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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13179 | ||||||||||||||||||
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タイトル | Streptomyces coelicolor dATP/ATP-loaded NrdR in complex with its cognate DNA | ||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Repressor / Dodecamer / ATP-binding / dATP-binding / DNA BINDING PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) / Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.31 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Martinez-Carranza M / Stenmark P | ||||||||||||||||||
資金援助 | スウェーデン, 5件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: A nucleotide-sensing oligomerization mechanism that controls NrdR-dependent transcription of ribonucleotide reductases. 著者: Inna Rozman Grinberg / Markel Martínez-Carranza / Ornella Bimai / Ghada Nouaïria / Saher Shahid / Daniel Lundin / Derek T Logan / Britt-Marie Sjöberg / Pål Stenmark / 要旨: Ribonucleotide reductase (RNR) is an essential enzyme that catalyzes the synthesis of DNA building blocks in virtually all living cells. NrdR, an RNR-specific repressor, controls the transcription of ...Ribonucleotide reductase (RNR) is an essential enzyme that catalyzes the synthesis of DNA building blocks in virtually all living cells. NrdR, an RNR-specific repressor, controls the transcription of RNR genes and, often, its own, in most bacteria and some archaea. NrdR senses the concentration of nucleotides through its ATP-cone, an evolutionarily mobile domain that also regulates the enzymatic activity of many RNRs, while a Zn-ribbon domain mediates binding to NrdR boxes upstream of and overlapping the transcription start site of RNR genes. Here, we combine biochemical and cryo-EM studies of NrdR from Streptomyces coelicolor to show, at atomic resolution, how NrdR binds to DNA. The suggested mechanism involves an initial dodecamer loaded with two ATP molecules that cannot bind to DNA. When dATP concentrations increase, an octamer forms that is loaded with one molecule each of dATP and ATP per monomer. A tetramer derived from this octamer then binds to DNA and represses transcription of RNR. In many bacteria - including well-known pathogens such as Mycobacterium tuberculosis - NrdR simultaneously controls multiple RNRs and hence DNA synthesis, making it an excellent target for novel antibiotics development. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_13179.map.gz | 153.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-13179-v30.xml emd-13179.xml | 20.7 KB 20.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_13179_fsc.xml | 12.1 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_13179.png | 63.9 KB | ||
Filedesc metadata | emd-13179.cif.gz | 6.3 KB | ||
その他 | emd_13179_half_map_1.map.gz emd_13179_half_map_2.map.gz | 151.3 MB 151.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13179 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-13179 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_13179_validation.pdf.gz | 769.1 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_13179_full_validation.pdf.gz | 768.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_13179_validation.xml.gz | 20.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_13179_validation.cif.gz | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13179 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-13179 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_13179.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 163.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.67 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_13179_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_13179_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Tetrameric assembly of dATP/ATP-loaded NrdR in complex with its c...
全体 | 名称: Tetrameric assembly of dATP/ATP-loaded NrdR in complex with its cognate DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetrameric assembly of dATP/ATP-loaded NrdR in complex with its c...
超分子 | 名称: Tetrameric assembly of dATP/ATP-loaded NrdR in complex with its cognate DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 |
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分子量 | 理論値: 125 KDa |
-超分子 #2: Transcriptional repressor NrdR
超分子 | 名称: Transcriptional repressor NrdR / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) |
-超分子 #3: DNA (50-MER)
超分子 | 名称: DNA (50-MER) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) |
-分子 #1: Transcriptional repressor NrdR
分子 | 名称: Transcriptional repressor NrdR / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces coelicolor (strain ATCC BAA-471 / A3(2) / M145) (バクテリア) 株: ATCC BAA-471 / A3(2) / M145 |
分子量 | 理論値: 21.271629 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) |
配列 | 文字列: MHCPFCRHPD SRVVDSRTTD DGTSIRRRRQ CPDCSRRFTT VETCSLMVVK RSGVTEPFSR TKVINGVRKA CQGRPVTEDA LAQLGQRVE EAVRATGSAE LTTHDVGLAI LGPLQELDLV AYLRFASVYR AFDSLEDFEA AIAELRETTG HPGEEDDTGA G SQENDRGP ...文字列: MHCPFCRHPD SRVVDSRTTD DGTSIRRRRQ CPDCSRRFTT VETCSLMVVK RSGVTEPFSR TKVINGVRKA CQGRPVTEDA LAQLGQRVE EAVRATGSAE LTTHDVGLAI LGPLQELDLV AYLRFASVYR AFDSLEDFEA AIAELRETTG HPGEEDDTGA G SQENDRGP TGAGQVPEPA GAADKLAAAL EHHHHHH UniProtKB: Transcriptional repressor NrdR |
-分子 #2: DNA (50-MER)
分子 | 名称: DNA (50-MER) / タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 17.507195 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG) (DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG) (DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC) (DC)(DA)(DC)(DA)(DA) ...文字列: (DG)(DC)(DC)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) (DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT)(DG) (DG)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)(DT)(DA)(DG) (DC)(DG)(DT)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG)(DC) (DC) (DC)(DA)(DC)(DA)(DA)(DG)(DT)(DT) (DG)(DT)(DG)(DG)(DT)(DC)(DC)(DC)(DC) |
-分子 #3: DNA (50-MER)
分子 | 名称: DNA (50-MER) / タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Streptomyces coelicolor A3(2) (バクテリア) |
分子量 | 理論値: 17.627266 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC) (DT)(DA)(DG)(DA)(DT) ...文字列: (DG)(DG)(DG)(DG)(DA)(DC)(DC)(DA)(DC)(DA) (DA)(DC)(DT)(DT)(DG)(DT)(DG)(DG)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)(DT)(DC)(DA)(DC)(DG)(DC) (DT)(DA)(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DC)(DC)(DA) (DC) (DT)(DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DT)(DG) (DG)(DG)(DG)(DA)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC) |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #5: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: DTP |
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分子量 | 理論値: 491.182 Da |
Chemical component information | ChemComp-DTP: |
-分子 #6: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 3562 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |