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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13268 | |||||||||
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タイトル | Streptococcus pneumoniae choline importer LicB in lipid nanodiscs | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | EamA domain / EamA-like transporter family / membrane => GO:0016020 / LicB protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌) / synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.75 Å | |||||||||
データ登録者 | Perez C / Baerland N | |||||||||
資金援助 | スイス, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Mechanistic basis of choline import involved in teichoic acids and lipopolysaccharide modification. 著者: Natalie Bärland / Anne-Stéphanie Rueff / Gonzalo Cebrero / Cedric A J Hutter / Markus A Seeger / Jan-Willem Veening / Camilo Perez / 要旨: Phosphocholine molecules decorating bacterial cell wall teichoic acids and outer-membrane lipopolysaccharide have fundamental roles in adhesion to host cells, immune evasion, and persistence. ...Phosphocholine molecules decorating bacterial cell wall teichoic acids and outer-membrane lipopolysaccharide have fundamental roles in adhesion to host cells, immune evasion, and persistence. Bacteria carrying the operon that performs phosphocholine decoration synthesize phosphocholine after uptake of the choline precursor by LicB, a conserved transporter among divergent species. is a prominent pathogen where phosphocholine decoration plays a fundamental role in virulence. Here, we present cryo-electron microscopy and crystal structures of LicB, revealing distinct conformational states and describing architectural and mechanistic elements essential to choline import. Together with in vitro and in vivo functional characterization, we found that LicB displays proton-coupled import activity and promiscuous selectivity involved in adaptation to choline deprivation conditions, and describe LicB inhibition by synthetic nanobodies (sybodies). Our results provide previously unknown insights into the molecular mechanism of a key transporter involved in bacterial pathogenesis and establish a basis for inhibition of the phosphocholine modification pathway across bacterial phyla. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2021 タイトル: Mechanistic basis of choline import involved in teichoic acids and lipopolysaccharide modification 著者: Barland N / Rueff AS / Cebrero G / Hutter CA / Seeger MA / Veening JW / Perez C | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13268.map.gz | 203.9 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13268-v30.xml emd-13268.xml | 14.5 KB 14.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_13268.png | 59.9 KB | ||
マスクデータ | emd_13268_msk_1.map | 216 MB | マスクマップ | |
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13268 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13268 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13268.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.878 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_13268_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Choline importer in nanodiscs bound to nanobody
全体 | 名称: Choline importer in nanodiscs bound to nanobody |
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要素 |
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-超分子 #1: Choline importer in nanodiscs bound to nanobody
超分子 | 名称: Choline importer in nanodiscs bound to nanobody / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
分子量 | 実験値: 260 KDa |
-分子 #1: Nanobody
分子 | 名称: Nanobody / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 16.802365 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌) |
配列 | 文字列: GSSSQVQLVE SGGGSVQAGG SLRLSCAASG TIHAIGYLGW FRQAPGKERE GVAALTTYDG WTYYADSVKG RFTVSLDNAK NTVYLQMNS LKPEDTALYY CAAADDGWMF PLYHNHYEYW GQGTQVTVSA GRAGEQKLIS EEDLNSAVDH HHHHH |
-分子 #2: LicB protein
分子 | 名称: LicB protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌) 株: ATCC BAA-334 / TIGR4 |
分子量 | 理論値: 31.647631 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKSKNGVPFG LLSGIFWGLG LTVSAYIFSI FTDLSPFVVA ATHDFLSIFI LLAFLLVKEG KVRLSIFLNI RNVSVIIGAL LAGPIGMQA NLYAVKYIGS SLASSVSAIY PAISVLLAFF FLKHKISKNT VFGIVLIIGG IIAQTYKVEQ VNSFYIGILC A LVCAIAWG ...文字列: MKSKNGVPFG LLSGIFWGLG LTVSAYIFSI FTDLSPFVVA ATHDFLSIFI LLAFLLVKEG KVRLSIFLNI RNVSVIIGAL LAGPIGMQA NLYAVKYIGS SLASSVSAIY PAISVLLAFF FLKHKISKNT VFGIVLIIGG IIAQTYKVEQ VNSFYIGILC A LVCAIAWG SESVLSSFAM ESELSEIEAL LIRQVTSFLS YLVIVLFSHQ SFTAVANGQL LGLMIVFAAF DMISYLAYYI AI NRLQPAK ATGLNVSYVV WTVLFAVVFL GAPLDMLTIM TSLVVIAGVY IIIKE |
-分子 #3: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-...
分子 | 名称: (1S)-2-{[{[(2R)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL STEARATE タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: PGT |
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分子量 | 理論値: 751.023 Da |
Chemical component information | ChemComp-PGT: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 95 % / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.0 µm |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | プロトコル: OTHER |
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得られたモデル | PDB-7paf: |