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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13336 | |||||||||
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タイトル | focus refinement of soluble domain of adenylyl cyclase 9 in complex with Gs protein alpha subunit and MANT-GTP | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein / adenylyl cyclase / signalling transduction. / SIGNALING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / PKA activation / adenylate cyclase / Hedgehog 'off' state / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / D1 dopamine receptor binding / cAMP biosynthetic process ...Adenylate cyclase activating pathway / Adenylate cyclase inhibitory pathway / sensory perception of chemical stimulus / PKA activation / adenylate cyclase / Hedgehog 'off' state / mu-type opioid receptor binding / corticotropin-releasing hormone receptor 1 binding / D1 dopamine receptor binding / cAMP biosynthetic process / adenylate cyclase activity / beta-2 adrenergic receptor binding / G alpha (z) signalling events / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / adenylate cyclase activator activity / insulin-like growth factor receptor binding / ionotropic glutamate receptor binding / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / heterotrimeric G-protein complex / in utero embryonic development / intracellular signal transduction / GTPase activity / GTP binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bos taurus (ウシ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Qi C / Korkhov VM | |||||||||
資金援助 | 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Structural basis of adenylyl cyclase 9 activation. 著者: Chao Qi / Pia Lavriha / Ved Mehta / Basavraj Khanppnavar / Inayathulla Mohammed / Yong Li / Michalis Lazaratos / Jonas V Schaefer / Birgit Dreier / Andreas Plückthun / Ana-Nicoleta Bondar / ...著者: Chao Qi / Pia Lavriha / Ved Mehta / Basavraj Khanppnavar / Inayathulla Mohammed / Yong Li / Michalis Lazaratos / Jonas V Schaefer / Birgit Dreier / Andreas Plückthun / Ana-Nicoleta Bondar / Carmen W Dessauer / Volodymyr M Korkhov / 要旨: Adenylyl cyclase 9 (AC9) is a membrane-bound enzyme that converts ATP into cAMP. The enzyme is weakly activated by forskolin, fully activated by the G protein Gαs subunit and is autoinhibited by the ...Adenylyl cyclase 9 (AC9) is a membrane-bound enzyme that converts ATP into cAMP. The enzyme is weakly activated by forskolin, fully activated by the G protein Gαs subunit and is autoinhibited by the AC9 C-terminus. Although our recent structural studies of the AC9-Gαs complex provided the framework for understanding AC9 autoinhibition, the conformational changes that AC9 undergoes in response to activator binding remains poorly understood. Here, we present the cryo-EM structures of AC9 in several distinct states: (i) AC9 bound to a nucleotide inhibitor MANT-GTP, (ii) bound to an artificial activator (DARPin C4) and MANT-GTP, (iii) bound to DARPin C4 and a nucleotide analogue ATPαS, (iv) bound to Gαs and MANT-GTP. The artificial activator DARPin C4 partially activates AC9 by binding at a site that overlaps with the Gαs binding site. Together with the previously observed occluded and forskolin-bound conformations, structural comparisons of AC9 in the four conformations described here show that secondary structure rearrangements in the region surrounding the forskolin binding site are essential for AC9 activation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13336.map.gz | 6.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13336-v30.xml emd-13336.xml | 14.4 KB 14.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13336_fsc.xml | 10.7 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13336.png | 53.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13336.cif.gz | 6.5 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13336 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13336 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13336_validation.pdf.gz | 367.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13336_full_validation.pdf.gz | 367.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13336_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13336_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13336 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13336 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13336.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.81 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Adenylyl cyclase 9 bound to MANT-GTP
