 60S ribosomal protein L7a

分子名称: 60S ribosomal protein L7a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 25.427725 KDa
配列文字列: MSKVSGSDIK RALAVPENKS RSKCDFDLTP FVRWPRQVRI QRQKAVLQRR LKVPPTVNQF MNPISRNLTN EIFNLARKYS PESKEEHKA RLLQIADAKA NGKPLPEKSD KLVIASGIRR ITSLVESKRA KLVLIANDVD PLELVLWLPT LCHKMGVPYA I VRTKGDLG ...文字列:
MSKVSGSDIK RALAVPENKS RSKCDFDLTP FVRWPRQVRI QRQKAVLQRR LKVPPTVNQF MNPISRNLTN EIFNLARKYS PESKEEHKA RLLQIADAKA NGKPLPEKSD KLVIASGIRR ITSLVESKRA KLVLIANDVD PLELVLWLPT LCHKMGVPYA I VRTKGDLG KLVHLKKTTS VCFTDVNPED KPTFDKILAA VAHEVDYAKA MKTYGGGVRR EDEAQQM

+
分子 #10: Ribosomal protein L6

分子名称: Ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 20.889379 KDa
配列文字列:
MPLCSSMTIK VPTDVECTIN KRVVTVKGKK GTLVRDFSHA PLDITHANDT ISVAVWFPRG KRNALPRTIC SHIENMFKGV TYGFEYKMR LAYAHFPIAA TVVDNNKAIE IRNFMHQIKT RRIECLPGVT IAMSTNVKDE LILRGISIED VSHTAARIHE S LKVPNKDL RKFLDGCYVS SRGLQEQ

+
分子 #11: Ribosomal protein L10

分子名称: Ribosomal protein L10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 24.283172 KDa
配列文字列: MGRRPARCYR YQKNKPYPKS RFCRGVPDPK IRYFDLGNRR AKVNDFPYCF HLLSGEKEQV SSEALEACRI ACNKYIAKKA GKDSFHLRI RVHPFHVIRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAW GKPQGTVARV SIGQPLLSVR CRASAKDYVK DALRRAKFKI P GRQAIVES ...文字列:
MGRRPARCYR YQKNKPYPKS RFCRGVPDPK IRYFDLGNRR AKVNDFPYCF HLLSGEKEQV SSEALEACRI ACNKYIAKKA GKDSFHLRI RVHPFHVIRI NKMLSCAGAD RLQTGMRGAW GKPQGTVARV SIGQPLLSVR CRASAKDYVK DALRRAKFKI P GRQAIVES RNWGFTEFTK EEYEDLRERG ELQYDGNNAH RISRKGPLNL KL

+
分子 #12: Ribosomal protein L11

分子名称: Ribosomal protein L11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 19.767684 KDa
配列文字列:
MSQESENPMR RIRIEKLVLN ICIGGEGDAL TKAAKVLQQL TDQEPTFSKS RLTIRGFGIR RGQKISTHVT VRGEKAREII ERGLRVKNF ELPYSCFSTT GNFGFGITEH IDLGIKYDPS MGIYGMDFYV VLSRPGFRVN KRRAQQQHVG ASHKITPDEA R AWVEREFE VVYTK

+
分子 #13: 60S ribosomal protein L13

分子名称: 60S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 26.640346 KDa
配列文字列: MASYASFILR LIHFNLNFVT AFCPLPRAMG RNVAFSNMRR YKCTNKGPNL IKNWFNQPAR KIRRRQTRLQ KAKAIFPCPL QKLRPSVTR CSQKFNLTQR IGRGFTLREL QGVGLSAGKA RQIGIAVDPR RKNKSEESVA RNVARLKEYL SKVTIFSKQA K PEEIQQAI ...文字列:
MASYASFILR LIHFNLNFVT AFCPLPRAMG RNVAFSNMRR YKCTNKGPNL IKNWFNQPAR KIRRRQTRLQ KAKAIFPCPL QKLRPSVTR CSQKFNLTQR IGRGFTLREL QGVGLSAGKA RQIGIAVDPR RKNKSEESVA RNVARLKEYL SKVTIFSKQA K PEEIQQAI QHQGVVMPVV NPKPVITTGS IAEAKKEVPE NLFMYLRNAR TARNRARLAK RDAEREAAAK TKGGKK

+
分子 #14: Ribosomal protein L14

分子名称: Ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 14.785472 KDa
配列文字列:
MSYHRFVEAG RLVYLGDGPD KGKLAVIVDI LSTAAVLIDG PTTGVKRQVV SLRWAMLTDQ VINISEKPTT EQLKKEIEAS PAIDTFMNS VWGKKIQQQR LRAKATFEDM GKIAKLRRER KMAMKRIAMS IK

