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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-12879 | |||||||||
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タイトル | Structure of Alternanthera Mosaic VLP by cryoEM | |||||||||
マップデータ | Alternanthera mosaic VLP | |||||||||
試料 |
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キーワード | Potexvirus / Virus Like Particle / VLP. | |||||||||
機能・相同性 | Potexviruses and carlaviruses coat protein signature. / Potex/carlavirus coat protein / Viral coat protein / viral capsid / ribonucleoprotein complex / structural molecule activity / Coat protein 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Alternanthera mosaic virus (ウイルス) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å | |||||||||
データ登録者 | Byrne MJ / Ranson NA | |||||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Viruses / 年: 2021 タイトル: A Replicating Viral Vector Greatly Enhances Accumulation of Helical Virus-Like Particles in Plants. 著者: Eva C Thuenemann / Matthew J Byrne / Hadrien Peyret / Keith Saunders / Roger Castells-Graells / Inmaculada Ferriol / Mattia Santoni / John F C Steele / Neil A Ranson / Linda Avesani / Juan ...著者: Eva C Thuenemann / Matthew J Byrne / Hadrien Peyret / Keith Saunders / Roger Castells-Graells / Inmaculada Ferriol / Mattia Santoni / John F C Steele / Neil A Ranson / Linda Avesani / Juan Jose Lopez-Moya / George P Lomonossoff / 要旨: The production of plant helical virus-like particles (VLPs) via plant-based expression has been problematic with previous studies suggesting that an RNA scaffold may be necessary for their efficient ...The production of plant helical virus-like particles (VLPs) via plant-based expression has been problematic with previous studies suggesting that an RNA scaffold may be necessary for their efficient production. To examine this, we compared the accumulation of VLPs from two potexviruses, papaya mosaic virus and alternanthera mosaic virus (AltMV), when the coat proteins were expressed from a replicating potato virus X- based vector (pEff) and a non-replicating vector (pEAQ-). Significantly greater quantities of VLPs could be purified when pEff was used. The pEff system was also very efficient at producing VLPs of helical viruses from different virus families. Examination of the RNA content of AltMV and tobacco mosaic virus VLPs produced from pEff revealed the presence of vector-derived RNA sequences, suggesting that the replicating RNA acts as a scaffold for VLP assembly. Cryo-EM analysis of the AltMV VLPs showed they had a structure very similar to that of authentic potexvirus particles. Thus, we conclude that vectors generating replicating forms of RNA, such as pEff, are very efficient for producing helical VLPs. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_12879.map.gz | 30.5 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-12879-v30.xml emd-12879.xml | 10.9 KB 10.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_12879.png | 210.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-12879.cif.gz | 5.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12879 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-12879 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_12879_validation.pdf.gz | 608.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_12879_full_validation.pdf.gz | 608.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_12879_validation.xml.gz | 6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_12879_validation.cif.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12879 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-12879 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_12879.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 34.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Alternanthera mosaic VLP | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.065 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Alternanthera mosaic virus
全体 | 名称: Alternanthera mosaic virus (ウイルス) |
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要素 |
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-超分子 #1: Alternanthera mosaic virus
超分子 | 名称: Alternanthera mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 85454 / 生物種: Alternanthera mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Coat protein
分子 | 名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Alternanthera mosaic virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 22.243895 KDa |
組換発現 | 生物種: Nicotiana benthamiana (ナス科) |
配列 | 文字列: MSTPFPQVTQ EQMNAFTPHT TSNLLPSPEQ LTTIANLLVA AKVPAASTTT IALELVNFCY DNGSSTYTAV VGPSSLAEVS LSQVANIVK ASGTSLRKFC RFFAPIIWNL RTDKTPPANW EANGFKPTEK FAAFDFFDGV ENPAAMQPPG GLVRTPSQAE R IANATNKQ ...文字列: MSTPFPQVTQ EQMNAFTPHT TSNLLPSPEQ LTTIANLLVA AKVPAASTTT IALELVNFCY DNGSSTYTAV VGPSSLAEVS LSQVANIVK ASGTSLRKFC RFFAPIIWNL RTDKTPPANW EANGFKPTEK FAAFDFFDGV ENPAAMQPPG GLVRTPSQAE R IANATNKQ VNLFQAAAQD NNFASNSAFI TKGQLSSNSP TIQYLPPPE UniProtKB: Coat protein |
-分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
分子 | 名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Alternanthera mosaic virus (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 1.485872 KDa |
配列 | 文字列: UUUUU |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 / 詳細: 10 mM Tris-HCl, pH 8.0 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 1.11 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 3.959 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 41.11 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 32018 |
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初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
最終 角度割当 | タイプ: NOT APPLICABLE |