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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-13048 | |||||||||
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タイトル | cytochrome bd-II type oxidase with bound aurachin D | |||||||||
![]() | post-processed sharpened map | |||||||||
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![]() | terminal oxidase / Q-loop / inhibitor binding / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() ubiquinol oxidase (H+-transporting) / cytochrome bo3 ubiquinol oxidase activity / cytochrome complex / aerobic electron transport chain / oxidoreductase activity, acting on diphenols and related substances as donors, oxygen as acceptor / cell outer membrane / electron transfer activity / heme binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.0 Å | |||||||||
![]() | Grauel A / Kaegi J | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of Escherichia coli cytochrome bd-II type oxidase with bound aurachin D. 著者: Antonia Grauel / Jan Kägi / Tim Rasmussen / Iryna Makarchuk / Sabrina Oppermann / Aurélien F A Moumbock / Daniel Wohlwend / Rolf Müller / Frederic Melin / Stefan Günther / Petra Hellwig / ...著者: Antonia Grauel / Jan Kägi / Tim Rasmussen / Iryna Makarchuk / Sabrina Oppermann / Aurélien F A Moumbock / Daniel Wohlwend / Rolf Müller / Frederic Melin / Stefan Günther / Petra Hellwig / Bettina Böttcher / Thorsten Friedrich / ![]() ![]() 要旨: Cytochrome bd quinol:O oxidoreductases are respiratory terminal oxidases so far only identified in prokaryotes, including several pathogenic bacteria. Escherichia coli contains two bd oxidases of ...Cytochrome bd quinol:O oxidoreductases are respiratory terminal oxidases so far only identified in prokaryotes, including several pathogenic bacteria. Escherichia coli contains two bd oxidases of which only the bd-I type is structurally characterized. Here, we report the structure of the Escherichia coli cytochrome bd-II type oxidase with the bound inhibitor aurachin D as obtained by electron cryo-microscopy at 3 Å resolution. The oxidase consists of subunits AppB, C and X that show an architecture similar to that of bd-I. The three heme cofactors are found in AppC, while AppB is stabilized by a structural ubiquinone-8 at the homologous positions. A fourth subunit present in bd-I is lacking in bd-II. Accordingly, heme b is exposed to the membrane but heme d embedded within the protein and showing an unexpectedly high redox potential is the catalytically active centre. The structure of the Q-loop is fully resolved, revealing the specific aurachin binding. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 27.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 19 KB 19 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 167.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 648 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 647.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 5.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 6.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | post-processed sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0635 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase
全体 | 名称: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase |
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要素 |
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-超分子 #1: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase
超分子 | 名称: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3 詳細: dimer of heterotrimers solubilised in amphipol A8-35 in complex with the inhibitor Aurachin D |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 208 KDa |
-分子 #1: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 1
分子 | 名称: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquinol oxidase (H+-transporting) |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 57.962469 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MWDVIDLSRW QFALTALYHF LFVPLTLGLI FLLAIMETIY VVTGKTIYRD MTRFWGKLFG INFALGVATG LTMEFQFGTN WSFYSNYVG DIFGAPLAME ALMAFFLEST FVGLFFFGWQ RLNKYQHLLV TWLVAFGSNL SALWILNANG WMQYPTGAHF D IDTLRMEM ...文字列: MWDVIDLSRW QFALTALYHF LFVPLTLGLI FLLAIMETIY VVTGKTIYRD MTRFWGKLFG INFALGVATG LTMEFQFGTN WSFYSNYVG DIFGAPLAME ALMAFFLEST FVGLFFFGWQ RLNKYQHLLV TWLVAFGSNL SALWILNANG WMQYPTGAHF D IDTLRMEM TSFSELVFNP VSQVKFVHTV MAGYVTGAMF IMAISAWYLL RGRERNVALR SFAIGSVFGT LAIIGTLQLG DS SAYEVAQ VQPVKLAAME GEWQTEPAPA PFHVVAWPEQ DQERNAFALK IPALLGILAT HSLDKPVPGL KNLMAETYPR LQR GRMAWL LMQEISQGNR EPHVLQAFRG LEGDLGYGML LSRYAPDMNH VTAAQYQAAM RGAIPQVAPV FWSFRIMVGC GSLL LLVML IALVQTLRGK IDQHRWVLKM ALWSLPLPWI AIEAGWFMTE FGRQPWAIQD ILPTYSAHSA LTTGQLAFSL IMIVG LYTL FLIAEVYLMQ KYARLGPSAM QSEQPTQQQG UniProtKB: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 1 |
-分子 #2: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 2
分子 | 名称: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: ubiquinol oxidase (H+-transporting) |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 42.448543 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MFDYETLRFI WWLLIGVILV VFMISDGFDM GIGCLLPLVA RNDDERRIVI NSVGAHWEGN QVWLILAGGA LFAAWPRVYA AAFSGFYVA MILVLCSLFF RPLAFDYRGK IADARWRKMW DAGLVIGSLV PPVVFGIAFG NLLLGVPFAF TPQLRVEYLG S FWQLLTPF ...文字列: MFDYETLRFI WWLLIGVILV VFMISDGFDM GIGCLLPLVA RNDDERRIVI NSVGAHWEGN QVWLILAGGA LFAAWPRVYA AAFSGFYVA MILVLCSLFF RPLAFDYRGK IADARWRKMW DAGLVIGSLV PPVVFGIAFG NLLLGVPFAF TPQLRVEYLG S FWQLLTPF PLLCGLLSLG MVILQGGVWL QLKTVGVIHL RSQLATKRAA LLVMLCFLLA GYWLWVGIDG FVLLAQDANG PS NPLMKLV AVLPGAWMNN FVESPVLWIF PLLGFFCPLL TVMAIYRGRP GWGFLMASLM QFGVIFTAGI TLFPFVMPSS VSP ISSLTL WDSTSSQLTL SIMLVIVLIF LPIVLLYTLW SYYKMWGRMT TETLRRNENE LY UniProtKB: Cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit 2 |
-分子 #3: Putative cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit AppX
分子 | 名称: Putative cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit AppX タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 3.599463 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MWYLLWFVGI LLMCSLSTLV LVWLDPRLKS UniProtKB: Putative cytochrome bd-II ubiquinol oxidase subunit AppX |
-分子 #4: HEME B/C
分子 | 名称: HEME B/C / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: HEB |
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分子量 | 理論値: 618.503 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HEB: |
-分子 #5: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE
分子 | 名称: CIS-HEME D HYDROXYCHLORIN GAMMA-SPIROLACTONE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: HDD |
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分子量 | 理論値: 632.487 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HDD: |
-分子 #6: Aurachin D
分子 | 名称: Aurachin D / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: 0NI |
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分子量 | 理論値: 363.536 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-0NI: |
-分子 #7: Ubiquinone-8
分子 | 名称: Ubiquinone-8 / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: UQ8 |
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分子量 | 理論値: 727.109 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-UQ8: |
-分子 #8: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 5.6 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY ARRAY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 150 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 45 sec incubation, 6.5 sec blotting. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1836 / 平均露光時間: 75.0 sec. / 平均電子線量: 79.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.4000000000000001 µm 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |