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- EMDB-12702: Murine supercomplex CIII2CIV in the assembled locked conformation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12702
タイトルMurine supercomplex CIII2CIV in the assembled locked conformation
マップデータCIIICIV full, locked conformation
試料
  • 複合体: Murine full supercomplex CIII2CIV in the locked conformation
    • タンパク質・ペプチド: x 24種
  • リガンド: x 13種
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex IV assembly / Complex III assembly / subthalamus development / pons development / TP53 Regulates Metabolic Genes / pyramidal neuron development / cerebellar Purkinje cell layer development / respiratory chain complex IV assembly / Respiratory electron transport / response to mercury ion ...Complex IV assembly / Complex III assembly / subthalamus development / pons development / TP53 Regulates Metabolic Genes / pyramidal neuron development / cerebellar Purkinje cell layer development / respiratory chain complex IV assembly / Respiratory electron transport / response to mercury ion / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / Cytoprotection by HMOX1 / thalamus development / respiratory chain complex III / respiratory chain complex IV / Mitochondrial protein degradation / : / : / response to alkaloid / oxidative phosphorylation / cytochrome-c oxidase / quinol-cytochrome-c reductase / response to copper ion / ubiquinol-cytochrome-c reductase activity / response to glucagon / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / cellular respiration / midbrain development / cytochrome-c oxidase activity / hypothalamus development / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / response to cobalamin / electron transport coupled proton transport / response to hyperoxia / animal organ regeneration / response to electrical stimulus / ATP synthesis coupled electron transport / response to cadmium ion / enzyme regulator activity / lactation / response to hormone / respiratory electron transport chain / cerebellum development / hippocampus development / response to activity / central nervous system development / mitochondrial membrane / metalloendopeptidase activity / response to toxic substance / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / response to calcium ion / myelin sheath / response to ethanol / response to oxidative stress / mitochondrial inner membrane / response to hypoxia / oxidoreductase activity / response to xenobiotic stimulus / copper ion binding / ubiquitin protein ligase binding / heme binding / protein-containing complex binding / protein-containing complex / mitochondrion / proteolysis / nucleoplasm / membrane / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c oxidase subunit VIIa-related, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV ...Cytochrome c oxidase subunit VIIa-related, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Single alpha-helix domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex, 6.4kD protein / Cytochrome c oxidase, subunit 8 / Cytochrome c oxidase, subunit 8 superfamily / Cytochrome oxidase c subunit VIII / Cytochrome c oxidase subunit VIIa, metazoa / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome C oxidase, subunit VIIB domain superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa superfamily / Mitochondrial cytochrome c oxidase subunit VIc/VIIs superfamily / : / Cytochrome c oxidase subunit VIc / Cytochrome C oxidase chain VIIB / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8kDa, N-terminal / Ubiquinol-cytochrome c reductase 8 kDa, N-terminal / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome b-c1 complex, subunit 6 / Globular protein, non-globular alpha/beta subunit / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase, UQCRX/QCR9 like / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / : / Cytochrome b / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / : / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial ...Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cox7a2l protein / Cytochrome c oxidase subunit 6C / Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ) / Mouse (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Vercellino I / Sazanov LA
資金援助 オーストリア, 1件
OrganizationGrant number国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission754411 オーストリア
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: Structure and assembly of the mammalian mitochondrial supercomplex CIIICIV.
著者: Irene Vercellino / Leonid A Sazanov /
要旨: The enzymes of the mitochondrial electron transport chain are key players of cell metabolism. Despite being active when isolated, in vivo they associate into supercomplexes, whose precise role is ...The enzymes of the mitochondrial electron transport chain are key players of cell metabolism. Despite being active when isolated, in vivo they associate into supercomplexes, whose precise role is debated. Supercomplexes CIIICIV (refs. ), CICIII (ref. ) and CICIIICIV (respirasome) exist in mammals, but in contrast to CICIII and the respirasome, to date the only known eukaryotic structures of CIIICIV come from Saccharomyces cerevisiae and plants, which have different organization. Here we present the first, to our knowledge, structures of mammalian (mouse and ovine) CIIICIV and its assembly intermediates, in different conformations. We describe the assembly of CIIICIV from the CIII precursor to the final CIIICIV conformation, driven by the insertion of the N terminus of the assembly factor SCAF1 (ref. ) deep into CIII, while its C terminus is integrated into CIV. Our structures (which include CICIII and the respirasome) also confirm that SCAF1 is exclusively required for the assembly of CIIICIV and has no role in the assembly of the respirasome. We show that CIII is asymmetric due to the presence of only one copy of subunit 9, which straddles both monomers and prevents the attachment of a second copy of SCAF1 to CIII, explaining the presence of one copy of CIV in CIIICIV in mammals. Finally, we show that CIII and CIV gain catalytic advantage when assembled into the supercomplex and propose a role for CIIICIV in fine tuning the efficiency of electron transfer in the electron transport chain.
履歴
登録2021年4月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年10月13日-
マップ公開2021年10月13日-
更新2021年10月27日-
現状2021年10月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7o37
  • 表面レベル: 0.05
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12702.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12702.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 20.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CIIICIV full, locked conformation
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.06 Å/pix.
x 156 pix.
= 165.984 Å		1.06 Å/pix.
x 204 pix.
= 217.056 Å		1.06 Å/pix.
x 166 pix.
= 176.624 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.064 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05 / ムービー #1: 0.05
最小 - 最大-0.027938083 - 0.3321029
平均 (標準偏差)0.0070560123 (±0.020932067)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ204166156
Spacing156204166
セルA: 165.98401 Å / B: 217.056 Å / C: 176.62401 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0641.0641.064
M x/y/z156204166
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z165.984217.056176.624
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ156204166
MAP C/R/S321
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS166204156
D min/max/mean-0.0280.3320.007

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Murine full supercomplex CIII2CIV in the locked conformation

全体名称: Murine full supercomplex CIII2CIV in the locked conformation
要素
  • 複合体: Murine full supercomplex CIII2CIV in the locked conformation
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 7
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 8
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 10
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 9
    • タンパク質・ペプチド: Cox7a2l protein
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6B1
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 6C
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial
    • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CARDIOLIPIN
  • リガンド: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: TRISTEAROYLGLYCEROL
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: SODIUM ION
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION
  • リガンド: ZINC ION

+
超分子 #1: Murine full supercomplex CIII2CIV in the locked conformation

超分子名称: Murine full supercomplex CIII2CIV in the locked conformation
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#24
詳細: Dimer of Complex III, monomer of complex IV, bridged by SCAF1
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: CD1 / 器官: heart / 組織: cardiac muscle / Organelle: mitochondria / 細胞中の位置: inner mitochondrial membrane
分子量実験値: 700 KDa

+
分子 #1: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 49.355301 KDa
配列文字列: TATFAQALQS VPETQVSILD NGLRVASEQS SHATCTVGVW IDAGSRYETE KNNGAGYFLE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SIGAHLNAY STREHTAYLI KALSKDLPKV VELLADIVQN SSLEDSQIEK ERDVILREMQ ENDASMQNVV FDYLHATAFQ G TPLAQAVE ...文字列:
TATFAQALQS VPETQVSILD NGLRVASEQS SHATCTVGVW IDAGSRYETE KNNGAGYFLE HLAFKGTKNR PGNALEKEVE SIGAHLNAY STREHTAYLI KALSKDLPKV VELLADIVQN SSLEDSQIEK ERDVILREMQ ENDASMQNVV FDYLHATAFQ G TPLAQAVE GPSENVRRLS RTDLTDYLNR HYKAPRMVLA AAGGVEHQQL LDLAQKHLSS VSRVYEEDAV PGLTPCRFTG SE IRHRDDA LPLAHVAIAV EGPGWANPDN VTLQVANAII GHYDCTYGGG VHLSSPLASV AVANKLCQSF QTFNISYSDT GLL GAHFVC DAMSIDDMVF FLQGQWMRLC TSATESEVTR GKNILRNALV SHLDGTTPVC EDIGRSLLTY GRRIPLAEWE SRIQ EVDAQ MLRDICSKYF YDQCPAVAGY GPIEQLPDYN RIRSGMFWLR F

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 46.641773 KDa
配列文字列: SLKVAPKVKT SAAPGGVPLQ PQDLEFTKLP NGLVIASLEN YAPLSRIGLF VKAGSRYEDS NNLGTSHLLR LASSLTTKGA SSFKITRGI EAVGGKLSVT ATRENMAYTV EGIRSDIEIL MEFLLNVTTA PEFRRWEVAA LRSQLKIDKA VAFQNSQTRI I ENLHDVAY ...文字列:
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+
分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 43.240305 KDa
配列文字列: MTNMRKTHPL FKIINHSFID LPAPSNISSW WNFGSLLGVC LMVQIITGLF LAMHYTSDTM TAFSSVTHIC RDVNYGWLIR YMHANGASM FFICLFLHVG RGLYYGSYTF METWNIGVLL LFAVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTT L VEWIWGGF ...文字列:
MTNMRKTHPL FKIINHSFID LPAPSNISSW WNFGSLLGVC LMVQIITGLF LAMHYTSDTM TAFSSVTHIC RDVNYGWLIR YMHANGASM FFICLFLHVG RGLYYGSYTF METWNIGVLL LFAVMATAFM GYVLPWGQMS FWGATVITNL LSAIPYIGTT L VEWIWGGF SVDKATLTRF FAFHFILPFI IAALAIVHLL FLHETGSNNP TGLNSDADKI PFHPYYTIKD ILGILIMFLI LM TLVLFFP DMLGDPDNYM PANPLNTPPH IKPEWYFLFA YAILRSIPNK LGGVLALILS ILILALMPFL HTSKQRSLMF RPI TQILYW ILVANLLILT WIGGQPVEHP FIIIGQLASI SYFSIILILM PISGIIEDKM LKLYP

+
分子 #4: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 27.312188 KDa
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SDLELHPPSY PWSHRGLLSS LDHTSIRRGF QVYKQVCSSC HSMDYVAYRH LVGVCYTEEE AKALAEEVEV QDGPNDDGEM FMRPGKLSD YFPKPYPNPE AARAANNGAL PPDLSYIVRA RHGGEDYVFS LLTGYCEPPT GVSLREGLYF NPYFPGQAIG M APPIYTEV LEYDDGTPAT MSQVAKDVAT FLRWASEPEH DHRKRMGLKM LLMMGLLLPL TYAMKRHKWS VLKSRKLAYR PP K

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 21.524398 KDa
配列文字列: SHTDVKVPDF SDYRRAEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLVT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLDRVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS ...文字列:
SHTDVKVPDF SDYRRAEVLD STKSSKESSE ARKGFSYLVT ATTTVGVAYA AKNVVSQFVS SMSASADVLA MSKIEIKLSD IPEGKNMAF KWRGKPLFVR HRTKKEIDQE AAVEVSQLRD PQHDLDRVKK PEWVILIGVC THLGCVPIAN AGDFGGYYCP C HGSHYDAS GRIRKGPAPL NLEVPAYEFT SDDVVVVG

+
分子 #6: Cytochrome b-c1 complex subunit 7

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 13.456336 KDa
配列文字列:
AGRSAVSASS KWLDGFRKWY YNAAGFNKLG LMRDDTLHET EDVKEAIRRL PEDLYNDRMF RIKRALDLTM RHQILPKDQW TKYEEDKFY LEPYLKEVIR ERKEREEWAK K

+
分子 #7: Cytochrome b-c1 complex subunit 8

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 9.652051 KDa
配列文字列:
GREFGNLARI RHVISYSLSP FEQRAFPSYF SKGIPNVLRR TRERILRVAP PFVVVYLIYT WGNQEFEQSK RKNPAMYEND K

+
分子 #8: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 9.002015 KDa
配列文字列:
GDPKEEEEEE LVDPLTTVRE HCEQLEKCVK ARERLELCDN RVSSRSQTEE DCTEELFDFL HARDHCVAHK LFKNLK

+
分子 #9: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 7.32633 KDa
配列文字列:
SSPTIPSRLY SLLFRRTSTF ALTIAVGALF FERAFDQGAD AIYEHINEGK LWKHIKHKYE NKE

+
分子 #10: Cytochrome b-c1 complex subunit 10

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 6.546627 KDa
配列文字列:
MLSRFLGPRY RELARNWIPT AGMWGTVGAV GLVWATDWRL ILDWVPYING KFKKDD

+
分子 #11: Cytochrome b-c1 complex subunit 9

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 7.900234 KDa
配列文字列:
MLSVAARSGP FAPVLSATSR GVAGALRPLL QGAVPAASEP PVLDVKRPFL CRESLSGQAA ARPLVATVGL NVPASVRF

+
分子 #12: Cox7a2l protein

分子名称: Cox7a2l protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 12.575581 KDa
配列文字列:
MYYKFSSFTQ KLAGAWASEA YTPQGLKPVS TEAPPIIFAT PTKLTSSVTA YDYSGKNKVP ELQKFFQKAD GVPIHLKRGL PDQMLYRTT MALTLGGTIY CLIALYMASQ PRNK

