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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12891 | |||||||||
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タイトル | Tetanus neurotoxin LC-HN domain in complex with TT110-Fab1 | |||||||||
マップデータ | Tetanus neurotoxin LC-HN domain in complex with TT110-Fab1 | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 negative regulation of neurotransmitter secretion / protein transmembrane transporter activity / metalloendopeptidase activity / toxin activity / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Clostridium tetani (破傷風菌) / Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 8.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Grinzato A / Kandiah E / Zanotti G | |||||||||
引用 | ジャーナル: J Clin Invest / 年: 2021 タイトル: Exceptionally potent human monoclonal antibodies are effective for prophylaxis and treatment of tetanus in mice. 著者: Marco Pirazzini / Alessandro Grinzato / Davide Corti / Sonia Barbieri / Oneda Leka / Francesca Vallese / Marika Tonellato / Chiara Silacci-Fregni / Luca Piccoli / Eaazhisai Kandiah / ...著者: Marco Pirazzini / Alessandro Grinzato / Davide Corti / Sonia Barbieri / Oneda Leka / Francesca Vallese / Marika Tonellato / Chiara Silacci-Fregni / Luca Piccoli / Eaazhisai Kandiah / Giampietro Schiavo / Giuseppe Zanotti / Antonio Lanzavecchia / Cesare Montecucco / 要旨: We used human monoclonal antibodies (humAbs) to study the mechanism of neuron intoxication by tetanus neurotoxin and to evaluate these antibodies as a safe preventive and therapeutic substitute for ...We used human monoclonal antibodies (humAbs) to study the mechanism of neuron intoxication by tetanus neurotoxin and to evaluate these antibodies as a safe preventive and therapeutic substitute for hyperimmune sera to treat tetanus in mice. By screening memory B cells from immune donors, we selected 2 tetanus neurotoxin-specific mAbs with exceptionally high neutralizing activities and extensively characterized them both structurally and functionally. We found that these antibodies interfered with the binding and translocation of the neurotoxin into neurons by interacting with 2 epitopes, whose identification pinpoints crucial events in the cellular pathogenesis of tetanus. Our observations explain the neutralization ability of these antibodies, which we found to be exceptionally potent in preventing experimental tetanus when injected into mice long before the toxin. Moreover, their Fab derivatives neutralized tetanus neurotoxin in post-exposure experiments, suggesting their potential for therapeutic use via intrathecal injection. As such, we believe these humAbs, as well as their Fab derivatives, meet the requirements to be considered for prophylactic and therapeutic use in human tetanus and are ready for clinical trials. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12891.map.gz | 97.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12891-v30.xml emd-12891.xml | 12.8 KB 12.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12891.png | 81.8 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12891 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12891 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12891_validation.pdf.gz | 352.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12891_full_validation.pdf.gz | 351.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12891_validation.xml.gz | 6.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12891_validation.cif.gz | 7.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12891 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12891 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12891.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Tetanus neurotoxin LC-HN domain in complex with TT110-Fab1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.827 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tetanus neurotoxin LC-HN domain in complex with TT110-Fab1
全体 | 名称: Tetanus neurotoxin LC-HN domain in complex with TT110-Fab1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Tetanus neurotoxin LC-HN domain in complex with TT110-Fab1
超分子 | 名称: Tetanus neurotoxin LC-HN domain in complex with TT110-Fab1 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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-超分子 #2: Tetanus toxin
超分子 | 名称: Tetanus toxin / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Clostridium tetani (破傷風菌) |
-超分子 #3: FAB TT110
超分子 | 名称: FAB TT110 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3 |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Tetanus toxin
分子 | 名称: Tetanus toxin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Clostridium tetani (破傷風菌) |
分子量 | 理論値: 99.92432 KDa |
配列 | 文字列: MPITINNFRY SDPVNNDTII MMEPPYCKGL DIYYKAFKIT DRIWIVPERY EFGTKPEDFN PPSSLIEGAS EYYDPNYLRT DSDKDRFLQ TMVKLFNRIK NNVAGEALLD KIINAIPYLG NSYSLLDKFD TNSNSVSFNL LEQDPSGATT KSAMLTNLII F GPGPVLNK ...文字列: MPITINNFRY SDPVNNDTII MMEPPYCKGL DIYYKAFKIT DRIWIVPERY EFGTKPEDFN PPSSLIEGAS EYYDPNYLRT DSDKDRFLQ TMVKLFNRIK NNVAGEALLD KIINAIPYLG NSYSLLDKFD TNSNSVSFNL LEQDPSGATT KSAMLTNLII F GPGPVLNK NEVRGIVLRV DNKNYFPCRD GFGSIMQMAF CPEYVPTFDN VIENITSLTI GKSKYFQDPA LLLMHELIHV LH GLYGMQV SSHEIIPSKQ EIYMQHTYPI SAEELFTFGG QDANLISIDI KNDLYEKTLN DYKAIANKLS QVTSCNDPNI DID SYKQIY QQKYQFDKDS NGQYIVNEDK FQILYNSIMY GFTEIELGKK FNIKTRLSYF SMNHDPVKIP NLLDDTIYND TEGF NIESK DLKSEYKGQN MRVNTNAFRN VDGSGLVSKL IGLCKKIIPP TNIRENLYNR TASLTDLGGE LCIKIKNEDL TFIAE KNSF SEEPFQDEIV SYNTKNKPLN FNYSLDKIIV DYNLQSKITL PNDRTTPVTK GIPYAPEYKS NAASTIEIHN IDDNTI YQY LYAQKSPTTL QRITMTNSVD DALINSTKIY SYFPSVISKV NQGAQGILFL QWVRDIIDDF TNESSQKTTI DKISDVS TI VPYIGPALNI VKQGYEGNFI GALETTGVVL LLEYIPEITL PVIAALSIAE SSTQKEKIIK TIDNFLEKRY EKWIEVYK L VKAKWLGTVN TQFQKRSYQM YRSLEYQVDA IKKIIDYEYK IYSGPDKEQI ADEINNLKNK LEEKANKAMI NINIFMRES SRSFLVNQMI NEAKKQLLEF DTQSKNILMQ YIKANSKFIG ITELKKLESK INKVFSTPIP FSYSKNLDCW |
-分子 #2: FAB TT110
分子 | 名称: FAB TT110 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 24.298252 KDa |
配列 | 文字列: QVQLMQSGAE VQKPGASVKV SCQASGFTLN NYYIHWLRQA PGQGFEWMGI FNPSSGTRTY AQKFQGRISM TADASTTTLY MELSGLTSE DAGVYFCARI GGSTYGRLMT YYFDHWGQGT VVAVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS ...文字列: QVQLMQSGAE VQKPGASVKV SCQASGFTLN NYYIHWLRQA PGQGFEWMGI FNPSSGTRTY AQKFQGRISM TADASTTTLY MELSGLTSE DAGVYFCARI GGSTYGRLMT YYFDHWGQGT VVAVSSASTK GPSVFPLAPS SKSTSGGTAA LGCLVKDYFP E PVTVSWNS GALTSGVHTF PAVLQSSGLY SLSSVVTVPS SSLGTQTYIC NVNHKPSNTK VDKRVEPKSC |
-分子 #3: FAB TT110
分子 | 名称: FAB TT110 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 23.023553 KDa |
配列 | 文字列: VLTQGPVTLS VSPGGRGTLS CRASRSISTT LAWYQQKPGQ APRLLIYGAS TRATGIPARF TGSGSGTEFT LTISSLQSED FAVYYCQQY NDWPVTFGQG TQVEVKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD NALQSGNSQE S VTEQDSKD ...文字列: VLTQGPVTLS VSPGGRGTLS CRASRSISTT LAWYQQKPGQ APRLLIYGAS TRATGIPARF TGSGSGTEFT LTISSLQSED FAVYYCQQY NDWPVTFGQG TQVEVKRTVA APSVFIFPPS DEQLKSGTAS VVCLLNNFYP REAKVQWKVD NALQSGNSQE S VTEQDSKD STYSLSSTLT LSKADYEKHK VYACEVTHQG LSSPVTKSFN RGEC |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 8.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 98170 |
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初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |