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万見
- PDB-6aef: PapA2 acyl transferase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aef
タイトルPapA2 acyl transferase
要素Trehalose-2-sulfate acyltransferase PapA2
キーワードTRANSFERASE / Mycobacterium tuberculesis PapA2 Acyl transferase Polyketide synthase associated protein
機能・相同性
機能・相同性情報


2-O-sulfo trehalose long-chain-acyltransferase / sulfolipid biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / lipid biosynthetic process / catalytic activity / cell wall organization
類似検索 - 分子機能
Nonribosomal peptide synthetase, condensation domain / Chloramphenicol Acetyltransferase / Condensation domain / Condensation domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Trehalose-2-sulfate acyltransferase PapA2 / Polyketide synthase associated protein PapA2
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Chaudhary, S. / Rao, V. / Panchal, V.
資金援助 インド, 3件
組織認可番号国
DST SERB Ramanujan Fellowship SB/S2/RJN-14/2013 dt. 3.9.13 インド
CSIR BSC 0123 インド
UGC doctoral fellowship インド
引用ジャーナル: Faseb Bioadv / 年: 2019
タイトル: A novel mutation alters the stability of PapA2 resulting in the complete abrogation of sulfolipids in clinical mycobacterial strains.
著者: Panchal, V. / Jatana, N. / Malik, A. / Taneja, B. / Pal, R. / Bhatt, A. / Besra, G.S. / Thukral, L. / Chaudhary, S. / Rao, V.
履歴
登録2018年8月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年6月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_ec / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Trehalose-2-sulfate acyltransferase PapA2
A: Trehalose-2-sulfate acyltransferase PapA2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,6646
ポリマ－104,3522
非ポリマー3124
水8,503472
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2100 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area37940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.707, 100.668, 128.927
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Trehalose-2-sulfate acyltransferase PapA2 / Polyketide synthase-associated protein A2


分子量: 52175.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: papA2, Rv3820c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3)
参照: UniProt: P9WIK7, UniProt: R4MC47*PLUS, 2-O-sulfo trehalose long-chain-acyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 472 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.26 % / 解説: sheets
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 8000, magnesium chloride, sodium cacodylate

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97883 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97883 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→39.714 Å / Num. obs: 52880 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 2.24
反射 シェル解像度: 2.16→2.25 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
PHENIXモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.16→39.714 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.22
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2315 2620 5.03 %
Rwork0.1981 --
obs0.1998 52058 98.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.16→39.714 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7206 0 14 472 7692
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0057428
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.71110137
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.1464403
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461124
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051332
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1596-2.19890.29831230.25652304X-RAY DIFFRACTION88
2.1989-2.24120.45651120.34882372X-RAY DIFFRACTION92
2.2412-2.28690.37491260.36232398X-RAY DIFFRACTION92
2.2869-2.33670.2951330.23032649X-RAY DIFFRACTION100
2.3367-2.3910.25281320.21682588X-RAY DIFFRACTION100
2.391-2.45080.26721220.22172628X-RAY DIFFRACTION100
2.4508-2.51710.28311470.21082626X-RAY DIFFRACTION100
2.5171-2.59110.22861410.21842597X-RAY DIFFRACTION100
2.5911-2.67470.29941640.22162587X-RAY DIFFRACTION100
2.6747-2.77030.24821420.22072621X-RAY DIFFRACTION100
2.7703-2.88120.25271480.20992631X-RAY DIFFRACTION100
2.8812-3.01230.2411410.20372605X-RAY DIFFRACTION100
3.0123-3.1710.24681290.19692638X-RAY DIFFRACTION100
3.171-3.36960.24091410.19542658X-RAY DIFFRACTION100
3.3696-3.62960.19471410.1822651X-RAY DIFFRACTION100
3.6296-3.99460.19721390.17242651X-RAY DIFFRACTION100
3.9946-4.57190.1931490.162679X-RAY DIFFRACTION100
4.5719-5.75730.19551600.16332703X-RAY DIFFRACTION100
5.7573-39.72040.20141300.19172852X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.62960.1995-0.31761.10410.54212.4506-0.01760.0470.08420.0177-0.01630.0684-0.1824-0.19760.03370.21640.0255-0.01940.23850.02690.2627-6.432635.6894-12.8716
21.58280.4432-0.2081.4547-0.00390.5956-0.1203-0.0797-0.1715-0.07290.0319-0.05350.14560.02510.09450.33360.01060.02230.31150.01090.3334-7.350512.5806-18.9212
31.31790.6461-0.54642.183-0.45471.6661-0.1218-0.1129-0.1519-0.1177-0.0405-0.170.09760.18810.12630.18430.03380.02640.26360.04690.272137.275337.1344-35.8606
40.98210.0867-0.18280.0238-0.11580.6317-0.26760.2201-0.4391-0.60340.1156-0.56540.212-0.13480.10280.4416-0.07810.22650.253-0.05750.396221.097322.0624-38.678
52.5621.1195-0.79661.0497-0.18330.7703-0.62620.8203-0.1425-0.5940.49350.02240.3607-0.27830.02240.5797-0.2330.07220.5848-0.03980.397516.352424.3349-50.5323
62.9510.44350.80671.0148-0.41261.5734-0.73791.0711-0.1358-0.56760.4134-0.10110.3673-0.2245-0.39160.6706-0.2880.1490.7056-0.03930.431827.401628.9813-57.956
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 2 through 234 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 235 through 459 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 2 through 189 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 190 through 253 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 254 through 397 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 398 through 459 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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