+
分子 #15: Ribosomal protein L15

分子名称: Ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 24.35373 KDa
配列文字列: MGAYKYVQEL WRKKQSEALH YLFRLRTWEY RQLNAIKRCS HPTRPEKARR LGYKAKRGYV VYRVRVRRGG RKRQCVHGIS YGKPRNIGI VGLKPSRSLR ALAEQKVGRR LPSLRVLNSY WVAQDGSYKW YEVILIDPFH PWIRNDPKIN WICNPVMKRR E CRGLTSAG ...文字列:
MGAYKYVQEL WRKKQSEALH YLFRLRTWEY RQLNAIKRCS HPTRPEKARR LGYKAKRGYV VYRVRVRRGG RKRQCVHGIS YGKPRNIGI VGLKPSRSLR ALAEQKVGRR LPSLRVLNSY WVAQDGSYKW YEVILIDPFH PWIRNDPKIN WICNPVMKRR E CRGLTSAG RKARGLHNKG IGAMKLRPSK RAAWKRNHTR SLRRYR

+
分子 #16: Ribosomal protein L13a

分子名称: Ribosomal protein L13a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 22.921914 KDa
配列文字列: MSRIVIDCKG HILGRLSAIV AKELLHGHEV ALVRCEKAII SGAFRDVKAH YLKKMHKRTN FNHLRGPFHF RAPAEIVRRT IRGMIPYKT VRGSDAMSRL RVYDGIPPCC ARYKRVVCPS AMAYLCLRPE RRRCEVGRVA HEIGWQHAAD VERYEKRRLE E CDKWYQDK ...文字列:
MSRIVIDCKG HILGRLSAIV AKELLHGHEV ALVRCEKAII SGAFRDVKAH YLKKMHKRTN FNHLRGPFHF RAPAEIVRRT IRGMIPYKT VRGSDAMSRL RVYDGIPPCC ARYKRVVCPS AMAYLCLRPE RRRCEVGRVA HEIGWQHAAD VERYEKRRLE E CDKWYQDK IQIDKKIAEA AEKDAELQRI NAELAKYGY

+
分子 #17: Ribosomal protein L17

分子名称: Ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 18.722785 KDa
配列文字列:
MVKYAFKSDN LLVGKSRRDG VKASFKNTYS TCRAIKGMGV KRAFAYLDNV LNHKEIVPFF KFYKGVGRHS QARGSGTDKG RWPEKSVVV VKDILKQAVS NAKHAHKKEE DELYVISYCV NRARGRRRRT FRAHGRISKY ESQPCHVELI VGPKPLDVEK A KALQ

+
分子 #18: Ribosomal protein L18

分子名称: Ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 20.207768 KDa
配列文字列:
MGIDLKTGIK KRKVERKEPK SPNPYIRLLH NAFKVVYENT GEDFTKVLTK RLCLSKTNRP VLSVSRLAHL MHKREDKIAV VASTVTNDE RLVTIPRMTI CALKFSATAR SRIEKAGGRC MSFDELLAEK PTGDNCVLLQ GRRSCRAVCK KFGSPGRPNS H VKPKGEHK GRRGARGRHS W

+
分子 #19: Ribosomal protein L19

分子名称: Ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 23.199238 KDa
配列文字列: MANLRLQKRL AADVLKCGKR RVRFNPAHEK YIEQASSREA IRSLIESKII AKLDIKGSSR GRIRARHAAK RLGRHSGHGK RRGTREARM PSKTLWIQRQ RVLRRLLSRY RDDEKIDRHL YETLYAKAKG NMFKNKRVLL EHIVGMQKEQ ELEKKKKEEL E QRRKKAEQ ...文字列:
MANLRLQKRL AADVLKCGKR RVRFNPAHEK YIEQASSREA IRSLIESKII AKLDIKGSSR GRIRARHAAK RLGRHSGHGK RRGTREARM PSKTLWIQRQ RVLRRLLSRY RDDEKIDRHL YETLYAKAKG NMFKNKRVLL EHIVGMQKEQ ELEKKKKEEL E QRRKKAEQ RCKERAEKVA ANRLAFAQTG IFTEKTNK

+
分子 #20: 60S ribosomal protein L18a

分子名称: 60S ribosomal protein L18a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 20.624902 KDa
配列文字列:
MMQKYIVYGR RLPSEKFPEP EVFRMTIYAP NEIVAKSRFW YHLKSLKKIK RTHGEILDCQ HIEENGDFVK NFGVLLRYRS RVGQHNMYR EVRETTSARA MDKVYSEMAG QCRARYHDIQ IINVKEVADE DVRREKVAMF TQKGVRFPHP CPYVHVKRAA R TARFQDRA PHVPQ

