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万見
- EMDB-12885: Structure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ non-virion ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12885
タイトルStructure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase - class including clamp
マップデータPhiKZ non-virion RNA polymerase - class including clamp
試料
  • 複合体: Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ055
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ068
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ074
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ123
  • リガンド: ZINC ION
キーワードRNA polymerase / PhiKZ / non-virion / TRANSCRIPTION
機能・相同性PHIKZ123 / PHIKZ074 / PHIKZ068 / PHIKZ055
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas virus phiKZ (ウイルス) / Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者de Martin Garrido N / Lai Wan Loong YTE
資金援助 英国, ロシア, 2件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust206212/Z/17/Z 英国
Russian Science Foundation19-74-10030 ロシア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2021
タイトル: Structure of the bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase.
著者: Natàlia deYMartín Garrido / Mariia Orekhova / Yuen Ting Emilie Lai Wan Loong / Anna Litvinova / Kailash Ramlaul / Tatyana Artamonova / Alexei S Melnikov / Pavel Serdobintsev / Christopher H ...著者: Natàlia deYMartín Garrido / Mariia Orekhova / Yuen Ting Emilie Lai Wan Loong / Anna Litvinova / Kailash Ramlaul / Tatyana Artamonova / Alexei S Melnikov / Pavel Serdobintsev / Christopher H S Aylett / Maria Yakunina /
要旨: Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the archetype of a family of massive bacterial viruses. It is considered to have therapeutic potential as its host, Pseudomonas aeruginosa, is an opportunistic, ...Bacteriophage ΦKZ (PhiKZ) is the archetype of a family of massive bacterial viruses. It is considered to have therapeutic potential as its host, Pseudomonas aeruginosa, is an opportunistic, intrinsically antibiotic resistant, pathogen that kills tens of thousands worldwide each year. ΦKZ is an incredibly interesting virus, expressing many systems that the host already possesses. On infection, it forms a 'nucleus', erecting a barrier around its genome to exclude host endonucleases and CRISPR-Cas systems. ΦKZ infection is independent of the host transcriptional apparatus. It expresses two different multi-subunit RNA polymerases (RNAPs): the virion RNAP (vRNAP) is injected with the viral DNA during infection to transcribe early genes, including those encoding the non-virion RNAP (nvRNAP), which transcribes all further genes. ΦKZ nvRNAP is formed by four polypeptides thought to represent homologues of the eubacterial β/β' subunits, and a fifth with unclear homology, but essential for transcription. We have resolved the structure of ΦKZ nvRNAP to better than 3.0 Å, shedding light on its assembly, homology, and the biological role of the fifth subunit: it is an embedded, integral member of the complex, the position, structural homology and biochemical role of which imply that it has evolved from an ancestral homologue to σ-factor.
履歴
登録2021年5月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年7月7日-
マップ公開2021年7月7日-
更新2023年11月22日-
現状2023年11月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7ogp
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12885.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12885.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈PhiKZ non-virion RNA polymerase - class including clamp
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.85 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.0606534 - 0.0910257
平均 (標準偏差)0.00036268804 (±0.004750127)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 217.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z0.850.850.85
M x/y/z256256256
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z217.600217.600217.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ192139186
NX/NY/NZ211274246
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS256256256
D min/max/mean-0.0610.0910.000

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添付データ

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ハーフマップ: PhiKZ non-virion RNA polymerase - class including clamp - halfmap 1

ファイルemd_12885_half_map_1.map
注釈PhiKZ non-virion RNA polymerase - class including clamp - halfmap 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: PhiKZ non-virion RNA polymerase - class including clamp - halfmap 2

ファイルemd_12885_half_map_2.map
注釈PhiKZ non-virion RNA polymerase - class including clamp - halfmap 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase

全体名称: Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase
要素
  • 複合体: Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ055
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ068
    • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ074
    • タンパク質・ペプチド: PHIKZ123
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase

超分子名称: Bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
詳細: Expressed in E.coli from sequences obtained from the St. Petersburg lab strain of bacteriophage PhiKZ
由来(天然)生物種: Pseudomonas virus phiKZ (ウイルス) / 株: St. Petersburg
分子量理論値: 300 KDa

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分子 #1: PHIKZ055

分子名称: PHIKZ055 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 57.976605 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MGLYAKVVDH NEVHDQFTGK RIYANDYNTS NSDEKEEFDR HFYSHFQDSE AIESSVSCDC RAIEDAHKL GVICDICNTP VVNTSSRPIE PSMWVRTPKH VRSLINPRLI IMLTGYLVTK EFDFLAYLTD TSYRYDVESI G SKETRRKV ...文字列:
MGSSHHHHHH SSGLVPRGSH MGLYAKVVDH NEVHDQFTGK RIYANDYNTS NSDEKEEFDR HFYSHFQDSE AIESSVSCDC RAIEDAHKL GVICDICNTP VVNTSSRPIE PSMWVRTPKH VRSLINPRLI IMLTGYLVTK EFDFLAYLTD TSYRYDVESI G SKETRRKV DRLLHRGFER GLNHFIDNFN EIFQFLLDAN IISNNKSEFA QFVAQNKDKL FPKYLPVPSK LCFVAESTTS GT YLDKPIE AAIDATLTFA SIDASSVPLS PIKAQNRTMR GLRLYGQFYE IYAKSRIAQK PGLARRHMFG ARLNATARAV ITS ISDPHD YDELHIPWGV GCQLLKYHLT NKLKAKFNMT TREAFSFVYE NVLQYNQIIA DLFKELIAEA APYKGMGCTF HRNP TLQRG STQQFFITKV KDDINDNSIS MSVLCLKAPN ADFDGDQLNL TLMPDVYLTK ATERIAPHTW VLSIDEPHEI SGNLE LQGP VVETIINWAH EKYLPPLEEW LKAK

UniProtKB: PHIKZ055

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分子 #2: PHIKZ068

分子名称: PHIKZ068 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 59.41977 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MEIIVTGVQG TGFTEVATEH NGKRLTWTTT AYSKIRVQDQ QRVFQEINDY WSGLSAEAQQ HIWNCYVEIR KIMDMAMDPM RIAMSLSYY IKEMYKAMPM NSFRRWLLTI GKLYIPVDIE EVITDDSRYN RPDQTYLKHD YINLASVSLA LRPLVPIWGE F IDQGTSQE ...文字列:
MEIIVTGVQG TGFTEVATEH NGKRLTWTTT AYSKIRVQDQ QRVFQEINDY WSGLSAEAQQ HIWNCYVEIR KIMDMAMDPM RIAMSLSYY IKEMYKAMPM NSFRRWLLTI GKLYIPVDIE EVITDDSRYN RPDQTYLKHD YINLASVSLA LRPLVPIWGE F IDQGTSQE MHKECEVISL ISDCEVNHWP VDEISIDGTP VETAYDKLSA YVKFCVEDEA PTLANLYRGM SSAEVPDILQ AK VMVRRLT ILPLNDATSH SIVSNMFRYV KSNLNPAERS TADRVNDKRP DKGGIDDDDK TSFIESHKTK QRVTPGDIVA YNL DALDVV KLVHKIDDTV PVELIQECLD CVAVTATKDI YPHQILLAQW VMHKAFPARA FSHINKNAVN HLLAAAQSLM WHWG FQQVA VFMQVELYYS GEHAMSIQPR NSTRIQIKYK DVMDELYPHQ RQQRAINGVP VAPVNIAGIA VQSAHASIRS SNWIY HGPD RLFKEAEQVT QNKVLVVPAT IKSVITELVI HLGKLNQ

UniProtKB: PHIKZ068

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerase

分子名称: DNA-directed RNA polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 78.780453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSQLGRREID LTLLGHTGLD PWYGTTSSAR GAMFVTHIGQ APEVNGNESR YFLTGAELEY AKYTHDVRFP EDCRVLHVLR KYPTGIGKD SIRSNPVTTI IYENYFDKYK TIGVLHVPEY MSHHQDFGYE LVKNREVWET IAPNEMFSKD TVIAQSGAVK K DGTLGMGV ...文字列:
MSQLGRREID LTLLGHTGLD PWYGTTSSAR GAMFVTHIGQ APEVNGNESR YFLTGAELEY AKYTHDVRFP EDCRVLHVLR KYPTGIGKD SIRSNPVTTI IYENYFDKYK TIGVLHVPEY MSHHQDFGYE LVKNREVWET IAPNEMFSKD TVIAQSGAVK K DGTLGMGV NANVVFLSAA GTIEDGFVAN KNFLKRMMPT SYSTAVANAG RKAFFLNMYG DDKIYKPFPD IGDVIRPDGV IF AIRDHDD DLAPAEMTPR ALRTLDRTFD RAVIGTPGAK VIDIDIWRDE RVNPSPTPTG MDAQLVKYHT HLSSYYRELL KIY RGLLAR RKDDLHITEE FERLIVTAQM FLPQPDNVRK LSRFYRLDPL DEWRVEVTYK AQKMPAGAFK MTDFHGGKGV ICKV MEDED MPIDENGNRA DLIIFGGSTM RRSNYGRIYE HGFGAAARDL AQRLRVEAGL DRHAKPTQQQ LNSVMGNTQW VDYAF KELL GFYEIIAPTM HSKMMEHPNP AEHVKTVLMD GFPYIYAPVD DPVDLMAAVN KLINSDKYRP HYGKVSYRDQ AGKWVT TKD NVLMGPLYMM LLEKIGEDWS AAASVKTQPF GLPSKLNNAD RASTPGRETA IRSFGESETR SYNCTVGPGP TAEILDQ TN NPLAHAAVIE SWLTAEKPSS VPVAVDREKI PFGGSRPVAM FDHLLECSGI ALEYAPDH

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分子 #4: PHIKZ074

分子名称: PHIKZ074 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 77.513461 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MNLNRYKARD LLNLSYDDLW SLPSEWHLIE FDDGKTVVSV DRITKLSVLC WYPLKHYKDC PIPSDHHIDF NRILTDNPKD YLNVEGGRV TSKAMVKHLN KAIWNIYDWS GETVDPEVLS KLAIEGKNWL YNQTTVKLSE YLATLSMFDI AEVYNHPKVR E ANHNIEPT ...文字列:
MNLNRYKARD LLNLSYDDLW SLPSEWHLIE FDDGKTVVSV DRITKLSVLC WYPLKHYKDC PIPSDHHIDF NRILTDNPKD YLNVEGGRV TSKAMVKHLN KAIWNIYDWS GETVDPEVLS KLAIEGKNWL YNQTTVKLSE YLATLSMFDI AEVYNHPKVR E ANHNIEPT TYGIEKISYG KVKEVFNDPT QFIGNSIIEG LRSGTQKTEQ LLQAFAWRGF PTDINSDIFK YPVTTGYIDG IW NLYENMI ESRSGTKALL YNKELLRVTE YFNRKSQLIA QYVQRLHPGD CKTTILAEYP VTKLTLKAFK GKYYQKEDGK LDW IRGNET HLIGTKQKFR SVFGCNHPDS QGICMTCYGR LGINIPKGTN IGQVAAVSMG DKITSAVLST KHTDASSAVE QYKL GKIES NYLRTGEIPE TLYLKKELTQ KDYRLVIARS EAENLADILM IDDLTAYPAT SATELTSLAL VYDDEVNGEC GDVLT VSLY NRRASLSIEM LKHIKMVRWE LDQRDNIVIS LRGFDFNLPF LTLPNKHVNM YEVMKRFQSF LHSGSDSAEA GKLSTE KVG YTSKTYLKNY KSPIEALPVF ATMANEKISL NISHCEILIY AMMIRSAQYR DYRLPKPGIN GQFEKYNRLM QCRSLGG AM AFEKQHEPLN NPGSFLNKMR NDHPYDLLVK GGKLR

UniProtKB: PHIKZ074

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分子 #5: PHIKZ123

分子名称: PHIKZ123 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phiKZ (ファージ)
分子量理論値: 62.95909 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MPDPFLIEKI RENTPCMNPT LANGITVEHT MTRDPNTGVN MTRRYIDSLF DISSVLFPDG FKYEGNRACT PLKHFEEITR EYNAKRIAN IAPTDMYMID LMFSYKGEML YPRPMLLPAF KRGNMVTING AKYIGSPVLT DVGFSVLNDS IFIPFRRTKL T FKQTDHHY ...文字列:
MPDPFLIEKI RENTPCMNPT LANGITVEHT MTRDPNTGVN MTRRYIDSLF DISSVLFPDG FKYEGNRACT PLKHFEEITR EYNAKRIAN IAPTDMYMID LMFSYKGEML YPRPMLLPAF KRGNMVTING AKYIGSPVLT DVGFSVLNDS IFIPFRRTKL T FKQTDHHY MCNGQRKIMY VIWSQIHNEM AKRTKRDLGN RPHIESCLAH YFFCQFGVTQ TFKQWANVDV KCGLLSDFPE EE YPREKWN IYSSATLKGK HPTGEMVLVI PRHQESIFAT RLIAGFWYVV DAFPMRFTRP EYVDSTNLWR VILGHMVFGD FEH QGKVEE NIDSHLHSFC NSLDEMTIEE LKTVGVNVST IWELLYEIMT SLAHHLYATD IDETSMYGKR LTVLHYLMSE FNYA VSMFG YMFQSRRDRE WTVQELNEGL KRSFKLQTAI KRLTVDHGEL DTMSNPNSSM LIKGTSILVT QDRAKTAKAH NKSLI NDSS RIIHASIAEV GQYKNQPKNN PDGRGRLNMY TKVGPTGLVE RREEVREIID NAQLMFRAK

UniProtKB: PHIKZ123

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分子 #6: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 8
詳細: 15 mM Tris-Cl pH 8.0, 150 mM NaCl, 0.5 mM EDTA, 2 mM MgCl2, 1 mM DTT
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 支持フィルム - 材質: GRAPHENE OXIDE / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 1-2 s blot.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
温度最低: 100.0 K / 最高: 100.0 K
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 70 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
デジタル化 - サイズ - 横: 5096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 10582 / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / 詳細: TIFF movie mode
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.25 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm / 倍率（公称値）: 48000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細Motion correction and dose-weighting in motioncor2
粒子像選択選択した数: 3179799
詳細: EMAN BATCHBOXER with low-pass butterworth preprocessing
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: RELION - STOCHASTIC GRADIENT DESCENT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 使用した粒子像数: 50085
初期 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3)
最終 3次元分類クラス数: 9 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3) / 詳細: 855016 particles classified
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6edt


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細Core conserved regions initially identified from comparison with PDB 6EDT - remainder built de novo
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-7ogp:
Structure of the apo-state of the bacteriophage PhiKZ non-virion RNA polymerase - class including clamp

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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