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万見
- EMDB-12566: Structure of human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) in... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-12566
タイトルStructure of human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) in complex with HIP-B
マップデータ
試料
  • 複合体: Ternary complex of excitatory amino acid transporter 3 with inhibitor HIP-B
    • タンパク質・ペプチド: Excitatory amino acid transporter 3
  • リガンド: (+)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-carboxylic acid
  • リガンド: (-)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-carboxylic acid
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
キーワードGLUTAMATE / ASPARTATE TRANSPORTER / CYSTEINE / INHIBITOR COMPLEX / MEMBRANE PROTEIN / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transport / cysteine transmembrane transporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity ...D-aspartate transmembrane transport / regulation of protein targeting to membrane / D-aspartate transmembrane transporter activity / Defective SLC1A1 is implicated in schizophrenia 18 (SCZD18) and dicarboxylic aminoaciduria (DCBXA) / distal dendrite / cysteine transport / cysteine transmembrane transporter activity / neurotransmitter receptor transport to plasma membrane / high-affinity L-glutamate transmembrane transporter activity / glutamate:sodium symporter activity / response to decreased oxygen levels / L-glutamate import / cellular response to mercury ion / Transport of inorganic cations/anions and amino acids/oligopeptides / retina layer formation / L-glutamate transmembrane transporter activity / cellular response to ammonium ion / L-glutamate transmembrane transport / glutathione biosynthetic process / D-aspartate import across plasma membrane / L-aspartate transmembrane transport / righting reflex / zinc ion transmembrane transport / cellular response to bisphenol A / L-aspartate transmembrane transporter activity / grooming behavior / intracellular glutamate homeostasis / L-aspartate import across plasma membrane / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / proximal dendrite / monoatomic anion channel activity / L-glutamate import across plasma membrane / apical dendrite / transepithelial transport / response to anesthetic / conditioned place preference / intracellular zinc ion homeostasis / cellular response to cocaine / chloride transmembrane transporter activity / blood vessel morphogenesis / motor neuron apoptotic process / response to morphine / G protein-coupled dopamine receptor signaling pathway / motor behavior / glutamate receptor signaling pathway / glutamate binding / neurotransmitter transport / superoxide metabolic process / maintenance of blood-brain barrier / heart contraction / perisynaptic space / dopamine metabolic process / adult behavior / : / asymmetric synapse / glial cell projection / response to axon injury / behavioral fear response / synaptic cleft / postsynaptic modulation of chemical synaptic transmission / transport across blood-brain barrier / positive regulation of heart rate / monoatomic ion transport / neurogenesis / axon terminus / response to amphetamine / chloride transmembrane transport / dendritic shaft / cell periphery / locomotory behavior / synapse organization / cytokine-mediated signaling pathway / brain development / Schaffer collateral - CA1 synapse / memory / long-term synaptic potentiation / recycling endosome membrane / late endosome membrane / presynapse / cellular response to oxidative stress / early endosome membrane / gene expression / chemical synaptic transmission / dendritic spine / perikaryon / negative regulation of neuron apoptotic process / apical plasma membrane / membrane raft / response to xenobiotic stimulus / axon / external side of plasma membrane / neuronal cell body / dendrite / endoplasmic reticulum / extracellular exosome / metal ion binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 2. / Sodium:dicarboxylate symporter / Sodium:dicarboxylate symporter, conserved site / Sodium:dicarboxylate symporter superfamily / Sodium:dicarboxylate symporter family / Sodium:dicarboxylate symporter family signature 1.
類似検索 - ドメイン・相同性
Excitatory amino acid transporter 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.34 Å
データ登録者Baronina A / Pike ACW
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
Wellcome Trust106169/Z/14/Z 英国
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) in complex with HIP-B
著者: Baronina A / Pike ACW / Yu X / Dong YY / Shintre CA / Tessitore A / Chu A / Rotty B / Venkaya S / Mukhopadhyay SMM / Borkowska O / Chalk R / Shrestha L / Burgess-Brown NA / Edwards AM / ...著者: Baronina A / Pike ACW / Yu X / Dong YY / Shintre CA / Tessitore A / Chu A / Rotty B / Venkaya S / Mukhopadhyay SMM / Borkowska O / Chalk R / Shrestha L / Burgess-Brown NA / Edwards AM / Arrowsmith CH / Bountra C / Han S / Carpenter EP
履歴
登録2021年3月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年3月16日-
マップ公開2022年3月16日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7nsg
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_12566.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_12566.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 217.2 Å		1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 217.2 Å		1.09 Å/pix.
x 200 pix.
= 217.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.086 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0252 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.20561619 - 0.2551124
平均 (標準偏差)0.00003249621 (±0.007815577)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 217.2 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0861.0861.086
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z217.200217.200217.200
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.2060.2550.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_12566_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_12566_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_12566_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_12566_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of excitatory amino acid transporter 3 with inhib...