+
分子 #13: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 56.945641 KDa
配列文字列: MFINRWLFST NHKDIGTLYL LFGAWAGMVG TALSILIRAE LGQPGALLGD DQIYNVIVTA HAFVMIFFMV MPMMIGGFGN WLVPLMIGA PDMAFPRMNN MSFWLLPPSF LLLLASSMVE AGAGTGWTVY PPLAGNLAHA GASVDLTIFS LHLAGVSSIL G AINFITTI ...文字列:
MFINRWLFST NHKDIGTLYL LFGAWAGMVG TALSILIRAE LGQPGALLGD DQIYNVIVTA HAFVMIFFMV MPMMIGGFGN WLVPLMIGA PDMAFPRMNN MSFWLLPPSF LLLLASSMVE AGAGTGWTVY PPLAGNLAHA GASVDLTIFS LHLAGVSSIL G AINFITTI INMKPPAMTQ YQTPLFVWSV LITAVLLLLS LPVLAAGITM LLTDRNLNTT FFDPAGGGDP ILYQHLFWFF GH PEVYILI LPGFGIISHV VTYYSGKKEP FGYMGMVWAM MSIGFLGFIV WAHHMFTVGL DVDTRAYFTS ATMIIAIPTG VKV FSWLAT LHGGNIKWSP AMLWALGFIF LFTVGGLTGI VLSNSSLDIV LHDTYYVVAH FHYVLSMGAV FAIMAGFVHW FPLF SGFTL DDTWAKAHFA IMFVGVNMTF FPQHFLGLSG MPRRYSDYPD AYTTWNTVSS MGSFISLTAV LIMIFMIWEA FASKR EVMS VSYASTNLEW LHGCPPPYHT FEEPTYVKVK

+
分子 #14: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 25.993318 KDa
配列文字列: MAYPFQLGLQ DATSPIMEEL MNFHDHTLMI VFLISSLVLY IISLMLTTKL THTSTMDAQE VETIWTILPA VILIMIALPS LRILYMMDE INNPVLTVKT MGHQWYWSYE YTDYEDLCFD SYMIPTNDLK PGELRLLEVD NRVVLPMELP IRMLISSEDV L HSWAVPSL ...文字列:
MAYPFQLGLQ DATSPIMEEL MNFHDHTLMI VFLISSLVLY IISLMLTTKL THTSTMDAQE VETIWTILPA VILIMIALPS LRILYMMDE INNPVLTVKT MGHQWYWSYE YTDYEDLCFD SYMIPTNDLK PGELRLLEVD NRVVLPMELP IRMLISSEDV L HSWAVPSL GLKTDAIPGR LNQATVTSNR PGLFYGQCSE ICGSNHSFMP IVLEMVPLKY FENWSASMI

+
分子 #15: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 29.948689 KDa
配列文字列: MTHQTHAYHM VNPSPWPLTG AFSALLLTSG LVMWFHYNSI TLLTLGLLTN ILTMYQWWRD VIREGTYQGH HTPIVQKGLR YGMILFIVS EVFFFAGFFW AFYHSSLVPT HDLGGCWPPT GISPLNPLEV PLLNTSVLLA SGVSITWAHH SLMEGKRNHM N QALLITIM ...文字列:
MTHQTHAYHM VNPSPWPLTG AFSALLLTSG LVMWFHYNSI TLLTLGLLTN ILTMYQWWRD VIREGTYQGH HTPIVQKGLR YGMILFIVS EVFFFAGFFW AFYHSSLVPT HDLGGCWPPT GISPLNPLEV PLLNTSVLLA SGVSITWAHH SLMEGKRNHM N QALLITIM LGLYFTILQA SEYFETSFSI SDGIYGSTFF MATGFHGLHV IIGSTFLIVC LLRQLKFHFT SKHHFGFEAA AW YWHFVDV VWLFLYVSIY WWGS

+
分子 #16: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 4 isoform 1, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 17.225596 KDa
配列文字列:
AHGSVVKSED YAFPTYADRR DYPLPDVAHV TMLSASQKAL KEKEKADWSS LSRDEKVQLY RIQFNESFAE MNRGTNEWKT VVGMAMFFI GFTALVLIWE KSYVYGPIPH TFDRDWVAMQ TKRMLDMKAN PIQGFSAKWD YDKNEWKK

+
分子 #17: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 12.453081 KDa
配列文字列:
SHGSHETDEE FDARWVTYFN KPDIDAWELR KGMNTLVGYD LVPEPKIIDA ALRACRRLND FASAVRILEV VKDKAGPHKE IYPYVIQEL RPTLNELGIS TPEELGLDKV

