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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13478 | |||||||||
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タイトル | Vault structure in primmed conformation | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | Transport / STRUCTURAL PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / cytoskeleton / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding ...protein activation cascade / negative regulation of protein autophosphorylation / ERBB signaling pathway / Neutrophil degranulation / negative regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway / protein phosphatase binding / cell population proliferation / cytoskeleton / ribonucleoprotein complex / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Guerra P / Gonzalez-Alamos M | |||||||||
資金援助 | スペイン, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Symmetry disruption commits vault particles to disassembly. 著者: Pablo Guerra / María González-Alamos / Aida Llauró / Arnau Casañas / Jordi Querol-Audí / Pedro J de Pablo / Núria Verdaguer / 要旨: Vaults are ubiquitous ribonucleoprotein particles involved in a diversity of cellular processes, with promising applications as nanodevices for delivery of multiple cargos. The vault shell is ...Vaults are ubiquitous ribonucleoprotein particles involved in a diversity of cellular processes, with promising applications as nanodevices for delivery of multiple cargos. The vault shell is assembled by the symmetrical association of multiple copies of the major vault protein that, initially, generates half vaults. The pairwise, anti-parallel association of two half vaults produces whole vaults. Here, using a combination of vault recombinant reconstitution and structural techniques, we characterized the molecular determinants for the vault opening process. This process commences with a relaxation of the vault waist, causing the expansion of the inner cavity. Then, local disengagement of amino-terminal domains at the vault midsection seeds a conformational change that leads to the aperture, facilitating access to the inner cavity where cargo is hosted. These results inform a hitherto uncharacterized step of the vault cycle and will aid current engineering efforts leveraging vault for tailored cargo delivery. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13478.map.gz | 229 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13478-v30.xml emd-13478.xml | 11.8 KB 11.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13478.png | 69.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13478.cif.gz | 5.7 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13478 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13478 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13478_validation.pdf.gz | 725.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13478_full_validation.pdf.gz | 725.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13478_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13478_validation.cif.gz | 8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13478 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13478 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13478.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.69 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : major vault protein from Rattus norvegicus
全体 | 名称: major vault protein from Rattus norvegicus |
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要素 |
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-超分子 #1: major vault protein from Rattus norvegicus
超分子 | 名称: major vault protein from Rattus norvegicus / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
-分子 #1: Major vault protein
分子 | 名称: Major vault protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 78 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Rattus norvegicus (ドブネズミ) |
分子量 | 理論値: 95.920109 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MATEEAIIRI PPYHYIHVLD QNSNVSRVEV GPKTYIRQDN ERVLFAPVRM VTVPPRHYCI VANPVSRDTQ SSVLFDITGQ VRLRHADQE IRLAQDPFPL YPGEVLEKDI TPLQVVLPNT ALHLKALLDF EDKNGDKVMA GDEWLFEGPG TYIPQKEVEV V EIIQATVI ...文字列: MATEEAIIRI PPYHYIHVLD QNSNVSRVEV GPKTYIRQDN ERVLFAPVRM VTVPPRHYCI VANPVSRDTQ SSVLFDITGQ VRLRHADQE IRLAQDPFPL YPGEVLEKDI TPLQVVLPNT ALHLKALLDF EDKNGDKVMA GDEWLFEGPG TYIPQKEVEV V EIIQATVI KQNQALRLRA RKECFDREGK GRVTGEEWLV RSVGAYLPAV FEEVLDLVDA VILTEKTALH LRALQNFRDL RG VLHRTGE EWLVTVQDTE AHVPDVYEEV LGVVPITTLG PRHYCVILDP MGPDGKNQLG QKRVVKGEKS FFLQPGERLE RGI QDVYVL SEQQGLLLKA LQPLEEGESE EKVSHQAGDC WLIRGPLEYV PSAKVEVVEE RQAIPLDQNE GIYVQDVKTG KVRA VIGST YMLTQDEVLW EKELPSGVEE LLNLGHDPLA DRGQKGTAKP LQPSAPRNKT RVVSYRVPHN AAVQVYDYRA KRARV VFGP ELVTLDPEEQ FTVLSLSAGR PKRPHARRAL CLLLGPDFFT DVITIETADH ARLQLQLAYN WHFELKNRND PAEAAK LFS VPDFVGDACK AIASRVRGAV ASVTFDDFHK NSARIIRMAV FGFEMSEDTG PDGTLLPKAR DQAVFPQNGL VVSSVDV QS VEPVDQRTRD ALQRSVQLAI EITTNSQEAA AKHEAQRLEQ EARGRLERQK ILDQSEAEKA RKELLELEAM SMAVESTG N AKAEAESRAE AARIEGEGSV LQAKLKAQAL AIETEAELER VKKVREMELI YARAQLELEV SKAQQLANVE AKKFKEMTE ALGPGTIRDL AVAGPEMQVK LLQSLGLKST LITDGSSPIN LFSTAFGLLG LGSDGQPPAQ K UniProtKB: Major vault protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 1 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 9793 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |