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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12950 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of undecameric SlyB from Escherichia coli K12 | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | OUTER MEMBRANE CHAPERONE / 2TM GLYCINE ZIPPER / OUTER MEMBRANE LIPOPROTEIN SLYB / LPS-LP BINDING PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | Glycine zipper 2TM domain / Glycine zipper 2TM domain / cell outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Outer membrane lipoprotein slyB 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli BW25113 (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Nguyen VS / Remaut H | |||||||||||||||
資金援助 | ベルギー, 4件
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引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2023 タイトル: SlyB encapsulates outer membrane proteins in stress-induced lipid nanodomains 著者: Janssens A / Nguyen VS / Cecil AJ / Van der Verren SE / Timmerman E / Deghelt M / Pak AJ / Collet JF / Impens F / Remaut H | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12950.map.gz | 85.1 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12950-v30.xml emd-12950.xml | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_12950_fsc.xml | 10.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_12950.png | 174.4 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12950.cif.gz | 6.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12950 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12950 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12950_validation.pdf.gz | 487.9 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12950_full_validation.pdf.gz | 487.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12950_validation.xml.gz | 11.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12950_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12950 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12950 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ojgMC 7ojfC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12950.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.784 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Outer membrane lipoprotein SlyB
全体 | 名称: Outer membrane lipoprotein SlyB |
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要素 |
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-超分子 #1: Outer membrane lipoprotein SlyB
超分子 | 名称: Outer membrane lipoprotein SlyB / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 詳細: Undecameric SlyB was purified from overexpression of SlyB-TEV-HIS in E. coli using using 2-step Ni-IMAC purification. |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 細胞中の位置: Outer membrane |
分子量 | 理論値: 200 KDa |
-分子 #1: Outer membrane lipoprotein slyB
分子 | 名称: Outer membrane lipoprotein slyB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 11 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli BW25113 (大腸菌) / 株: 2002017 |
分子量 | 理論値: 15.613606 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MIKRVLVVSM VGLSLVGCVN NDTLSGDVYT ASEAKQVQNV SYGTIVNVRP VQIQGGDDSN VIGAIGGAVL GGFLGNTVGG GTGRSLATA AGAVAGGVAG QGVQSAMNKT QGVELEIRKD DGNTIMVVQK QGNTRFSPGQ RVVLASNGSQ VTVSPR UniProtKB: Outer membrane lipoprotein slyB |
-分子 #2: PALMITIC ACID
分子 | 名称: PALMITIC ACID / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 33 / 式: PLM |
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分子量 | 理論値: 256.424 Da |
Chemical component information | ChemComp-PLM: |
-分子 #3: GLYCEROL
分子 | 名称: GLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 11 / 式: GOL |
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分子量 | 理論値: 92.094 Da |
Chemical component information | ChemComp-GOL: |
-分子 #4: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[[...
分子 | 名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(~{E},3~{R})-3-dodecanoyloxytetradec-5-enoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3- ...名称: (2~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-[(1~{R})-1,2-bis(oxidanyl)ethyl]-2-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-5-[[(~{E},3~{R})-3-dodecanoyloxytetradec-5-enoyl]amino]-6-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-3-oxidanyl-5-[[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-11-enoyl]amino]-4-[(~{E},3~{R})-3-oxidanyltetradec-5-enoyl]oxy-6-phosphonooxy-oxan-2-yl]methoxy]-3-phosphonooxy-4-[(~{E},3~{R})-3-tetradecanoyloxytetradec-7-enoyl]oxy-oxan-2-yl]methoxy]-4,5-bis(oxidanyl)oxane-2-carboxylic acid タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 11 / 式: L8Z |
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分子量 | 理論値: 2.010478 KDa |
Chemical component information | ChemComp-L8Z: |
-分子 #5: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE
分子 | 名称: 2-(HEXADECANOYLOXY)-1-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]ETHYL HEXADECANOATE タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 11 / 式: LPP |
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分子量 | 理論値: 648.891 Da |
Chemical component information | ChemComp-LPP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.04 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 8 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 90 % / 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 詳細: Back-blotting for 4 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL CRYO ARM 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6352 / 平均露光時間: 3.0 sec. / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.55 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 60000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: JEOL CRYOSPECPORTER / ホルダー冷却材: NITROGEN |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 35 |
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得られたモデル | PDB-7ojg: |