+
分子 #18: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 5B, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 10.862376 KDa
配列文字列:
MASGGGVPTD EEQATGLERE IMIAAQKGLD PYNMLPPKAA SGTKEDPNLV PSISNKRIVG CICEEDNCTV IWFWLHKGES QRCPNCGTH YKLVPHQMAH

+
分子 #19: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6A2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 9.437691 KDa
配列文字列:
ASAAKGDHGG AGANTWRLLT FVLALPGVAL CSLNCWMHAG HHERPEFIPY HHLRIRTKPF AWGDGNHTLF HNPHVNPLPT GYEHP

+
分子 #20: Cytochrome c oxidase subunit 6B1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6B1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 9.95527 KDa
配列文字列:
AEDIKTKIKN YKTAPFDSRF PNQNQTKNCW QNYLDFHRCE KAMTAKGGDV SVCEWYRRVY KSLCPVSWVS AWDDRIAEGT FPGKI

+
分子 #21: Cytochrome c oxidase subunit 6C

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 6C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 8.352825 KDa
配列文字列:
SSGALLPKPQ MRGLLAKRLR VHIAGAFIVA LGVAAAYKFG VAEPRKKAYA EFYRNYDSMK DFEEMRKAGI FQSAK

+
分子 #22: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7B, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 6.317091 KDa
配列文字列:
SHQKRAPSFH DKYGNAILAG GAIFCVSTWT YTATQIGIEW NMSPVGRVTP KEWRDQ

+
分子 #23: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 7C, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 5.451369 KDa
配列文字列:
SHYEEGPGKN LPFSVENKWR LLAMMTVYFG SGFAAPFFIV RHQLLKK

+
分子 #24: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 8B, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mouse (ネズミ) / 器官: heart
分子量理論値: 4.66041 KDa
配列文字列:
VSAKPAKTPT SAVEQAVGIS AIVVGFMVPA GWVLAHLESY KKSSAA

+
分子 #25: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 16 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

+
分子 #26: CARDIOLIPIN

分子名称: CARDIOLIPIN / タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 6 / 式: CDL
分子量理論値: 1.464043 KDa
Chemical component information

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

+
分子 #27: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

分子名称: PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 4 / 式: HEM
分子量理論値: 616.487 Da
Chemical component information

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

+
分子 #28: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #29: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #30: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 5 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

+
分子 #31: TRISTEAROYLGLYCEROL

分子名称: TRISTEAROYLGLYCEROL / タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 1 / 式: TGL
分子量理論値: 891.48 Da
Chemical component information

ChemComp-TGL:
TRISTEAROYLGLYCEROL / トリステアリン

+
分子 #32: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #33: SODIUM ION

分子名称: SODIUM ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1
分子量理論値: 22.99 Da

+
分子 #34: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #35: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #36: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 36 / コピー数: 1 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

+
分子 #37: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 37 / コピー数: 1 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 7.7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMC8H18N2O4SHEPES
200.0 mMNaClsodium chloride
2.0 mMC10H16N2O8EDTA
0.2 %C32H58N2O7SCHAPS

詳細: CHAPS was added only upon freezing
グリッドモデル: Quantifoil R0.6/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 1.0 nm / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7245 / 平均露光時間: 1.17 sec. / 平均電子線量: 90.66 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2.7 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.2 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1500000
詳細: multiple rounds of picking and classification performed, first with Relion LoG and then with Topaz, to extract the best particles from the non-pure starting material
CTF補正ソフトウェア:
名称詳細
Gctfused for per-particle defocus
CTFFINDused for initial CTF estimation
RELION (ver. 3.1)used for CTF refinement
初期モデル#0 - モデルのタイプ: PDB ENTRY
#0 - PDBモデル - PDB ID:

1ntz


#0 - 詳細: PDB 1NTZ for CIII and 5IY5 for CIV / #1 - モデルのタイプ: PDB ENTRY
#1 - PDBモデル - PDB ID:

5iy5

最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF
ソフトウェア:
名称詳細
cryoSPARCfor CIV
RELION (ver. 3.1)for global map and CIII

詳細: for CIV refinement, the particles were pooled with the assembly intermediate of CIII (23277 particles)
使用した粒子像数: 14851
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 27000 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
詳細: the particles were not evenly distributed in the classes. the two good classes, corresponding to the two conformations of CIIICIV, had each c.a. 15k particles.
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1ntz

,

3l75

,

5iy5

,

5z62

)
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 70 / 当てはまり具合の基準: MAXIMAL LIKELYHOOD
得られたモデル

PDB-7o37:
Murine supercomplex CIII2CIV in the assembled locked conformation

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る