全体 | 名称: Adenylyl cyclase 9 bound to MANT-GTP |
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要素 |
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-超分子 #1: Adenylyl cyclase 9 bound to MANT-GTP
超分子 | 名称: Adenylyl cyclase 9 bound to MANT-GTP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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分子量 | 理論値: 146 kDa/nm |
-超分子 #2: Adenylyl cyclase 9
超分子 | 名称: Adenylyl cyclase 9 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-超分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
超分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
-分子 #1: Adenylate cyclase 9
分子 | 名称: Adenylate cyclase 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 151.142875 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MASPPHQQLL QHHSTEVSCD SSGDSNSVRV RINPKQPSSN SHPKHCKYSI SSSCSSSGDS GGVPRRMGAG GRLRRRKKLP QLFERASSR WWDPKFDSVN LEEACMERCF PQTQRRFRYA LFYIGFACLL WSIYFGVHMK SKLIVMVAPA LCFLVVCVGF F LFTFTKLY ...文字列: MASPPHQQLL QHHSTEVSCD SSGDSNSVRV RINPKQPSSN SHPKHCKYSI SSSCSSSGDS GGVPRRMGAG GRLRRRKKLP QLFERASSR WWDPKFDSVN LEEACMERCF PQTQRRFRYA LFYIGFACLL WSIYFGVHMK SKLIVMVAPA LCFLVVCVGF F LFTFTKLY ARHYVWTSLV LTLLVFALTL AAQFQVLTPL SGRVDNFNHT RAARPTDTCL SQVGSFSMCI EVLFLLYTVM HL PLYLSLI LGVAYSVLFE TFGYHFQDEA CFASPGAEAL HWELLSRALL HLCIHAIGIH LFIMSQVRSR STFLKVGQSI MHG KDLEVE KALKERMIHS VMPRIIADDL MKQGDEESEN SVKRHATSSP KNRKKKSSIQ KAPIAFRPFK MQQIEEVSIL FADI VGFTK MSANKSAHAL VGLLNDLFGR FDRLCEETKC EKISTLGDCY YCVAGCPEPR ADHAYCCIEM GLGMIRAIEQ FCQEK KEMV NMRVGVHTGT VLCGILGMRR FKFDVWSNDV NLANLMEQLG VAGKVHISEA TAKYLDDRYE MEDGKVTERL GQSVVA DQL KGLKTYLIAG QRAKESHCSC SEALLSGFEV LDGSRVSSGP RGQGTASPGS VSDLAQTVKT FDNLKTCPSC GITFTPK PE AGAEGGAVQN GCQEEPKNSA KASGGPSSKT QNGLLSPPPE EKLTNSQTSL CEILQEKGRW AGVSLDQSAL LPLRFKNI R EKTDAHFVDV IKEDSLMKDY FFKPPINQFS LNFLDPELER AYRTSYQEEV VKSSPVRTFA SATFSSLLDV LLSTTVFLI LSITCFLRYG AASTPPPPAA LAVFGAALLL EILSLVVSVR MVFFLEDVMT CTKRLLEWIA GWLPRHFIGA ILVSLPALAV YSHVTSEFE TNIHSTMFTG SAVLTAVVQY CNFCQLSSWM RSSLATVVGA GPLLLLLYVS LCPDSSTVIS HLDAVQNFSS T RKLCNASL PHDGRSPASL IGQEVILVFF LLLLLVWFLN REFEVSYRLH YHGDVEADLH RTKIQSMRDQ ADWLLRNIIP YH VAEQLKV SQTYSKNHDS GGVIFASIVN FSEFYEENYE GGKECYRVLN ELIGDFDELL SKPDYSSIEK IKTIGATYMA ASG LNATQC RDGSHPQEHL QILFEFAKEM MRVVDDFNNN MLWFNFKLRV GFNHGPLTAG VIGTTKLLYD IWGDTVNIAS RMDT TGVEC RIQVSEESYR VLSKMGYEFD YRGTVNVKGK GQMKTYLYPK CTDSGLVPQH QLSISPDIRV QVDGSIGRSP TDEIA SLVP SVQNPDQVPP GSENNAQTRD AHPSAKRPWK EPVRAEERCR FGKAIEKSDC EEVGMEEANE LTKLNVSERA UniProtKB: adenylate cyclase |
-分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short
分子 | 名称: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Bos taurus (ウシ) |
分子量 | 理論値: 47.003801 KDa |
組換発現 | 生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) |
配列 | 文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGFNG GEGGEEDPNA AKSNSDGEK ATKVQDIKNN LKEAIETIVA AMSNLVPPVE LANPENQFRV DYILSVMNVP DFDFPPEFYE HAKALWEDEG V RACYERSN ...文字列: MGCLGNSKTE DQRNEEKAQR EANKKIEKQL QKDKQVYRAT HRLLLLGAGE SGKSTIVKQM RILHVNGFNG GEGGEEDPNA AKSNSDGEK ATKVQDIKNN LKEAIETIVA AMSNLVPPVE LANPENQFRV DYILSVMNVP DFDFPPEFYE HAKALWEDEG V RACYERSN EYQLIDCAQY FLDKIDVIKQ DDYVPSDQDL LRCRVLTSGI FETKFQVDKV NFHMFDVGGQ RDERRKWIQC FN DVTAIIF VVASSSYNMV IREDNQTNRL QEALNLFKSI WNNRWLRTIS VILFLNKQDL LAEKVLAGKS KIEDYFPEFA RYT TPEDAT PEPGEDPRVT RAKYFIRDEF LRISTASGDG RHYCYPHFTC AVDTENIRRV FNDCRDIIQR MHLRQYELLG GHHH HHHHH UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(s) subunit alpha isoforms short |
-分子 #3: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE
分子 | 名称: 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: GSP |
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分子量 | 理論値: 539.246 Da |
Chemical component information | ChemComp-GSP: |
-分子 #4: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: RIGID BODY FIT |
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得られたモデル | PDB-7pdf: |