+
分子 #21: Ribosomal protein L21

分子名称: Ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 18.296393 KDa
配列文字列:
MTHSQGYRCK TRYCFARKFR RHGMANLTTY NRVYKLGQYV NIKVNGAYHK GMPHRYYNGR TGTIFNIGPR ALGVQIQKRV RGRIMLKRI NVRLEHVHPS DCRKNHLERV AANDAARRLA KETGQPVPCL KRQNALPRAA HVVSIASAID ITPLKYDGVF

+
分子 #22: Ribosomal protein eL22

分子名称: Ribosomal protein eL22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 19.942402 KDa
配列文字列:
MEGQWILFPD QIVNHLCRHA DHRLQARVSS KSNLKSNYAY YFSPSSEMRP RIKKCVKKEQ GNIRFAVDCS AGKDLELNLN EFADYVRTH FKINNRKHGV AEKVACSVEG DSLVIQTTGY EFAKRYVKYL TKRFLYQDYQ GVFRVLSTDK ETYTLKPYTI E DDDDEAGT DDE

+
分子 #23: Ribosomal protein L23

分子名称: Ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 15.45004 KDa
配列文字列:
MASKRGRSGG IGNKFRISCG LPVGAVINCA DNSGAKSLNM IAVKNWKGHL NRFPKASVGD MVLITVGRDG KPELRRKVTP AVVVRQRKV WRRKDGVWIY FQDNAGVIIN PKGELKGSSI TGPVAKEAAD RWPKISTTAE CVH

+
分子 #24: Ribosomal protein L23A

分子名称: Ribosomal protein L23A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 16.053919 KDa
配列文字列:
MSEKAQALKA QKAILHGTRV EAKKIRTNVH FFRPKTLVHK KAPLYPRNPI KKGSWDDPCD LLRYPIKTDE NTTQIEKNNT IVFIVDRRA SKPEIRKAFE TVFETKVARV NTLITPLGLK KAFIRLAPDV QAMDVASKMG LA

+
分子 #25: Ribosomal protein L26

分子名称: Ribosomal protein L26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 15.621398 KDa
配列文字列:
MKLNSAVTAS RRKCRKAYFT ANAETRAKMM SSRLSKELRA EHKIKTMPIR RGDIVEIFTG GHKGTGKVVE VRRRDYKICV EGINQKARN PEAKPVPYPI HPSNCIIKEL YMNGSRYRAI KRRQERNAER LARIGK

+
分子 #26: 60S ribosomal protein L27

分子名称: 60S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 15.374895 KDa
配列文字列:
MSQPIIKPGL VCIVLQGRHA GKKAVIVEAL PHNERGSYAI VAGIAALPRR ITNSMSDEEA VCRGRVRSFV KCMNVNHLMP TSCRLENNY KDFISTQTVA DVTKRREIIE TVNKDFQRRI LEHRDTWFFT KLPIDA

+
分子 #27: Ribosomal protein L27a

分子名称: Ribosomal protein L27a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 17.166957 KDa
配列文字列:
MPTRIRKSRK RRGHRQMGYG RVGGHRKHPS GRGKAGGLQH KRTSFDKYHP GYFGKLGMRN YHVRRNIEYN PTINIDKIWS LIPEEQRDG FLQRKSTTEA PVVDVTRFGF FKVLGRGSLP QCPIIIKARY FSSDAEKKLR EVGGVPLLVP

+
分子 #28: 60S ribosomal protein L29

分子名称: 60S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 7.363574 KDa
配列文字列:
MAKLKNHTSK NQNRKDHRNG IKKPKKSAYT SHKGMCPKYL RNLRRSRAND PRQSLRPNLN KE

+
分子 #29: Ribosomal protein L30

分子名称: Ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 11.698598 KDa
配列文字列:
MSTKVATKKA QDSISLTLTL VVKSGKYTLG TDQAIRNIRD GKAQLVFMAN NCPPLVKSQV DYLCHLSKTP VRVFAGSSRE LGIAVGRQF NVSIMTILEA GDADLTSILG

+
分子 #30: Ribosomal protein L31B

分子名称: Ribosomal protein L31B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 12.184064 KDa
配列文字列:
MGIVYEHTIR LNKAVRGKPS KKAAPIAIRA IRAQVEKLAK VEDVRLDPSV NVFVWSRGIR HVPRRIRLEV RLEGDDEHKF AYVINKDVE NFKHLTTEKK GSEDGSE

+
分子 #31: Ribosomal protein L32

分子名称: Ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 31 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 15.985983 KDa
配列文字列:
MAGEMIHPLP HKIIIKKRKN KFIRFQSERF VRVKPSWRKP RGIDSPMRHQ YRGQRPMVSI GYGSDKETRF MLPCGFFKHR ISTVHELKT LFMNNKTHAA QIAHGVSARS RKQILEEAKK MGVRVLNADA KLRKEEL