全体名称: Ternary complex of excitatory amino acid transporter 3 with inhibitor HIP-B
要素
  • 複合体: Ternary complex of excitatory amino acid transporter 3 with inhibitor HIP-B
    • タンパク質・ペプチド: Excitatory amino acid transporter 3
  • リガンド: (+)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-carboxylic acid
  • リガンド: (-)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-carboxylic acid
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

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超分子 #1: Ternary complex of excitatory amino acid transporter 3 with inhib...

超分子名称: Ternary complex of excitatory amino acid transporter 3 with inhibitor HIP-B
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 160 KDa

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分子 #1: Excitatory amino acid transporter 3

分子名称: Excitatory amino acid transporter 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 53.252867 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGKPARKGCE WKRFLKNNWV LLSTVAAVVL GITTGVLVRE HRNLSTLEKF YFAFPGEILM RMLKLIILPL IISSMITGVA ALDSNVSGK IGVRAVVYYF CTTLIAVILG IVLVVSIKPG VTQKVGEIAR TGSTPEVSTV DAMLDLIRNM FPENLVQACF Q QYKTKREE ...文字列:
MGKPARKGCE WKRFLKNNWV LLSTVAAVVL GITTGVLVRE HRNLSTLEKF YFAFPGEILM RMLKLIILPL IISSMITGVA ALDSNVSGK IGVRAVVYYF CTTLIAVILG IVLVVSIKPG VTQKVGEIAR TGSTPEVSTV DAMLDLIRNM FPENLVQACF Q QYKTKREE VKPPSDPEMN MTEESFTAVM TTAISKNKTK EYKIVGMYSD GINVLGLIVF CLVFGLVIGK MGEKGQILVD FF NALSDAT MKIVQIIMCY MPLGILFLIA GKIIEVEDWE IFRKLGLYMA TVLTGLAIHS IVILPLIYFI VVRKNPFRFA MGM AQALLT ALMISSSSAT LPVTFRCAEE NNQVDKRITR FVLPVGATIN MDGTALYEAV AAVFIAQLND LDLGIGQIIT ISIT ATSAS IGAAGVPQAG LVTMVIVLSA VGLPAEDVTL IIAVDWLLDR FRTMVNVLGD AFGTGIVEKL SKKELEQMDV SSEVN AENL YFQ

UniProtKB: Excitatory amino acid transporter 3

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分子 #2: (+)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-c...

分子名称: (+)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 3 / 式: UR5
分子量理論値: 172.139 Da
Chemical component information

ChemComp-UR5:
(+)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-carboxylic acid / (3aS)-3-ヒドロキシ-3aα,4,6,6aα-テトラヒドロ-5H-ピロロ[3,4-d]イソオキサゾ-ル-6α-カ(以下略)

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分子 #3: (-)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-c...

分子名称: (-)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-carboxylic acid
タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: UR8
分子量理論値: 172.139 Da
Chemical component information

ChemComp-UR8:
(-)-3-Hydroxy-4,5,6,6a-tetrahydro-3aH-pyrrolo[3,4-d]isoxazole-6-carboxylic acid / (3aR)-3-ヒドロキシ-4,5,6,6aβ-テトラヒドロ-3aβH-ピロロ[3,4-d]イソオキサゾ-ル-6β-カ(以下略)

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分子 #4: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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分子 #5: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 15 / 式: PC1
分子量理論値: 790.145 Da
Chemical component information

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHEPES(4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid)
0.003 %LMNGlauryl maltose neopentyl glycol
0.0003 %CHScholesteryl hemisuccinate

詳細: Solutions were made fresh from pre-made, sterile filtered stocks.
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: Blot time 4s Blot force -15 sample volume 3 uL.
詳細Monodisperse sample after SEC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 4947 / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.4 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1169680
初期モデルモデルのタイプ: NONE / 詳細: Ab-initio models were generated using RELION 2.1
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C3 (3回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.34 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 127936
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6s3q


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細MODEL REFINED USING NCS CONSTRAINTS AND ROTAMER, CBETA, SECONDARY STRUCTURE AND RAMACHANDARN RESTRAINTS AGAINST RELION POST-PROCESSED B-FACTOR SHARPENED (-118A**2) 3.34A FILTERED MAP
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7nsg:
Structure of human excitatory amino acid transporter 3 (EAAT3) in complex with HIP-B

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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