+
分子 #32: Ribosomal protein L35a

分子名称: Ribosomal protein L35a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 13.913122 KDa
配列文字列:
MEEIKGKTFL PAIFVGYQRS RAKQRENVAL VKVSGIYTRA ETDKVLGRLI AIIHSKSGKP IFGKICRPHG NSGMVRARFY TNLPGQLMG HKVRVFYDNI DVGDRATPKY ERLYGNPNAT VTYE

+
分子 #33: Ribosomal protein L34

分子名称: Ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 13.528753 KDa
配列文字列:
MADCRVTCRF HSTYRTRSKI VRYKRTPGNR LTSLRVKKLP NAPHCAETGK QIHGIPRVIP QHLTRQQRKV SRPYGGKLCG SALRAHILE SFLNEENQAL REIAAQTAKT AKQTAGKGHA K

+
分子 #34: Ribosomal protein L29

分子名称: Ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 14.292209 KDa
配列文字列:
MPGLKAKDLV GLSQEDLQRK LADLKRELLS LRTMKATAGP VPERIARFRV CKKDVARVLT VINQKARDEA RAAFEGAEHI PKTFRPRLT HAMRCQLTEK QKRLLPSKLM KRKLQFPKLK YAVKV

+
分子 #35: Ribosomal protein L36-1

分子名称: Ribosomal protein L36-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 10.586708 KDa
配列文字列:
MPGKVFNLKK GGAVVRIVRK KEERKTKPHQ EFVKSIIQEC TGMAPYEMHI IELLRMNKDR HALRYAKKRL GNIKRAKAKR DQLSVYARN I

+
分子 #36: Ribosomal protein L37

分子名称: Ribosomal protein L37 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 10.329022 KDa
配列文字列:
MSKGTASFGK RHTRIHGSCR RCGKHSFHLQ KHECASCGYP SAKMRRYNWS YKSLRRRTQG TGSMSHMRKV YRAYNSGTLK ANARKYLAK

+
分子 #37: Ribosomal L38e

分子名称: Ribosomal L38e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 8.605145 KDa
配列文字列:
MPNTITEENL MKMIADGRGK KLVVKSCSKG RLQGKVKLKL RTAKYLYTLT VPNADDAKSI VKGCKDKVEV QYVNDSE

+
分子 #38: Ribosomal protein L39

分子名称: Ribosomal protein L39 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 6.353656 KDa
配列文字列:
MTANKTLSRK LRLAKKTKTN KNIPRWVIAK DHLKKTWNYK RHHWRRSHLK L

+
分子 #39: Ubiquitin/Ribosomal protein L40e

分子名称: Ubiquitin/Ribosomal protein L40e / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 14.343675 KDa
配列文字列:
MQLIVRSLDR TVALTASPAD SLTSIRQRLL AVYSGHVVDS QRFVFAGRTL DEAKTLGDYS IGESSVLDLV PRLFGGVMEP TLINLAREY NQNMMICRHC YARNPLRATN CRRCRGTNLR KKKLSKYA

+
分子 #40: Ribosomal protein L44

分子名称: Ribosomal protein L44 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 12.311678 KDa
配列文字列:
MVTYPAERRT FCKREGKHTV HKASLYKKGK DSLLAQGKRR YDRKQRGFGG QTKPIFRRKA KTTKKQVIRL TCSSCKCQTF QVLKRCHRL EISRLGATKK SKGSVVF

+
分子 #41: Ribosomal protein L37a

分子名称: Ribosomal protein L37a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 10.508366 KDa
配列文字列:
MAKRTKKVGL TGKYGTRYGR AARKQLLKIE TSQKAKYTCP FCAKDKVRRT ACGIWTCRSC SKTMAGGAYS LHTEPANAAR ATIRRLRLA REDAQ

+
分子 #43: Ribosomal protein L24A

分子名称: Ribosomal protein L24A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Giardia lamblia ATCC 50803 (やつひげはらむし)
株: ATCC 50803 / WB clone C6
分子量理論値: 12.005191 KDa
配列文字列:
MVTTNQCSYS GRKILPGYGK RMSRHDKVLL IFLNRKASVH YLNKWNPRKI RWTLASRRAR GKEVIVKARE RVTRKAVVSK RNFLSIDDS KLEALKSKYS RVN

+
分子 #45: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 45 / コピー数: 112 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #46: POTASSIUM ION

分子名称: POTASSIUM ION / タイプ: ligand / ID: 46 / コピー数: 181 / 式: K
分子量理論値: 39.098 Da

+
分子 #47: TRIETHYLENE GLYCOL

分子名称: TRIETHYLENE GLYCOL / タイプ: ligand / ID: 47 / コピー数: 1 / 式: PGE
分子量理論値: 150.173 Da
Chemical component information

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

+
分子 #48: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 48 / コピー数: 4397 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.75 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 91058
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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